法國數學家和哲學家勒內·笛卡爾受到機械科學的方法和啟蒙運動的極大影響，自己發展出了笛卡爾幾何，這是一種演示三維空間中物體之間數學關係的方法。1628年，英國醫生威廉·哈維（William Harvey，1578年—1657年）解釋了血液通過身體的運動，這意味著甚至連身體也是一種機器。笛卡爾抓住了這一點。但是靈魂或心靈又是什麼呢？
笛卡爾的結論是，身體是一個物質客體，由機械定律控制；而精神則是非物質的。他盡可能多地給身體分配精神活動。因此，他用感覺器官和神經來解釋所有的感知、記憶、想像和常識活動，剩下的就是人類所特有的自我意識和語言，這些都屬於精神的功能。
這是一個人，而且是同一個人，他能意識到自己的理解和感覺。但人沒有身體就沒有感覺，所以身體必須是人的一部分。
托馬斯·阿奎納，《神學大全》（Summa Theologiae，1265年—1274年）
我思故我在
笛卡爾試圖把自己的哲學思考建立在某些可以相信的確定性事物的基礎上。他發現，自己唯一能肯定的一件事就是自己的存在，這引出了他的名言「我思故我在」（「我想，故我在」）。他的這個觀點基於自己看到或經歷的一切可能並不比一個夢境更真實的認識。但事實上，他懷疑這些事物的真實性，並思考這個問題，證明了自己的存在。這使我們想到了大約600年前伊本·辛納的「浮人思想實驗」。
正如後來的評論家所指出的，笛卡爾並沒有真正證明自己的存在，而是證明了思考正在進行，但並不是因為他正在思考，或者他的存在是因為他正在思考。但他的工作對於我們的目標來說已經完成得非常好了，因為他的論點確立了肉體和精神/心智的區別。
認為思維可以在沒有任何感官輸入的情況下發生，這表明了心靈（或靈魂）與身體之間某種程度的分離。英國哲學家吉爾伯特·萊爾將笛卡爾建立的身體/靈魂的二元論模型稱為「機器中的幽靈」。然而，精神必須存在某處，笛卡爾認為它存在於大腦深處的松果體中。如果它是無關緊要的，為什麼到處都有它？它對物質的軀體是怎樣產生影響的？它是怎麼受到物質軀體的影響的？笛卡爾清楚地知道，精神在兩方面都有影響：身體的傷害（或身體狀況良好）會對心智有影響，心智中的情緒通過身體表現出來。這種身體表現可能發生在非常極端的情況下，精神痛苦的身體表現看起來就像患有某些身體疾病，如胃或頭的顫抖、噁心和疼痛。笛卡爾考慮的身體和精神之間的雙向影響是與眾不同的，但他不能對非物質的精神和物質如何互動這一問題做出充分的回答。事實上，這是一個懸而未決的問題。
在處理心智/靈魂與身體互動這一問題時，戈特弗裡德·萊布尼茨（Gottfried Leibniz，1646年—1716年）的觀點認為兩者都是不被需要的。它們都遵循相互獨立的確定路徑，但這些路徑是並行運行的。上帝把兩者放在同一條路上，就像兩個時鐘一起開始運轉並完美地顯示時間一樣，它們總是同步的。因此，精神狀態和行為總是與身體感覺和行為一致。
人們對全球的探索是由一些發現帶來的，而這些發現顛覆了許多古代哲學家所信賴的觀念，導致一些新的觀念不可避免地興起了。」
托馬索·康帕內拉（Tommaso Campanella，1568年—1639年），意大利修士和哲學家
啟蒙運動
啟蒙運動是一場始於17世紀歐洲（尤其是在英國和法國）的文化運動。它提倡理性思維和經驗科學，譴責迷信思想，試圖挑戰傳統觀念。如果這些觀唸經不起嚴格的審查，就拒絕接受它們。啟蒙運動中的關鍵人物包括科學家弗朗西斯·培根（Francis Bacon，1561年—1626年）和艾薩克·牛頓（Isaac Newton，1643年—1727年），以及哲學家勒內·笛卡爾、巴魯赫·斯賓諾莎（Baruch Spinoza，1632年—1677年）和大衛·休謨。我們不久將會再次敘述後面三位。這場運動與科技革命緊密相聯，標誌著現代時期的開始。