十一月十九日，呂惠卿與司馬光短兵相接。
這時當然還是熙寧二年。但自從二月二十七日設立制置三司條例司，朝廷的變化日新月異。均輸法、青苗法和農田水利法開始實行，呂誨和范純仁等大批官員被貶，富弼離開相位並由陳升之接任，韓絳到了條例司，呂惠卿也由於變法有功備受賞識，在九月獲得「崇政殿說書」的資格。
原封不動的，只有司馬光。
司馬光早就想走了。王安石擔任副宰相六天後，他便向皇帝請求外放，但不被批准。神宗說：愛卿名聞遐邇，就連遼人都向使節打聽愛卿做御史中丞的事，怎麼能走？司馬光無可奈何，只好留下來繼續做他的翰林學士。[35]
好在，他還可以給皇帝講課。
講課原本是王安石的主張。他第一次見到宋神宗，皇帝便向他要改革方案，這位新任翰林學士卻提出先講課，理由是只有講課才能統一思想。思想不明確，方案沒有用。[36]
神宗批准了這個安排，為此還有了段小插曲。
麻煩出在一個禮儀問題：站著講還是坐著講。王安石和呂公著兩位翰林學士都認為，皇帝陛下當然是坐著。但陪讀的也都坐著，講課的反倒站著，並不合適，建議改革。
提議立即引起反彈，官員們七嘴八舌。反對者說：離開席位站起來說話原本是古今常禮，何況是在君主目前。站著講課已經實行五十多年了，怎麼能妄議輕改？
皇帝無奈，只好去問宰相曾公亮。
曾公亮答：臣在仁宗朝是站著的。
皇帝也只好對王安石說：愛卿就破例坐下吧！
王安石當然不敢。[37]
這雖然是一件小事，卻很說明問題。沒錯，王安石真能惹事，改革也確實很難。不過講課也給了司馬光機會。於是在十一月十七日那天，他就講起了蕭規曹隨的故事。
宋神宗問：漢代守著蕭何之法不變，可以嗎？
司馬光答：怎麼不可以？不要說漢，如果夏商周都能堅守禹、湯、文、武之法而不變，恐怕能延續到現在。
意思很清楚：祖宗家法不可改。
兩天後，輪到呂惠卿。
呂惠卿講《周易》，而《周易》主張變通。因此呂惠卿也借題發揮說：先王之法有一年一變的，數年一變的，還有世代而變的，也有百世不變的。漢高祖約法三章，蕭何就變成九章，豈能一成不變？司馬光歪曲篡改歷史，分明是對現實不滿，借古諷今，混淆視聽，請陛下召他當庭對質。
神宗只好宣司馬光上前，問他有何話說。
面對呂惠卿的公然挑釁，司馬光表現出君子風度，非常低調地答辯說：臣並不認為保守先王之道，就是要坐視舊法之弊而不改，也無意譏諷攻擊誰。臣的本分不過講課，僅僅希望聖賢之言能夠有助於陛下的天縱聰明而已。
呂惠卿卻咄咄逼人。他說：司馬光作為翰林學士，應該知無不言，言無不盡。有官職而不能盡職就該辭職，有言責而不能盡言也該辭職，司馬光為什麼還不辭職？
司馬光只好問皇帝：臣奉詔言事，已上奏折，比如制置三司條例司之類盡在其中，不知是否已達聖聽？
宋神宗說：朕已經看了。
司馬光說：這就不是臣知而不言了。今天公卿大臣都在這裡，請陛下問問呂惠卿。三司使掌管天下財政，如不稱職可以罷免，為什麼要讓中書省和樞密院侵奪其權？另設制置三司條例司又究竟想幹什麼？只要條例不要道義嗎？
呂惠卿不能回答。
司馬光說：言不聽計不從而未能辭職，確是臣罪。惠卿責臣，並無不當，臣領罪就是。
宋神宗說：今天不過相互討論罷了，何至於此！
其他官員也趕緊出來打圓場。
神宗又對司馬光說：愛卿千萬不要生氣。
司馬光說：臣不敢。[38]
王安石卻不幹了。
不幹的原因，是兩個半月以後，也就是熙寧三年的二月初一，韓琦在河北上書，狀告王安石派遣提舉官強制推行青苗法，無論貧富一律命令借款，就連不種地的城市居民也被攤派，顯然與扶危濟困、抑制兼併的立法精神相悖，因此建議盡快召回各路提舉官，改青苗法為原來的常平法。
神宗接到奏折感慨萬分。他對宰輔們說：韓琦可真是忠臣啊！身在外地而心憂王室。朕原本以為此法利民，沒想到害民如此！城市居民要什麼青苗錢嘛！也要強貸？
王安石卻跳起來說：城市居民有什麼借不得？只要他們自願貸款，那錢貸給誰不是貸？
這就是強詞奪理了。因此這回兩個宰相，同時也是兩個福建人曾公亮和陳升之，也都站在韓琦一邊。王安石見情況不妙，馬上向皇帝交請假條，稱病不朝。
皇帝也馬上就想到了司馬光。
實際上，神宗早就想要重用此君了，只不過王安石堅決反對。王安石說：司馬光外托直言抗上之名，內懷收買人心之實，發表的都是害政言論，結交的都是亂政小人。陛下委他以重任，豈不是為持不同政見者樹了一面大紅旗嗎？
神宗只好作罷。
不過現在王安石既然病了，那就不必再聽他的，司馬光也被任命為樞密副使。沒想到司馬光卻不幹。他說：只要能撤銷制置三司條例司，召回提舉官，不行青苗法，即便什麼職位都不給臣，臣也受賜良多，感到十分幸福了。
言外之意也很明顯：不採納我的意見，我就不幹！
神宗當然不能同意。他說：愛卿是樞密副使，按照法定職責應該談軍事，怎麼說起職權範圍以外的事來？司馬光卻回答：沒有接受新任命，就還是翰林學士，當然可以說。
君臣二人相持不下，王安石卻上班了。
上班也不奇怪。因為接到病假條後，司馬光便利用翰林學士起草詔書的職權，借皇帝之口把他訓了一通，而且話說得很難聽：如今輿論沸騰，黎民騷動，你卻居然要推卸責任以求自保。卿之私謀，固為無憾；朕之所望，將以委誰？
這就等於把王安石的為人和變法統統否定了。王安石固然不能接受，並立即上書抗辯；宋神宗也覺得不對勁，趕緊下手詔安慰，又特地派呂惠卿去宣諭。最後的結果是：在家躺了二十天的王安石又回到了自己的崗位。[39]
現在輪到趙抃狼狽不堪。因為在王安石病假期間，神宗曾經下詔停止實行青苗法。曾公亮和陳升之準備奉詔，趙抃卻主張讓王安石自己來做這件事情。誰知道王安石復出後的第一件事，就是命令條例司駁斥韓琦的奏折。趙抃無法向天下人交代，只好上書朝廷，公開表明反對變法的態度，並在四月十九日辭去參知政事職務，出知杭州。[40]
接下來，九月十三日，宰相曾公亮辭職。[41]
陳升之更在趙抃之後就提交辭呈，只是沒被批准。[42]
司馬光也只好出走，到外地去做地方官，時間是在九月二十七。當然，神宗還是挽留過他。八月初八，司馬光提出外放申請時，皇帝問：愛卿為什麼不能留在京師呢？
司馬光答：臣不敢。
皇帝沉吟良久：王安石是卿老友，何必自疑？
司馬光苦笑：陛下想想呂公著的遭遇就知道了。[43]
那麼，呂公著又是怎麼回事？
[35]見畢沅《續資治通鑒》卷六十六熙寧二年二月丙午日條。
[36]見楊仲良《紀事本末》卷五十九王安石事跡條、畢沅《續資治通鑒》卷六十六、黃以周等《拾補》卷三上熙寧元年四月乙巳之明日即丙午日條。
[37]見畢沅《續資治通鑒》卷六十六、黃以周等《拾補》卷三上熙寧元年四月庚申日條。
[38]以上見楊仲良《紀事本末》卷五十三經筵條、畢沅《續資治通鑒》卷六十七、黃以周等《拾補》卷六熙寧二年十一月庚辰日條及壬午日條，並注引《續宋編年資治通鑒》。諸書所說不一，本書亦有改寫。
[39]以上見畢沅《續資治通鑒》卷六十七熙寧三年二月壬戌朔日至壬午日條。
[40]見畢沅《續資治通鑒》卷六十七熙寧三年二月壬午日條及李燾《長編》卷二百十、畢沅《續資治通鑒》卷六十七熙寧三年四月己卯日條。
[41]見李燾《長編》卷二百十五、畢沅《續資治通鑒》卷六十八熙寧三年九月庚子日條。
[42]見李燾《長編》卷二百十熙寧三年四月丁亥日條。
[43]見李燾《長編》卷二百十四、畢沅《續資治通鑒》卷六十八熙寧三年八月乙丑日條。