公元17世紀中葉，格魯派與覺囊、嘎舉等教派不斷鬥爭，特別是與嘎舉之間的鬥爭。年輕的五世達賴喇嘛洛桑加措在固始汗統帥的蒙古軍的支持下，不惜用武力流血殘酷地鎮壓其他宗教派系，有效振興了格魯派，並擴大了格魯派的勢力範圍，建立了政教合一的甘丹頗章政權，成為藏傳佛教最大的宗教首領。現在拉薩周邊的大寺院甘丹寺、色拉寺和哲蚌寺都屬於格魯派俗稱黃教的寺院。但自從興建大昭寺後，拉薩作為西藏的宗教中心，還隱藏著諸多小寺院，有些寺廟一度聲名遠揚，有些充滿了神秘的味道。
哲蚌寺山下面的乃窮寺是拉薩最神秘的地方之一。很多去過哲蚌寺的人都會把這座小寺忽略掉，其實在現代的西藏歷史中，這座寧瑪派的小寺院的地位十分重要，乃瓊寺的降神師多次靈驗地占卜凶吉，指點迷津。過去，乃窮寺由乃窮神巫主持。乃窮神巫是五世達賴喇嘛指派為噶廈政府的首席宣諭神。在噶廈政府（200多年前建立的制度，由達賴喇嘛任命的三俗一僧四成員組成，呈文給司倫，司倫再附上意見交達賴喇嘛批示）的系統中，每遇到重要的事情，都要聽取神諭，而乃窮神巫就是藏傳佛教最重要的保護神之一——白哈爾的代言人。乃窮寺主供的白哈爾是最重要的世間護法神。
傳說，桑耶寺建成後，蓮花生大師請白哈爾做了桑耶寺的保護神，在桑耶寺度過了700年後，白哈爾搬到蔡公堂寺，卻與寺廟住持祥喇嘛（蔡巴噶舉的創始人）不和。建寺時，祥喇嘛叫畫工不要在壁畫裡畫白哈爾的形象。白哈爾非常憤怒，變成一個幫畫工幹活的小幫手，設計讓畫工在壁畫上畫了一隻手持燃香的猴子。深夜，白哈爾變成了壁畫中的猴子，用燃香將寺廟付之一炬。震怒的祥喇嘛用十字網紋靈器將白哈爾捕獲，裝進木箱拋入拉薩河。木箱順水流經哲蚌寺時，被一名喇嘛撈出，掀開箱蓋，白哈爾趁此變成了一隻白鴿子，飛到附近的一棵樺樹上消失了，於是，為祭白哈爾大神建了一座小寺於樹林中，稱為「乃窮寺」。五世達賴喇嘛本人對寧瑪派很尊重，使得小廟被擴建成現在的規模，白哈爾也被格魯派尊為世界護法神的主神。每遇戰爭、王室變故、活佛轉世等大事件，歷代達賴喇嘛都要請乃瓊寺的降神師預測。
印度人薩拉物·錢德拉·達斯根據他1881年的西藏之行而寫的《拉薩及西藏中部旅行記》中，就有關於乃瓊寺的降神師的記錄：1876年，十二世達賴喇嘛成烈嘉措圓寂一週年之後，攝政和三大寺的堪布（主持）向乃瓊寺的降神師問訊有關達賴喇嘛的轉世靈童一事，降神師宣佈，只有道德極為高尚的僧人才會發現達賴喇嘛的轉世。降神師又要求超自然力量指出誰是大喇嘛的發現者，回條是甘丹寺的夏孜堪布，神謚進一步指出，他應該去曲科甲，因為靈童將在工布附近被發現。最後的結果正如降神師所示。
拂去傳說的痕跡，真實的乃瓊寺更是一座繪畫藝術的殿堂。乃瓊寺與建於1671年的山南的敏珠林寺屬於同時代，可惜在內亂中大面積壁畫被破壞，後來又經俗手補畫過，原存只餘少部分。乃窮扎倉的壁畫就像傳說中的巫術色彩，以超然的想像力和精彩卓絕的畫技成為近代壁畫藝術中最具震撼力的作品。壁畫內容表現的主要是密宗寧瑪派的神環，繞大院迴廊一周，感情強烈又血腥，六扇大門分別畫著白、青兩色倒掛的巨大人皮，每扇門便是一張人皮，足有三米高，氣勢非常恢弘。
於小冬在所著的《藏傳佛教繪畫史》中也寫到了乃窮寺的壁畫藝術：乃窮扎倉的壁畫藝術有著西藏密宗文化獨特的神秘魅力，有著寧瑪派教法中具苯教特色的恐怖與慘烈之美，在神靈鬼怪的殘酷世界中，體現著高原民族對神靈化的大自然無比敬畏的信仰傳統。在恐怖的氛圍中體現著超越和諧之上的審美境界，也體現了藏傳佛教直面死亡，了悟天道的偉大精神，靠著繪畫藝術的神聖之功，宗教的力量得以演示和昇華。