性相近也，習相遠也。
——孔子
在將近200年的時間裡，美國的國家奠基人、制憲元勳托馬斯·傑弗遜的官方傳記中都是這樣記載的：這位哲學家、政治家、建築師、總統、《獨立宣言》的起草人、典雅的蒙蒂塞洛莊園的設計者娶了馬莎·威爾斯為妻。傑弗遜和威爾斯生有六個子女，但只有兩個女兒活了下來。據傑弗遜自己的記述，他的家族始於英國，父親一脈來自威爾士，母親一脈來自英格蘭和愛爾蘭。傑弗遜在自傳裡談到家譜時補充說，讀者應該將「他選擇的信仰與成就」歸功於家族譜系。
然而，即便是傑弗遜在世時，關於他的家庭除了人所共知的說法以外，也還有另外一個說法：除了馬莎·威爾斯所生的兒女以外，傑弗遜還有其他的孩子。據說，在妻子去世後，傑弗遜就開始了和女奴薩莉·赫明斯長達38年的同居生活。薩莉·赫明斯的父親是個白種人，母親是個混血兒。傑弗遜在世時，媒體就報道過這個故事了。據說傑弗遜和赫明斯還生有一個兒子——托馬斯·伍德森，但他在12歲時就被送到蒙蒂塞洛莊園了。還有人說，傑弗遜生的六個孩子都是由赫明斯在這個莊園裡撫養成人的。
關於傑弗遜與赫明斯的關係，最讓人信服的證據來自當時生活在蒙蒂塞洛莊園、後來以口述形式把故事傳給後代的人。詳盡的口述歷史一代一代傳了下來，尤其是在赫明斯的後代中更是如此，所有的一切都證實了傑弗遜是赫明斯孩子的父親。甚至到了20世紀末期，與赫明斯素未謀面的遠親都講述過類似的經歷：父母曾經悄悄地對他們說，有一位最受崇敬的國父也是他們家族的奠基人之一。
一直到那個時候，還有些學者認為赫明斯孩子的父親不是傑弗遜，而很可能是傑弗遜的外甥。但對於大多數人來說，官方的報道是最有份量的。法律學者兼歷史學家安妮特·戈登裡德認為，官方的報道之所以有份量，是因為歷史學家喜歡用一條簡單的原則來評判證據的真偽：白種人的話是可信的，奴隸的話是不可信的。
1997年，安妮特·戈登裡德撰寫的《托馬斯·傑弗遜與薩莉·赫明斯：一場美國公眾的辯論》一書出版了，這本書系統地從正反兩個方面審視了傑弗遜和赫明斯的關係。作者的結論是傑弗遜和赫明斯確實有人們說的那種關係。許多批評家的反應是，安妮特·戈登裡德的書是向這位最受愛戴的歷史人物發起的人身攻擊。其他人讀過這本書後雖然非常難過，但也不去深究。普利策獎的獲得者歷史學教授戈登·S.伍德寫道：
這種關於傑弗遜和他的黑人女奴之間親密而充滿愛情關係的觀點，可以給我們的文化帶來很大的力量和越來越多的信譽，因為它代表了許多美國人深深的渴望；也許還象徵著我們的種族問題最終會得到解決。
希望他們兩人的關係是真的……但希望永遠不要成為歷史事實。
兩年以後，一個住在弗吉尼亞州夏洛茨維爾的退休病理學教授尤金·福斯特意識到借助新的遺傳家譜學可以分析赫明斯和傑弗遜後代的Y染色體，分析結果可能會讓人們更清楚地瞭解事實真相。於是，他搜集了四份樣本：一份直接來自傑弗遜叔父的後代（這份Y染色體與傑弗遜的Y染色體應該是一樣的，傑弗遜和威爾斯所生的直系後代都已不在人世）；第二份來自傑弗遜外甥（傑弗遜的姐姐所生）的男性後代；第三份來自薩莉·赫明斯的兒子埃斯頓·赫明斯的男性後人；第四份來自托馬斯·伍德森（據說是傑弗遜和薩莉·赫明斯生的兒子）的男性後人。
福斯特發現埃斯頓·赫明斯後人的Y染色體與傑弗遜叔父後代的Y染色體是一致的，因為這是特別稀有的Y染色體。這就證實了薩莉·赫明斯的兒子是傑弗遜家的人所生。關於傑弗遜的外甥與赫明斯生孩子的古老傳聞也被否定了，因為來自傑弗遜外甥後人的Y染色體與埃斯頓·赫明斯的染色體不匹配。
因為傑弗遜的Y染色體和當時去過蒙蒂塞洛莊園的傑弗遜男性親屬的Y染色體是一樣的，所以無法直接證明托馬斯·傑弗遜本人就是赫明斯孩子的父親。但是，所有的一切都指向了托馬斯·傑弗遜：不光是DNA證據，還有長久以來的傳聞、詳細的口述歷史、傑弗遜給予赫明斯孩子的特殊待遇（不光是埃斯頓，還有他弟弟麥迪遜以及其他兄弟姐妹），另外還有對傑弗遜和其他男性訪問莊園次數的仔細分析，也都說明了傑弗遜就是赫明斯孩子的生身父親。
著名的遺傳學家埃裡克·蘭德和歷史學家約瑟夫·埃利斯寫道，「舉證責任明顯地移向」否認傑弗遜和赫明斯有關係的那一邊。托馬斯·傑弗遜紀念堂基金會任命一個調查委員會調查此事，結果證明：「現在有最可靠的證據證明了托馬斯·傑弗遜和薩莉·赫明斯的關係，很有可能導致了一個孩子或許是所有赫明斯的孩子的出生。」有些歷史學家以前認為赫明斯的故事是個謎，但此時他們承認自己的判斷是錯誤的。對於那些沒有深入瞭解這些戲劇性事件的人來說，這個史詩般的涉及美國種族、權力和階級的故事，以及其中出現的曲折變化都是值得頌揚的。人們普遍有種感覺，由於有了DNA，歷史人物的真實情況再也不能隱藏在名望與謊言的牆壁背後了。
福斯特還檢測了伍德森家族的Y染色體。伍德森家族有著很有影響力的口述歷史，尤其是那段與傑弗遜和赫明斯有牽連的歷史。他們確信，對於他們Y染色體的檢測會證實他們就是傑弗遜和赫明斯的後代。早在1978年，在第一次伍德森家族的聚會中，他們就發現這個家族裡從未謀面的成員中一直在流傳著同樣的故事。自19世紀初，在伍德森的後代中一直流傳著傑弗遜就是伍德森的父親這個說法。就連給他們進行DNA檢測的尤金·福斯特都說，他預計DNA的檢測結果會證實伍德森一家人的說法。托馬斯·伍德森家族協會在他們的網站上也聲明：托馬斯·科爾賓·伍德森是「托馬斯·傑弗遜和他的黑人女奴薩莉·赫明斯結合的後代」。
然而，福斯特的檢測結果卻不是這樣。雖然Y染色體測試顯示了托馬斯·傑弗遜與埃斯頓·赫明斯的父系有關聯，但卻顯示出伍德森家族不是傑弗遜的後代。
米歇爾·庫利-奎爾的父親羅伯特·庫利三世，是美國第一位非洲裔聯邦行政司法官。米歇爾還記得在她12歲時，她父親就告訴她，她和她的兩個兄弟是托馬斯·傑弗遜的後代子孫。很多年以後，庫利-奎爾告訴記者：「當得知我們的血管中流淌著托馬斯·傑弗遜的血液時，我們都異常興奮，激動萬分。」
庫利-奎爾的父親說，她五代以前的祖父托馬斯·伍德森是傑弗遜和薩莉·赫明斯生的第一個孩子。1998年，在接受採訪時，庫利-奎爾是約翰·霍普金斯公共衛生學院的心理學教授，也是托馬斯·伍德森家族協會的成員，並且正懷著她的第一個孩子。她說她要把她的家族故事傳給下一代，「具有家族感對一個人是很重要的，我認為我們低估了這種情感的重要性。這種情感讓我們懂得了如何做人，如何積極地做人」。
當福斯特的Y染色體檢測結果在《自然》雜誌上公佈以後，整個伍德森家族極為震驚，並且痛苦萬分。據一位同這個家族有聯繫的生物人類學家斯隆·威廉斯所說，家族成員最初的反應是不相信，然後感到非常痛苦和糾結，因為家族里長期流傳的故事與DNA檢測結果有著天壤之別。威廉斯說，他們不理解口述歷史怎麼可能會出錯。「他們的故事是那麼的一致，而且來自不同的出處。這個家族不明白，如果事實果真如此，為什麼托馬斯·伍德森一定要說托馬斯·傑弗遜是他的父親，他什麼也沒有得到，而且還冒了很大的風險。」在一篇介紹他當時經歷的文章裡，威廉斯寫道：「他們非常懷疑檢測結果和實施檢測的人員。」
這個家族的成員不但對檢測結果很是吃驚，還對檢測結果的公佈方式非常氣憤。福斯特曾向他們保證過，在公佈結果之前一定先通知家族裡的人，但是，在他們得知結果之前，這個消息就洩露給媒體了。托馬斯·伍德森家族協會的會長羅伯特·戈爾登，是在《美國新聞與世界報道》給他致電，詢問他對於DNA檢測結果作何感想時，才聽說了這個消息。
為了回應這個消息的發佈和接踵而來的媒體攻擊，托馬斯·伍德森家族協會組成了一個調查委員會來調查這項檢測。由於伍德森家族的一個成員——歷史學家卡羅琳·穆爾，是斯隆·威廉斯的同事，因此她請威廉斯幫忙。穆爾的第一個請求是讓威廉斯幫助這個家族瞭解一下遺傳學。威廉斯預計要講清楚這個問題，需要一頓午飯的時間，外加一兩次電話。但是當他們見面之後，穆爾拿出厚厚的一本書——《伍德森家族溯源》，書中包括了所有與這個家族歷史相關的文件副本。威廉斯這時才覺得在短時間內是完不成這個講解任務了。
解釋基因檢測的基本知識和檢測結果是否準確，需要很多步驟。在2000年，威廉斯參加了伍德森家族的會議，並同調查委員會的代表討論了這件事。這個代表問她，是不是基因或染色體的突變才造成了這樣的檢測結果（答：這不是原因），而且對於Y染色體之間的差異解釋得是否恰當（答：解釋恰當）。據威廉斯所知，他們的主要目的是要瞭解對於檢測結果有沒有其他可能的解釋。
但是，什麼解釋都不能使他們滿意。威廉斯對他們說，托馬斯·伍德森的兩個大兒子的後代都具有一個相同的Y染色體，這說明這兩個兒子也有這個染色體，那麼他們兩人的父親托馬斯·伍德森本人也應該有這個染色體。問題是這個染色體與傑弗遜的染色體不一樣，這就說明伍德森不是傑弗遜所生。如果你認為伍德森肯定是傑弗遜所生，那麼，對於伍德森的兩個兒子共有一個Y染色體的唯一解釋，就是他們實際上不是伍德森的兒子。莫非他們是伍德森的妻子從之前的婚姻帶過來的？如果事實果真如此，那麼，伍德森的後代既不能把傑弗遜，也不能把伍德森說成是自己的祖先了。
伍德森家族要求福斯特檢測一下托馬斯·伍德森小兒子後代的Y染色體，檢測結果證實他的後代都有這個染色體，這就使現在所有伍德森的後代都陷入非常尷尬的境地。無論這個Y染色體是托馬斯·伍德森的，還是別人的，它都絕對不是傑弗遜的Y染色體。
從第一代開始，伍德森家族出了很多天資聰穎、意志堅強、令人欽佩的領軍人物。例如，其中有一位名叫路易斯·伍德森，是牧師，還是廢奴主義者，曾被稱為「黑人民族主義之父」。威廉斯寫道：「伍德森家族為他們卓有成就的家族成員感到自豪是可以理解的。但是，他們現在失去了整個家族共享的、代代相傳的口述歷史，這就動搖了他們對家族所代表的素質和價值觀的信任。」
到他們第二次舉行家族會議的時候，有些家族成員開始勉強接受那個DNA檢測結果了，但其他人還是拒絕接受這個結論。威廉斯寫道，很多家族成員採取了家族學會會長的立場，堅持以前的信念。這位會長說，他不會忘記，所有來自美國各地的伍德森家族的後代在1978年舉行的第一次會議中所講述的同樣的口述歷史，因此他鄭重聲明：「我是很尊重DNA一類的研究的，但我對結果還是納悶……這些研究根本改變不了我的信念。」
據威廉斯說，米歇爾·庫利-奎爾堅決不接受這個檢測結論。後來威廉斯又進行了一次獨立的檢測，結果與福斯特的檢測結論還是一樣。庫利-奎爾的弟弟布賴恩·伍德森，懷疑DNA的檢測結果是不是被人做了手腳，被篡改了。任何人在生育後代時，他們的遺傳基因都有可能發生變異，以至於兄弟姐妹有的很相像，有的卻長得很不一樣。雖然麥迪遜·赫明斯和埃斯頓·赫明斯是同父同母的兄弟，年齡只相差三歲，但他們長得卻不一樣。埃斯頓移居到了威斯康星州，並改姓傑弗遜，從那時起就被認作是白人了。麥迪遜一家仍然留在俄亥俄州的鄉村，據說他們也有些家庭成員「融入了白人社會」，但很多人仍然以黑人的身份留在了非洲裔美國人社會。布賴恩·伍德森說，唯一證明與傑弗遜有關聯的是埃斯頓的後代，他們早已進入白人社會。布賴恩認為這是種族主義所致。然而，這個說法仍然使威廉斯感到很困惑，假如說埃斯頓·赫明斯一脈的男性後人被確認是傑弗遜的後代，那麼這裡暗含的意思就是麥迪遜一脈的男性後人也應該是傑弗遜的後代，雖然他們中的很多人仍然是黑人身份。
伍德森家族後來還找到了幾個托馬斯·伍德森長期生活過的莊園園主的後代。雖然伍德森的Y染色體不是傑弗遜的Y染色體，但是，很明顯這個染色體是同歐洲人的血統特徵有關係的。跟當時許多人一樣，年輕的托馬斯改姓了莊園主約翰·伍德森的姓。這個家族請威廉斯檢測約翰·伍德森後人的Y染色體，她發現莊園主約翰·伍德森後代之間的Y染色體是一致的。但是，它與托馬斯·伍德森家族的Y染色體不一致。後來，伍德森家族商量著能不能找到托馬斯·伍德森和薩莉·赫明斯的墓地，目的是對他們遺骨的DNA進行檢測，可惜沒有找到墓地的準確地點。還有一位家族成員請一家遺傳家譜公司給他的DNA進行了一次檢測，並且請威廉斯幫他解釋檢測結果，結果與已知的結果也是一樣的。
伍德森的故事是令人心痛的，因為一個面對逆境仍然取得了很大成就的家族，突然覺得被人從一個他們為之驕傲的群體中趕了出來，而且原本屬於他們的歷史突然變得與他們毫無關係了。當這個家族的成員處於生活中極為重要的時刻時，他們與傑弗遜的關聯曾經給了他們很大的力量與激勵。
赫明斯的兩個兒子麥迪遜與埃斯頓，都是白種人與黑種人的混血。這兩個家族後來的結局是不同的。對於他們來說，DNA檢測給家族史提供的證明不是毫無意義的，而是令人歡欣鼓舞的。正如威廉斯所說，麥迪遜和埃斯頓的父系脈絡改變了他們家族成員的生活，也為其他人提供了一個精確的模型，演示出了獨立戰爭之後一些家族是如何演進的。在此之前，兩個家族相互失去了聯繫，但是，當傑弗遜DNA的檢測結果公之於眾時，一個埃斯頓家族的白人女性後代朱莉婭·傑弗遜·韋斯特裡內恩，同一個麥迪遜家族的黑人女性後代謝伊·班克斯楊相識了。從那以後，這兩位托馬斯·傑弗遜的白人和黑人女性後代在公開場合多次見面，暢談她們互相接納、互相學習的經歷如何改變了她們對生活的體會。
當我們開始懂得如何從現代人體內的分子中揭示歷史時，所得到的新知識很可能影響到我們對自身歸屬感的認知。當福斯特在分析傑弗遜的Y染色體時，遺傳家譜學還是一門新生的科學，而且像索倫森分子家譜學基金會和Family Tree DNA公司等機構也處於發展的最初階段。他們需要一個像福斯特那樣的私人研究人員，雖然只有病理學背景，但卻能設計實驗，安排分析程序，解釋檢測結果。在不到15年的時間裡，這門科學已經發展到任何普通人都可以通過檢測自己的基因組去瞭解無形的家族歷史的程度了。
這些檢測使我們能夠清清楚楚地追尋人類的歷史，還能使我們在廣闊的歷史背景中確定個人的歷史，這在遺傳學上是前所未有的進步。然而，這種新信息的獲得有時是需要付出代價的，因為無論出於何種原因，有些被檢測者都會發現他們不希望看到的結果。阻止這種結果的辦法或是終止這項研究，或是以立法的方式限制人們使用這種服務。
假如說對傑弗遜私生活的調查改變了歷史，那麼如果在此之前就終止了這項研究，一些相關人士的歷史又將改寫：一方面伍德森家族會繼續保持他們祖輩遺傳下來的名聲；另一方面，所有麥迪遜和埃斯頓後代的身份就會繼續處於不為人所知的境地。
儘管DNA在解讀歷史方面有很大的潛力，但仍有很多批評家以不容辯駁的語氣大談DNA的負面作用。人們確實對這個問題存在憂慮，大部分人的擔心是出於對科技界的責任感。這種擔心也使人感到一種漸漸逼近的威脅。
在2007年，一個科學家團隊在《科學》雜誌上發表了一篇文章，討論對祖先檢測應該採取什麼政策。文章說：「遺傳意義上的祖先檢測具有嚴重後果，接受檢測的人其個人身份有可能會改變，而且，如果檢測結果出乎他們的預料，或是他們不想看到的結論，那他們可能會遭受感情上的折磨。」美國人類遺傳協會一開始對這個問題還比較樂觀，但在2010年，協會對這個問題公開表示關切，他們說：「無論是在公眾社會還是在科技界，這個關於祖先的觀念都容易被誤解。」還有一篇發表在《英國醫學雜誌》上的文章說：「追尋遺傳特徵可以對不確定的問題給出答案，但是也可能引起更多新問題。」有些批評家認為凡是想瞭解自己基因組的人，他們的動機都有潛在的可疑之處。
生物人類學家喬納森·馬克斯對於人們早期對遺傳數據的錯誤解釋表示擔憂：「由於受到遺傳數據的影響，人們所發現的人或事物有可能並不存在，還有人把某種文化方面的假設強加在遺傳數據上，誤以為是遺傳下來的模式。而且這些錯誤做法都是打著現代科學的旗號進行的。「1842年，一篇文章對白種人、非洲人和黑猩猩的頭骨形狀進行了帶有種族主義的描述，文章說：「即便是身份和血統方面最權威的觀點，科學界也不可能提供完美無瑕的追蹤記錄。」這倒是不言而喻的觀點。
亞利桑那州立大學從事美國印第安人研究的副教授金·托爾貝爾說，研究基因組的技術，尤其是研究基因圖譜的技術，是在17世紀種族科學的基礎上產生的。基因圖譜和遺傳家譜公司則希望這門科學能有所不同——不是去驗證種族主義者的分類標準，而是去證明種族不屬於自然的範疇，而屬於文化的範疇。但是在托爾貝爾看來，他們的這個希望「起碼說明了他們的幼稚」。托爾貝爾還寫道，聲稱人類起源於非洲的遺傳學證據是「反種族主義」的觀點，並沒有那麼簡單，因為它將非洲人描繪成了原始的種群。
為了錢而研究生物學一直是縈繞在遺傳研究和整個家譜學領域的一個怪影，科學家的初衷就是防止把生物學當作賺錢的手段。另外，也有些人濫用科學給人們留下了深深的恐懼，例如弗朗西斯·高爾頓、麥迪遜·格蘭特、海因裡希·希姆萊和阿道夫·希特勒。除此之外，還有人認為，人類遺傳網絡把我們都變成了種族主義者，或者在為我們潛在的種族主義進行辯護。我曾經同一位專門研究納粹大屠殺的歷史學家探討過祖先遺傳學問題，這位歷史學家在20世紀90年代追捕了一些殘存的納粹分子。我跟他說我們的遺傳密碼中的微小符號可能能為我們的父母和祖父母的種族血統提供佐證，但他卻說「納粹分子一定非常喜歡這個理論」。納粹分子肯定會利用這個觀點的，但是，當時的社會形勢最終讓他們徹底失敗了，連同他們千方百計想制定的、極不可靠的種族衡量標準，一起被扔進了歷史的垃圾堆。對人類的腦容量進行比較的做法，如同為美的觀念制定客觀衡量標準一樣，被證實是毫無意義的。遺傳歷史學家對DNA所做的研究是不能夠預示一個人將來的相貌輪廓、思維方式，以及生活習慣的。DNA的密碼符號只是歷史記錄，只是告訴我們某些人口群體曾經存在過，由於他們長期居住在一個地區，最終形成了共同的基因特徵。
在20世紀90年代前期，盧吉·盧卡·卡瓦利-斯福扎建立了人類基因組多樣性計劃（HGDP），目的是通過從全世界幾萬人的DNA中取樣的方式，來重建人類生物家譜和語言家譜。無論是對於人類基因科學，還是對遺傳學家和歷史學家幾代人的創新研究，卡瓦利-斯福扎所作出的貢獻都是不可低估的。早在20世紀60年代，他就計劃通過研究血液中存在的特徵來重現歷史。他在2001年首次出版的暢銷書《基因、民族和語言》概括地說明了他宏偉計劃的輪廓，並對從人類歷史中挖掘出來的基因和語言方面的痕跡進行了歸納。卡瓦利-斯福扎說，他的人類基因組多樣性計劃（HGDP）不但豐富了歷史資料，而且還有醫學效用。這項計劃還闡釋了純粹的生物學意義上的種族是不存在的，這對於反種族主義還可能起到作用。