對宇宙全局的首次描繪
萬物皆由原子構成……此外並無他物。
——普盧塔克（Plutarch），
《論德謨克利特》（「On Democritus」）
蘇格拉底：人要是稍有一點頭腦的話，在開始做每一件事時，不管大小，都先求助於神。
——柏拉圖（Plato），
《蒂邁歐篇》（Timaeus，約公元前360年）
希波克拉底和他的追隨者們當時所做的，無疑是科學研究。他們解釋自然世界的時候會去尋求自然的因素，他們的訴求更需要研究而非虔誠，知識而非信仰。
即便如此，他們還是缺乏一窺自然界機制的奧秘的能力。
人們從沒見過那四種體液，水和風對體液的影響也從來沒有得到過證實。對於研究者來說，人體仍然有一個無法看透的表面；儘管古希臘醫師可以比較準確地描述出人體構造，但始終無法瞭解人體內部的運作。因此，希波克拉底和他的追隨者們不再試圖進一步研究[1]，轉而試圖通過理性分析加以瞭解。他們最喜歡的分析方法是：
類比法：眼睛就像燈籠，所以眼睛裡一定有火焰。內臟器官就像裝滿了體液的銅質容器，因此一定要有一個導管系統將它們相連，體液經這個系統由一個器官進入另一個器官。1
這種科學研究法與觀察幾乎毫不沾邊。沒有科學的方法，也沒有共同的科學術語，並且缺乏對宇宙根本原理的基本共識。古希臘人創造了一套套精緻的假想結構，然後細心地將徵候填充進去。胃部不適？你內臟器官之間的導管一定是被堵塞了，導致體液在胃部淤積膨脹。
治療方法：用瀉劑清通導管，就像管道工清通堵塞的管道一樣。
希波克拉底醫派的醫生的典型特徵是目光短淺，他們的視野囿於人體直接接觸的小環境——如今許多醫生仍舊如此。但希波克拉底去世幾個世紀之後，古希臘思想家開始以相似的方式（在類比法影響下產生的自然主義的方式）談論和寫作「phusis」，即有序的宇宙，整個自然界。
「Phusis」，通常簡單地譯作「自然」，實際上囊括的卻比我們現在所考慮的自然界多得多。有序的宇宙包括地球和人類。要研究phusis，既要研究政治，又要研究植物；既要研究靈魂，又要研究恆星。古希臘人的智力王國無邊無際，不受拘束；他們對大海和天空的成分的思考與對政治哲學的思考可以完美統一，天衣無縫。2
古希臘思想家們沒有細緻觀察的傳統，也沒有科學的研究工具，因而無法對某種現象進行剖析，他們只能試圖將phusis作為整體來進行解釋，從它的起源到它的現狀，進行通盤考慮。他們是端坐於家中的時間旅行者，為解釋整個宇宙精心編造了一系列故事。一元論者認為宇宙肇始於一種最基本的元素，這是一個東西，它自身就包含了其發生轉變的原理。「他們說，這就是那個元素以及所有物質的法則。」很久之後，亞里士多德曾這樣描寫這些一元論者，「某種元素……萬物都從中而來。」最早的一元論者泰勒斯提出這一元素是水；16世紀的兩位哲學家阿那克西米尼（Anaximenes）和赫拉克利特（Heraclitus）則分別認為這一元素是氣和火；約公元前575年，阿那克西曼德（Anaximander）則提出一種被稱為「不確定物」的東西，它自身並無任何特徵，但包含了一些彼此獨立又完全相反並能產生變化的屬性。而多元論者則傾向於認為基礎元素有許多種；約公元前460年，恩培多克勒（Empedocles）提出有四種基礎元素——土、氣、火和水——這一觀點得到了其他思想家的廣泛認同。3
此外，還有原子論者，其中最有名的是神秘莫測的留基伯（Leucippus）和比他更有名的學生德謨克利特（Democritus），他們二人在公元5世紀的最後25年裡都曾任教並著書立說。哲學家辛普利修斯（Simplicius）曾說過：「留基伯……認定那個無限的、永恆運動的元素就是原子。」德謨克利特擴展了他老師的理論，說這些原子「太小了，因此我們無法感知到它們……它們，或者說這些元素……可見、可感知的物質」得以形成。4
事實證明，這一觀點大體上是正確的。
原子論者常常得到誇讚，說他們擁有驚人的遠見和洞察力。但事實上，他們並不比一元論者和多元論者更有天賦；只不過，像希波克拉底那樣，他們碰巧撞上了一部分事實而已。「這些早期的原子論者看似相當超前，」物理學家（諾貝爾獎獲得者）史蒂文·溫伯格（Steven Weinberg）說道，「但是（一元論者們）『錯了』，德謨克利特和留基伯的原子理論在某種意義上『對了』，這種對錯之分對我來說並不重要……如果我們不知道如何計算物質的密度、硬度或導電性，即使泰勒斯或德謨克利特告訴我們石頭是由水或原子構成的，我們又能在理解自然的路上走多遠呢？」5
換句話說，鐘錶的外殼依舊緊閉；這些早期涉足科學的作家只是在總結一些無法證明的理論而已，而且我們也讀不到他們的原稿了，因為這些文章，比如泰勒斯的，早已散佚了。他們的推斷只能從他人在很久之後所寫的總結或研究文字中找到。塞克斯都·恩披裡柯（Sextus Empiricus）在《反對數學家》（Against the Mathematicians）一書中對德謨克利特的思想予以了詳細的總結，他生活在德謨克利特600年後；千年之後，辛普利修斯——為數不多的在文章中直接引用留基伯觀點的人——才出生。
但是，一元論者、多元論者和原子論者[2]共同邁出了關鍵性的一步。他們都認同一條原則：Phusis，如同人類疾病一樣，是可以依靠物質世界本身來進行解釋的。如果說原子論者在其中略處於突出位置，這只是因為德謨克利特要比他的同行們更堅信構成宇宙的僅僅是原子和他所謂的「the empty」（「空」間）——原子在其中快速地四處移動，相互碰撞，偶爾會彼此纏連，隨後又碰巧分離。德謨克利特的世界也有神靈，只不過他們也是由原子構成的，也要遵循自然法則；他們不參與造物，最終也會煙消雲散。沒有事先的計劃，沒有設計，只有原子在「空」間裡不規律地運動。
德謨克利特否認了神靈創造宇宙。他對宇宙存在的解釋是唯物主義的；這跟自那之後其他的唯物主義解釋一樣，都激起了強烈的反對。6
最強烈也最有影響力的反對之聲源自德謨克利特兩代之後的雅典長壽哲學家柏拉圖。柏拉圖反駁道，如果沒有神靈，道德倫理將萬劫不復。如果沒有神之起源，國家就會分崩離析。如果不是超自然神靈創造萬物，人類的道德就會湮滅。因此，人們也許可以通過感官去理解phusis（自然），但要解釋它的起源，一定要涉及神靈。7
所以，在他晚年寫的《蒂邁歐篇》中，柏拉圖勾勒了他自己認識中的宇宙及其運轉方式——這是第一部參照自我意識對宇宙全局進行勾勒的新科學性專著，是已知的提出萬物至理（適用於萬物的普遍法則）的首次嘗試。這是一部雜糅之作，開篇將宇宙發端歸於神靈造物主之手——一股神力，一位神秘的巧匠——後來又從宇宙發端轉而解釋宇宙目前的運轉，完全沒有提這與神靈有何關係。在他生活的那個時代，人們不可能再把河水的氾濫或月球的運行歸因於神靈的意志。然而，宇宙自始至終與神靈無關，或者說宇宙發端並非借助神力，這對柏拉圖而言是難以想像的。
環顧這有序的世界，柏拉圖看到的是設計和美；他堅信，這些一定是來自有思想的東西，一定來自某種智慧的東西。所以他便開始描繪出一個巨匠造物主（Demiurge，物質世界的創造者，用已有的物質創造了我們今天看到的一切），描繪了無序、不規則的物質形成一個有序的球形宇宙的過程。這個有序的宇宙起初存在於造物主的頭腦中，完美無缺；宇宙成形之後，離造物主最初的理想狀態有一點差距，形成了一個可見卻稍顯遜色的複製品，是造物主頭腦中最初真實宇宙的一個物化影子而已。
物化的宇宙包括四個基本元素——土和火是最基本的元素，連接二者的紐帶則是氣和水。人類居住在這個物化的宇宙中，人體在某些方面反映了宇宙的結構（正如水在地球表面循環，血液在人體內循環），人類可以通過自己的感官——觸覺、嗅覺、視覺和聽覺——來理解這個宇宙。
在這方面，巧匠（造物主）就無從參與了。8
當然，這只是《蒂邁歐篇》中說法的簡化版而已。「在柏拉圖的所有作品中，《蒂邁歐篇》堪稱最晦澀也最令現代讀者生厭的一篇了。」本傑明·喬伊特（Benjamin Jowett）在他的經典譯作《柏拉圖對話集》（Dialogues）的導言開頭這樣寫道。對於《蒂邁歐篇》裡的「對話」的複雜性，他並未誇大其詞。柏拉圖慣用詩歌和哲學作品的語言，要用這種語言去描述一個物化現象非常吃力，因此他的文章極其晦澀，以至於要理解某句話的大意都很困難，更別說是理解整部作品的主旨了。他描述了我們是如何感知與領會的，穿插其中的還有大篇幅的哲學上的思辨（比如說，物有常勢，則有定形；物不息演，則不可辨），還闡釋了為何宇宙沒有雙腳而我們卻有，此外還講到了失落的亞特蘭蒂斯（Atlantis）文明的故事。
《蒂邁歐篇》影響了隨後兩千多年的西方科學研究。柏拉圖在研究宇宙起源時脫離了觀察法，在研究萬物創造時脫離了對常見現象的解釋。他承認感官在研究我們周邊世界時的重要作用——而且，如同希波克拉底，他打開了一個不斷擴張的空間，在這個空間裡，可以進行科學研究而無須依靠超自然因素。
這對於新生的科學領域而言是個很棒的禮物。但是，柏拉圖的這一饋贈也伴隨著致命的傷害。是的，人類可以通過感官來理解物質世界。但是，由於物質現實不過是理想的一個影子，自然科學也就總是從屬於形而上學了。哲學總是試圖去理解那個理想中的宇宙，現實的世界是理想宇宙墮落之後的樣子。科學則只是通過觀察來理解這個墮落的影子本身。所以科學永遠都不會引領我們找到真相，它總是要匍匐在哲學的腳下，心甘情願地接受指正。
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柏拉圖
《蒂邁歐篇》
（約公元前360年）
本傑明·喬伊特19世紀的譯本至今仍舊被廣泛重印，這一譯本清晰易懂，適合現代讀者閱讀。儘管並不是所有版本的《柏拉圖對話集》都收錄了這一譯本，但這一譯本可在以下系列中找到：
The Dialogues of Plato in Four Volumes, vol.2, Charles Scribner』s Sons (e-book, 1892).
《柏拉圖對話集四卷本》第二卷，查爾斯·斯柯利布納之子公司（電子書，1892年）。
Dialogues of Plato: Translated into English with Analyses and Introduction, Cambridge University Press (paperback, 2010, ISBN 978-1108012102).
《柏拉圖對話集：含分析與導言的英譯本》，劍橋大學出版社（平裝，2010年，ISBN 978-1108012102）。
現代譯本有：
Peter Kalkavage, trans., Plato』s Timaeus, Focus Publishing (paperback, 2001, ISBN 978-1585100071).
彼得·卡爾卡瓦格譯，《柏拉圖的〈蒂邁歐篇〉》，焦點出版社（平裝，2001年，ISBN 978-1585100071）。
雖同為希臘人，但希波克拉底時代研究的是物質（水、黏液、瀉劑、腹部），而柏拉圖時代的希臘人則主要關注抽像事物，這些事物的名字甚至很難用幾個詞簡單翻譯出來。柏拉圖關注的是存在，而非診斷或處方；他慣用晦澀陳舊的詞語；此外，他還特別喜歡玩文字遊戲，巧妙地使用笑話和雙關語。所以，柏拉圖作品的各個譯本迥異。以下是喬伊特對《蒂邁歐篇》第一部分某一節的翻譯：
造物主為何要創造世界？他很完美，並渴望萬物能像他一樣（完美）。因此，當他發現這個世界無序混亂時，他使它變得秩序井然了。9
以下是彼得·卡爾卡瓦格對同一節的翻譯：
現在我們來聊聊是什麼讓建築師建造了這一切。他是如此完美，如此完美的人容不得半點的不完美，因此，像他這樣一個沒有半點不完美的人，希望萬物都能盡量像他一樣完美。而這就是關於創生和宇宙的至高無上的原理，任何一個謹慎的人都應該且必須接受它。因為他希望萬物都能完美，不得有一絲粗製濫造，神因此把他的力量發揮到極致，接管了一切可見的事物；因為當時宇宙還不安寧，運轉不和諧，雜亂無章，神就把這無序的宇宙變得有序了，在他看來，有序比無序要更好。10
卡爾卡瓦格的翻譯是字斟句酌的直譯，他仔細剖析希臘語的每個表達法的結構，極力避免進行闡釋；而喬伊特的譯本融翻譯與柏拉圖的解釋於一體，因此也就更容易為非專業人士理解。
如果你想全面瞭解哲學問題，你就去讀卡爾卡瓦格的譯作。如果你只想簡單地瞭解柏拉圖理想主義的大意，因為你知道隨後幾千年的科學研究都受到了柏拉圖理想主義的影響，你最好去讀喬伊特的譯作。
[1] 當時，解剖術尚未廣泛採用，這很可能是因為古希臘人相信，體面的下葬是通往圓滿來世之門。在《希臘理性醫學——從阿爾克邁翁時期到亞歷山大時期的哲學和醫學》（Greek Rational Medicine: Philosophy and Medicine from Alcmaeon to the Alexandrians，Routledge，1993年）一書中（p.184ff），詹姆斯·朗瑞格（James Longrigg）對於古希臘人對待屍體的態度，為我們提供了可資借鑒的概述。
[2] 他們被共同稱為「前蘇格拉底哲學家」。這是一個誤導性的稱呼，因為這個說法不僅包括了蘇格拉底（約公元前469—前399年）之前的哲學家，也包括了蘇格拉底之後的那些反對柏拉圖觀點的哲學家。