我本將心托明月，誰知明月照溝渠
在1933年納粹掌握德國政權前夕，愛因斯坦流亡到了美國。1940年10月1日，在第二次世界大戰的連天烽火中，愛因斯坦和他的養女瑪戈、秘書杜卡斯宣誓成為美國公民。1955年5月，愛因斯坦在美國去世，艾森豪威爾總統在悼詞中說：「他在追求知識和真理的過程中，於此地找到了自由的氣息，為此美國人民深以為傲。」
然而，愛因斯坦本人對美國的觀感，卻有與此大相逕庭者。
在1948年7月1日的晚宴中，愛因斯坦對波蘭駐美國大使說了這樣一番話：「我想你現在應該意識到，美國再也不是一個自由國家了。我們這段談話一定有人正在錄音。這個大廳裝了竊聽器，我的住所也受到嚴密監視。」
在FBI（聯邦調查局）的秘密檔案中，愛因斯坦在1947年12月做過如下聲明：「我來到美國是因為我聽說在這個國家裡有很大、很大的自由，我犯了一個錯誤，把美國選作自由國家，這是我一生中無法挽回的錯誤。」
1983年，FBI關於監控愛因斯坦的秘密檔案開始解密。對於這批總共厚達1427頁的秘密檔案，《新愛因斯坦語錄》（The New Quotable Einstein）的編者艾麗斯·卡拉普賴斯（Alice Calaprice）表示「我看到的東西使我難以置信」，如此粗暴地侵犯個人——而且是世界上最偉大的科學家——的私人生活，竟會發生在一貫標榜「自由」的美國？但事實真的如此。卡拉普賴斯建議讀者閱讀弗雷德·傑羅姆（Fred Jerome）的著作《愛因斯坦檔案》（The Einstein File），因為後者全面研究了這批檔案。
FBI的秘密檔案表明，早在1932年底，對愛因斯坦的指控已經出現在美國。在一封由「愛國女性協會」提交給美國國務院的16頁控告信中，愛因斯坦被說成是共產黨人和無政府主義者「公認的世界領袖」，信中甚至說：「和阿爾伯特·愛因斯坦有牽連的無政府共產主義國際團體多如過江之鯽，即使斯大林本人也望塵莫及。」這樣荒唐的信件居然會被轉交到美國駐柏林領事館，導致對愛因斯坦去領事館「面簽」時遭遇特殊審查。結果愛因斯坦大光其火拂袖而去，憤怒質問「這是什麼，宗教法庭嗎？」並在電話中告訴領事館，如果他24小時內拿不到簽證，美國之行就告取消。領事館這才趕緊發出了愛因斯坦的簽證。
但是這封指控信件此後就成為FBI為愛因斯坦建立的秘密監控檔案的開頭16頁。而FBI後來對愛因斯坦及與他往來人物的監控行動，包括竊聽電話、偷拆信件、搜檢垃圾桶、進入辦公室和住宅秘密搜查——簡直太像好萊塢匪警片中的老套情節了。
愛因斯坦被排除在「曼哈頓計劃」之外
愛因斯坦一生當然與許多名人有書信往來，但是這些信件中對人類歷史影響最大的，毫無疑問是他致羅斯福總統的兩封信。1939年8月2日的信是匈牙利物理學家齊拉德（Leo Szilard）為他起草的，信中指出了製造原子彈的可能性，並對納粹德國可能率先造出這種超級炸彈提出了警告。由於感到總統遲遲沒有採取有力行動，愛因斯坦在次年3月又給羅斯福寫了第二封信。到1941年，美國政府終於決定搶在德國之前造出原子彈，這就是後來著名的「曼哈頓計劃」。
1939年8月2日，愛因斯坦致羅斯福總統的信
1939年10月19日，羅斯福總統覆信愛因斯坦
這項秘密計劃當然需要頂尖科學家的參與，在最初提出的31位科學家名單中包括了愛因斯坦，但是負責對這些科學家進行「政審」的陸軍情報署求助於FBI，結果FBI提交了這樣的結論：「鑒於愛因斯坦博士的激進背景，本局不推薦僱傭他從事機密性質的工作，除非經過極其審慎的調查。因為像他這樣背景的人，似乎絕無可能在如此短的時間內變成一個忠貞的美國公民。」於是愛因斯坦竟被排除在本來是發端於他本人向羅斯福總統建議的「曼哈頓計劃」之外。
愛因斯坦「政審」未能通過的情形，從來沒有向他本人告知過。不過以愛因斯坦的智慧，他很快也就心知肚明了。所以當「曼哈頓計劃」的負責官員後來請他擔任「顧問」時，他一口拒絕了。
與陸軍方面對愛因斯坦缺乏信任不同，美國海軍卻願意信任愛因斯坦。1943年，愛因斯坦擔任了海軍潛艇作戰和烈性炸藥方面的科學顧問。他對於這項工作相當高興，有時還會向朋友誇耀。當然世界大戰很快就結束了，他的這項工作只持續了一年多。
非常荒誕的是，在二戰結束後，對愛因斯坦的嚴密監控反而進一步展開了。FBI的一些低級特工們，一直將愛因斯坦視為可能向國外洩露美國核武器機密的嫌疑人（特別是愛因斯坦擔任「原子能科學家緊急委員會」主席之後），因為他們的首領——局長胡佛（J．Edgar Hoover）——並未告訴那些屬下，他早已成功地將愛因斯坦排除在「曼哈頓計劃」之外了，愛因斯坦其實無密可洩。
政治這一潭污水啊
愛因斯坦雖然無密可洩，胡佛卻依然不肯放過他。
據說這與胡佛和羅斯福總統的遺孀埃莉諾·羅斯福（A．Eleanor Roosevelt）相互之間的極度惡感有關。埃莉諾曾對羅斯福總統說：「我們在培植美國的蓋世太保，這讓我害怕。」而胡佛則曾對副手說：「知道我為什麼一直不結婚嗎？因為上帝造出了埃莉諾·羅斯福這樣的女人。」
1950年2月12日，埃莉諾主持的電視談話節目《今夕與羅斯福夫人對談》邀請愛因斯坦作為嘉賓，愛因斯坦在節目中警告公眾說：氫彈這樣的核武器可能會導致人類的滅亡。第二天胡佛就下令強力展開清算愛因斯坦的行動。這一階段行動的主題，是要證實愛因斯坦是共產黨間諜。
當時麥卡錫主義正在美國大行其道，許多知名人物被懷疑或指控為共產黨。偏偏愛因斯坦有點左傾，有時會公開為被指控的人士辯護。在FBI整的愛因斯坦「黑材料」中，愛因斯坦至少和33個「反動組織」（有時就被稱為「共產黨組織」）有著種種關聯，比如擔任榮譽會長、代言人、擔保人、贊助人、文件的聯名簽署人，等等。於是FBI根據一些捕風捉影甚至胡編亂造的所謂「線索」，在美國和歐洲到處調查，虛耗了美國納稅人不知多少金錢，最終卻一無所獲。
另一條針對愛因斯坦的「戰線」，是美國移民局在1950年開闢的。移民局也求助於FBI，要求幫助收集證據，目的竟是要撤銷愛因斯坦的美國公民身份，並將他逐出美國！這一請求當然正中胡佛下懷，FBI全力配合。這條「戰線」上的荒誕故事，和「愛因斯坦間諜案」正相伯仲，最終也一無所獲。
愛因斯坦晚年在美國和全世界享有極其崇高的聲譽，這確實是事實；他在普林斯頓享受著類似「奧林比斯山上的諸神」那樣的尊崇，這也是事實。但是在這些事實的背後，FBI就像一個陰魂不散的小人，一直在暗中糾纏著愛因斯坦。直到1955年愛因斯坦因病逝世，對他的監控活動才告結束。
這不完全是因為愛因斯坦人已去世不會再當間諜（間諜案可以在人死後繼續深挖），也和麥卡錫主義恰好在此時退潮有關（1954年12月1日，美國參議院通過法案，譴責麥卡錫的政治迫害行為）。還因為持續多年的監控活動實在挖不出愛因斯坦任何對美國不「忠貞」的證據，胡佛自己也已經氣餒。從解密檔案來看，他在愛因斯坦去世前夕已經打算結束這項徒勞無功的監控計劃了。
胡佛從1924年起任聯邦調查局局長近半個世紀，經歷八位美國總統，直至他1972年死去，無人敢撤換他。