既然魚油來自魚，提純的魚油還不穩定，那麼吃魚不是更直接、更有效嗎？
在形形色色炒得火熱的「保健品」中，魚油可能是屈指可數有科學證據支持的一個。在過去的幾十年中，學術界、工業界和主管部門爭先恐後，從各個方面對魚油進行了廣泛的研究。在嚴肅的學術刊物上，有多達幾十項的功能被探討過。多數只是一些很初步的研究，將來能否被進一步證實還不好說。不過它對於心血管健康的好處，已經得到了比較廣泛的認同。美國FDA雖然只認可了它的「有限健康宣示」，但其具體表述「有支持性但還不是結論性的證據」表明魚油能夠有利於心血管健康，是美國FDA的「有限健康宣示」中最為肯定的一種。魚油的另一項「保健功能」——對於胎兒發育的影響，也在近年來得到了一些證據。美國的兒科醫生一般會推薦孕婦適當補充魚油。
魚油的這些「保健功能」，一般認為來自於其中的歐米伽3-多不飽和脂肪酸，具體來說就是通常所說的EPA和DHA。「歐米伽3」是指組成油的脂肪酸分子中一類特定的結構，根據分子水平的生物學研究結果，它在細胞膜中所佔的比例跟細胞的生命功能密切相關。
EPA和DHA的分子非常不穩定，在空氣中很容易發生氧化而變質。所以，雖然食品工業一直致力於把EPA和DHA加到常規食品中，但是目前成功的例子還不多見。所以，膠囊依然是目前補充魚油最常規的方式。
既然魚油來自魚，提純的魚油還不穩定，那麼吃魚不是更直接、更有效嗎？答案是肯定的。在美國，作為「保健品」的魚油之所以盛行，主要取決於兩方面的原因。一是魚油膠囊方便、便宜。經過加工儲存的魚肉味道很差，而鮮活的魚又貴又麻煩，吃魚油比吃魚要便宜得多，也要方便得多。二是對魚污染的擔心。不管是野生的還是養殖的，不管是淡水的還是深海的，魚都有被重金屬（如汞）污染的危險。一般來說，這些重金屬主要沉積在肉中，而魚油中相對比較少。
從對健康的作用上說，吃魚要比吃魚油更好。除了魚油之外，魚還提供優質的蛋白質以及維生素、礦物質等微量元素。而且，其中的飽和脂肪酸很低，這對於心血管健康也是額外的好處。2007年公開發表了一項對11875人的調查，結果是其母在懷孕期間每週吃魚340克以上的孩子，在後來的生理和智力各方面，都要優於母親吃魚少的那些孩子。2009年發表的另一項研究則比較了魚和魚油對懷孕的影響。懷孕婦女被分成四組，對照組不補充DHA，第二組每天補充300毫克，第三組每天吃600毫克，第四組則通過每週吃兩次魚或者其他高DHA的食品以實現平均每天獲得300毫克DHA。這項研究用妊娠天數來衡量懷孕質量，結果是：與對照組相比，第三組孕婦的平均妊娠天數要多4天，而第四組則要多4.5天。也就是說，魚或者其他食品中的300毫克DHA，作用與魚油中的600毫克DHA相當。
科學家們還不清楚為什麼魚比提純出來的魚油要更好，一種推測是魚中的魚油和其他營養成分會發生協同作用而增強效果。不過，我們大可不必執著於為什麼魚比魚油更好，知道這個事實就夠了。根據這個結論，魚油，應該是吃不起魚或者嫌吃魚太麻煩的一種無奈選擇。
不過，在食品管理和推薦中通常是「安全優先」。基於對魚中的汞等重金屬污染的擔心，美國FDA等機構一直對吃魚持保守態度。美國FDA和EPA（美國環保局）在2004年發佈的「海產品消費指南」中推薦，懷孕、計劃懷孕和哺乳的婦女以及孩子每天的海產品食用量應該限制在50克以下，或者每週不超過兩次，而每次不超過170克。
但是，這個推薦標準受到了許多批評。一個由十幾位頂尖的產科和營養專家組成的小組（MNG），就認為這個推薦不合理。他們對公開發表的相關科學研究進行了匯總、審查和分析，認為孕產婦吃魚帶來的好處遠遠超過了潛在的汞污染帶來的風險。最近，美國FDA起草了一份文件，採用一種新的方法對吃魚給孕婦帶來的益處和風險進行綜合評估，評估結果是：當魚的食用量增加的時候，汞的攝入量也隨之增加，但是總體而言益處增加是主要的。這份文件的結論是「對於孕婦來說，吃魚有99.9％的可能對於她們的孩子將來的語言發展有一定好處，而0.1％的可能有一定風險」。
對於我們中國人來說，吃魚可能不算很麻煩，也並不比吃魚油更貴。不管是對於心血管健康還是孕產婦營養，吃魚都是比魚油更好的選擇。根據目前的研究分析，魚的種類不是那麼關鍵。一般而言，「肥」的魚所含的魚油多一些，比如沙丁魚、鯉魚、鯰魚、比目魚、青魚、鱒魚、金槍魚、三文魚等。需要注意的是，魚的污染可能比美國更需要關注。一般來說，來源可靠的魚，生長時間短的魚，被污染的可能性就要小一些。