有傳言說蘑菇對重金屬的富集能力非常強，所以不能多吃，還有的人給出了「每個月不要超過200克」的推薦量。這是真還是假呢？
的確有一些種類的蘑菇能富集重金屬。科研人員曾做過實驗測定蘑菇中的重金屬含量，與該蘑菇生長的土壤中可溶性的重金屬含量相比，他們發現某些種類的重金屬濃度確實要高許多。這是因為，一些種類的蘑菇能產生一些特別的蛋白質，能與這些重金屬離子結合，起到為自己解毒的作用。但這種「解毒」只對蘑菇有意義，對人體沒有意義。如果蘑菇生長的土壤中這些重金屬的含量比較高，積累到蘑菇中的也就會比較多。所以，從科學結論上說，「一些蘑菇能富集重金屬」是客觀事實。
現實中的蘑菇重金屬含量如何呢？國內外有一些研究，報道過特定地區、特定種類的蘑菇中的重金屬含量，都發現過一些重金屬含量超標的例子。比如2007年重慶對北碚區所產平菇、雞腿菇、金針菇、姬菇和草菇中的重金屬含量進行調查，發現超標情況比較嚴重。在這一調查中，所有的草菇樣品中的汞都超標，同時三分之一的草菇樣品鉛超標。此外，一部分雞腿菇、香菇和姬菇樣品也被發現汞、鉛。據估計，這可能與該地區是重要的工業基地，土壤、水源被污染有關。
蘑菇富集重金屬只是蘑菇對不良生長環境的一種自我保護機制，並不是蘑菇生長的必然結果。它們不是蘑菇生長的必需養分，對蘑菇的生長也沒有促進作用。所以，在種植中，也不會有「不法商販」人為添加。對於人工種植的蘑菇，如果做好管理和監控，可以把重金屬含量控制到安全標準之內。2011年，華中農大發表了湖北省雙孢蘑菇中鉛和鎘的含量以及來源分析。他們發現，在所檢測的三個區縣的蘑菇中，總體的鉛超標比例為9.8％，而鎘超標比例為13.7％。但來自不同區縣的樣品超標情況，比如隨州市的14樣品鉛都合格，鎘超標的有1個；公安縣的6個樣品鎘都合格，但有3個鉛超標；而新洲區的31個樣品中，鉛和鎘超標的分別有2個和6個。進一步的分析發現，這些超標情況的差異與種植所用的材料有關。
在2009年，浙江林學院等單位也對浙江市場上的蘑菇樣品進行過抽查。他們發現蘑菇中的重金屬比一般蔬菜要高，但都沒有超過蘑菇中的重金屬含量標準。
蘑菇的確能夠富集重金屬，市場上的蘑菇也的確有重金屬超標的情況。那麼，我們還能不能吃蘑菇呢？
首先，重金屬會危害健康，在體內的代謝週期往往很長，但人體也還是有一定的處理能力。也就是說，人體對重金屬並不是「零容忍」，而是有一定的「解毒」能力。重金屬含量的安全標準是一個「保守」的執法標準。它的含義是：超過這個標準，應該引起我們的重視，採取措施來降低它。從食品安全的角度，它是指「長期每天攝入這個量的重金屬，出現某某症狀的風險會明顯升高（比如萬分之一）」。如果要追求「絕對安全」，避免一切「萬一可能存在」的風險，不吃蘑菇也可以理解。但現實的角度出發，應該說：我們要盡量避免重金屬超標，但實在不幸偶爾超標幾次，對健康的影響也並非不可接受。
其次，我們應該注意到：一般而言，野生蘑菇的生長條件不受監控，重金屬含量往往要比人工栽培的要高；在人工種植的蘑菇中，需要覆土栽培的蘑菇，比如雙孢蘑菇、雞腿菇、姬菇等，就容易受到土壤中重金屬的污染；而那些用秸稈作為培養材料的蘑菇，因為秸稈中的重金屬往往不高，所以這樣的蘑菇重金屬超標的可能性也就很小。
簡而言之，蘑菇對於生長材料中的重金屬有一定富集能力，的確有重金屬超標的可能。在人工種植中，如果做好生長材料的把關和成品蘑菇的監控，完全可以生產出重金屬含量低、安全美味的蘑菇來。