1931年9月18日：發生柳條湖事件，發動滿洲事變（即「九一八事變」)。日軍佔領瀋陽。石井四郎倡議創建細菌戰部隊。
1932年5月15日：發生「五一五」事件，刺殺犬養首相。
1932年8月：陸軍軍醫學校內設置防疫研究室。
1933年：在背陰河創建關東軍防疫班，代號為「加茂部隊」。
1935年8月：相澤中佐在陸軍省內刺殺軍務局長永田。
1936年2月：發生「二二六」事件。
1936年8月：關東軍防疫班改組為關東軍防疫部。
1937年7月7日：發生盧溝橋事變，日中戰爭擴大。
1938年5月：日本國內禁止慶祝五一勞動節。頒布國家總動員法。
1938年6月13日：在平房附近地區劃定軍事特區。
1938-1939年：關東軍防疫部進駐濱江省平房附近進行建設（以距哈爾濱市約20公里的三屯、四屯、五屯為中心）。在濱江留下第三部和診療部的設施，作為「南樓」，進駐完畢，代號改為東鄉部隊。
1939年5月：發生諾門坎事件。
1939年6-10月（上旬）：在諾門坎事件過程中，在黑河附近進行細菌戰。碇常重少佐等22人污染該河。
1939年9月1日：德國開始進攻波蘭，第二次世界大戰爆發。
1940年5月-6月：在中國東部的寧波地區進行細菌戰。
1940年6月：意大利對英、法宣戰。
1940年7月26日：發佈關東軍作戰命令丙第659號命令。
1940年8月：改組為關東軍防疫給水部。
1940年9月：日、德、意三國簽訂同盟條約。
1940年I2月2日：創設關東軍防疫給水部支隊，平房地區設施成為總部。牡丹江支隊（海林）林口支隊（林口）孫吳支隊（孫吳）海拉爾支隊（海拉爾）
1941年4月：日、蘇兩國在莫斯科簽訂中立條約。
1941年7月：舉行關東軍特別大演習，在滿洲(中國東北）地區集結了70萬兵力。
1941年夏：根據關東軍作戰命令丙第659號命令，太田澄大佐派四五十人在中國中部常德地區進行細菌戰。
1941年8月：代號改為：本部為滿洲731部隊；牡丹江支隊為滿洲643部隊；林口支隊為滿洲162部隊；孫吳支隊為滿洲673部隊；海拉爾支隊為滿洲543部隊
1941年12月8日：日本對美、英兩國宣戰，發動太平洋戰爭。
1942年7月：北野政次接替石井，任731部隊長。
1942年8月13日：在浙贛作戰中日軍退卻時石井中將等50～100人實施細菌戰。
1943年9月：意大利宣佈無條件投降。
1943年10月：日本731創建安達特設實驗場。
1945年2月11日：簽署《雅爾塔協定》。
1945年3月：石井四郎歸任731部隊長。
1945年5月：番號改名為滿洲25202部隊。
1945年5月：德國無條件投降。
1945年7月1日：731部隊的重要設備開始向通化疏散。
1945年8月9日：蘇聯向日宣戰，部隊下達解散令。
1945年8月2日-5日：部隊總部和支部自我破壞，深夜留下部分要員，總部全體人員乘有篷貨車逃跑。
1945年8月15日：戰爭結束。
戰爭結束時的部隊實力分佈：本部：石井四郎中將等1300人；牡丹江：尾上正男少佐等200人；林口：柛原秀史少佐等226人；孫吳：西俊英中佐等136人；海拉爾：加籐恆則少佐等226人。