自從考古學逐漸發展以來，善於讀書的人對古書就發生了懷疑，覺得其中所說多半不可信，不但《山海經》、《淮南子》上面的那些神話，什麼十日並出呀，女媧補天呀，盤古開天闢地呀，天皇地皇人皇之類荒誕無稽，就是毫沒有神話意味的記載，如夏禹治水一類傳說，其真實性也大成問題。因為從殷墟卜辭看，殷代還那麼幼稚，夏禹又怎能有那樣大的力量？某日人估計禹的治水工程，就是近代人都非幾十年不能成功，而禹在八年內完成，當然不合理。但章太炎氏解釋說，禹當時的治水，不過總其成，各地當然分區辦理，各區也各有負專責的人。章氏尊重古書，認為不可任意懷疑，故作這種辯護，其實當時我國尚在部落時代，像《禹貢》上九州那樣大的地盤，由一個政府統治，是絕對做不到的。而且鐵的發現在春秋戰國之間，《禹貢》上居然講到梁州貢鐵，可見這書是戰國時人憑想像寫成功的。
雖然初期疑古諸家有些離奇的臆說，如以禹為爬蟲，以墨子為印度人之類，不能有確切的證明，但大膽的假設也是科學所需要的。到了後來，一般史家對於古書上的記載，無論是否神話，都認為有歷史的意義，而根據社會學的觀點給以合理的解釋。而這種解釋，又常常可以用古物研究來作證明。例如姜嫄履大人足跡而生後稷，及天命玄鳥，降而生商（簡狄吞燕卵而生契）的故事，以社會學眼光看來，在氏族社會群婚時代，民知其母，不知其父，實在不是奇怪的事，後世父權時代，因為找不出父系祖先來，所以假托神話來掩飾。
這種對於古書的新解釋，不但有充足的理論根據，而且有確切的事實佐證。因為《山海經》上的帝俊及其妻娥皇、常羲，在殷墟卜辭中就有高祖倨及娥與義京和他們相當，經專家考證而知帝俊、高祖倨、帝嚳、帝舜，都是指同一祖先或同一最高神——上帝，而娥與義京兩女子，或作羲和與常羲，或作娥皇與女英，或作姜嫄與簡狄，在群經諸子中表現為種種不同之傳說，如吞卵或履大人跡而生兒子呀，姐妹共夫，兄弟（舜與象）並淫呀，暗示著初民的血族群婚及稍進一步的亞血族群婚（這即是伴侶婚或彭那魯亞家族，其制度是姊妹共夫兄弟共妻）之存在。儒家按後世倫常加以粉飾改造的古史，經這一研究而揭露了真相，這可說是歷史科學在中國的初步勝利。
章氏太炎在《國故論衡·理惑》篇表示其對於卜辭之懷疑，認為是古董商的偽造，而堅信經典的內容及許氏《說文》的訓詁，大概章氏還不知道殷墟發掘已經經過專家的親自努力，更不知道近代研究古史有參考今日野蠻民族生活的方法，這是時代所限，我們不必認為是章氏的固執不通，但我們決不可跟著他去犯錯誤。殷墟發掘還不過是鋤頭考古學的初步，後來還不知道有多少寶貴史料已從或將要從地底下發掘出來。
除古物外，各邊疆民族的生活，也非常值得研究，尤其是西南深山中的土著，如果我們能仔細考察，其給予我們讀古書的幫助，一定很多。試舉一個小小的例子，如廣西徭民中有一種，其語言叫「虹」為「ㄉㄧㄉㄥ（dideng）」，音與《詩經》上的「蝃
」完全相同。又疑問助詞有一個讀「ㄗㄧ（zi）」的，和「哉」字相當，如果依「ㄗㄧ」音去讀「日出而作，日入而息，鑿井而飲，耕田而食，帝力於我何有哉」那首古歌，韻腳就完全諧和。這不很明顯的是古代語言的實證嗎？（據一九四二年十月九日桂林《大公報》載的朱家驊氏的《抗戰以來中央研究院概況》，研究院之歷史語言研究所，在考古學方面，除發掘小屯村外，還發掘了殷歷譜、兩城鎮、侯家莊、浚縣、輝縣、汲縣山彪鎮、川康大司空村，及四川彭山漢墓，又在綏遠、川康等地作了考古調查。在人類學方面，曾調查川康黔桂湘西等地少數民族的文化，研究畬民的圖騰文化；語言學方面，曾調查黔桂苗詔等。）