歐洲自然科學的輸入不自清末始，在明代就開始了。從明萬曆十一年（公元1583年）到清康熙三十九年（公元1700年）之百餘年間，西洋教士來到中國的有七十四人，著書二百七十種，除關於宗教者外，還有關於數學、天文學、地理學、農學、論理學等科的。
中國曆法，因受這個影響而有所改革。經學家因受這個影響而將天算之學納入經學的範圍，他們認為，經書裡面有說及天象及曆法之處，研究天算專門之學，正是通經致用的一部分工作，所以當時考證學大師戴東原，對於天文及數學，有相當的造詣。
因此，考證學派之採用科學方法以研究經學，也不能不說是受了西學輸入的影響。這個影響如果擴大，各種自然科學都有從經學裡面逐漸生長出來的可能。
例如從《禹貢》的研究，已發生了地理學的一部分（沿革地理），從《毛詩》草木蟲魚的研究，可以產生動植物學。但因為當時社會經濟沒有新的發展，政治方面又為雍正帝的高壓政策及乾隆帝的懷柔政策所籠罩，加之，羅馬教皇禁止中國天主教徒保存奉祀祖先等項舊的習俗，大為中國士大夫所不滿，以致歐洲來華教士大受排斥，中西交通為之中斷，所以西學影響，僅達到古書研究方法上的革新為止。