考證學派所用的方法是歐洲研究自然科學的方法。我們從考證學大師戴東原的治學方法可以證明。梁啟超曾舉出它的十大特點，大意如下：
（一）凡建立一個主張，必須依靠證據。
（二）選擇證據，以時代為標準，時代越古的證據，就越認為可靠。
（三）孤單的證據不能建立確定的結論：其無反證者暫時保存之，得有續證則漸又信仰之，遇有力之反證則拋棄之。
（四）隱匿證據或曲解證據，都認為不道德。
（五）最喜歡集合許多同類的事項，作比較的研究，而探尋其一般的規律。
（六）採用舊的學說，必須明顯地引用，反對暗中偷用。
（七）彼此見解不同，盡量發展論爭，弟子也可以駁難本師，被批評者並不生氣。
（八）論爭以本問題為範圍，采客觀的理智的態度，對於對方意見亦同樣尊重，反對謾罵譏諷及牽涉題外。
（九）喜歡專門研究一個問題，作深入的探討。
（十）文體主張樸實簡潔，反對囉囉唆唆。
以上這十種方法，顯然是西洋所謂實證主義的具體應用。胡適也曾經說過清代考據之學的特點有兩個：（一）大膽的假設；（二）小心的求證。這兩者就是科學方法的要點。
清代學者所用的方法雖然是進步的，但所研究的對象非常狹隘，所獲得的成果非常微末——雖然有極可寶貴的收穫，但就多數學者所耗費的精力而比例地說，那成果是相對地小。除天文學及算學外，廣大的自然科學領域完全不被清代學者涉及。即就古學而論，所謂名物制度的考證是很少有輝煌的成績的。最大的收穫只是在文字訓詁方面。當時以考證著名的有戴東原及惠棟兩派，戴派比較地富於批評精神，研究的成績就比較多，文字訓詁方面的收穫是他們的功勞，惠棟派拘守漢儒傳統，缺乏批評精神，其考證支離瑣碎，不得要領。