處決了小艾賽克斯伯爵後，伊麗莎白女王始終未展現出任何悔意。對她來說，這麼做只是伸張了正義。但想起他，女王仍會傷感，她的餘生都戴著小艾賽克斯伯爵送她的一枚戒指。
小艾賽克斯伯爵死後，全英國權力最大的人就是羅伯特·塞西爾了。他是個高明能幹的政治人物，但他始終不受歡迎，人民總認為他與萊禮爵士，是害死小艾賽克斯伯爵的劊子手。「小塞輕鬆來去，掌握宮廷國君」[1]成了當時的一句順口溜。這個說法並不完全正確，因為女王仍全面掌控政務，但社會大眾顯然不這麼想。「若女王下令，我知道全國上下沒有第二個人膽敢提出異議。」羅伯特·塞西爾表示。唯一會這麼做的人已經死了，宮廷中總算出現難得的平靜，就連自命清高的萊禮爵士都無法攪亂一池春水。伊麗莎白女王知道萊禮爵士嫉妒羅伯特·塞西爾的權力，但同時也清楚，他那「天殺的驕傲」得保他永遠不會是個麻煩的對手。
一六一年三月，羅伯特·塞西爾開始為蘇格蘭王詹姆士六世繼位與自己在新王朝中掌權的未來鋪路，於是他開始與蘇格蘭王保持通信。這一切自然得嚴加保密，羅伯特·塞西爾也向詹姆士六世表示，千萬不要期待他會做出什麼違反伊麗莎白女王王權的事情。但只要詹姆士六世願意聽信他的建議與指示，時機到了，他就能確保英國政權安然移交到他手上。詹姆士六世自然樂得乖乖合作。
到了五月，他派遣特使向伊麗莎白女王提出請求直截了當地告訴他，她屬意的繼承人是誰，但羅伯特·塞西爾卻向英國駐愛丁堡大使表示：「女王陛下只給了負面的答案，因為這個要求讓女王陛下覺得很刺耳。」目前只要聽人談起繼位話題，她都會病態性地反彈，就連蘇格蘭王聞此消息對她的反應氣憤不已並準備聯合外國勢力來支持他時，也無法讓女王下定決心解決這個問題。於是她再一次向詹姆士六世重申，她可以確定的是，在她的葬禮上一切都會有答案；因此，一直到伊麗莎白女王任期屆滿為止，她與詹姆士六世的關係都相當緊張。儘管如此，在她的信件中仍可以清楚看出，詹姆士六世在伊麗莎白女王心目中，比其他候選人的地位還要高。她只是不敢公開宣佈。但她曾私下告訴哈林頓爵士，「還猜不出蘇格蘭皇室會是英國王位繼承人者，簡直愚蠢到家。」
小艾賽克斯伯爵死後數月，伊麗莎白女王總感厭煩、悲傷，受到情緒憂鬱的困擾，常讓她想躲回陰暗的房間，才能好好哭泣。精力枯竭的她，開始無心治理國事，也變得健忘。執政的最後兩年，她的意志力被完全摧毀，她這一代的老臣所剩無幾，無人能理解她被孤立的苦。這一年夏天，她向法國大使表示「她非常厭世，現在什麼也無法滿足她，帶給她歡樂」。談起了小艾賽克斯伯爵，女王「不住地歎氣，還幾乎要掉下淚來」，但仍堅持因為他不聽從她的警告，才會自己走上毀滅之路。「膽敢戲弄君權者，不值同情。」女王如是說。
因為女王的情緒起伏大，「忽視了政務，因此讓人民開始群起質疑老女人當政的後果」。小艾賽克斯伯爵隕落後，儘管政府不斷努力，伊麗莎白女王人氣仍直線下滑。「至今，」康登在新王朝開始後寫下這些記錄：「只有少數人認為（小艾賽克斯伯爵）犯下了殺頭罪。」經濟問題拖累了國政，與西班牙的戰爭彷彿永無止境，改革的必要性逐漸清晰。儘管部分說法不實，但伊麗莎白女王仍大受批評，尤其是她大刪宮廷預算，讓許多宮廷人士面對不斷上漲的物價幾乎入不敷出，於是許多人開始期待繼位者能拯救他們。此時宮廷中瀰漫著賄賂與貪腐的惡習，女王陛下也已無力驅趕這些亂象。「現在到處都是如狐狸般奸詐的人，想要找到值得信賴又善良正直的人，幾乎很難了。」女王不住地抱怨。
八月份，伊麗莎白女王接見了專事古物研究的威廉·蘭巴德，他也是倫敦塔的文件管理者，他進宮是為了呈交在他照料之下的檔案目錄復本。伊麗莎白女王顯得非常有興趣，甚至大聲閱讀部分文件，並告訴他「儘管她到了這個年紀，還是可以做學問，並表示不要輕視她用剩餘的歲月來學習」。但當她翻閱理查德二世時代的文件時，顯然小艾賽克斯伯爵背叛帶來的傷痛陰影，依然在她心裡揮之不去，她轉向蘭巴德說：「我就是理查德二世，你懂嗎？會忘了神的恩典的人，也會忘了自己的恩人。這種悲劇，已經在公開的街道上或平民的家中多次上演。」對於她意有所指的話，蘭巴德瞭然於心。但伊麗莎白女王最後還是相當有風度地命他退下，並說：「再見了，良善正直的蘭巴德。」兩周之後，他便離世了。
這一年夏天，女王出巡來到瑞汀，接著進入漢普郡，在前往桑迪斯勳爵官邸前，她便在漢普郡貝辛的維恩宅邸住進溫切斯特侯爵家中，接待法國大使彼林斯上將（Marshal Biron），為此她甚至從漢普頓宮與倫敦塔帶來盤子與掛飾。有人聽到她吹噓，表示英國史上沒有任何一個君主像她一樣，在出巡時與在臣子的宅邸中「如此莊嚴地接待他國大使」。
彼林斯上將的同事蘇利公爵（Duck de Sully），對於伊麗莎白女王對國事的淵博知識，感到印象深刻：
我深信這個偉大的女王，與她遠播的威名絕對符合。她告訴我許多合情合理的事情，讓我既驚喜又欽佩。有遠謀的君主常見，但像她一樣一步步穩定邁進，能預見障礙、排除萬難的統治者就少見了，當問題發生，他們不需要多做些什麼，只要拿出預先計劃好的解決方案就能度過危機——這是多數君主缺乏的能力。就短時間內發現的各種功績，想要稱讚英國女王，三言兩語實在難以形容，但這些特質都來自她的心思與智慧。
在這次出巡的途中，伊麗莎白女王的臣子們，發現年輕俊美的愛爾蘭克蘭裡卡德侯爵（Earl of Clanricarde），與小艾賽克斯伯爵有那麼一點神似，於是他們刻意製造機會，讓女王注意到克蘭裡卡德侯爵，希望能讓她振作一點，但女王對他似乎一點興趣也沒有，並表示只要想起小艾賽克斯伯爵，她就感受到無盡的傷痛。
在返回倫敦的途中，女王造訪了中殿律師學院，在學院中以「金鹿號」上拆下的木材建造的大廳中，女王主持了一場宴會，並觀賞莎士比亞劇作《第十二夜》的演出，而宴會上她所坐的桌子至今依然在原址。
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伊麗莎白女王任期內第十三屆也是最後一屆國會，在十月份一個乖戾的天氣中展開了，這次的主要目的，就是希望能破壞專賣權的卑鄙手段，這是導致許多人陷入經濟困境的主因。[2]當女王正式召開國會時，幾乎沒有人依照慣例問候：「天祐女王陛下」。在女王的國會演講上，穿著沉重的禮袍、戴著皇冠的女王突然間微微地顫晃了一下，身邊許多衛士連忙衝上前去扶住她，以免她撞到地板，這件事短暫地引起騷動。但女王隨即恢復，於是典禮繼續照常進行。
女王離開國會議事堂後，整個前廳擠滿了人，「幾乎水洩不通，（接著）女王只好揮動雙手才能挪出空間，於是一位領賓員便大喊：『退後，各位議員，讓個位子。』結果一位議員在背後大聲說：『若您要斷我們的生路，我們也無法讓路。』女王似乎沒聽見，但她還是抬起了頭，望向了說話的人的方向」。
在糧食缺乏與饑荒之中，更嚴重的問題是，伊麗莎白女王當政的太平年代讓英國人口急速上升。圈地運動更是讓英國貧窮人口大幅增加的關鍵，這些人曾受到教區的修士與修女妥善的照顧，但一五三年代，亨利八世解散修道院的法令破壞了許多人的宗教生涯，為國家徒增沉重負擔。伊麗莎白女王任期將屆之際，乞丐成了英國街頭的重大問題。
一五九八年，英國國會通過了著名的《救貧法》，於一六一年十一月正式上路，將地方上的乞丐托付給當地教區照顧，法律規定教區有責任協助這些人。過去，英國各級城市與自治市鎮都有貧民收容所——後又稱為濟貧工作院——而這個制度則由地方賦稅系統來負擔支出。
英國下議院決心終結遭權力人士濫用的專賣權，於是提交一項補助案，盼能讓女王同意通過一項限制她封贈專賣權的法案。在他們展開行動前，為了避免引起王權上的爭端，伊麗莎白女王發佈了一項聲明，宣佈要馬上終結當前的體制。下議院聞此全體歡呼，甚至有議員流下欣喜的眼淚，在下議院議長約翰·克洛克（John Croke）帶領下全體議員一同為女王祝禱時瘋狂大喊：「阿門！」
國會決定派代表向女王表達臣子們最深的感激與歡喜。當他們要決定由哪位議員作為代表時，有些人大喊：「全體議員！全體議員！全體議員！」伊麗莎白女王只好派人表示，儘管宮廷空間非常有限，但她仍希望見到每一個人。下議院全體一百五十位議員都接受了女王的邀請。
十一月三十日，伊麗莎白女王便在懷特霍爾宮的會議室中，端坐王位上接見了他們，同時也證明了舊時的魔法依然有效，她發表了被後代稱為「黃金演說」的演講，而這次演說也成了她與最愛的人民最後的訣別。議員們跪在她的面前，而議長作為全體議員代表，則開始表達他們誠摯的感謝，但女王堅持要說些話。
她說：
議長先生，我知道閣下的來意，是為了感謝我。請記得，我得到諸位誠摯的感謝，內心的歡喜，絕不亞於贈送如此珍貴心意的你們。我向諸位保證，這世上沒有任何君主對臣民的愛，能像我一樣多。我從未擁有如此價值連城的珠寶，我會珍藏這件寶物：也就是你們的愛。我對它的尊重，超越了任何有價值的稀世珍寶；諸位的忠誠、愛與感謝——對我是無價的；儘管神給了我超越凡人的地位，但我依著你們的愛來統治國家，這才是王權榮耀的本質。對於神命定我為英國女王，我內心的歡樂從未勝過受到如此多人的愛戴與感激，也能在神的指引下，保護人民生命安全，遠離危險。
女王要議員們起身，因為她還有更多話要說，她感謝議員們讓她知道人民對專賣權體制的不滿：
議長先生，你向我道謝，但我內心的感激遠超過你，因此我命令你，代替我向下議院全體人員表達感謝，因為諸位，我才能得知這些事情，我的內心著實感激不盡；若我未能得到諸位的點醒，便可能墮入錯誤的深淵中，感謝諸位以真正的民意相響應。只要王權的行使依據人民的意願，並適當地壓制特權行使的本質，王權的尊嚴絕不會受損。是的，聽到這樣的消息後，一直到能撥亂反正前，我始終無法放下紊亂的心緒，而濫用王權慷慨贈予者，也應瞭解我絕不通融。
至於我自己，容我為自己辯護：我從不貪婪，也非性好剝削，不是個嚴苛、獨斷的君主，也從不揮霍；我向來不愛世間財，只為臣民著想。臣民贈予我的東西，我絕不私藏，而是留待日後再度回贈諸位；是的，我所有的一切都屬於人民，都是為了人民所用，盼諸位能體認我的用心。
女王向議員們保證，她「除了盼能看見英國再度繁榮外，並不想再活得更久，這也是我唯一的希冀。身為女王，我從未以對臣民良好有益作為借口、托詞，實則賦予他人重權，事實上這一切皆為侍奉王權的老臣應得之利」。若這些人濫用了專賣權體制，她促請：
盼我錯誤的命令不會觸犯天意。在旁觀者眼中，帶著王冠君臨天下的榮耀，比起在位者實際感受到的樂趣還多。就我而言，若非為了履行神加諸我的道德責任，維護神的榮耀並保護人民的安全，而我自己則寧可退位讓賢，並為自己不必再為了榮耀而不辭勞苦感到歡喜；我並不想活得太久，也不想統治太久，治理國家一切都是為了人民。儘管過去到現在，諸位曾見過更偉大、更睿智的君主上位，但絕不會有任何一位君主，像我一般愛民。
除了君主光榮之名與女王獨有的權力外，我從未感到如此積極，對於神選擇了我作為他的雙手，維護他的真理與榮耀，保護這個國家不至於陷入危險、污辱、暴政與壓迫之中，我甚感歡欣。在諸位的面前，這一切的功勞用來讚美神，而與我無關；因為我——噢，主啊，我又是什麼呢？——噢，我該怎麼做才能讓您更顯榮耀呢？但願上帝不要讓這事發生！
會面到此結束，女王請所有代表上前行吻手禮，接著從王位上起身，在喇叭的吹奏下緩緩離開會議室。
沒有人質疑，她這次的演說是史上最精彩的一次；一名國會議員表示，這篇演說絕對值得鐫刻在黃金之上。更重要的是，她的寬宏大量與迅速響應國會請求的態度，讓她節節下滑的受歡迎度再度回升，民眾心裡對她的敬愛，甚至超過了以往，也讓下議院在沒有任何反對票的情形下，史無前例地投票通過，給予女王四倍的補助。
十二月十九日，當伊麗莎白女王宣佈會期告終，上下兩院的議長表示，英國孤立在歐洲大陸邊陲地帶，一直到女王執政後才享有穩定政府，於是議長代表全體議員，感謝女王「賜予快樂、寧靜、甜美又令人安心的和平現況，這是全體人民共享的豐碩果實，一切都要感謝神與女王陛下的恩賜，我們至今仍感激享受。」
伊麗莎白女王則表示，議員們應返家告訴身邊的人們，「你們的統治者對你們身家性命的重視，比她自己還要多，她也會天天祈求神，那些為你們的和樂安康祈禱的聲音，永遠不會只是徒勞」。
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這一年的聖誕節出奇平靜，留在宮中的人不多，「就連觀看戲劇表演與餘興節目時，守衛都不需要緊守門口」。但慶典還是不能少，十二月二十四日，蒙裘依勳爵在金沙爾大勝了泰隆伯爵，讓一千二百名叛軍戰死沙場。泰隆伯爵逃逸無蹤，而前一年秋天抵達蘇格蘭協助泰隆伯爵的西班牙軍隊將領則舉白旗投降，希望能與英方和談。一六二年一月二日，西班牙軍隊正式向蒙裘依勳爵投降，並準備返回西班牙。英國則完全掌控了愛爾蘭。
女王曾寫下這一段話，形容這場勝利「是神賜給我們最好的一場意外」；她希望西班牙全軍覆沒，但這已經是次要的問題了。蒙裘依勳爵觸犯王權一事早已被遺忘；伊麗莎白女王已經開始定期寫下許多充滿情感的信件給他，信末還自己署名「你最親愛的女王」。一次，蒙裘依勳爵抱怨女王將他當傭人使喚，女王甚至親筆寫下長篇大論的信件支持他，而信件的開頭竟是「親愛的廚房女傭……」在獲得大勝後，女王的慰問信則寫著：「我差點忘了稱讚你的謙卑，在擔任女王的廚房女傭後，仍不避諱地擔任叛徒的傭人。願神祝福你平安喜樂。」
一六二年六月，當理查德·雷維森爵士（Sir Richard Leveson）領軍的小艦隊，在十一艘大帆船與一萬名士兵的戒護下，挾持了一艘滿載著寶藏的葡萄牙武裝商船時，德瑞克爵士當年在海上英勇爭戰的年代，彷彿又要再次降臨。然而經由伊麗莎白女王派遣，前往西班牙海岸徑行掠奪的艦隊，卻無功而返。這就是伊麗莎白女王任內最後一次的海上冒險了。
一六二年，英國爆發了天花疫情，導致許多人喪生，但伊麗莎白女王仍計劃前往布里斯托出巡。只是，英國的天氣再度陷入大雨與風暴之中，臣子便以接待她會造成人民在遭受七年饑荒之餘更加不便為由，勸退了女王。沒想到天氣就此好轉，這一年英國農作物大豐收，這個跡象顯示英國幾年來的糧食短缺已經過去。貿易活動再度興盛，人們也因此顯得精神奕奕。
八月份時，伊麗莎白女王宣佈，自己的健康情形比過去十二年都好。有一天她甚至騎行十英里，接著還去打獵。回到宮中，她顯得精疲力竭，但隔天卻又長途健行，許多宮廷人士還以為經過前一天激烈的活動，她一點也不累。此時，羅伯特·塞西爾送了她一副紅寶石與黃晶鑲嵌的珠寶，剛好襯托「她那活靈活現的眼睛與鮮紅的唇色」；當時人依然稱頌她是永恆青春的美麗女神。
就在這一個月，伊麗莎白女王離開了格林尼治宮前往奇斯威克，接著造訪掌璽大臣艾格登爵士位於密德塞克斯·海菲爾德公園的家，儘管當地正下著傾盆大雨，女王陛下依然受到豪華的招待，更被贊為「我們所有這群人之中最棒的女主人」。艾格登爵士舉辦了宴會、假面劇演出、音樂幽默短劇演出、鄉村祭典、歡樂的遊行與早就內定好結果的摸彩大會，女王當然是最大獎的得主。幾天後，艾格登爵士便發行了有關這場盛宴的宣傳小手冊，而民眾也都踴躍收藏。因為大雨與天花疫情的關係，女王的出巡行程也被迫縮短，女王也在歐特蘭住了一段時間。
九月份是女王的六十九歲大壽，根據斯德丁公爵在歐特蘭花園中的觀察，「女王健步如飛，彷彿還是個十八歲的年輕女子」。有人告訴他，女王「已經有好幾年沒這麼有活力，心情也沒這麼開心了」。伍斯特勳爵則告訴士魯斯柏立勳爵：「宮中一片歌舞昇平；女王端坐在謁見室中，看著許多人跳著鄉村舞蹈，這讓她開心又歡愉。」現在她已經很少公開跳舞了，但偶然仍能看見，她趁著四下無人之際，私下就著笛聲與小鼓跳舞。
這一年的九月，富爾克·格雷維爾告訴士魯斯柏立勳爵夫人：「我要報告夫人一個好消息，女王的身體健康與心情、狀態都非常好。我已經多年未見她這麼好的光景了。」
女王依然幽默。她發現德比伯爵夫人戴著一串有羅伯特·塞西爾畫像的項鏈，於是伸手將它拔下，邊笑邊將項鏈繫在他的鞋上，後又改掛在他手臂上，讓大家都能看到。羅伯特·塞西爾以正面態度看待，甚至還以此吟詩，甚至譜上曲獻給女王，讓女王龍心大悅。她有時也許臣子們親近得過分。當一名旅居國外多年的英國人被帶到女王跟前跪下時，女王「揪住他的頭髮要他起立，並假裝打了他一記耳光」。
但女王的記憶力也明顯開始衰退。十月八日，皇室移駕格林尼治，四天後，部分宮廷人士才抵達，準備向女王致敬。儘管女王記得他們的名字，但一直到其他官員提醒，她才想起自己冊封過他們。同時她也發現自己開始難以專注於政務上，而逐漸退化的眼力，則讓問題越趨嚴重。羅伯特·塞西爾則不斷提醒樞密院辦事員，一定要記得將信件大聲閱讀給女王聽。
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十一月十七日，伊麗莎白女王再度於懷特霍爾宮歡慶登基紀念日，對於「當天一如往常地有莊嚴的儀式，許多人報以熱烈的掌聲，彷彿他們從未見過女王」。宮中弄臣蓋瑞特，騎著一匹比狗大不了多少的小馬進入比武場，「覲見女王后，讓女王開心之至」。十二月六日，女王前往羅伯特·塞西爾位於斯莊特的新家一起用餐，隨後觀賞一位處女、一位寡婦與一位夫人間讓彼此皆大歡喜的「巧妙對談」；可以想見，最後最幸運的自然是處女了。女王離開時表現出「非常滿足的樣子，卻在臨去之際扭傷了腳」。之後就沒有相關記錄了，顯然只是個微不足道的小傷。當月稍晚，女王分別前往亨斯頓勳爵與諾丁漢伯爵位於倫敦的家中，接受招待。
這個時期，因為發現自己再怎麼努力，在與年紀拉扯的這場馬拉松賽中，她永遠是輸家，於是女王又再度陷入重度憂鬱中。許多人都開始瞭解，她的時間不多了。哈林頓爵士於聖誕節前後，對於女王的改變感到震驚不已，因而寫信給太太：