從伊麗莎白女王青少年時期開始，便因接受劍橋改革運動分子的教導，而深受其信仰與教條的影響，但儘管她在這樣的環境中成長，而且信仰新教，她自己本身卻不具改革思想；她喜歡的只有唱詩班那傳統的宗教儀式、輝煌的讚美詩與聖歌，同時神學作品對智能帶來的滿足感，也讓她深受吸引。她非常瞭解神學，她在一五六六年向國會宣達：「直到我登基前，我都在鑽研神學。」再者，在那人們可能因信仰而遭到焚燒的年代，她卻有著相當開明的見解。「耶穌基督只有一個，」她向一位法國大使邁斯公爵安德烈·赫洛特-加龍省（Andre Hurault，Sieur de Maisse）表示，「其他的問題都無關緊要。」
她與姐姐瑪麗女王不同，她並非宗教狂熱分子，無論天主教或新教，她都討厭他人對宗教盲信的狂熱，她也沒什麼時間去聽主教們的意見或鄙視那些強硬派的新教神學家彼此稱呼對方「基督信仰的兄弟們」。她也不會讓主教的職位空閒下來，以維持王國的歲收。
對她來說，針對神學研究與神性的爭辯，根本毫無意義。一五九年時，她曾在國會的演說中這樣表示：「有很多人對神的態度十分魯莽，過於探究他賜予的福，彷彿是精明的律師在探究證據般。若我無法確定自己走的正是神指引的道路，神定將阻止我繼續存在與領導諸位。」在登基後不久，她偷偷告訴斐利公爵，她的信仰與天主教徒「其實沒有什麼差別」，「因為她也相信在聖餐禮中得見上帝聖體，而且她只對彌撒中的三四項儀式持有異議」。但她說這句話時，英國急需西班牙的支持。她也非常懂得如何詆毀舊有信仰，一五七七年時，她曾在一封寫給德國新教徒的信中提及「黑暗又骯髒的天主教會」。
當她聽聞西班牙菲利普國王在西屬尼德蘭迫害新教徒時，她寫了一封措辭強硬的信詢問他，如果臣民自己決定走向惡魔之道，為什麼他要干涉那麼多。此舉震驚了菲利普國王的一位大使，因為他曾私自輕率地表示，伊麗莎白女王希望自己能受到被英國人稱為教皇的羅馬主教的救贖。在後來的任期中，伊麗莎白女王因為喜歡神學辯論的感覺，而拒絕讓疑似為無神論者的華德·萊禮爵士接受調查。
因為這些態度，許多人便指控她毫無信仰。一名西班牙大使誇德拉（de Quadra）觀察道：「新教徒讓她感到不舒服，另一邊，天主教的教義也是，因此許多人開始質疑她可能為無神論者。」但她時時閱讀《聖經》，而她生命告終時則說：「在我執政前，已將最後的審判放在心上，因為最終我也要接受更高審判。」對聖餐變體的觀點，在這段有點蹩腳的詩句中算是表達了出來，而這段詩句最先則是收錄在一六四三年理查德·貝克（Richard Baker）的編年史中：
基督真理字字珠璣
他將麵包配給
他的每一言每一句
都是我信奉與謹記的真理
她同時也相信神聖的天命在背後操弄，導引、眷顧著她與她的王國。一五八年代，英國面臨西班牙的強大威脅時，伊麗莎白女王向法國大使費奈隆表示：「我想最糟的狀況就是，神仍未決定英國是否該終止其命運，但至少神也還沒賜予他人權力，讓那些野心勃勃的男人來終結英國的氣數。」
布道會——是新教教會日常早會中最主要的一環——是她最恐懼的事情之一，牧師每每超過一小時的長篇大論，總讓她頭痛不已。對於在講道壇上想要跟她說教的人，她更是缺乏耐心，每天她都坐在皇家專屬小房間的格子窗旁，窗戶或開或關但看女王心情。「照稿演講，司祭先生！照稿演講！」有時她會大吼大叫，或是會向布道的人傳達訊息，警告他們打消念頭，別講述容易引起女王反感的主題。一五六五年時，聖保羅大教堂司祭諾威爾（Dr.Norwell），抨擊了一份寫給女王的天主教小冊子，同時對偶像崇拜——耶穌受難像——一事口出狂言，而伊麗莎白女王一向堅持要將耶穌受難像收藏在皇室禮拜堂中。
「不要說這個！」女王怒氣沖沖地打斷他，但司祭先生卻故意忽視她。「別再說了！」女王再度大聲斥責。「這和你要講的主題無關，而且這根本是陳腔濫調。」
另一位講道者約翰·艾爾墨主教（Bishop Aylmer），反對「將遺體裝飾得太過精緻」，女王也強烈地要求他換個布道主題。「也許，」女王的教子約翰·哈林頓爵士對此表示：「主教顯然很不瞭解女王的個性，要不然他絕對不會選這個主題。」
一五九六年時，伊麗莎白女王年屆六十三歲，這在都鐸王朝時期被視為大厄年的開始，許多人都無法活過那個年紀，坎特伯雷大主教告訴陸德主教：「女王陛下年輕時對才智與雄辯的迷戀已然不再，可以打動她的心的一般布道，讓她感到最開心。」陸德主教因而選擇布道的主題：「神教導我們如何計算時間，讓我們的心有智慧能依靠。」接著他繼續提及許多重要神聖的數字，包括「3」代表三位一體，「7」代表安息日，而「7」乘以「9」就是大厄年，六十三歲。此時，女王開始皺起了眉頭。陸德主教慌了手腳趕快轉向啟示數字「666」，「他能以此證明教皇反對基督」。當他結束布道演說時，伊麗莎白女王傾身探出皇室專屬的小房間，惡狠狠地叫他不要亂打如意算盤。「現在我知道了，」她甚至說，「最棒的神職人員都不是最聰明的人。」
「伊麗莎白女王，」英王詹姆士一世時期任格洛斯特主教的葛菲·古曼（Godfrey Goodman，Bishop of Gloucester）回憶道，堅持著「她寧願自己與神溝通，也不想聽別人談論神的事情。除了四旬期外，她很少聽布道會」。來到宮廷中進行布道演講的人，都收到指示將演說時間縮到最短，布道題目也得從主教認可的主題中選出。約翰·哈林頓爵士就記得，伊麗莎白女王可以在布道會中神遊四方。她曾經在一位神職人員說了一些可能冒犯她的話後，還向他道祝賀，顯然她是完全沒有專心聆聽。
但伊麗莎白女王對布道會的厭惡，還有更有力的原因：布道會讓男人有機會大放厥詞，在當時的宗教氣氛之下，這些話只會帶來爭端，導致社會不安。有一群極端主義的新教徒，後來被稱為清教徒，女王打從心底不喜歡他們，原因不只是他們對宗教的狂熱，還包括他們堅持要由牧師進行布道。對於女王反對清教主義，多數的臣子都額手稱慶，尤其是在一五八五年時，伊麗莎白女王撤銷了一個反對週日舉辦任何體育會和娛樂活動的清教法案。女王認為在每週唯一休息的一天，她的子民有權用任何他們喜歡的方式度過，不用受掃興的人或事物干擾。她也拒絕同意一項——也是來自清教徒的——建議，將異端邪說、通姦行為和褻瀆上帝都立為犯罪項目。她認為這些是道德，非法律範疇。
她對清教徒的抵抗，最有名的事件可能是在藝術領域。許多城市尤其是倫敦的清教權威人士，都非常討厭博物館，同時煞費苦心地想要禁止民眾觀賞戲劇，因為這些都會佔去人們上教堂的時間。但女王站在戲劇愛好者那一邊：因為她也討厭布道會。一五七五年，當女王發現，在柯芬特裡，著名的四大《聖經》連環劇遭到清教當權者禁止演出，她隨即下令恢復。倫敦的清教徒則開始抱怨，市區中愛上戲院的人就是每年夏天導致黑死病傳染和大流行的病源。一五八三年時，倫敦市政當局關閉了薩裡岸邊的劇院，但伊麗莎白女王回敬一招，組織了自己的劇團，也就是著名的女王劇團。最後市政當局只好讓步，但到了一五九七年時，市政當局終於成功說服樞密院同意關閉劇院，他們的理由是，這些劇院是反政府思想醞釀的溫床。伊麗莎白女王聽聞此事感到十分氣憤，樞密院只好倉促地撤回成令。後來直到伊麗莎白女王逝世前，都不再有其他反劇院的行動出現。
伊麗莎白女王特別討厭已婚神職人員，尤其是主教與大主教。她一次又一次地拒絕承認其妻子的存在，而且她多次以不禮貌的態度對待馬修·帕克大主教（Archbishop Matthew Parker）的妻子，讓大受驚嚇的主教「連聽聞女王名諱都膽戰心驚」。一五六一年時，他寫信告訴塞西爾：「女王陛下對神職人員的婚姻，依然抱持鄙夷的態度，若非我當時十分堅強（他自認如此），可能會完全公開地遭受責難與禁止。」伊麗莎白女王要求那年紀約在七十到九十歲的伊利主教（Bishop of Ely）上樞密院解釋自己為什麼續絃娶了年輕女子。他的解釋是，他再婚只是為了避免受到誘惑犯了通姦罪，但這樣的答案也無法說服女王，而許多臣民也抱持與她相同的看法。
瑪麗女王當年廢除了父親亨利八世的國王至高權法案，隨後當伊麗莎白女王繼位時，英國基本上依然是個在教皇管轄下的天主教國家。但多數人都認為，最高權威法案應該會透過國會恢復，就像許多人期待新教的宗教地位可能會有所改變。自從伊麗莎白女王繼位後，就針對重要的宗教議題做出許多暗示，而這些暗示讓許多人相信，英國將會再度脫離天主教會。至於伊麗莎白女王的考慮，則在於英國的教會只能有一個領導人，這個人一定要是國家領導人。她自認受到神性的召喚，「要為神的榮耀，讓英國王權底下的人民得到宗教上統一的秩序，建立新的教會和國家的穩定」。
她最主要的考慮，在於希望大眾的禮拜儀式都能遵照正確的方式，並且使用英文，而且她也堅持——主要是因為對更嚴格的新教臣子感到反感——維持部分天主教儀式。在她專屬的小禮拜堂中，她留有蠟燭與耶穌受難像等物品，堅持神職人員戴著帽子、穿著斗篷式長袍與斜襟衣；不過她摒棄了許多更複雜的儀式與習俗，這些都貶抑了天主教，包括相信神跡、特赦權，以及對聖母瑪利亞的尊敬。因為討厭強烈氣味，因此她憎惡教堂中的焚香，並且下達禁令。然而清教徒依然時常抱怨她對宗教的態度。
儘管對聖徒的禮拜背離新教理念，但伊麗莎白女王鼓勵民眾對聖喬治（St.George）的膜拜，當時聖喬治被視為英國的國家象徵，同時也是嘉德勳位的守護神。女王也沒有禁止濯足儀式，女性宮廷畫家利瓦伊娜·提爾林克（Levina Teerlinc）一幅精細的微型畫，就記錄下女王在登基之初便參與了濯足儀式。伊麗莎白女王也恢復了觸摸皮膚腫瘤患者的傳統，也就是所謂的「國王的觸摸」（the King』s Evil）。在中世紀時，這個儀式她的先祖們已經執行了有三世紀之久。她非常看重自己在這個儀式中幾近神秘的地位，下定決心將手放在患者身上的患部，希望能達到治療的效用。她嚴格限制自己上禮拜堂的次數，大約是每週日一次，以及在四旬大齋期，每次上教堂她一定穿黑色的衣服。
儘管在她的任期中，嚴重壓迫了天主教，但伊麗莎白女王其實一點也不討厭天主教，她甚至歡迎拒絕服從她的貴族進入宮廷，有時還會到他們家中拜訪；她也會僱用天主教徒，包括作曲家威廉·伯德都住在宮廷中。若天主教徒展現對她的忠誠，必定會讓她欣喜不已，這樣的場景當然也時常出現。一次出巡時，一名男子上前大喊：「女王萬歲！心懷邪念者蒙羞！」女王只是轉身朝著也在場的西班牙使者，告訴他：「這個好人定是舊宗教神職人員。」又有一次，在她一五六四年拜訪劍橋大學時，看到一群大學生演出了奚落天主教彌撒的一出假面劇；其中一個角色打扮得像條狗，出場時還將聖體銜在口中，伊麗莎白女王見此起身拂袖而去，「並用強烈的言語響應」。後來許多清教徒總是費盡心機地指控她站在天主教徒那一邊，對新教的忠誠度不如這些清教徒。
其實伊麗莎白女王任內對天主教壓迫的惡名，都是來自政治上的需求，而非宗教狂熱的問題，在後面的章節將有更詳盡的剖析。遭到處決的教士，幾乎都是犯下了違反國家利益，可能嚴重侵害國家的情事。當年瑪麗女王曾在三年內下令焚燒三百多位新教徒；在伊麗莎白女王的年代，遭到處決的天主教徒遠低於這個數字，在伊麗莎白女王長達四十五年的任期中，僅僅只有四位再洗禮派教徒被處以火刑。和多數的臣民一樣，伊麗莎白女王對西班牙宗教法庭大舉對異教徒施以火刑的消息感到驚懼和煩惡。當時她的考慮在於，一個人的良心在於個人。根據弗朗西斯·貝肯爵士所述，女王篤信的箴言為「人的良知無法強迫」，而她「也不想無謂地探究他人對舊宗教的情感」。「女王陛下，」他如此寫道，「一點也不想窺探他人的內心與任何秘密思想」。她想要的只有臣民的忠誠度、國家，以及對她執政之下的主要宗教達到外表的順從。
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國會的議事程序，現在準備要通過許多法令的初版了。一五五九年二月九日這一天，恢復英國國教中國王至高權的一項法案，進入了下議院的議事堂，但這項法案在許多方面都有缺失，經過了多次辯論後，法案仍然流產。
在羅馬方面，於二月十六日這天，教皇保羅四世（Pope Paul IV）公佈了一份教皇詔書，宣告若有支持異端教義之情事，便可能遭廢除王位的命運。此令一出，合理化了天主教強權國家聖戰出兵英格蘭，也讓英國對法國可能企圖以蘇格蘭女王瑪麗·斯圖亞特進逼王位的恐懼更甚，同時也測試了伊麗莎白女王麾下天主教臣民的忠誠度。
當時，伊麗莎白女王堅持中間路線。新教信仰成為英國既定的宗教，同時她打著謹慎、和解與溫和的旗幟。為了不冒犯歐洲的天主教盟國，他們必須行事小心，當然也絕對不能採取激進手段。當新教主教們拒絕明定神職人員必須獨身，在教堂中擺上有耶穌像的十字架、一般十字架和蠟燭時，女王本身也不得不讓步妥協。至於溫和的路線，碰上天主教的主教因反對新觀念而被送往倫敦塔時，也再度打了折扣。此時，全國信仰陷入了一片混亂，天主教與新儀式同時存在於教會中。
部分主教與議員開始質疑，女人怎麼能成為英國國教最高首領，聖保羅便曾提及女性絕對不可能成為使徒、牧師、導師或傳教士。最後伊麗莎白女王同意以最高總督稱號取而代之。三月十八日這天，英國下議院通過了國王至高權修正法案。隔一周，伊麗莎白女王下達命令，明確規定此後的聖餐禮，應該以愛德華六世時生效的公禱書為準。
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同時，伊麗莎白女王也一直在思考，該如何響應菲利普國王的提親。她已經向斐利公爵推諉了一個月，告訴他「應該不想得到不想要的答案吧？」但斐利公爵一開始的樂觀開始逐日退卻，他已經發現女王身邊的新教顧問們，都盡可能地勸阻女王不要接受菲利普國王的求婚。
不過在伊麗莎白女王眼下，還有菲利普國王的競爭敵手，只是斐利公爵不知道罷了。二月二十日這天赫爾芬斯坦伯爵（Count von Helfenstein）從奧地利來訪，他是菲利普國王的叔叔神聖羅馬帝國皇帝費迪南德一世（Ferdinand I）派來的使者。伯爵的任務表面上是要為伊麗莎白女王繼位一事道賀，但骨子裡卻是為了查探她是否有資格成為神聖羅馬帝國皇帝的兩個兒子其中一位的妻子。
二月二十五日這天，伊麗莎白女王以非常親切的態度接見了赫爾芬斯坦伯爵，他很快就為伊麗莎白女王的魅力迷倒。因此在給主公的信中，他心醉神迷地談起了伊麗莎白女王的精明、威嚴、智能和「其他英勇事跡」。不久後，他便與女王及她的臣子們提起了奧地利的兩位大公，費迪南德二世（Ferdinand II）與查爾斯（Charles）。「當我提及皇帝陛下兩位兒子的年齡、品行與天賦時，在場的所有人，無一不豎起耳朵，用崇拜的態度並安靜下來仔細聆聽，好像想從我身上瞭解得更仔細詳盡一般。他們可能認為，您的其中一位兒子，很快將成為女王陛下的配偶，能夠管她，也統治整個英國。」伊麗莎白女王尖銳地問赫爾芬斯坦伯爵，是否有事情想要私下報告，但他卻含糊帶過。英國的臣子們也許並不知道菲利普國王提親的事，這件事當時還是個秘密，而他還是正式提了親，但他下令，除非事情有了眉目，不然不要有進一步的動作。
神聖羅馬帝國的君主，只要求赫爾芬斯坦伯爵一定要回報一件事情，那就是伊麗莎白女王的宗教信仰。年齡較長的大公費迪南德是非常虔誠的天主教徒，就算弟弟查爾斯對宗教的熱誠度較低，他也絕對沒有任何異教傾向。赫爾芬斯坦伯爵仔細觀察了伊麗莎白女王，且小心翼翼地向她的臣子探詢，接著向主公回報：「就我的觀察，我並沒有發現任何與傳統天主教信仰脫軌的行為，因此若英國出現天主教君主，所有宗教上的疑慮便可望透過君令輕鬆解決。」然而他並沒有完全被宮廷外表展現的宗教氣氛說服，因為伊麗莎白女王在宗教議題上的態度，實在是「高深莫測」。「她似乎一方面保護著天主教信仰，但同時又沒有完全譴責，或於外在表現出拒絕宗教改革的傾向。」因此他決定再等一陣子觀察是否會有新的跡象。
到了三月十四日，當英國的宗教問題即將穩定，同時英法的和平協議也將拍板定案時，伊麗莎白女王私下召見了斐利公爵，同時表達自己「身為異教徒，無法與菲利普國王陛下成婚」。最重要的是，她也完全不想結婚。她希望英國與西班牙間的友邦關係，能和締結姻親帶來一樣的益處。當斐利公爵詢問她如何做此決定時，她開始變得「心煩意亂且激動異常」，最後斐利公爵只好不斷保證，無論是他自己還是菲利普國王，都沒有將她視為異端。他也告訴伊麗莎白女王，他們都不敢相信她會批准國會辯論的法案。
伊麗莎白女王則聲明，自己是新教徒，沒有任何事情能改變她的觀點。
「我的主公也不會為世界上任何國家改變自己的宗教信仰。」斐利公爵則高傲地回答。
「那他當然也不會為了一個女人這麼做了。」伊麗莎白女王隨即反駁。
斐利公爵也私底下揣測，伊麗莎白女王拒絕菲利普國王背後真正的原因。他一直不斷地明察暗訪，最後終於得到結論，於是他向主公回報：「她無法傳宗接代。」在斐利公爵的信件中曾提及神秘的事項，關於菲利普國王沒有娶伊麗莎白女王「背後的秘辛」，可能就是來自斐利公爵的揣測。如果這是真的，菲利普國王確實知道伊麗莎白女王無法生育，他為什麼要不斷地為伊麗莎白女王尋找哈布斯堡王朝中適合的人選，並且一再提及王位繼承人一事呢？也許太過依賴立場時常偏頗的大使報告並不是件聰明的事情，許多大使的報告都以宮廷八卦為主。
當菲利普國王知道伊麗莎白女王的決定後，感到大大地鬆了一口氣，但他還是提筆寫信表達遺憾，表示雖然他非常希望能與伊麗莎白女王成親，但「良好的邦誼自然也能達到同樣的效果」。
然而，西班牙與法國間也正朝和平之路前進，三月都還沒有結束，菲利普國王便急匆匆地宣佈將與亨利二世的女兒華洛亞公主伊莉薩白成婚。當伊麗莎白女王聽到這個消息，她欣然接受了這件事，她發出了「一聲近似笑聲的歎息」。她掩飾了與菲利普國王無法成親的原因，歸咎於她沒有給個答案，甚至假裝慍怒，因為菲利普國王並沒有準備好，給她三四個月的時間考慮；她宣佈菲利普國王對她的愛，絕對不如斐利公爵所要她相信的那麼深刻。而大使斐利公爵則本能地感覺到，伊麗莎白女王是在嘲笑菲利普國王。她保留了面子，菲利普國王訂婚的消息讓她十分開心，這代表他會維持與英國的邦誼。接著斐利公爵很快地向她保證，他的主公生怕伊麗莎白女王覺得受到輕蔑而焦慮不已，因此就算西班牙與法國建立邦誼，他仍將會「繼續作為一個好的兄長，對於她的疑慮給予大量關注，將她的事當成自己的事情來看待」。同時，「未來在她的婚姻大事上也會給予協助」。
自此，伊麗莎白女王與斐利公爵的關係便陷入緊張，這可能都是因為她變幻莫測，戲弄或誤導他的傾向和喜歡玩外交遊戲所致。「簡言之，」他絕望地執筆寫信給菲利普國王，「我只能向國王陛下回報，這個國家在經歷三十年您所知悉的統治現況後，落到惡魔的女兒手中，她是這塊土地上最大的惡棍與異端。」斐利公爵於三月收到召喚他回國的消息，感到十分輕鬆。接替他職位的，將是處世經驗老到的一位牧師，拉奎拉主教誇德拉（Alvaro de Quadra），是年三月三十日，主教抵達倫敦，而斐利公爵則繼續以大使之名在英國待到五月。
然而菲利普仍然堅信，伊麗莎白女王與英國，自當回歸天主教懷抱，最好可以嫁入哈布斯堡王朝。他已經瞭解神聖羅馬帝國的居心，於是決心撮合伊麗莎白女王與其中一位大公。
四月十一日，他給了斐利公爵一張聯絡便條，條列出兩國聯姻的益處，並指示斐利公爵向伊麗莎白女王提出此緊急請求。他表示兩位大公都沒有自己的公國，因此都能夠自由地前往英國並永久居住。兩個人都非常適合協助她承擔政府運作的責重大任，同時英國還能與哈布斯堡王朝維持良好聯繫，還有其強權在背後撐腰。因此與哈布斯堡王朝聯姻，無論在歐洲或英國臣民眼中，都將能提升她的威望，再也沒有人敢起而對抗她。當然這一切的代價，就是要伊麗莎白女王改信天主教，並且放棄自由。