居正帶著平生的抱負，埋入江陵的墓地，剩下來的是無限的恩怨和不盡的是非。
居正歿後，賜謚文忠：“文”是曾任翰林者常有的謚法，“忠”是特賜；據謚法解，“危身奉上曰忠”，在賜謚的時候，對於居正，原有確切的認識。王世貞稱居正“業惟戡亂，勳表救時，在唐贊皇，復為元之”，正是那一時期的公論。
但是居正身死未久，又一道波浪來了。
居正疏薦潘晟入閣，御史、給事中彈劾潘晟的奏疏，接二連三地來了。潘晟已由原籍浙江新昌出發，只得中途疏辭，張四維擬旨報允，這是第一步。四維和曾省吾、王篆不久發生衝突，御史江東之上疏攻擊馮保的門客徐爵。經過這一個嘗試以後，御史李植直疏馮保十二大罪，司禮太監張誠、張鯨更在神宗面前攻擊馮保，他們說起馮保家資饒富，勝過皇上。神宗隨即逮捕馮保，十二月，發南京安置，同時梁夢龍、曾省吾、王篆一概勒令致仕。在查抄馮保家產的時候，得金銀一百餘萬、珠寶無數，神宗開始領略查抄的滋味。
馮保臨去的時候，慈聖太后還不十分清楚，她問神宗為什麼。“沒有什麼，”神宗說，“只是老奴受了張居正的蠱惑，不久自會召回的。”
慈聖太后還以為神宗是那個聽話的孩子呢！他已經二十歲了，知道怎樣應付母親。居正、馮保、慈聖太后，只是一串的噩夢，夢境消殘了，神宗開始發現自己。不久以後，慈聖太后還看到這個朝夕問安的兒子，索性連慈慶、慈寧兩宮，輕易不到一步。可憐的老婦人啊，你們被忘去了！
生人應付了，神宗再應付死人。
居正整頓驛遞，現在官員不得任意乘驛的禁例取消了；居正用考成法控制六部，現在考成法取消了；居正裁汰冗官，現在冗官一律恢復了；居正嚴令不得濫廣學額，現在學額一併從寬了；乃至居正嚴守世宗遺訓，外戚封爵不得世襲，現在也一概世襲了。居正所遺的制度，神宗正在不斷地取消。
但是這只是法制方面的改訂，事情多得很呢。
萬曆十一年三月，詔奪居正上柱國、太師，再詔奪文忠公謚，斥其子錦衣衛指揮簡修為民。居正身歿至此，僅僅九個月。
居正病重的時候，北京各部院替他建齋祈禱；這是一股風，吹遍南京、山西、陝西、河南、湖廣。半個中國，都在為這功業彪炳的首輔祈禱，現在風勢轉過了，御史、給事中都在盡力攻擊居正，他們要報效國家，報效皇上，當然便要排除居正的爪牙，廢止居正的苛政。最得力的是御史丁此呂。此呂檢舉萬曆七年己卯科應天鄉試主考高啟愚所出的試題，“舜亦以命禹。”此呂指出這是高啟愚有意勸進：舜是皇上，禹是居正，不是勸進是什麼？張四維在十一年四月致仕了，現在的首輔是申時行，神宗把此呂的奏疏交給時行。
“此呂把曖昧之言陷人大罪，”時行說，“誠恐此後讒言大至，非清明之朝所宜有。”
經過幾度的爭持，此呂、啟愚同時去職。這一次奏疏中此呂甚至攻擊敬修、嗣修、懋修三人應鄉試、會試時的考官，認為阿附居正，又說禮部侍郎何雒文代嗣修、懋修撰殿試策，幸虧時行說：“考官只據文藝，不知姓名，不宜以此為罪。”考官免罪，但是雒文還是解職。
不久以後，御史羊可立追論居正構陷遼庶人憲。十七年以前的事了，現在重新提起。憲次妃王氏上疏鳴冤，疏中又說：“庶人金寶萬計，盡入居正府矣。”金寶打動神宗的心坎，萬曆十二年四月詔令查抄居正家產，司禮太監張誠，刑部右侍郎邱蕣，及錦衣衛、給事中等奉命前往。左都御史趙錦上疏，言“世宗籍嚴嵩家，禍延江西諸府，居正私藏未必逮嚴氏，若加搜索，恐遺害三楚，十倍江西民。且居正誠擅權，非有異志，其翼戴沖聖，夙夜勤勞，四外迭謐，功亦有不容泯者。今其官、蔭、贈謚、及諸子官職，並從領革，已足示懲，乞特哀矜，稍寬其罰。”吏部尚書楊巍疏稱：“居正為顧命輔臣，侍皇上十年，任勞任怨，一念狗馬微忠，或亦有之。今……上干陰陽之氣，下傷臣庶之心，職等身為大臣，受恩深重，惟願皇上存天地之心，為堯舜之主，使四海臣民，仰頌聖德，則雷霆之威，雨露之仁，並行而不停矣。此非獨職等之心，乃在朝諸臣之心，天下臣民之心也。”一切的言論，神宗照例不聽。
刑部侍郎邱蕣這一行人從北京出發了。出發以後，邱蕣接到在朝幾位大臣的書牘。內閣大學士申時行說：“聖德好生，門下必能曲體，不使覆盆有不照之冤，比屋有不辜之累也。冀始終留神，以仰承聖德，俯慰人心。”許國已入內閣了，也說“願推罪人不孥之義，以成聖主好生之仁，且無令後世議今日輕人而重貨也。上累聖德，中虧國體，下失人心，奉旨行事者亦何所辭其責”。最沉痛的是左諭德於慎行的一書，洋洋千言，是傳誦一時的文字。他說：
江陵殫精畢智，勤勞於國家，陰禍機深，結怨於上下。當其柄政，舉朝爭頌其功而不敢言其過，今日既敗，舉朝爭索其罪而不敢言其功，皆非情實也。且江陵平生，以法繩天下，而間結以恩，此其所入有限矣。彼以蓋世之功自豪，固不甘為污鄙，而以傳世之業期其子，又不使濫有交遊，其所入又有限矣。若欲根究株連，稱塞上命，恐全楚公私，重受其困。又江陵太夫人在堂，八十老母，累然諸子皆書生，不涉世事，籍沒之後，必至落魄流離，可為酸楚。望於事寧罪定，疏請於上，乞以聚廬之居，恤以立錐之地，使生者不致為欒、郤之族，死者不致為若敖之鬼，亦上帷蓋之仁也。
但是一切的話，邱蕣都付之不理。
這一次查抄的動機，當然還是出自神宗。居正當國十年，效忠國家，但是居正所攬大權，是神宗的大權。居正當權是神宗的失位，效忠國家便是蔑視皇上。這是最顯然的邏輯。所以居正當國十年之中：居正和神宗，站在對立的地位，縱使雙方在當時未必意識到，這是一件無可否認的事實。居正死了，神宗開始嘗到復仇的滋味。居正的法制推翻了，官蔭、贈謚削除了，甚至連諸子的官職都褫革了。張先生、張太岳、張文忠公這一類的名稱都擱起，只是一個平常的張居正。復仇的要求應當感到滿足。但是感到滿足的只是神宗的一個方面。
神宗是高傲，但是同時也是貪婪。一個小農的外孫，禁不住金銀財寶的誘惑。是憲次妃王氏的聰明呢，還是受到什麼暗示？“金寶萬計，盡入張府”兩句，鑄定張宅抄家的命運。明朝的法律，抄家只有三條：（一）謀反；（二）叛逆；及（三）奸黨。(1)居正的罪狀屬於哪一條呢？不管他，查抄的詔令下來了。許國說：“無令後世議今日輕人而重貨。”這才是一針見血之言。
邱蕣未到江陵以前，荊州府、江陵縣親自到張宅封門，張宅子女躲到空屋裡，不敢出來。沒有食物，不要緊，他們只是不敢出來！直到五月初五，邱蕣到了，打開宅門，餓死的已經十餘口。搜檢、拷問，應有的盡有了。居正兄弟和諸子的私藏，都按出來，一共得到黃金萬餘兩，白銀十餘萬兩。這是很大的數量，但是問官們還不滿意，他們重行拷問，要張家招出寄存宅外的二百萬銀兩，於是又牽上曾省吾、王篆、傅作舟三家。在拷問的當中，敬修自殺；懋修投井不死，不食又不死，僥倖保存一條性命。敬修臨死的血書，是這次慘案中一件沉痛的文獻，錄於次：
嗚呼，天道無知，似失好生之德，人心難測，罔恤盡瘁之忠。歎解網之無人，嗟縲紲之非罪，雖陳百喙，究莫釋夫譏讒，惟誓一死，以申鳴其冤郁。竊先公以甘盤舊眷，簡在密勿，其十年輔理之功，惟期奠天下於磐石，既不求譽，亦不恤毀，致有今日之禍；而敬修以長嗣，罹茲閔凶，何敢愛身命而寂無一言也。憶自四月二十一日聞報，二十二日即移居舊宅，男女驚駭之狀，慘不忍言。至五月初五日，丘侍郎到府；初七日提敬修面審，其當事噂沓之形，與吏卒咆哮之景，皆生平所未經受者，而況體關三木，首戴幪巾乎！在敬修固不足惜，獨是屈坐先公以二百萬銀數，不知先公自歷官以來，清介之聲，傳播海內，不惟變產竭資不能完，即粉身碎骨亦難充者！且又要誣扳曾確庵(2)寄銀十五萬，王少方(3)寄銀十萬，傅大川(4)寄銀五萬，雲“從則已，不從則奉天命行事！”恐嚇之言，令人膽落。嗟此三家，素皆怨府，患由張門及之，而又以數十萬為寄，何其愚也！吾意三家縱貪，不能有此積，亦不能完結此事，吾後日何面目見之，且以敬修為何如人品也。今又以母、子、叔、侄，恐團聚一處，有串通之弊，於初十日，又出牌，追令隔別，不許相聚接語。可憐身名灰滅，骨肉星散，且慮會審之時，羅織鍛煉，皆不可測，人非木石，豈能堪此！今幽囚倉室，風雨蕭條，青草鳴蛙，實助余之悲悼耳。故告之天地神明，決一瞑而萬世不愧。嗟乎，人孰不貪生畏死，而敬修遭時如此，度後日決無生路！曠而觀之，孔之聖也而死，回之賢也而死，死有重於泰山，有輕於鴻毛者，予於此時，審之熟矣。他如先公在朝有履滿之嫌，去位有憂國之慮，惟思顧命之重，以身殉國，不能先幾遠害，以至於斯，而其功罪，與今日遼藩誣奏事，自有天下後世公論，在敬修不必辯。獨其虛坐本家之銀，與三家之寄，皆非一時可了之案，則何敢欺天罔人，以為脫禍求生之計。不得已而托之片楮，嚙指以明剖心！此帖送各位當道一目，勿謂敬修為匹夫小節，而甘為溝瀆之行也。祖宗祭祀，與祖母、老母粥，有諸弟在，足以承奉，吾死可決矣。而吾母素受辛苦，吾妻素亦賢淑，次室尚是稚子，俱有烈婦風，聞予之死，料不能自保。尤可痛者，吾有六歲孤兒，煢煢在抱，知亦不能存活也。
五月初十日寫完此帖，以期必遂，而夢兆稍吉，因緩。十二日會審，逼勒扳誣，懾以非刑，頤指氣使，聽其死生，皆由含沙以架奇禍，載鬼以起大獄，此古今宇宙稀有之事。上司愚弄人，而又使我叔侄自愚，何忍，何忍！
丘侍郎、任撫按、活閻王！你也有父母妻子之念，奉天命而來，如得其情，則哀矜勿喜可也，何忍陷人如此酷烈！三尺童子亦皆知而憐之，今不得已，以死明心。嗚呼，炯矣黃爐之火，黯如黑水之津，朝露溘然，生平已矣，寧不悲哉！
有便，告知山西蒲州相公張鳳盤，今張家事已完結矣，願他輔佐聖明天子於億萬年也！
關於當時拷問的情形，懋修也有一段記載：
有一部堂訊獄曰：“汝先大夫與戚帥相結，凡有書問，雖夜中開門遞進，意欲何為？莫非反狀乎！”
懋修答曰：“邊烽緊急，宰相或不得堅臥不省。”部堂意阻。(5)
經過多次拷問，敬修自縊身死，懋修自殺未遂，居正十六年的政權，最後由敬修、懋修償還這一筆血債。
敬修這一死，聳動朝廷，申時行和六部大臣疏請從寬處分；刑部尚書潘季馴復言“居正母逾八旬，旦暮莫必其命，乞降特恩宥釋。”在這個空氣之下，神宗下詔特留空宅一所，田十頃，贍養居正的母親。遼府一案，也在此時結束了。上諭說：
遼府廢革，既奉先帝宸斷，又無應繼之人，著推舉親枝，以本爵奉祀，仍准王歸葬原封。抱養子述璽准依親居住，給與庶糧二百石，本折中半支。(6)王氏從厚，援徽府例贍養。張居正誣蔑親藩，箝制言官，蔽塞朕聰，私占廢遼田畝，假以丈量遮飾，騷動海內，專權亂政，罔上負恩，謀國不忠，本當斫棺戮屍，念效勞有年，姑免盡法。伊屬張居易、張嗣修、張書、張順，俱令煙瘴地面充軍。
神宗和居正說過：“只是看顧先生子孫便了。”是這樣地看顧也許沒有料到！
張家這一次大禍，當時人以為是高拱陷害，其實高拱死於萬曆六年，與此事無涉：敬修以為是張四維陷害，但是四維於十一年四月致仕，縱使平時對於居正久積嫌怨，現在也沒有報復的機會。一切都由神宗主持。萬曆十六年冬，吏科給事中李沂上疏，攻擊司禮太監張鯨，曾說“流傳鯨廣獻金寶，多方請乞，陛下猶豫未忍斷決。中外臣民初未肯信，以為陛下富有四海，豈愛金寶；威如雷霆，豈徇請乞？及見明旨許鯨策勵供事，遂謂為真，虧損聖德”。張鯨是神宗特別賞識的內監，攻擊馮保的是他，慫恿查抄的是他！神宗看見李沂的疏本，怒極了：他說：“李沂要為馮保、張居正報仇。”立刻下令杖六十，革職為民。為什麼這是替張、馮兩家報仇呢？攻擊居正最力的三位御史李植、羊可立、江東之：李植常和人說：“至尊見我，稱我為兒子，看見查抄的寶玩便喜歡。”為什麼這樣寵愛呢？神宗當然有他的理由。居正自己說過：“念己既忘家殉國，逞恤其他，雖機阱滿前，眾鏃攢體，孤不畏也。”(7)居正身後的得禍，本來不在居正的意外。
整個的神宗一朝，更沒有稱道居正的。嘉宗天啟二年，這才想起居正的大功，復原官，予祭葬，張家房產沒有變賣的一併發還。思宗崇禎三年，禮部侍郎羅喻義等，為居正訟冤，交給部議以後，這才給還二蔭和誥命。十三年，敬修孫同敞再請追復敬修禮部主事並復武蔭。思宗復敬修官，並授同敞中書舍人。國家到了艱難的時候，才想起往日的功臣。復官復蔭，一切都是激勵當日的臣工，但是事情已經太遲了。
然而對於居正的子孫，事情畢竟不算太遲。
居正諸子，自殺的自殺了，充軍的充軍了。懋修中狀元的時候，年二十六歲；(8)崇禎七年懋修死時，已經八十歲。在事業方面，他沒有什麼表現，但是居正全集四十六卷的搜集，大半是懋修的功績。書牘凡例題後云：“留此一段精誠在天壤間，古人所謂知我罪我，先公意在是乎。史家所稱為功為過，小子輩何敢避焉。”這是幾句有意義的語句。
萬曆十年，允修回南應鄉試，居正死了，允修丁憂，不能入闈，留為終身的遺憾，發還文蔭以後，蔭尚寶司司丞。崇禎十七年，張獻忠的部下，到了江陵，要允修出來做官，允修自殺，(9)留下一首絕命詩：“八十空嗟發已皤，豈知衰骨碎干戈，純忠事業承先遠，捧日肝腸啟後多，今夕敢言能報國，他年漫惜未掄科，願將心化錚錚鐵，萬死叢中氣不磨！”
最激烈的是同敞。思宗十五年，詔命同敞慰問湖廣諸王，順道調兵雲南。同敞事畢以後，北京失陷了，不久南京陷落。同敞走依隆武，隆武復同敞武蔭，遣往湖南。他在途中，聽說汀州又陷落了，整個的中國，除西南一角以外，都淪陷在敵人手裡。同敞這才到廣西，投奔永歷帝。經過瞿式耜的推薦，永歷帝授同敞兵部右侍郎、總督諸路軍務。領導中原人民抗清的責任，又落到姓張的肩上。同敞記得曾祖在日，曾經主張用文人為邊將；他也記得曾祖曾經說過：“國家或有大事，皇上幸而召臣，朝聞命而夕就道，雖執義荷戈，效死疆場，亦所弗避。”關保的血液，在同敞的脈管裡跳動了。跟從明太祖的大纛，推翻元朝的統治是他的始祖；整頓國防，分化韃靼，最後造成明朝強盛地位的是他的曾祖。同敞撫摩自己的筋骨，真有些自負。但是當時的大局整個變了，明朝只餘得這一點殘山剩水，敗兵孱將；談什麼鬥爭！內訌、自擾、牴觸、牽制：一切都在這個小朝廷裡復演，這才是英雄短氣的時候。但同敞有的是熱血，單憑這一點，他要參加民族的決鬥。總督諸路軍務只是一個名義，當時的兵權全在將領手裡。但是不管他，在一切鬥爭裡，同敞常在前面。前進的時候，一馬當先的是同敞；動搖的時候，端坐不動的也是同敞。他漸漸取得一般將士的信任。不幸永歷五年，敵人攻進廣西，嚴關失陷，前敵的將士敗潰下來，永歷帝往梧州去了，桂林的軍隊也潰了，剩得大學士瞿式耜一人留守，當時的重鎮，成為一座空城。恰巧同敞從靈川來，見面以後，式耜和同敞說：
“我為留守，當然死在桂林；總督沒有守土的責任，你還是去吧！”
“古人恥獨為君子，”同敞毅然地說，“相公為什麼不讓同敞共死呢？”
式耜高興極了，吩咐剩下的一個老兵進酒，秉燭待旦，和同敞銷磨這空城的一夜。第二天敵人進城，式耜、同敞同時被執。式耜說：“我們久已準備了。”敵人要他們投降，他們拒絕；要他們削髮為僧，他們也拒絕；他們只要把自己的熱血，為民族橫流。敵人這才把他們分別幽禁起來。他們的中間是一堵牆，在幽禁的四十幾天之內，他們叩著牆壁，賦詩唱和。永歷五年閏十一月十七日，敵人把他們殺了。據說在行刑的時候，同敞衣冠整齊，昂然地站著。頭顱落地以後，他向前躍起三步，方始躺下。直到現在，桂林東關還留著這一位民族英雄的墳墓。
同敞留下兩首有名的詩句：