萬曆六年六月居正回京以後，這是大功告成的時期了。內閣方面，七月呂調陽致仕，十月馬自強病卒，只剩居正和張四維、申時行三人；四維、時行一切唯唯聽命，大權只在居正手中。六部方面，五年十月吏部尚書張瀚免職，王國光繼任，六年六月戶部尚書殷正茂致仕，張學顏繼任；六年六月禮部尚書馬自強入閣，潘晟繼任；五年十月兵部尚書王崇古致仕，方逢時繼任；五年八月刑部尚書劉應節致仕，吳百朋繼任；六年五月百朋病卒，嚴清繼任；五年十一月工部尚書郭朝賓致仕，李幼孜繼任。都察院方面，五年十月左都御史陳瓚病免，陳烗繼任。六部和都察院的首長，除了嚴清以外，都和居正有私人關係，在這個局面之下，政治方面的發展，當然不會有任何的障礙。
第一件要實行的，還是清丈的事，這是一件有關當時國計民生的大事，自從五年提議以後，到六年才實行，又因為原案有限三載竣事的規定，清丈的大事，在不慌不忙的狀態中繼續前進；大家對於實行開始的時間，反而有些茫昧了。居正死後，敬修作《文忠公行實》說起在勞堪為福建巡撫實行度田以後，居正才和張四維、申時行、張學顏等上疏提議清丈。其實這是錯的。清丈固然從福建開始，但是在耿定向的時期，不在勞堪的時期。六年定向為福建巡撫，八年始去，勞堪繼任，中間便差了兩年。居正曾和定向說起：
丈田一事，按之人情，必雲不便，但此中未聞有阻議者，或有之，亦不敢聞之於僕耳。「苟利社稷，死生以之」，僕比來唯守此二言，雖以此蒙垢致怨，而於國家實為少裨，願公之自信，而無畏於浮言也。(1)
同卷又與定向言及「丈地畝，清浮糧，為閩人立經久計，須詳細精核，不宜草草」。(2)這是萬曆七年之事。
到萬曆九年，限期將滿，照例給事中可以按限徹查，指名提劾；但是居正還是吩咐各省慎重將事，一面叮囑科臣從緩提劾。他屢次說起：
清丈之議，在小民實被其惠，而於官豪之家，殊為未便。況齊俗最稱頑梗，今仗公威重，業已就緒，但恐代者，或意見不同，搖於眾論，則良法終不可行，有初鮮終，殊可惜也。今雖借重冬曹，願公少需，以畢此舉，慰主上子惠元元之心。(3)
清丈事，實百年曠舉，宜及僕在位，務為一了百當，若但草草了事，可惜此時徒為虛文耳。已屬該部、科有違限者，俱不查參，使諸公得便宜從事。昨楊二山公書，謂此事只宜論當否，不必論遲速，誠格言也。(4)
臨川丈田事，偶有聞，即以告，今事已竣，法無阻滯，則其人亦不必深究矣。此舉實均天下大政，然積弊叢蠹之餘，非精核詳審，未能妥當。諸公宜及僕在位，做個一了百當，不宜草草速完也。前已屬該科老成查參，將此件不必入參，正欲其從容求精耳。江右事已就理，獨五縣未完，諒數月之內，即可了結，俟通完之後，具奏未晚。人旋，賤恙尚未全愈，力此草草，統惟鑒存。(5)
萬曆九年九月，居正抱病，答王宗載(6)書，大致在九月以後，江西全省清丈通完具奏，大致已在十年之初，不及半年，居正即逝世了。居正對於清丈之事，屢稱宜及自己在位，做個一了百當，這裡流露他對於此事的熱心，同時也流露內閣其他諸人對此的缺乏認識。當他把考成法擱置，吩咐科臣不必提參的時候，我們很可看出他對於此事寄與最大的期望。
孟子說過，「夫仁政必自經界始」，在田畝沒有清丈以前，人民的負擔不能公允，便是最大的不平。居正認為「小民實被其惠」，認為「慰主上子惠元元之心」，確是不錯，但是這一次的清丈，和弘治十五年的清丈一樣，還是一次失敗。
居正對於清丈，曾經發動政治力量，但是結果沒有成功，最大的原因，還是當時的官吏，對於政治的認識不夠。有的主張只和舊額一樣，無須多報；有的看到清丈條例對於田地，有分列上、中、下三等的規定，索性一例填報下田，認為清丈是一種愛民的政策，不當填報上田，以致加重民眾的負擔。(7)這些官吏在當時都認為是愛民的好官，而居正所得的聲名是「掊克」，是「以溢額為功」，再加以嘉靖間計算數字的錯誤，於是誤認弘治十五年清丈只有四百餘萬頃，萬曆六年清丈，得七百零一萬三千九百七十六頃，三百萬頃的增加，證實居正的掊克。數字的錯誤，更增加他的罪狀。
其實這一年比弘治十五年的數字，只增加八十一萬頃，而比之洪武二十六年清丈的數字，即連後開的雲南、貴州在內，尚差一百四十九萬頃，這又算什麼「掊克」呢？民間的田地，逐年集中到勳爵、官吏和大地主的手裡，大地主又倚仗他們的社會地位，對於國家逃避賦稅的負擔，以致造成國窮民困的現象。居正原有的計劃，是要大地主同樣盡國民的義務，他自認「於官豪之家，殊多未便，」其故在此。
假如我們把萬曆六年清丈的成績，加以分析，我們更可看出這裡沒有什麼「掊克」的氣息。萬曆六年的數字，比之弘治十五年的數字，在總數上，固然增加了，但是十三省中，增加的只有七省，減少的也有六省；南、北兩京直隸二十八府、州之中，增加的只有十六府、州，如故的兩州，減少的也有十府、州：可見居正沒有「以溢額為功」的成見，否則在他大權在握的時候，決沒有這許多敢和居正抵抗的地方長官。其次如福建巡撫耿定向、勞堪，江西巡撫王宗載，算是和居正接近的了，居正對於福建、江西兩省的清丈，也顯見特別關心，但是這一次清丈的結果，福建從十三萬五千餘頃，減到十三萬四千餘頃，江西從四十萬二千餘頃，減至四十萬一千餘頃，差額固然是很小，但是差額究竟是差額，證實居正沒有「掊克」的存心。至如蘇州田土從一十五萬五千餘頃，減至九萬二千餘頃；更是很大的差額。
這次清丈之後，田額增加最大的是北京府、州，河南和山東三處；全國增加八十一萬頃，單這三處，便增加五十一萬餘頃。弘治十五年，清丈北京十府、州，共計田土二十六萬九千餘頃，現在是四十九萬三千餘頃；河南舊系四十一萬六千餘頃，現在是七十四萬一千餘頃；山東舊系五十四萬二千餘頃，現在是六十一萬七千餘頃。除這三處以外，廣東舊系七萬二千餘頃，現在增至二十五萬六千餘頃，也是一個很大的數字，在百分比上更加顯著。
廣東方面，主要的還是「治安」問題。中央力量加強，地方秩序良好，擔負賦稅的民眾和田土，當然會逐漸增加，事情本來簡單。北京、山東、河南，都是畿輔之地，除去建文年間，曾經發生一度的內戰，以及長城一帶，偶然遭受敵人的破壞以外，從開國以來，始終保持良好的秩序，現在的增加，當然與「治安」無關。那麼這是怎樣的呢？
北京、山東、河南都是畿輔，三處的田土，不斷地被勳戚、權貴吸收了，一經集中以後，他們提出許多似是而非的理由，躲避納稅的義務。居正的政策，是要打擊他們的特權，使他們對於國家，有同樣的負擔。陽武侯便是一個好例。成祖時代，薛祿從征有功封侯，傳到萬曆年間，已是第七代了，除了公田以外，還有自置田土，是否應當納稅，這是一個問題。居正決然地說：
承詢陽武優免事，查律、功臣家除撥賜公田外。但有田土，盡數報官，納糧當差。是功臣田土，系欽賜者，糧且不納，而況於差？錫之土田，恩數已渥，豈文武官論品優免者可比？若自置田土，自當與齊民一體辦納糧差，不在優免之數也。近據南直隸冊開諸勳臣地土，除賜田外，其餘盡數查出，不准優免，似與律意相合。幸惟尊裁。(8)
萬曆六年清丈，除雲南、貴州因系新闢地方本應增加，及陝西、四川和南京所屬八府、州所加無多，不待研討外，其餘河南、山東、廣東三省，和北京所屬八府，共增七十萬頃，佔去增加額的百分之八十九。居正從政令不易貫徹的廣東，奪獲擔負國稅的田土，這一點也許人還瞭解；但是他從勳貴盤踞的畿輔，奪回擔負國稅的田土，便引起莫大的物議。他們不說他得罪勳貴，而說他掊克小民；正和他在沙汰生員的時候，一般人不說他整頓學政，而懷疑他得罪聖賢一樣。孟子說：「為政不難，不得罪於巨室：巨室之所慕，一國慕之；一國之所慕，天下慕之。」在一般人民覺悟沒有提高的時候，他們對於大地主階級的危害，認識不夠，甚至還會受到大地主階級的利用。張居正主張清丈，和大地主階級的利益，直接發生衝突，他在身後，招致不少的詆毀，也許這也是一個原因。但是居正說過，「得失毀譽關頭若打不破，天下事無一可為者。」(9)居正對於一般的毀譽，根本不曾放在心上。
居正抱定「苟利社稷，死生以之」；這一次的清丈，無意中代表一個政治上的基本要求，——全國人民，對於國家的義務，要求公允的負擔。但是事實上的成績還是很小，畿輔的田土，比之弘治十五年，固然增加不少，但是比之洪武二十六年的清丈，北平五十八萬二千餘頃，山東七十二萬四千餘頃，河南一百四十四萬九千餘頃，其實只剩百分之六十七。其餘的百分之三十三，依然在勳戚權貴手裡，居正無如之何。二百年來積累的政治勢力，在當時不是片時可以剷除的事物。
萬曆六年十二月，命纂宗藩事例。明朝的宗室滋生太繁，成為國家的大害。嘉靖四十四年，纂定《宗藩條例》，對於宗室，大加裁損，減少國家支出，當然是一種補偏救弊的方策。但是減削太甚，立法太嚴，出乎情理之外的條例，徒然增加執行的困難，於事實無所裨益。居正列舉九條未妥的地方，他說：
夫令所以布信，數易則疑，法所以防奸，二、三則玩。現今該部處置宗藩事情，悉用此為準，因時救弊，似亦未為大害，但欲勒成簡冊，昭示將來，則必考求國體，審察人情，上不虧展親睦族之仁，下不失酌盈劑虛之術，使情法允協，裒益適宜，乃足為經常可久之規，垂萬世不刊之典。(10)
萬曆七年正月詔毀天下書院，自應天府以下，凡六十四處，明朝講學的風氣甚盛，上自達官貴人，下至諸生布衣，到處召集徒眾，號稱講學。所講的最初是聖經賢傳，以後轉到明心見性，這還是好的；有的成為一哄之市，書院講學只增加號召徒眾的機會；最下的甚至借此斂財，斯文掃地。居正在萬曆六年就說：「若今之談學者，則利而已矣，烏足道哉？」(11)這裡已經透露他鄙視講學的意見。次年他又說起：
吾所惡者，惡紫之奪朱也，莠之亂苗也，鄭聲之亂雅也，作偽之亂學也。夫學乃吾人本分內事，不可須臾離者。言喜道學者妄也；言不喜者亦妄也；於中橫計去取，言不宜有不喜道學者之名，又妄之妄也。以指喻指之非指，不若以非指喻指之非指也；以馬喻馬之非馬，不若以非馬喻馬之非馬也。言不宜不喜道學之為學，不若離是非，絕取捨，而直認本真之為學也。孔子自言，人不如己之好學。三千之徒，日聞其論說，而獨以好學歸之顏子。今不榖亦妄自稱曰，凡今之人，不如正之實好學者矣。承教，敢直吐其愚，幸惟鑒亮。(12)
同卷居正又有《與友山論學書》自稱：「不榖生平，於學未有聞，惟是信心任真，求本元一念，則誠自信而不疑者。」居正論學，直認本真，這是在陽明學派的空氣中所得的認識，但是居正不愛空談，欲求實際。他說：「今人妄謂孤不喜講學者，實為大誣。孤今所以上佐明主者，何有一語一事，背於堯、舜、周、孔之道？但孤所為，皆欲身體力行，以是虛談者無容耳。」(13)在這個情形之下，居正對於講學，當然只覺得空言無補，徒資叫囂。萬曆七年罷天下書院，是從這一點出發的。
萬曆六七年間，藏僧鎖南堅錯致書居正，居正答謝；在對藏交通上，是一件有興趣的文件。此事的關節，卻在俺答。萬曆六年，俺答糾合青把都一部，大隊西行，當時盛傳土蠻部下，同時出發，聲勢浩大。北邊頓時感覺緊張。居正一面吩咐宣大總督吳兌勸導俺答，早日回巢，一面吩咐三邊總督郜光先，甘肅巡撫侯東萊，妥為佈置。俺答到了甘肅境外，遇到瓦剌部下，吃了一個敗仗，但是依然直到青海，見過活佛。在這次遇面以後，俺答上書，請求中國代為建寺供佛，御賜名額；同時又代西藏僧人，請求補貢。「補貢」二字，當然只是譯文的好看，其實是請求增加對藏貿易額。俾西藏得到需要的資源，時間已經是萬曆七年了。居正的策略，是在可能的情形下面，酌量許可，但是決不給他要挾的機會。建寺供佛，是可以的，但是朝廷只能資助物料，談不到代為興建。居正對於韃靼的控制，始終不曾疏忽。
六年十二月，甘肅巡撫侯東萊，差人把鎖南堅錯的書信寄來了，原書是西藏文，譯文如次：
釋迦摩尼比丘鎖南堅錯賢吉祥，合掌頂禮朝廷欽封干大國事閣下張：知道你的名顯如日月。天下皆知有你，身體甚好。我保祐循皇上，晝夜唸經。有甘州二堂地方上，我到城中，為地方事，先與朝廷進本。馬匹物件到了，我和闡化王執事賞賜，乞照以前好例與我。與皇上和大臣晝夜唸經，祝贊天下太平，是我的好心。壓書禮物：四臂觀世音一尊、氆氌二段、金剛結子一方。有閣下分付順義王早早回家，我就分付他回去。虎年十二月初頭寫。(14)
這封書到達以後，居正具奏，已經是萬曆七年了。他說：
臣看得烏思藏僧人鎖南堅錯，即虜酋俺答所稱活佛者也。去年虜酋西行，以迎見活佛為名，實欲西搶瓦剌。比時臣竊料虜酋此行必致敗衄，待其既敗而後撫之，則彼之感德愈深，而款貢乃可堅久，乃授策邊臣，使之隨宜操縱，因機勸誘，陰修內治，以待其變。今聞套虜連遭喪敗，俺答部下番夷悉皆離叛，勢甚窮蹙，遂託言活佛教以作善戒殺，阻其西掠，勸之回巢；又因而連合西僧向風慕義，交臂請貢，獻琛來王。自此虜款必當益堅，邊患可以永息，此皆天地祖宗洪庇，皇上威德所及，而臣以淺薄，謬當樞軸，躬逢太平有道之盛，誠不勝欣慶，不勝仰戴。(15)
疏中又稱鎖南堅錯所致禮物，不敢私受，「仰乞聖明俯賜裁奪，敕下臣愚遵行，庶不孤遠夷歸向之誠，亦以見人臣不敢自專之義。」隨奉聖旨：
卿軸理勳猷，宣播遐邇，戎狄鹹賓，朕得以垂拱受成，深用嘉悅。覽奏，具見忠慎，宜勉納所饋，以慰遠人向風慕義之誠。(16)
據敬修《文忠公行實》，鎖南堅錯即闡化王達賴喇嘛。敬修以闡化王與達賴喇嘛，並為一人，這是觀念的混淆，居正本人對於其中的分別，看得清楚。《明史·西域傳》記鎖南堅錯事，又言：「由是中國亦知有活佛，此僧有異術，能服人，諸番莫不從其教。即大寶法王及闡化諸王，亦皆俯首稱弟子，自是西方止知奉此僧，諸番王徒擁虛位，不復能施其號令矣。」大致作者認定鎖南堅錯即達賴喇嘛，亦知其與闡化王為二人。
居正雖知鎖南堅錯非闡化王，但是對於他在宗教上的地位，似乎不很清楚。他所注意的，只是鎖南堅錯的政治作用。他和侯東萊說：
虜王乞番僧追貢事，已屬本兵議處。渠既系烏思藏一種，自難卻謝，但止可照西番闡化諸王例，若欲如北虜貢馬，則不可許也。順義前在宣大，亦曾饋孤以馬匹、弓、矢，彼時止托督、撫諸公，以書謝之，量與回答；蓋孤職在密邇，義不得與外夷相通。今承寄渠書，亦如宣大例，煩公為孤作一書答之，中間略說渠西行勞苦，既得見佛，宜遵守其訓，學好戒殺，竭忠盡力，為朝廷謹守疆場，享壽考太平之福，不宜聽後生妄為，自生煩惱。所言番人追貢事，此種僧人，久失朝貢，本當絕之，茲因渠之請乞，特為允許，但止可照西番例，從陝西入貢，若欲如虜王諸部落貢馬等項，則不可也；明春可即回巢住牧，自渠行後，西邊部落，俱兢兢奉法，惟青把都一種，稍覺參差，以是渠宜早回，約束諸部，堅守約束，以終前功，亦不辜區區數年懷柔撫綏之意也。渠每年賞賜緞匹等物，內庫俱一一送與孤看過，然後發行，渠安得知之，書中亦可略及此意。外仍希處蟒衣二匹，紵絲二匹，茶百斤，米面下程一分，以犒勞之，見渠書已到也。(17)
這還是六年年底的事，次年，居正又屢次提起此事：
藏僧求貢事，誠制馭虜酋之一機。承示即入告主上，已荷俞允，其回賜諸物，皆命內庫送不榖閱過乃發，聖德柔遠之仁，可謂並包無外矣。闡化求封一節，禮部謂彼中見有闡化王，嘉、隆間皆曾入貢，與復封之說相左，恐有詐冒，不得不一行查，可遣使同順義一人至藏中一查之，當得其要領也。其所遺不榖者，雖不可峻拒，宜奏知聖主而後受之，托掖川公量為酬答，以慰其意。仍希以鄙意傳喻順義，促之早歸。建寺一節，似亦可從，俟宣大軍門有疏，即為請行。此酋歸，則貢市愈堅，而西鎮可安枕矣。若將賓兔一枝，攜之來歸，尤妙，不知彼肯從否？(18)
答藏僧鎖南堅錯遍金紵絲二端、銀紵絲二端，此外仍加茶百斤，及細布等物，或再欲從厚，則加一數念珠子。去人不便多繼，煩即於撫賞銀內處給，可入查盤也。仍乞代為傳示，謝其遠意。通貢一節，已奏知主上俞允，今且先授禪師之號，後若化虜有功，次第加進，決不吝惜。此後中華番虜，合為一家，永享太平，垂名萬世矣。其順義先已傳諭，今不審當再諭否？望公以便宜行之。如欲遺以食物，亦即撫賞內處給亦可。(19)
《明史·韃靼傳》稱賓兔為俺答之子：「俺答常遠處青山，二子：曰賓兔，居松山，直蘭州之北；曰丙兔，居西海，直河州之西；並求互市，多桀驁，俺答諭之，亦漸馴。」俺答諸子，自黃台吉以下，凡有數人：在西邊的只有賓兔、丙兔。居正的計劃，要俺答把賓兔帶到宣大塞外，甘肅便可得到暫時的安寧。總之，對付鎖南堅錯，無論何如，居正的目光，始終落在韃靼身上。七年他又說起：
藏僧通貢授官給賞事，前啟已悉，僧衣圖書等項，俱付差人繼上矣。俺酋折北於西伐，從此能卷銳以俟再舉，策之上也。乃逞忿報復，以致部眾離心，勢窮力蹙，必致一敗塗地而後已，此天將亡虜之征也。請和西番，斷不可許。回巢建寺一節，亦只可量助物料，工完，賜以名額。豈有堂堂天朝特為建寺而勸之回巢者乎？凡此皆挾中國以為重，而示威於瓦剌，不可從也。自今勸令回巢之言，亦不必太急。彼既喪敗，勢不得歸，然亦必歸。今在西海，不免為貴鎮擾，公且耐煩處之。撫賞費用，已屬本兵議處，諒彼亦自不能久也。(20)
萬曆七年二月，神宗發疹。慈聖太后看著病勢嚴重，下令僧侶開壇，設法度眾。一個四十歲左右的婦女，認為做些功德，可以「保祐」皇上早日痊癒，本來是一件可笑的事。居正隨即疏稱：「戒壇奉皇祖之命禁止至今，以當時僧眾數萬，恐生變敗俗也。今豈宜又開此端？聖躬違豫，惟告謝郊廟、社稷，斯名正言順，神人胥悅，何必開戒壇而後為福哉？」(21)經過這一度駁回以後，戒壇只有停止。三月初，神宗病體大愈，禮部奉旨擇於初九日請皇上視朝。初八日，文書官到內閣，對居正口傳聖旨：
朕明日早朝，切欲與先生一見，奈先生前有旨，不在朝參之列。明日未朝之時，先於平台召見，說與先生知之。
初九日黎明，居正至文華殿伺候。神宗召見，居正叩頭稱賀道：「恭惟聖躬康豫，福壽無疆，臣犬馬微衷，不勝欣慶。」
神宗說：「朕久未視朝，國家事多，勞先生費心。」
「臣久不睹聖顏，朝夕仰念，今蒙特賜召見，下情無任歡忻，但聖體雖安，還宜保重。至於國家事務，臣當盡忠干理，皇上免勞掛懷。」
「先生忠愛，朕知道了，」神宗說，一面吩咐賜銀五十兩、彩幣六表裡、燒割一份、酒飯一桌。
居正俯伏在下面叩頭。
神宗又說：「先生近前，看朕容色。」
居正奉命，在晨光熹微的中間，向前挪了幾步，又跪下了。神宗握著居正的手，居正這才抬頭仰看，見得神宗氣色甚好，聲調也很清亮，心裡不由感覺快樂。
「朕日進膳四次，每次俱兩碗，但不用葷。」神宗告訴他。
「病後加餐，誠為可喜，但元氣初復，亦宜節調，過多恐傷脾胃。」居正說。這位老臣的態度越發嚴肅了，他鄭重地說：「然不但飲食宜節，臣前奏『疹後最患風寒與房事』，尤望聖明加慎。」
「今聖母朝夕視朕起居，未嘗暫離，」神宗說，「三宮俱未宣召。先生忠愛，朕悉知。」
殿上又是一度沉寂。
神宗吩咐道：「十二日經筵，其日講且待五月初旬行。」居正叩頭以後，退出。(22)
神宗和居正的關係，真是密切。居正是皇上的臣僕，同時也是皇上的監護人。平時對於年輕的朋友和晚輩所不便說的話，居正都說了。「先生忠愛，朕悉知。」這七個字出口的時候，神宗也是十分地感動。君臣間這樣深切的情感，誰會想到還有變動的一日！
萬曆七年，宮中的用度，又開始增加。本來宮中金花銀，按年由戶部送進一百萬兩，自六年起，已經增為一百二十萬了，七年以後，神宗又開始需索。居正看到戶部尚書張學顏感覺困難，便毅然地把責任負起，疏稱：
臣等看得國家財賦正供之數，總計一歲輸之太倉銀庫者，不過四百三十餘萬兩，而細至吏承納班，僧道度牒等項，毫釐絲忽，皆在其中矣。嘉、隆之間，海內虛耗，公私貯蓄，可為寒心。自皇上臨御以來，躬行儉德，核實考成，有司催征以待，逋負者少；奸貪犯贓之人，嚴治不貸；加以北虜款貢，邊費省減，又適有天幸，歲比豐登，故得倉庫積貯，稍有贏餘，然閭閻之間，已不勝其誅求之擾矣。臣等方欲俟國用少裕，請皇上特下蠲租之詔，以慰安元元之心。今查萬曆五年，歲入四百三十五萬九千四百餘兩，而六年所入，僅三百五十五萬九千八百餘兩，是比舊少進八十餘萬兩矣。五年歲出，三百四十九萬四千二百餘兩，而六年所出，乃至三百八十八萬八千四百餘兩，是比舊多用四十萬餘矣。問之該部雲，「因各處奏留蠲免數多，及節年追贓人犯，財產已盡，無可完納，故入數頓少，又兩次奉旨取用，及湊補金花拖欠銀兩，計三十餘萬，皆額外之需，故出數反多也。」夫古者王制，以歲終計國用，量入以為出。計三年所入，必積有一年之餘，而後可以待非常之事，無匱乏之虞。乃今一歲所出，反多於所入，如此年復一年，舊積者日漸銷磨，新收者日漸短少，目前支持已覺費力，脫一旦有四方水旱之災，疆場意外之變，何以給之？此皆事之不可知，而勢之所必至者也。比時欲取之於官，則倉廩所在皆虛，無可措處；欲取之於民，則百姓膏血已竭，難以復支：而民窮勢蹙，計乃無聊，天下之患，有不可勝諱者，此臣等所深憂也！夫天地生財，止有此數，設法巧取，不能增多，惟加意撙節，則其用自足。伏望皇上將該部所進揭帖，置之座隅，時賜省覽。總計內外用度，一切無益之費，可省者省之，無功之賞，可罷者罷之，務使歲入之數，常多於所出，以漸復祖宗之舊，庶國用可裕，而民力亦賴以少寬也。鄙諺雲，「常將有日思無日，莫待無時想有時。」此言雖小，可以喻大，伏惟聖明留意。(23)
萬曆六年還朝以後，居正在對內對外方面，都有相當的把握。北邊的敵人分散了，俺答只是一個降王，替明朝約束韃靼的部落。東北邊也許還有一點問題，但是仗著李成梁的朝氣，和遼東十幾萬大軍，一切都有辦法。整個的內政，已上軌道，只待清丈完畢，把人民的負擔，重新調整。內外的困難已經沒有，但是居正的困難，正在不知不覺地加強。問題只在神宗身上。
做父母的常說：「小的子女好養，大的子女難教。」為什麼？小的時候，子女的個性還沒有發展，遠談不上獨立生存的能力，因此他們聽從父母的指揮，馴伏得和羔羊一樣，引起父母的憐愛。等到大了以後，他們的個性發展了，他們開始發見自己，在生活上，也許需要父母的維持，但是他們盡有獨力生存的能力，為了這一點維持的力量，當然不願接受太大的委屈。於是家庭之內，父母的意志和子女的意志並存，有時從並存進到對立，甚至從對立進到鬥爭。假如一家之中，父母的意志不一致，子女又不止一人，小小的家庭，無形中會成為多角形的戰場。
不過親子之間，究竟有親子之間的天性，而且經過幾千百年以來的禮教，子女或多或少地總覺得在父母面前有屈服的必要。儘管家庭之中，有不斷的鬥爭，但是親子之間，不一定會決裂，這是一個理由。
但是居正和神宗的關係，究竟不是親子的關係。在十歲的時候，小小的神宗，對於居正，只看到一位長鬚玉立的大臣，這是自己的監護人和老師。神宗覺得他可敬，有時不免有點畏懼，但是在大半的時候，居然覺得他可愛。天熱了，看見老師在講書的時候，汗流滿面，神宗吩咐太監們替他掌扇；天冷了，看見老師立在文華殿的方磚上，寒氣森肅，神宗便吩咐太監們拿氈片把方磚遮上，免得老師受寒。有一次，居正在上直的時候，忽然發寒熱，神宗趕忙自己調好椒湯，送給老師。神宗是一個好孩子，待老師真是非常慇勤。
然而現在他已經十七歲了，在早熟的環境裡，他已經娶了親，而且不久以後，他便要做父親。他久已是皇帝，現在更開始發見自己。他有他的意志，這個意志，必然地有和居正的意志鬥爭的一日。關於這一點，姑且不論，而且因為居正垂死的時候，神宗的意志，還沒有達到十分堅強的程度，他們兩人，沒有經過實際鬥爭的階段，所以也可置之不論。但是在神宗發見自己以後，他的意志已經存在，不久以後，逐漸形成和居正對立的地位。這個神宗沒有覺到，居正沒有覺到，但是兩個意志的形成對立，是無法否認的現實。
從明太祖到神宗，這一個血脈裡，充滿偏執和高傲，這是無可諱言的。孝宗有一些柔和，武宗有一些妄誕，但是這一枝中斷，皇位落在世宗手裡。世宗還是偏執，高傲；中年以後，有些頹廢，不過頹廢的中間，時常露出高傲的本色。穆宗看到父親的模範，更加頹廢，不過他還有些高傲。到了神宗，又在這高傲的血液裡，增加新的成分。他的母親是山西一個小農的女兒。小農有那一股貪利務得的氣息，在一升麥種下土以後，他長日巴巴地在那裡計算要長成一斛、一石又硬又好的小麥。成日的精神，集中在這一點上面。經過幾世幾年的熏陶，小農的氣息養成了。慈聖皇太后把這一股氣息帶進北京皇宮裡面，再把這成斛成石的觀念，灌輸到神宗的血液裡。明朝的皇帝，只有神宗嗜利，出於天性，也許只可這樣地解釋。以後傳到熹宗、思宗，嗜利的血液，經過幾度的沖淡，已經不十分顯著，但是國事已到不可收拾的地步，加上熹宗的昏憒，思宗的操切，明朝的覆亡，成為必然的形勢，而一切的禍根，都在神宗好利的時期，已經種下。神宗中年以後，大理寺評事雒於仁疏獻酒、色、財、氣四箴，曾說：
競彼鏐鐐，錙銖必盡，公帑稱盈，私家懸罄。武散鹿台，八百歸心，隋煬剝利，天命難諶。進藥陛下，貨賄勿侵。(24)
御史馬經綸也曾上疏神宗，直言「陛下好貨成癖」。萬曆三十年的時候，神宗病重，看看死日已近，這才下詔把自己發明的那些剝削人民、無補國用的商稅、礦稅，一概取消，召首輔沈一貫入宮，親自把手詔交付他。一貫出宮以後，大臣們一面悲痛皇上的病危，一面也不免慶幸民生的復甦。第二天神宗突然好了，還是捨不得這一大注民財，再派太監們到內閣追還聖旨。大學士方在設法掙扎，太監們來了一個又一個，最後連來二十位，拚命坐索。神宗派司禮太監田義去，田義不肯，神宗從床上爬起來，拿刀子戳上去。內閣裡這二十位太監，磕頭懇求，額角都磕破了，血流滿面，沈一貫無法，只有把聖旨繳進，一切礦稅、商稅照舊徵收，銀兩不斷地向宮中流進，才能滿足這位小農的外孫。
在萬曆七年的時候，這粒嗜利的種子，雖然沒有成長，但已經在那裡萌芽。金花銀增加了，這是一筆收入。其餘的需索，經過張居正、張學顏的諫阻，受到一些挫折。不要緊，神宗的心靈，想到辦法了。他吩咐文書官姚秀到內閣傳諭擬旨，著戶部鑄錢，供給內庫使用。誰能禁止皇帝使錢呢？明朝的貨幣制度，本是一言難盡的事。大體講來，銀兩是當時的本位硬幣，銅錢是輔幣，鈔是紙幣。從洪武以來，新鈔不斷地增發，紙幣和硬幣久已脫離聯繫，成為不換紙幣，只有在頒賞的時候，數量激增，成為意外的壯觀。銅錢和銀兩，雖然多少有些本位幣和輔幣的關係，但是中間並沒有固定的兌換率，錢少了，錢和銀兩的比率便提高，錢多了，錢和銀兩的比率便降低。所以實際上錢和銀兩的關係，不是輔幣和本位幣的關係。洪武年間，每錢千文換銀一兩；到了嘉靖年間，錢太多了，且私鑄盛行，形式薄劣，落到六七千文換銀一兩。在錢法既壞以後，於是通令對於錢的行使，分出等級來；嘉靖錢七百文換銀一兩，洪武以來諸朝的錢千文換銀一兩，古錢三千文換銀一兩，一切濫惡小錢禁止行使。法律雖然有了明文的規定，市場上還是無從整頓。錢法混亂，事態已經非常嚴重。偏偏神宗傳旨鑄錢行使，他看到化費工部的工本，而增加內庫的儲藏，真是一件便宜的事。但是他卻沒有曉得通貨的濫發，只能增加市場的混亂。四月十九日居正上疏道：
臣等查得萬曆四年二月，奉聖旨：「萬曆通寶制錢，著鑄二萬錠，與嘉靖、隆慶等錢相兼行使，戶、工二部知道。欽此。」本月又該工部題鑄造事宜，節奉聖旨：「錢式照嘉靖通寶，鑄金背一萬四千錠，火漆六千錠，著以一千萬文進庫使用。欽此。」萬曆五年二月內，該戶部進新鑄制錢，又奉聖旨：「這錢錠還查原定二萬之數，以一半進內庫應用，一半收貯太倉。欽此。」及查工部題議，制錢二萬錠，該錢一萬萬文，用工本銀十四萬九千兩，大半取之太倉銀庫，此奉旨鑄錢之大略也。臣等看得先朝鑄造制錢，原以通貨便民，用存一代之制，鑄成之後，量進少許呈樣，非以進供上用者也。今若以賞用缺錢，逕行鑄造進用，則是以外府之儲，取充內庫，大失舊制矣。且京師民間，嘉靖錢最多，自鑄行萬曆制錢之後，愚民訛言，便謂止行萬曆新錢，不行嘉靖舊錢，小民甚以為苦。近該五城榜示曉諭，民情少定。今若又廣鑄新錢，則嘉靖等項舊錢，必致阻滯不行，於小民甚為不便。又與原奉聖旨，與嘉靖、隆慶等錢，相兼行使之意相背。臣等措度事體，似為未便。伏望聖明裁審，暫停鑄造進用之旨，待二、三年後，如果民間錢少，再行鑄造，亦未為晚。仍乞皇上曲納臣等節次所陳狂愚之言，敦尚儉德，撙節財用，諸凡無益之費，無名之賞，一切裁省，庶國用可充，民生有賴。不然，以有限之財，供無窮之用，將來必有大可憂者。臣等備員，敢不盡其愚，伏惟聖明亮察。(25)
神宗得疏以後，傳旨停鑄。是月，居正上雝肅殿箴：
北極紫宮，惟皇宅中，身為民表，心與天通。斯須不和則乖戾起，斯須不敬則傲慢叢，念常生於所忽，禍乃發於無窮。是以聖人事心，天命是敕；欽厥止，日謹萬幾；處深宮，心周八極；不以嗜欲滑和，不以逸豫滅德。無作好，無作惡，藹藹熙熙，如春斯煦；無荒色，無荒禽，兢兢惕惕，如淵斯臨。勿謂燕閒，人莫與觀？一喜一怒，作人燠寒。弦急者絕，器平者安，優優和衷，為君實難。勿謂宥密，人莫與弼？一動一言，恆為度律，危懼則存，驕泰則失，昭昭神明，相在爾室。在昔成周，宇內太和，由雝雝其在宮，友琴瑟而不頗。亦曰懿恭，小民懷保，由肅肅其在廟，克對揚於祖考。我皇睿哲，是謂智臨，匪高明之不足，貴育德於靜深。我皇撫遠，是謂開泰，匪豐亨之丕臻，懼此心之或佚。樂以平其情，雖鍾虡不設，而若聞希聲，然後心和氣和而天下平。禮以飭其志，雖升降未施，而若持重器，斯謂無逸乃逸而天下治。故曰，沖和者養威，淡泊者養祿，惕勵者養安，憂勤者養樂。以古為師，於何不儀？平平周道，惟皇建之。以心為鑒，於何不見？穆穆文王，惟皇所憲。朽索在手，勿謂無傷！覆車在睫，奈何弗防？和不可流，敬不可忘，慎終如始，萬壽無疆。(26)
萬曆七年四五月間，發生兩次封爵的問題：一次是皇親王偉封永年伯，(27)一次是遼東總兵李成梁封寧遠伯。王偉是王皇后的父親，神宗的岳父。神宗大婚，授王偉都督同知，現在命文書官邱得用，口傳聖旨，王偉著進封伯爵，吩咐內閣擬旨。神宗連正德二年武宗岳父夏儒封爵，嘉靖二年世宗岳父陳萬言封爵的故事，都送來了。居正無從拒絕，他說：「但既有正德以後事例，王偉系中宮至親，臣等不敢抗違。」但是他也指出：
臣等恭照聖祖定制，公、侯、伯爵非有軍功，不得濫封。國初如魏、定兩公；自以佐命元勳，連姻帝室，彭城、惠安，雖托籍戚里，然亦半有軍功，胙土剖符，皆無容議。宣德中季，始有恩澤之封，宏治以來，遂為故事，然實非高皇帝之舊制也。(28)
他又提到嘉靖八年，世宗曾詔各府、部衙門會議封拜事體的結果，彼時諸臣公疏：
祖宗之制，非軍功不封。夫爵賞者天下之爵賞，人主所待以勵世之具也。今使椒房之屬，與有大勳勞之人，並享茅土，非所以昭有功，勸有德也。今除已封見任者，姑准終身外，此後凡皇親、駙馬，俱要查照祖宗舊制，不許夤緣請封。其有出自特恩，一時賞賚者，亦止照祖宗朝故事，量授指揮、千百戶等官，以榮終身。敢有違例奏請，希圖恩澤，妄引洪熙以後事例比乞者，聽本部及科、道官，即時舉劾，以為貪冒不知止足者之戒。(29)
嘉靖八年奉旨批准。以後嘉靖、隆慶兩朝外戚封爵，只能及身為止，不准世襲，便是嘉靖八年會議的結果。現在居正重新提出，對於王偉的封爵，給與應有的限制。直到居正身後，這個限制才行撤銷。
但是居正對於邊功，便是另外一個看法。萬曆六年三月長定堡之捷，固然是一幕鬧劇，但是十二月東昌堡之捷，卻是一個大勝。這一次泰寧部長速把亥、炒花、連同土蠻、黃台吉、暖兔拱兔、大小委正、卜兒亥、慌忽台等，帶領三萬餘韃靼武士向遼東東昌堡進攻，前鋒一直打到耀州。遼東總兵李成梁一面吩咐諸將各守要害，一面帶領兵馬，出寨二百餘里，直搗圜山，在這一個戰役裡，一共殺去九名官長，八百四十名武士，虜獲一千二百匹戰馬；其餘的韃靼武士，一齊退卻。東邊的捷報到了，神宗告謝郊廟，在皇極門大會百官，宣佈大捷。
居正得到捷報以後，和遼東巡撫周詠說起：
李帥用奇出搗，使賊狼狽而返，乃孫臏走大梁之計，比前長定之捷，殺降以要功者不侔矣。功懋懋賞，國家自有彝典，諸公運籌決勝，功豈容泯？少選，當請旨加恩，不敢蔽也。但李帥去年曾饋我以厚禮，雖當即謝卻，然恐鱗翼或有差池，且不肖於渠，獎提愛護，意固不為不厚，然以為國家，非敢有所一毫市德望報之心也。渠誠以國士自待，唯當殫忠竭力，以報國家，即所以酬知己，不在禮文交際之間也。渠不知鄙意，以為有所疏外，會間幸一譬曉之，以安其心，堅其志。便中草草。(30)
萬曆七年，居正提議成梁封爵。他說：「成梁屢立戰功，忠勇為一時冠，惟有封爵，才可以鼓勵將士。」五月，成梁封寧遠伯。成梁派家人到居正宅中送禮，居正堅決地拒絕，他說：「你的主人身經百戰，封爵是他的本分；我受他的禮物，便是得罪太祖高皇帝在天之靈。」
七年七月，禮科左給事中顧九思，工科都給事中王道成請罷蘇松及應天織造。本來織造是由皇帝派遣內監到江南一帶主持的。他們頒發北京帶來的樣子，要民間如式織作，經費有一部分出於內庫，也有一部分出於鹽稅；但是事實上經過幾次周折以後，民間所得有限，皇宮派人定貨，只成為意內的需索。恰恰這一年江南水災，所以蘇松督造的太監孫隆，更比應天督造的許坤，容易引起民眾的怨苦。在兩位給事中上疏，交給工部查復以後，神宗派文書官到內閣傳諭道：
御用袍服緊急，若如部議取回內臣，改屬撫、按有司，則織造不精，誰任其責？且見有錢糧，不必加派。先生每擬票來。
顯然神宗拒絕召回內臣。第二天居正和張四維、申時行入宮，行禮以後，居正奏道：
「近日蘇、松等處，水災重大，據撫、按官奏報，及臣等所聞，百姓困苦流離，朝不謀夕，有群聚劫奪者。地方錢糧，委難措處。且自前年星變時，親奉明旨停止織造，著孫隆回京。至今尚未完報，是詔令不信，而德澤不宣也。臣等謂宜從該部所請，以彰皇上敬天恤民至意。民惟邦本，願少加聖心。」
「朕未嘗不愛惜百姓，但彼處織造，不久當完，遠不過來春爾。」神宗疲賴地說。
居正追緊一步說：「皇上德意，臣民無不欣仰，即孫隆在彼，亦能仰體聖心，安靜行事。但地方多一事則有一事之擾，寬一分則受一分之賜。今彼中織完，十未四、五，物料、錢、糧，尚有未盡征完者，災地疲民，不堪催督，願皇上且取回孫隆，其應天被災稍輕，許坤仍舊可也。」
居正說話，追緊一步以後，隨即放鬆一步。神宗有了迴旋的餘地，同時他也提出內庫發出銀五千兩，不完全仰給江南錢糧。他說：「近降去花樣，皆御前發出銀兩，並不加派擾民。此一件還著織完回京，其餘則皆停罷可也。」
三位大學士叩頭謝恩，神宗這才把工部復疏交給居正，他說：「先生將去票來。」說過以後，神宗看著三位大學士說：「君臣一體，今有司通不奉行，百姓安得受惠？」
居正代表內閣說：「誠如聖諭，臣等今日，亦無非推廣皇上德意而已。願皇上重惜民生，保固邦本，則百萬生靈，仰戴至仁，實社稷靈長之慶。」(31)
叩頭以後，三位大學士退至內閣擬票，取回孫隆。
事情算是有了一點頭緒，但是沒有結束。承運庫太監孔成上奏，賞賜夷人，缺乏緞匹，請行南京、蘇松、浙江等處增織，又將上用袍服等項，並請織造，共該七萬三千匹。奉聖旨：「工部知道。」工科都給事中王道成一看，知道情形嚴重，上疏請求酌減增造緞匹。工科的奏疏發下擬票，居正才曉得從中又起了變化。「皇上為什麼又要織造呢？」居正想。他看到現在只有再求酌減。在奏疏中，他提出祖宗朝一歲所造，原有定率；嘉靖年間，才有添織，但是只可偶一為之，說不得是常例。以後他更說道：
今查萬曆三年，該庫已稱缺乏，請於歲造之外，添織九萬有餘，其時以大婚禮重，賞賜浩繁，該部不得已，欽遵明旨，設法措處，然聞之各地方庫藏，搜括已盡，經今四年，方得織完，而添造之旨又下。計該庫所開數目，度其所費，非得銀四五十萬，不能辦此。索之庫藏，則庫藏已竭，加派小民，則民力已疲。況今歲南直隸、浙江一帶，皆有水災，頃蒙特恩，破格蠲振，又取回織造太監，疲睏之民，方得更生，乃又重複加派，子惠之恩未洽，誅求之令即施，非聖慈所以愛養元元，培植邦本之意也。民窮財盡，賦重役繁，將來隱憂，誠有不可勝諱者。科臣所奏，宜留聖心。臣等看得該庫偶因三衛夷人，缺少虎、豹一樣服色，及近年北虜俺答款貢，歲增賞賚，溢於舊數，故題請添織，以上二項，委不可已。至於上供御用等項，則近年南京太監許坤，蘇杭太監孫隆，織進御前者，已自足用，不必又取辦於歲造矣。臣等愚見，伏乞聖明再諭該庫查北虜俺答一宗賞賜，一歲約該幾何，及三衛夷人虎豹服色缺少幾何，照數行該地方添織，即作歲造之數，其餘皆可停止。惟冀俯從科臣之言，一概減半織造，其支費銀兩，敕下戶工二部酌處，免復加派小民，庶近日蠲恤之旨，不為虛文，罷極之民，少得蘇息也。(32)
疏上以後，神宗准如所請，但是事實上還是增造，神宗依然得到心理的滿足。
萬曆七年十月，薊遼總督梁夢龍得到消息，土蠻帶領四萬餘騎，向遼東進攻，立即告急。東北方的邊防，突然緊張起來。本來居正對付韃靼的政策，是使他們從內部分裂走向對立的局勢。俺答通貢，封順義王，成為明朝的藩屬；但是土蠻仍然倔強，屢次要求「貢市」，——其實只是通商，——但是居正認為在土蠻沒有屈服以前，談不到「貢市」。事情成了僵局，土蠻屢次引兵進攻，想用武力強迫中國通商，薊遼方面的防務，永遠不能鬆懈，其故在此。神宗在居正把遼東警報奏進以後，立刻吩咐內閣擬旨，諭兵部議進剿之策。居正面奏道：
「九月初間，有北虜俺答部下頭目恰台吉，差人於土蠻營中，偵知土蠻欲糾眾向遼，講求貢市，臣即馳語總督梁夢龍，令其再偵底實，多方設備；傳示遼東總兵李成梁，巡撫周詠，虜若糾大眾至，勿輕與戰，但堅壁清野，使之野無所掠，虜氣自挫。又使梁夢龍親率師東行，發勁兵二枝，為遼東聲援。令薊鎮總兵戚繼光，選精銳，乘間出塞，或搗其巢，或邀其歸以撓之。今據報各官具如臣指：梁夢龍已東駐山海，遣參將許汝栗、楊繼，出關截殺；戚繼光移駐一片石，伺間邀擊，遼東收保已畢。虜以十月初二日，至寧前向中所地方，此中地狹人稀，虜眾無所掠，勢不能久，旦夕必已退遁。今敕本兵姑議驅剿，以後相機別議。且彼中戒備頗嚴，諒無疏失，伏惟皇上少寬聖懷。」
在這一大片敘述裡，居正把遼東的佈置完全說明。
神宗點頭道：「先生費心處置，朕知道了。」(33)
經過這番佈置以後，土蠻的軍隊退去了；後來土蠻和速把亥同駐紅土城，分兵進攻錦州、義州，成梁出塞二百餘里，直抵紅土城，殺去四百七十餘名韃靼武士，這是所謂紅土城之捷。
萬曆七年十月，總理河漕都御史潘季馴，漕運侍郎江一麟奏報河工告成。自從六年正月以來，居正把河、漕事務，完全交付吳桂芳，不幸就在正月，桂芳病歿。二月，居正起用潘季馴總理河、漕。四月，季馴疏辭總理河、漕事務，上諭不許。季馴這才放手做事，六月上疏條陳六事：「一曰塞決口以挽正河；二曰築堤防以杜潰決；三曰復閘壩以防外河；四曰創滾水壩以固堤岸；五曰止浚海工程以免灖費；六曰寢老黃河之議以仍利涉。」
季馴看清河工全無掣肘之虞，居正也看清唯有季馴才是治河之人，所以擬旨：「治河事宜，既經河、漕諸臣會議停當，著他實行。各該經委分任官員，如有玩愒推諉、虛費財力者，不時拿問參治。」季馴得到這一重保障，八月間彈劾淮安水利道河南僉事楊化隆，淮安府通判王宏化治河無狀，上諭楊化隆、王宏化「都著革職，送吏部擬處，毋得概擬復職以致輕縱。」(34)在這些處分後面，看出居正對於季馴的大力支持。但異議還是不斷地發生。季馴主張塞崔鎮決口，御史林碧潭提議崔鎮不當塞；季馴主張築遙堤，林御史提議遙堤不當築。異議在居正面前提出了。倘使居正是一個河工專家，也許他可以給一個解決，但是他不是專家，而且工部尚書李幼孜也不是。居正無法，只能把兩條提議間接和季馴提出，希望得一個解決。他說：
夫避下而趨虛者，水之性也。聞河身已高，勢若建瓴，今欲以數丈之堤束之，萬一有蟻穴之漏，數寸之瑕，一處潰決，則數百里之堤，皆屬無用，所謂攻瑕則堅者瑕矣，此其可慮者一也。異時河強淮弱，故淮避而溢於高、寶，決於黃浦。自崔鎮決後，河勢少殺，淮乃得以安流，高家堰乃可修築。今老河之議既寢，崔鎮又欲議塞，將恐河勢復強，直衝淮口，天妃閘以南，復有橫決之患，而高堰亦終不可保，此其可慮者二也。……不肖有此二端，不得於心，謹此奉聞，幸虛心詳議見教，果皆無足慮，言者云云，皆無足采，則堅執前議可也。若將來之患，未可逆睹，捐此八十萬之費，而無益於利害之數，則及今亦宜慎圖之。如嫌於自變其說，但密以見教，俟台諫建言可也。遄望留神以便措畫。(35)
居正這一封書，完全是商榷的語氣，但是季馴看得很清楚，他認為崔鎮決口必須塞，遙堤必當築。他在條陳六事裡，曾經說過：「竊惟河水旁決則正流自微，水勢既微則沙淤自積，民生昏墊，運道梗阻，皆由此也。」他又說：「照得堤以防決，堤弗築則決不已，故堤欲堅，堅則可守而水不能攻，堤欲遠，遠則有容而水不能溢。累年事築堤者，既無真土，類多卑薄，已非制矣，且夾河束水，窄狹尤甚，是速之使決耳。」季馴對於河工的經驗多了。嘉靖四十四年，隆慶四年，他曾經兩次總理河道，現在是第三次了。他感激居正再給他一個機會，讓他把自己的經驗和學識報答國家，但是他也認定自己的主張，沒有修正的餘地。接到居正去信以後，他重新再說一番。這一來果然把居正折服了。居正說：
前奉書，以河事請問，辱翰示，條析事理，明白洞悉，鄙心乃無所惑。然籌畫固貴預定，興作當有次第，今俟潦落之時，且急築高堰以拯淮、揚之溺，徐觀淮流入海之勢，乃議塞崔鎮。至於蕭縣以北，上流之工，又當俟河、淮安流，乃可舉事。蓋此大事，不獨措理經費之難，且興動大眾，頻年不解，其中亦有隱憂，元季之事，可為大鑒。今之進言者，喜生事而無遠圖，又每持此以歸咎廟堂坐視民患，不為拯救，不知當軸者之苦心深慮也。百凡幸惟慎重審處，以副鄙願。(36)
林碧潭的提議推翻了，居正一切聽從季馴的主張。後人稱居正為偏執，倘使認識居正對於河工的處理，也許不至認為偏執吧！經過這一度論定以後，季馴對於工事，著著進展，萬曆七年秋後，大功完成，季馴致函居正，推功當軸。居正復書道：
比聞黃浦已塞，堤工漸竣，自南來者，皆極稱工堅費省，數年沮洳，一旦膏壤，公之功不在禹下矣。仰睇南雲，曷勝欣躍。追憶庀事之初，言者蜂起，妒功幸敗者，旁搖陰煽，蓋不啻築室道謀而已。仰賴聖明英斷，俯納瞽言，一舉而裁河道，使事權不分，再舉而逮王、楊，使冥頑褫魄，三舉而詘林道之妄言，僕異議之赤幟，使無稽之徒，無所關其說，然後公得以展其宏猷，底於成績，皆主上明斷，屬任忠賢之所致也。公乃舉而歸之不榖之功，惶愧。(37)
季馴於河工告成以後，上疏神宗，這是一篇洋洋灑灑的大文，最後他說起：
臣等乃思欲疏下流，先固上源，欲遏旁支，先防正道，遂決意塞決以挽其趨，築遙堤以防其決，築減水壩以殺其勢而保其堤。一歲之間，兩河歸正，沙刷水深，海口大辟，田廬盡復，流移歸業，禾黍頗登，國計無阻，而民生亦有賴矣。蓋築塞似為阻水，而不知力不專則沙不刷，阻之者乃所以疏之也：合流者似為益水，而不知力不弘則沙不滌，益之者乃所以殺之也。旁溢則水散而淺，返正則水束而深：水行沙面，則見其高；水行河底，則見其卑；此既治之後，與未治之先，光景大相懸絕也。每歲修防不失，即此便為永圖，借水攻沙，以水治水，臣等愚昧之見，如此而已。至於復閘壩，嚴啟閉，疏浚揚河之淺，亦皆尋繹先臣陳瑄故業，原無奇謀秘策，駭人觀聽者。偶幸成功，殊非人力。實皆仰賴我皇上仁孝格天，中和建極，誠敬潛孚而祇靈助順，恩威並運而黎獻傾心；念轉輸乃足國之資，軫昏墊切儆予之慮，宵旰靡皇，絲綸屢飭：其始也，並河、漕以一事權，假便宜以任展佈，故臣等得效芻蕘之言；其既也，逮偷惰以警冥頑，折淆言以定國是，故臣等得盡胼胝之力：俯從改折之議，國計與民困鹹紓，特頒賞賚之仁，臣工與伕役競勸；致茲無兢之功，遂成一歲之內。今兩河蒸黎，歌帝德而祝聖壽者，且洋溢乎寰宇矣，臣等何敢貪天功以為己力哉！
季馴上疏以後，工科給事中尹瑾奉命踏勘。萬曆八年二月，勘畢奏報，降旨加季馴太子太保，升工部尚書兼都察院左副都御史。季馴對於居正的感激，真是徹底，直到居正身後，全家被禍的時候，他還冒著神宗盛怒，上疏請求降恩有釋，終於季馴也得到革職為民的處分。這是季馴黨庇居正嗎？不是。他認識，倘使在萬曆六七年間，沒有居正的支持，他便沒有完成河工、報效國家的機會。
萬曆五年九月十三日，居正的父親逝世，到萬曆七年十二月，已經二十七個月了。神宗詢問吏部，居正何時服滿；吏部復稱扣至萬曆七年十二月二十四日期滿。明代，親喪守制二十七個月，自聞訃日起算，不計閏月。居正九月二十五日聞訃，所以扣至是日期滿。十二月二十三日，神宗派文書官孫斌捧手諭到居正私宅，內稱：
諭元輔張少師先生：在京守制，忠、孝兩全，今當服滿，朕心忻慰，特賜玉帶一條、大紅坐蟒、蟒衣各一襲、金執壺一把、金台盞一副，用示眷知。念五日早朝畢，候朕於平台召見，以後朝參經筵，俱照舊行，先生欽承之。(38)
居正復疏中言：「臣敢不益攄丹悃，仰答隆施！倘筋力之未疲，遠道寧忘於驅策；如髮膚之可效，微生何愛於捐糜？」一切指明這是他那「以其身為薦蓐，使人寢處其上」的志願。
二十五日早朝以後，居正到文華殿，聽候召見。他叩頭謝恩以後，跪奏道：「臣前奉欽依，在京守制，服滿朝見。」
「先生全忠盡孝，萬古留名。」神宗說。
居正重新叩頭道：「臣蒙皇上天恩，委曲體悉，故得以少盡臣子之情，不勝感戴。」謝恩已畢，居正又叩頭道：「昨蒙聖恩，特降手敕，恩賚殊常，尤不勝感戴。」兩度叩謝以後，居正奏稱：「昨奉敕諭，著臣以後照舊朝參，臣即當欽遵。但年前數日，尚在三年之內，余哀未忘，仍望皇上俯容，再寬數日，免令朝參陪論，候元旦慶賀後，照舊朝參供職。」
神宗計算年前只剩幾天，因此吩咐道：「先生元旦出來也罷。」居正叩頭遵旨。
神宗吩咐內監道：「與先生酒飯吃。」居正叩頭道謝。
居正又奏道：「臣在制中，屢荷兩宮聖母慈恩，賜賚稠疊。今服滿，欲詣各宮門外，叩頭稱謝，未敢擅便，請旨。」
神宗說：「是。著張宏引進。」
居正跟隨太監張宏先到慈慶宮外叩頭。仁聖皇太后遣內監傳旨道：「先生忠、孝兩全了，宜益盡心輔佐。」仁聖太后賜銀五十兩、紵絲四表裡。
張宏再領居正到慈寧宮。張宏進去，居正在外面叩頭。慈聖皇太后是神宗生母，因此說話更覺親切。她著張宏傳旨：「皇帝沖年，凡事多賴先生輔佐，天下太平。今服制已滿，忠、孝都全了，宜益盡心處置國事。」慈聖太后吩咐張宏管待居正三杯酒，另外特賜膳九品、金執壺一把、金台盞一副、金鑲牙箸一雙、銀五十兩、綵緞四表裡、葷素食八盒、甜食四盒、酒十瓶。(39)
萬曆六年大婚，群臣一概加恩，居正因守制未預，至是吏部題請加恩。神宗降諭，加太傅，歲加祿米一百石，原蔭武職伊男，升一級世襲。居正再疏辭免恩命，最後神宗准如所請，完成居正功成不居的志願。在再辭恩命疏中(40)，居正提起神宗在日講時候的談話：
先生功大，朕無可為酬，只是看顧先生子、孫便了。
他接受武蔭進級的恩賚，但仍辭太傅加祿。他說：
夫施及於己身者，其恩猶淺，施及於子、孫者，其恩為深；戴德於一時者，其報有盡，戴德於後世者，其報無窮。今蒙聖恩，憐念臣男，擢之衛司，延以世賞，藐焉弱息，荷此殊榮，斯蓋前諭所謂看顧臣子、孫惓惓之意也。臣不勝感激，不勝頂戴，謹拜手祗領，仍囑臣後嗣，世效犬、馬，仰報生成。(41)
萬曆八年正月，吏部因居正任一品官，已滿九年，例應考滿加恩，居正具疏力辭，更提出萬曆五年在京守制的心境，他說：
臣出則綜理國事，盡在公之義，入則守其苴絰，執居喪之禮，是臣之不去者，報君恩也，守制者，報親恩也。士大夫有識者，鹹謂皇上之所以處臣，與臣之所以自處，於君臣、父子之情，庶幾兩全而無害矣。然身雖屬於公家，事實殊於見任，今乃又計算前後月、日，通作實歷，積日累勞，循例考滿，則事同見任，禮曠居喪，君臣之義雖全，父子之情則缺矣。皇上昔日之所以處臣，與臣之所以自處者，豈不兩失之乎？……蓋事必揆諸天理之當，即乎人心之安，乃無歉恨，所謂「求仁而得仁」者。今臣自審，於理欠當，於心未安，故不得不仰控聖明，冀申情款，惟求協夫事理之中而已，非畏人之議已，而故為是喋喋也。伏望聖慈俯鑒愚誠，特停恩命，敕下吏部免臣給由，庶臣得以安心供職，而皇上曲全之仁，與微臣自處之義，終為完善，無所虧缺矣。(42)
經過居正盡情剖白以後，神宗傳旨道：
卿昔為朕勉留，夙夜在公，忠勤彌篤，殊勳茂績，中外所知。該部題請考滿加恩，委系彝典。茲覽卿奏，辭俸守制，與奪情起復不同，朕心更覺洞然。卿之所處，實為恩、義兩盡，足以垂范萬世，特允所辭，以全忠、孝大節。至於卿之勳勞，簡在朕心，當別有酬眷。(43)
萬曆八年二月，神宗親耕耤田；三月奉兩宮皇太后至天壽山謁陵。居正認定現在是歸政的時期了，在扈從謁陵回京以後，隨即上疏乞休。他說：
臣一介草茅，行能淺薄，不自意遭際先皇，拔之侍從之班，畀以論思之任，壬申之事，又親揚末命，以皇上為托。臣受事以來，夙夜兢懼，恆恐付託不效，有累先帝之明。又不自意，特荷聖慈，眷禮隆崇，信任專篤，臣亦遂忘其愚陋，畢智竭力，圖報國恩，嫌怨有所弗避，勞瘁有所弗辭，蓋九年於茲矣。每自思惟，高位不可以久竊，大權不可以久居，然不敢遽爾乞身者，以時未可爾。今賴天地祖宗洪祐，中外安寧，大禮大婚，耕耤陵祀，鴻儀巨典，一一修舉，聖志已定，聖德日新，朝廷之上，忠賢濟濟。以皇上之明聖，令諸臣得佐下風，以致昇平，保鴻業，無難也。臣於是乃敢拜手稽首而歸政焉。且臣稟賦素弱，比年又以任重力微，積勞過慮，形神頓憊，血氣早衰，逾五之齡，鬚髮變白，自茲已往，聰明智慮，當日就昏蒙，若不早自陳力，以致折足覆，將使王事不終，前功盡棄，此又臣之所大恐也。伏望皇上特出睿斷，親綜萬幾，博簡忠賢，俾參化理，賜臣骸骨，生還故鄉，庶臣節得以終全，駕力免於中蹶。臣未竭丹衷，當令後之子孫，世世為犬馬以圖報效也。(44)
居正歸政乞休，本來是一種謀定而動的辦法，但是完全出於神宗和其他諸臣的意料，大眾都有些茫然。神宗立即下旨慰留：
卿受遺先帝，為朕元輔，忠勤匪懈，勳績日隆，朕垂拱受成，倚毗正切，豈得一日離朕？如何遽以歸政乞休為請，使朕惻然不寧。卿宜仰思先帝丁寧顧托之意，以社稷為重，永圖襄贊，用慰朕懷，慎無再辭。(45)
居正奉旨以後，再上第二疏。這一次他決定不再往內閣辦事了，疏中備言：
念臣發跡寒單，賦才譾劣，仰承先帝顧托之重，祗荷皇上眷遇之隆，分當捐身，庶以仰酬高厚之萬一，豈敢輒求引退，圖遂私懷。但臣葵藿之志雖殷，而犬馬之力已竭，一自壬申受事，以至於今，惴惴之心，無一日不臨於淵谷，中遭家難，南北奔馳，神敝於思慮之煩，力疲於擔負之重，以致心血耗損，筋力虺，外若勉強支持，中實衰憊已甚，餐茶茹堇，苦自知之，恆恐一日顛仆，有負重托，欲乞身於聖明之前，非一日矣。獨念國事未定，大禮未完，口嚅嚅而不忍言，心依依而未能捨。今賴皇上神聖，臣得以少效愚衷，中外乂安，國家無事，諸大典禮，皆已完就，乃敢一言其私，蓋亦度其時可以去而去耳。昔顏回有言，東野畢之馬將敗矣，步驟馳騁，朝禮畢矣，歷險致遠，馬力盡矣，而猶求馬不已。無何而東野畢之馬果敗。故舜不窮其民力，造父不窮其馬力，是以舜無失臣，造父無失馬。今臣之乞去，亦非敢為決計長往也，但乞數年之間，暫停鞭策，少休足力；倘未即填溝壑，國家或有大事，皇上幸而召臣，朝發命而夕就道，雖執殳荷戈，效死疆場，亦所弗避。是臣之愛身，亦所以愛國也。(46)
但是神宗堅持不許，聖旨說：
連日不見卿出，朕心若有所失。如何又有此奏！今諸大典禮，雖已奉行，不過禮文之事。機務繁重，賴卿輔理甚切，未便是卿閒逸之時。古之元老大臣，耄耋之年，在朝輔理者不少，卿方逾五十，豈得便自稱衰老，忍於言去。宜遵前旨即出，永肩一德，用成始終大忠。著鴻臚寺官，往諭朕意。(47)
除由內閣擬旨，著鴻臚寺官傳諭以外，神宗另頒龍箋手敕，著司禮監太監孫秀，文書房官邱得用，捧到居正私宅。神宗說：
諭元輔少師張先生：朕面奉聖母慈諭云：「與張先生說，各大典禮，雖是修舉，內外一應政務，爾尚未能裁決，邊事尤為緊要。張先生親受先帝付託，豈忍言去！待輔爾到三十歲，那時再作商量。先生今後，再不必興此念。」朕恭錄以示先生，務仰體聖母與朕惓惓倚毗至意，以終先帝憑幾顧命，方全臣節大義，先生其欽承之。故諭。(48)
慈聖太后和神宗的諭旨來了，鴻臚寺官、司禮太監、文書房官都在那裡奉旨催促供職。在君臣大義的標準下面，居正沒有徘徊的餘地。他只有提出扈駕山陵，觸冒風寒，和近聞三弟居易訃音，感傷致病的理由，請求給假數日，容其調理，少可以後，即行供職。這一次神宗俞允了，數日以後，居正仍回內閣辦事。
居正書牘中，屢次提到歸政乞休的故事。他說：
僕久握大柄，天道忌盈，理須退休，以明臣節。況當典禮告成之日，正息肩稅駕之時，抗疏乞休，甚非得已。乃聖恩留諭再三，未忍固求私便，輒復就列，徐俟再圖。(49)
正少無世韻，宿有道緣，不意為時羈紲，遭遇明主，備位台司，十餘年間，負重剖繁，備極辛楚，然遵道之志，未敢少衰也。頃者賴天之靈，中外乂安，國家無事，乃稽首歸政，懇疏乞骸，亦欲逖慕留侯，庶幾得棄人間事矣。乃蒙聖諭諄切，朝議懇留，不得已，輒復視事，以俟徐圖，但恐世纏日錮，歸宿無期，觖悵觖悵。(50)
弟德薄享厚，日夕慄慄，懼顛躋之遄及耳。頃者乞歸，實揣分虞危，萬非得已，且欲因而啟主上以新政，期君臣於有終，乃不克如願，而委任愈篤，負戴愈重，僝弱之軀，終不知所稅駕矣。奈何，奈何！(51)
去秋及今，四奉台教，以公私多故，久稽裁候。中間以典成乞休，關出處大節，且妄心詖陋，師心獨任，不請先生長者之明訓，率爾行之，罪死罪死。正膺重任，九年於茲，恆恐不保首領，以辱國家。茲幸主德日清，內外寧謐，諸大典禮，皆已竣事，乃以其間，乞不肖之身，歸伏垅畝，以明進退之節，不得已也。重蒙主上暨聖母誨諭諄諄，恩禮申篤，正誠迫於大義，不敢自愛其死，復黽勉就列，然自是羈紲愈堅，憂危愈重矣。吾師何以教之？(52)
弟以譾劣，謬膺重任，恆恐中道顛蹶，有負夙昔期許之心。茲幸主德日新，國家無事，弟乃以其間乞身而歸，未蒙俞允，付囑愈重，早夜兢兢，誠不知死所矣。翁素憐我，何以策之，俾獲全於末路乎？(53)
賈春宇名應元，時為大同巡撫，大致和居正關係不深，因此居正對他的話有些閃爍。王之誥、徐階、李春芳和居正關係較深，這幾封信，值得仔細尋味。尤其王之誥是居正的親家，所以說話更切實。
從居正以上，高拱、徐階、嚴嵩、夏言，凡是當過國家大權的，最後都支付了最大的代價。有的被殺，有的兒子被殺；即使幸而不死，也常有被殺的危險。這一個傳統太危險了，時時給居正以威脅。萬曆五年，居正沒有去位，實際也不免有些懼禍的意思。他說：「恆恐不保首領以辱國家。」知道這一個時期實際政治情形的人，一定明白居正不是亂說。從五年到八年，居正的政治地位更加鞏固，然而居正的危險也更加擴大。一切的危險都發生在神宗身上。
明朝的政治情形，有一點和前後不同的地方，便是沒有攝政的制度。英宗九歲即位，世宗十六歲即位，神宗十歲即位，嘉宗十六歲即位，都沒有攝政或是太后垂簾聽政的傳統。在這一群皇帝中間，世宗最能幹，即位不久，大權隨即到手；嘉宗是一個白癡，大權始終旁落；英宗、神宗即位時的年齡更小，當然談不到親政。英宗初期的楊士奇、楊榮、楊溥，和神宗初期的高拱、張居正，名為內閣大學士，其實是攝政大臣，這是無可否認的史實。三楊始終維持一個合作的局面。高拱、張居正當穆宗在位的時候，在最後的階段裡，已經不能並存，神宗即位以後，居正利用政治機會，撇開高拱，成為實際的獨裁者，這也是無可否認的史實。以後居正逐漸鞏固既得的政權，內而內閣、六部、都察院，外而各省督、撫，沒有一個不是居正推薦的人，言官之中，御史、給事中也幾乎沒有一個不聽居正的指揮。在神宗尚幼的時候，這個正和《古文尚書·伊訓篇》所說的「百官總已以聽塚宰」，《偽孔傳》「伊尹刮百官，以三公攝塚宰」相合。但是現在神宗年已十八，久已超過應當親政的時期。居正當國，便等於神宗失位，成為不能並立的形勢。在這一個情態之下，居正頭腦糊塗一點，便可以做王莽；氣魄大一點，也可以做曹操。但是居正不是王莽、曹操，而且在那個提倡忠孝的環境之下，也不容許王莽、曹操的產生。居正以忠孝自負，而忠孝自負的主張，又和專權當國的現實，不能融洽，心理遂陷於極端的矛盾狀態。
矛盾的心理，懼禍的心理，最後驅使居正走上歸政乞休的路線。以威福奉還主上，也許神宗不至於不容自己優遊林下吧！他甚至說不敢決計從此一去不返，只要稍許休息，日後在必要的時機，仍然「朝聞命而夕就道，效死疆場，亦所弗避」。(54)這是委婉的說法，只想神宗給他一個脫身的機會。居正不是沒有機權的人，但是這一次的乞休，確是出於至誠。攝政的皇帝做過八九年，明代開國以來，四個在位的皇帝，時期都沒有這樣長，居正還不應當滿足嗎？對內對外，整個的國家上了軌道，自己去位以後，內閣裡面張四維、申時行，都是自己引進的人，諒意不至於反噬。江陵的家產雖然不大，但是總算富厚了，那裡有五十幾歲的老妻，有兒子，還有最近新添的三四個孫子，門庭以內，充滿快樂的空氣，為什麼不回去？居正又曾說過：「不榖比者抗疏乞歸，群情驚惑，不知鄙意固有在也。夫不得決去於宅憂之時，而乃乞骸於即吉之後，此豈尋常大臣所為進退者耶？顧此意不敢以告人，而世亦無知我者。茲承華翰，深獲我心，但獎借過情，深用為愧耳。」(55)徐中台怎樣「深獲我心」，我們無從知道，但是從居正和他的關係而論，中台還夠不上深談，居正之言，只是一種機權。假如我們記得居正宅憂之時，神宗年十五歲；乞骸之時，神宗年十八歲：那麼我們不難深獲居正的用心。
一切都看在那個小農之女的目光裡。是因為她從民間出身，接近大地，所以賦有特殊的智慧，驚人的常識嗎？我們不敢說。但是她能瞭解居正，她對神宗說：「待輔爾到三十歲，那時再作商量。」「這是一位隨時督責、隨時罰跪的母親，連外祖父武清侯李偉都畏懼她。有一次外祖父做錯事，聖母把他召進宮內，切實訓誡，(56)何況自己？」神宗又在沉思了。龍箋手敕提到聖母慈諭，實際是把居正攝政的時期，再延長十二年；也就是神宗的失位，再延長十二年。神宗說過：「朕垂拱受成，倚毗正切，」這九個字，值得仔細玩味。在虛君政治制度沒有確實成立以前，這一種辦法，必然會造成皇帝和首輔的決鬥。殘忍的女人啊！一位毛妃，造成居正和遼王憲的決鬥；一位李太后，造成居正和神宗的決鬥。這才是人生的不幸。居正自言「自是羈紲愈堅，憂危愈重矣」；又言「付囑愈重，早夜兢兢，誠不知死所矣」。這些話都是事實。但是他現在竟沒有自全之策。「鳳毛叢勁節，只上盡頭竿，」盡頭竿究竟不是一個安全的地位。
就在八年三月，居正得到一件大喜的事，他的第三子懋修中了殿試第一人。這一次主考是內閣申時行、侍郎余有丁。在當時的情狀下，首輔的兒子當然會高中的，何況懋修在兄弟中，才具較高呢？主考閱卷，擬定懋修第三，進呈御覽。神宗看過以後，改為第一。這一科，居正長子敬修也成進士。居正六子中，敬修、嗣修、懋修，至此都成進士，第四子簡修，加恩授南鎮撫司僉書管事。
八年閏四月兩廣總督劉堯誨奏報討平八寨。兩廣的吏治，向來是一個問題：吏治不清，地方不安，人民起義，和少數民族的暴動，成為相應而來的事實。八寨在廣西桂林、平樂兩府，本來是僮人群居的場所。隆慶年間，殷正茂進兵古田的時候，八寨先降，於是並龍哈、咘咳為十寨，立長官司。萬曆六年，曾經有一次動亂，兩廣總督凌雲翼隨即進兵。雲翼去職以後，堯誨繼任，八寨又來一次動亂。居正和堯誨討論過幾次：
廣右議征八寨，此或不容已者，已屬本兵從其請矣。(57)
八寨之征，在兩鎮似不容已，本兵已復從其請。(58)
這都是萬曆七年的事。第二年八寨敉平，居正談到兩廣的情況：
八寨兵已奏捷，諒此時竣事矣。武弁遊民，私買賊級，乃廣中沈錮之病，今得力祛此弊，則功賞皆實。但先年有旨，凡大舉征剿，皆憲臣親臨紀功，今不知紀功是何司、道官。紀功得人，積弊乃可革也。黃總戎頗有志向，不安下流，但微負氣。將官負氣，正可駕馭而用之，固愈於頹靡、懦熟，剝削以事結納者也。俟到任信至，如尊諭戒諭之。(59)
八年二月，河工勘報完成，潘季馴升工部尚書兼副都御史；這是一個崇銜，其實用不到管事。明朝有添注官，在實缺官以外，臨時添設，本來是一種酬勞的意義。但是季馴在河工已久，委實需要休息了，居正想起前任兩廣總督凌雲翼，現任南京兵部尚書，只是一個閒曹，決定派雲翼總督漕運，以為代潘的地步，同時再調潘代凌，成為潘、凌對調。他分別和兩人說起：
兩承翰教，領悉。比者平成奏績，公之膚功，固不待言，然亦借督、漕同心之助，況河、漕歸並，已有成命，則今之代江(60)者，亦即以代公，不可不慎也。反覆思之，莫如洋山(61)公為宜。此公虛豁洞達，昔在廣中，僕妄有指授，渠一一取其意而行之，動有成功，則今日必能因襲舊畫，以終公之功，一善也。官尊權重，足以鎮壓，二善也。留京參贊(62)重任也，朝廷加意河、漕，特遣重臣以行，則在事諸臣，誰不奮厲？三善也。南中道近，聞命即行，不煩候代，則漕事不致妨廢，且得數月與公周旋，同心計處，何事不辦，四善也。公即旦夕回京，亦不過添注管事，駢枝閏位，何所用之？不如即代洋山，是身不離南中，可以鎮異議，屬人心，此中八座虛席，一轉移間，又無妨於他日之柄用，於公亦有利，五善也。有此五善，慮之已熟，故違部議而請上行之。恐公不達鄙意，敢布腹心。(63)
向承教，粵中經理，不辭再勞，具見公忘身徇國，不勝敬仰。後思彼中事體，近已略定，好議喜事者知鄙意有在，亦自斂戢，而不敢復興事端，今若無故易置，反覺多事；且瘴病之鄉，亦不忍再煩也。河、漕虛席，因憶公鴻猷偉略，優遊留省，無以騁才，而河、漕重任，比之東粵，尤為緊要，先朝嘗特遣重臣經理；且二三年間，僕力主印川公治河之策，幸有成功，今仍須素有威望者繼之，庶可以行僕之意而終潘之功。博求中外，無如公者，故暫借經理。他日此中八座或虛，一轉移間，其事又甚易也。恐公不達所以借重之意，而有外於左右，故略布區區，萬望鑒諒。(64)
居正在政治方面的成績，逐日進展，但是對於居正不滿的呼聲，仍然不斷。八年三月，南京兵部主事趙世卿奏匡時五要，請廣取士之額，寬驛傳之禁，省大辟，緩催科；最後提出言路當開。他說：
近者台諫習為脂韋以希世取寵，事關軍國，捲舌無聲，徒摭不急之務，姑塞言責，延及數年，居然高踞卿、貳，誇耀士林矣。然此諸人豈盡奊詬無節，忍負陛下哉？亦有所懲而不敢爾！如往歲傅應禎、艾穆、沈思孝、鄒元標，皆以建言遠竄，至今與戍卒伍，此中才之士所以內自顧恤，寧自同於寒蟬也。宜特發德音，放還諸人，使天下曉然知聖天子無惡直言之意，則士皆慕意輸誠，效忠於陛下矣。
世卿此疏直指居正，當然引起居正的激怒。因此吏部尚書王國光改世卿為楚府右長史。明代王府官不易升調，一入王府，實際成為禁錮，世卿這一次調任，其實是一個嚴重的處分。
八年八月間，刑部侍郎劉一儒致書居正，討論時政。一儒，夷陵人，是居正的親家，居正的女兒嫁給一儒之子戡之。在新婦進門的時候，一儒看到妝奩中的珠玉錦緞，盈箱滿篋，連忙吩咐另行封鎖，一概不許動。一儒當然有他的計算，兒婦談不到反對。居正在政治上的地位，正在不斷亢進，一儒和他說：
竊聞論治功者貴精明，論治體者尚渾厚。自明公輔政，立省成之典，復久任之規，申考憲之條，嚴遲限之罰，大小臣工，鰓鰓奉職，治功既精明矣。愚所過慮者，政嚴則苛，法密則擾，今綜核既詳，弊端剔盡，而督責復急，人情不堪，非所以培元氣而養敦渾之體也。昔皋陶以寬簡贊帝舜，姬公以惇大告成王，淪洽當代，矩矱後世，願明公法之。(65)
假如居正接受一儒的忠告，定然可以收回大部分的人心，但是居正接受這個忠告，便不是居正了。萬曆初年的政局，終於留下精明有餘、渾厚不足的印象。
朝廷大政，一切有居正負責，十八歲的神宗，閒得沒有事做，四書五經無須再讀了，他便慢慢地尋求消遣的方法。皇上所住的是乾清宮，宮裡的內監大小不等，管事的稱為牌子太監。乾清宮牌子太監孫海、客用，既然負責伺候皇上，他們便逐漸引導神宗尋求娛樂。有時皇上帶同太監們，短衣窄袖，一同出宮，嬉游竟日。怕什麼？手上帶的是刀杖，根本不怕什麼意外。一次神宗到西城，正在喝過酒以後，醉眼朦朧地吩咐小內監唱曲子。也許是小內監撒嬌吧，偏不肯唱。這是欺君之罪，還了得！皇上有的是刀子，嘩喇一聲，刀子出鞘，嚇得小內監直抖，旁邊的人求情，經過使勁鞭撻以後，這才平了神宗之怒，但是到底還把小內監的頭髮割下，實行割發代首的故事。真有趣，整個的人生都戲劇化了。神宗仍在兵杖簇擁的中間，帶醉回到乾清宮。
神宗酒醒以後，馮保久已奏明慈聖太后了。慈寧宮的太監正在催促神宗前去。沒奈何，去吧！慈聖太后看見神宗，喝聲跪下。神宗長跪在那裡，聽聖母的訓導。慈聖太后把神宗的過失，一五一十地數說一番。神宗無從辯護，眼淚簌簌地落下，最後他只有請求慈聖太后給他一個改過的機會。慈聖這才吩咐神宗撿出一本書來。重行長跪以後，皇帝打開書本一看，正是《漢書》卷六十八《霍光傳》，他讀到「光即與群臣俱見，白太后，具陳昌邑王不可以承宗廟狀」，眼淚從眼眶裡直流，想不到一晚的狂歡，得到這樣嚴重的後果。(66)
現在的霍光是張居正。但是居正懇請慈聖太后准予神宗改過，他提出這只是一時的糊塗，究竟和昌邑王不同。慈聖太后意轉以後，才吩咐居正代神宗下罪己手詔，一份給太監們，一份給內閣。罪己的語句，著實委屈神宗，但是不是這樣，挽回不了聖母的盛怒。居正竟寫下了。(67)
孫海、客用凡事引誘，無所不為，著降作小火者，發去孝陵種菜。爾等司禮監，並管事牌子，既受朝廷爵祿，我一時昏迷，以致有錯，爾等就該力諫乃可。爾等圖我一時歡喜不言，我今奉聖母教誨，我今改過，奸邪已去。今後但有奸邪的小人，爾等司禮監並管事牌子，一同舉名來奏，該衙門知道。(68)
昨朕有御筆帖子，先生看來未曾？孫海、客用，朕越思越惱，朕今又降做小火者，發去南京孝陵種菜。先生等既為輔臣，輔弼朕躬，宗廟社稷，所繫非輕，焉忍坐視不言？先生等既知此事，就該諫朕，教朕為堯舜之君，先生等也為堯舜之臣。朕今奉聖母聖諭教誨，朕悔過，迸去奸邪，先生等各要盡心輔朕。(69)
居正和馮保商議以後，覺得孫海、客用處分嫌輕，立即上疏再求加重，充做淨軍，神宗當然照準。其次馮保提出司禮監太監孫德秀、溫泰，兵仗局掌印周海，都有應得之罪，其他內監一概責令自陳，切實整頓。這次居正上疏，在神宗和居正的關係上，留下重大的影響：
臣等恭誦綸音，不勝欽仰，不勝惶愧。仰惟皇上天挺聖資，幼而聰穎，自臨御以來，講學勤政，聖德日新，臣等每自慶幸，以為親逢堯舜之主，庶幾復見唐虞之治矣。乃數月之間，仰窺聖意所向，稍不如前，微聞宮中起居，頗失常度，臣等心切憂惶，但身隔外廷，不知內事，即有所聞，未敢輕信，而朝廷庶政，未見有闕，故不敢妄有所言。然前者恭侍日講，亦曾舉孔子益者三樂，損者三樂，並益者三友，損者三友兩章書，請皇上加意省覽，蓋亦陰寓諷諫之意。又數日前，曾問文書官云：「臣聞皇上夜間遊行，左右近習皆持短棍兵器，此何為者？」乃文書官回說：「並無此事。」臣等亦遂以所聞為妄，不敢復言。連日因睹御筆帖子，處治孫海、客用兩人，因而詢訪，始知此兩人者，每日引誘皇上燕閒，游宴別宮，釋去法服，身著窄袖小衣，長街走馬，挾持刀杖，又數進奇巧戲玩之物，蠱惑上心，希圖寵幸。臣等連日寢食不寧，神爽飛越，可惜天生聖主，被這幾個奸佞小人，引誘蠱惑，一至於此，擬俟日講時，面奏諫勸，以盡愚忠；乃蒙聖母諄諄教戒，皇上幡然改悔，迸去奸邪，引咎自責，又宣諭臣等，盡心輔導，此蓋九廟列聖之靈，默啟我聖母之心，形之譴責，陰佑我皇上之心，自悔前非也。夫人孰無過，惟過而能改，則復於無過。自茲以往，皇上依然為堯舜之主，臣等亦庶幾可勉為堯舜之臣矣。宗社生靈，易勝慶幸！但古語云：「樹德務滋，除惡務盡。」臣等竊聞近日引誘之人，在孫海、客用，固為尤甚，而其中諂佞希寵，放肆無忌者，尚不止此二人。如司禮監太監孫德秀、溫泰，兵仗局掌印周海者，皆不良之人，其罪亦不在孫海、客用之下。今皇上既將此二人，置之於法，以示悔過自新之意，則孫德秀等，亦不宜姑容在內，以為聖德之累。伏望皇上大奮乾斷，將孫德秀等一體降黜，以彰日月之明。其司禮監管事等官，平日為忠為佞，諒莫逃於聖鑒，合無俱令自陳，請自聖斷：老成廉謹者，照舊管事；諂佞放肆者，悉加汰黜。且近日皇穹垂象，彗芒掃宦者之星，亦宜大行掃除，以應天變，以光聖德，此皇上修德改過之實政也。臣等又聞漢臣諸葛亮云：「宮中府中，俱為一體，陟罰臧否，不宜異同。」臣等待罪輔弼，宮中之事，皆宜預聞。臣居正又親承先帝遺命，輔保聖躬，比之二臣，責任尤重，今乃徒避內外之嫌，不行直言匡救，以致皇上有此過舉，孤負先帝付託之言，萬死不足以自贖，除痛自省勵以圖報稱外，既蒙皇上明發德音，昭示聖意，臣等此後亦不敢復以外臣自限，幾皇上起居及宮壺內事，但有所聞，即竭忠敷奏，及左右近習有邪佞不忠，如孫海、客用者，亦不避嫌怨，必舉祖宗之法，奏請處治，仍望俯允施行。皇上亦宜仰遵聖母慈訓，痛自改悔，戒游宴以重起居，專精神以廣胤嗣，節賞賚以省浮費，卻珍玩以端好尚，親萬幾以明庶政，勤講學以資治理，庶今日之悔過不為虛言，將來之聖德愈為光顯矣。臣等無任瀝血哀懇之至，伏惟聖慈鑒宥。(70)