對於董明珠來說，在為格力征戰的歷程中，她所擔心的主要是外部的市場問題。但是，從2003年到2005年，格力電器的改制風波可能是董明珠進入格力以來所經歷的最大的一場風波。這場風波，使得格力的前途一度出現迷惘。同時，也將珠海市政府、外部媒體、外部投資者等諸多方面牽涉其中。
在與格力集團多年的矛盾衝突中，董明珠一直如履薄冰，但她強硬的個性始終都沒有改變。她毫不猶豫地說：「我是在不斷地鬥爭。當然，我也不是跟所有的人鬥，而是跟我認為不正確的人鬥。鬥爭之中，我總有一種能贏的感覺，因為我是正確的。每次鬥爭的勝利，都會讓我感到興奮。這些年，我好像一直都在鬥爭，而且越鬥越勇，越鬥越能把壓力變成動力。」
朱江洪和董明珠都是很有責任感的人，總感覺企業沒有道理做不好。在格力電器的改制風波中，朱江洪和董明珠力排萬難，理清亂麻，格力因他們而得到了重生。雖然這個企業不是他們自己的，他們也同樣是打工的，但他們完全把發展格力作為自己畢生的事業，像對自己的孩子一樣地來愛護格力，來培育格力，使格力不斷成長。以他們的性格，要麼就不做，要做就做好。因為他們清楚國企的複雜性，越是面臨複雜的局面，就越不能違規。
2004年以來，格力集團不僅高層人事變動頻繁，而且一名副總裁、集團旗下房產公司的總經理、集團旗下凌達壓縮機廠的總經理等多人被拘留審查。格力集團多年來從銀行貸款十幾億元，又從格力電器得到分紅8億元，完全可以踏踏實實地幹出一番事業，可結果恰恰相反。集團陷入窘境不說，高達數億元的到期貸款壓得集團喘不過氣來。格力集團最初大舉借債進入的房地產、燃料油和壓縮機等行業都是利潤較高的行業，這些產業佈局都沒有問題，而且起點很高。但是，為什麼這三項主業都會出現虧損呢？
隨著格力集團越來越多的高管被抓，集團的黑洞也越曝越大，格力集團已經露出無法阻攔的敗象。這時，與格力集團積怨頗深的董明珠強硬地說：「數億國有資產流失的背後是不是放縱？放縱的背後是不是有什麼見不得人的事？」
董明珠一直認為：國企的體制問題實際上還是用人的問題。有人就有一切。優秀的人就會做出優秀的企業，就這麼簡單。有什麼樣的思想，就能打造什麼樣的企業。只要選對了人，體制就不是問題。只要有不影響企業發展的環境，體制就不是問題。有些人認為國企不是自己的企業就不認真做。格力電器如果這樣，並任人唯親，也會搞不好。做國企要頂住壓力，還要犧牲和放棄很多東西。
2003年，格力電器開始醞釀改制事宜。
董明珠對企業改制的看法是：改制既要保證國有資產不流失，還要保持企業的持續性發展。只要國有資產不流失，怎麼改制都是可行的。以格力電器為例，格力電器當初虧損5000萬元，現在資產有20多億元，這就是資產的升值。如果再將企業賣到好的經營者手裡，就是給國家創造了財富。國家既得到了資金，同時又使這個企業保持了可持續發展，這才是國有資產最好的轉制。
面對改制，朱江洪認為：保證企業的持續發展才是最重要的。從企業的激勵機制來說，如果員工能夠持股，肯定會對一些不符合自己利益的決策進行抵制。如果企業的戰略投資者較多，對形成科學的企業決策就會更加有力。改制的關鍵是要引進人才戰略投資者，分散股權，規範決策程序，防止錯誤決策。格力電器需要的戰略投資者，必須是對企業的重大決策有見解、能進行科學決策的機構或企業。
這次改制風波給格力電器以及董事長朱江洪引來了一個不小的麻煩。
2003年11月11日，《經濟日報》整版刊登了題為《奮進中的珠海格力集團》一文，《粵港信息日報》也於同日進行了刊登，文中明顯帶有以格力小家電打壓格力電器的痕跡。
格力電器授權律師事務所發給《粵港信息日報》的律師函中指出：格力小家電的產品質量水平、技術水平，與「好空調，格力造」在消費者心中的良好形象，有很大的反差。而《奮進中的珠海格力集團》一文，卻對格力集團的格力小家電持肯定態度，文中極力宣揚格力小家電的市場地位和其產品質量、技術水平，稱「生產的電暖器連續3年在國內市場銷量名列前茅」，稱「電風扇、電飯煲、電磁爐、飲水機也進入了行業前三名」，均與事實不符。
這時候，全國的媒體和網站也紛紛出現針對此事的評論文章，最多的一天，有三十幾篇攻擊格力電器的文章出現，其步調一致很是讓人意外。董明珠和格力電器的領導層起初很是意外，但後來他們就習以為常了，因為幾個月後與國美交惡時，媒體的表現也是如此。這也是國內財經媒體的一個「潛規則」。
2003年12月，《粵港信息日報》頭版頭條刊發評論性文章《格力再現褚時健式人物》，把朱江洪評析為另一個褚時健。褚時健就是雲南紅塔集團的原任董事長。文章稱朱江洪「想通過股權置換，擬用MBO方式實現企業改制，把集團公司所擁有的58%的股份中的30%歸他個人所有」，把朱江洪描繪成一個侵吞國有資產的「59歲現象」人物。
朱江洪認為此文是對他的嚴重誹謗。2003年格力集團虧損逾億，管理一團糟，格力電器贏利逾3億蒸蒸日上，而文中卻把集團董事長描繪成是國有資產忠實的看門人，朱江洪則成了國有資產侵吞者。這種筆法使人感到寒心。他心力交瘁，歎息這是「創辦格力以來最艱難的日子」。朱江洪於2004年初起訴作者仲大軍侵犯其人格、名譽權。法院判決朱江洪勝訴，對方被要求除刊登文章向朱江洪道歉外，還向朱江洪賠償10萬元的精神損害撫慰金。
同時，關於格力電器建賬外賬、設立小金庫、燒賬本的傳言到處流傳。珠海的紀檢、工商等部門也進駐格力電器進行調查。格力集團有些人的目的很明確，就是把朱江洪和董明珠趕出格力。
董明珠毫不示弱，她直指集團一些做法是想掏空上市公司、利用上市公司滋養腐敗。董明珠疾呼：「無論是企業還是個人都要敢於揭短，敢於正視自己的問題，敢於把自己的醜陋、錯誤暴露給別人，讓別人來幫助自己。在總結經驗的過程當中，不要互相指責，而是應該幫助。」她在媒體面前毫不避諱地說：「格力集團長期運作不規範，出事是遲早的事兒。」
傳言和詆毀襲來的時候，正是格力電器第四期工程竣工準備剪綵典禮的時候，也是格力電器為其未來的增長佈局謀篇的關鍵節點。就是這樣，朱江洪和董明珠往往是每天早上看完一厚疊媒體的「報道」，下午還要面帶笑容出席公司擴建工程的奠基儀式。即使是去外地出差，也得匆忙趕回珠海，配合有關方面搞反覆的「談話」「調查」。董明珠心裡明白：在國有企業，墨守成規把企業搞跨了可能還沒有責任，異地做官就是了。反之，不管你把企業搞得多紅火，但只要有一點違規，責任你都逃不了。在國企做領導，必須十分謹慎，不能犯錯誤。
在格力集團和格力電器的鬥法中，董明珠是被集團拉攏的重點對象。集團派人來見朱江洪，開出的條件是：自動退休，退休以後拿5年的年薪，每年200萬元共計1000萬元。如果不退的話，就召開股東大會罷免他。對董明珠的條件是，朱江洪走後，董事長、總經理兩個職位任她選。
得知了最後通牒的內容，董明珠對朱江洪說：「雖然這個人不懂企業，也不懂管理，但是我覺得他還是認可你的。」朱江洪一笑說：「他給我錢我也不敢拿，也不能拿，這不合法。」此時，朱江洪的心態是：無所謂，不讓做就不做。不做不是我個人的損失，是企業的損失，是政府的損失。在承受如此巨大壓力的情況下，朱江洪也想過走，但走了之後格力怎麼辦？股民的投資怎麼辦？員工的出路又怎麼辦？最後他還是決定留下來「坐以待斃」。這是一種完全憑良心干的想法。
關鍵時候，董明珠的鬥志和能力爆發了出來。當時她就對朱江洪表示：這不是你做不做的問題，而是你對與錯的問題。集團被那些人搞得虧了幾十個億，要是他們來做格力電器，企業很快就會被斷送掉，這也勢必損害了國家利益。這個時候，你一定要堅持，就算不做也得有一個說法。
在股權分置改革期間，珠海市政府組織一個班子專門到深圳、北京和上海等地考察，並拜訪持股的證券公司，每到一處，讓參與考察的官員們感到意外的是，基金經理們提出的第一個問題都是：「朱江洪還能留任嗎？」有的人甚至還直言：「格力股改的具體條件我們不太感興趣，我們最感興趣的是朱江洪能不能不走。」
時任格力集團董事長徐榮本想在格力電器換屆股東大會上，完成對朱江洪格力電器董事長職務的罷免事宜。而就在會議召開的前一天，由於獲悉了內情，董明珠親自去找了分管工業的市委書記，力陳利害關係。珠海市政府當天深夜做出決定：不准徐榮參加第二天的股東大會，讓他寫下委託書委託他人參加。這對集格力集團黨委書記、法人代表、董事長、總經理於一身的徐榮來說，無疑是一個沉重的打擊。這場鬥法，以徐榮於2004年1月去職暫時告一段落。
最終，朱江洪與董明珠這對默契的「朱董配」，仍然帶領著格力電器人嘹亮地唱著那曲「眾人划槳開大船」。雲開日出之時，格力電器依舊是珠海的一道鮮艷的彩虹。
改制後的格力電器結束了控股集團「一股獨大」的局面，實現了股權的多元化，這不僅為格力的快速發展奠定了基礎，也為國有企業改制提供了經驗。