千古一帝李世民駕鶴歸西，經玄奘幾多努力剛剛建立起來的強有力外護，旋即失去。貞觀二十三年（公元649年）七月，二十二歲的高宗李治繼位。從此，玄奘不得不與英明睿智、胸襟氣度遠遜於唐太宗的高宗皇帝打交道。
永徽元年（公元650年），時年五十一歲的玄奘在大慈恩寺專心翻譯佛經。為了保證翻譯進度，他制定了一套自我約束的進度表，每日必須按表完成。因而，玄奘每天三更才眠，五更復起。除了譯經外，每日黃昏前後，他還要用兩個時辰講解新翻譯的經論，為前來學習的各州僧人答疑解惑。
他既然身兼上座之職，必須處理寺務，會晤前來拜訪的大德高僧，逢迎朝廷的王公大臣，回復皇家的咨詢。雖然諸務纏身，但玄奘神氣綽然，無所壅滯。多年的修行，讓他的精敏強力異於常人。
玄奘的西行經歷，近乎神話，弟子們自然很好奇，都想知道他是如何完成這樣的壯舉的。因而，有時在忙碌了一天之後，玄奘心情愉悅時，也會在弟子們的圍攏下有一搭沒一搭地講一講自己西行途中的種種歷險故事：沙漠迷路，高昌絕食，路遇盜賊，降服外道，菩提樹下，那爛陀寺，環遊五印，法戰群英……說者無心，聽者有意。他的弟子惠立是個有心人，每次聽了師父講述的往事，就一一記錄下來，再參考辯機記錄整理的《大唐西域記》，最終完成了關於玄奘生平的最早、最權威的傳記——《大慈恩寺三藏法師傳》。
永徽三年（公元652年）陽春三月的一天，五十三歲的玄奘忽然想到，他在歸國之前，一位耆那教徒曾替他占卜，說他的壽命還有十年。若照那樣計算，他在兩年前就應該撒手歸天了。由此看來，他翻譯佛經的使命尚未完成，所以彌勒菩薩尚不肯讓他回歸兜率天。不過，有感於世事無常，玄奘唯恐從天竺帶回的經藏散失，也為了防範水火之災，他上書高宗皇帝，請求於慈恩寺西院修建石塔，以妥善保存從印度帶回來的佛經、佛像。因石塔工程浩大，建造不容易，最終改為磚造。這就是長安大雁塔的由來。
盛夏五月的一日，玄奘正在大雁塔工地上背著竹筐搬運磚石，忽然看到一位風塵僕僕的梵僧走了過來。他說他法號法長，是中印度那爛陀寺的上座智光與大菩提寺上座慧天派來，專門給玄奘送信的！
在曲女城的辯論大會上，玄奘曾與他們兩人法戰辯論，使得兩人心服口服。玄奘回國後，三人一別十數載。他們十分思念玄奘，於是派法長不遠萬里前來問候。
玄奘手握著梵僧法長的雙手，激動得熱淚盈眶，半晌說不出話來。法長將慧天法師的書信呈上，玄奘用顫抖的雙手拆開，那一長串秀麗的梵文跳入眼中。
玄奘悲喜交集，將法長領到自己的寮房，細細詢問他離開中印度之後的情況。當他得知戒賢大師已經圓寂之時，不禁熱淚滂沱，大放悲聲。在印度期間，戒賢大師對玄奘可以說是傾囊相授，把自己百年的學問毫不保留地傳授給了他。臨別之時，更是諄諄教導。而今天各一方，怎不叫玄奘痛徹心扉，萬分傷悲。而當他聽到智光已經繼承戒賢大師的衣缽，主法那爛陀寺，慧天也成為大菩提寺的住持之後，又感到十分興奮。印度佛法有他們傳承，必然法運綿長。
玄奘將法長留住了兩年，直到永徽五年（公元654年）才讓他回印度。同時，玄奘開列了一張渡河時失落的經卷名單，請法長帶回。希望慧天和智光能設法抄寫補足，等有人再來，捎到中國。
在印度之時，玄奘可以用全部的精力修學佛法，但回到中國，他不得不小心翼翼地周旋於各種政治勢力之中，慎之又慎地處理政教之間的微妙關係。好在玄奘是開悟得道的智者，他的心靈異常敏銳，對各種可能影響佛教未來走向的事情都能做出正確的預判，把握得恰到好處。因而，不管在怎樣惡劣的情況下，他總能化險為夷，使得局面向有利於佛教的方面轉變。
然而，中國政治歷來都是各種勢力鉤心鬥角、爾虞我詐、陰謀連環，令人防不勝防。玄奘一個出家人，雖然不情願，卻又不得不遊走於政治，而這又極其耗費心力，長此以往，色身的衰敗勢所難免。
當年西行過天山之時，玄奘受盡嚴寒，再加因失去兩位小弟子而心傷，得了寒疾，回國後頻頻發作。每次冷病發作，心中悶痛難當，幸虧他按時吃藥，才算把病情穩定了下來。可是，長年以來的勞頓，無一日不喘息，再加上顯慶元年（公元656年）的夏天格外炎熱，因熱追涼，五月舊疾復發，生命垂危……
人命無常，玄奘自然也不能避免。他對人的死亡有著清醒的認識，連續五天，他的心臟幾乎停止了跳動。他在自己生命垂危之際，擔心的不是自己，而是整個佛教的命運。
高宗知道玄奘病危，遣數名御醫專程前來醫治。不僅藥物由宮內專程送達，連玄奘的寢食也派專人侍候。在御醫的精心調理下，玄奘總算從死亡線上掙扎了回來，但體弱氣虛，健康狀況大受影響。
冬十月，高宗遣專使將玄奘迎請入宮，安置在凝陰殿院的西閣供養。皇帝請玄奘入宮的理由是他大病初癒，不宜過於勞心；其實，真正的原因是為了給武則天消災祈福。
則天皇后再次懷孕了。
武則天的肚子很爭氣，連續為高宗生養了兩男一女。這為她當初贏得高宗的寵愛、掙得皇后地位，都增添了許多籌碼。尤其是那個小女兒，更為她最終登上皇后寶座，做出了重大“貢獻”——為了陷害王皇后，她親手掐死了自己剛剛出生的女兒，然後嫁禍王皇后，高宗因此而廢了王皇后。這也是武則天第一次殺人，而且殺的是自己的骨肉，她心中的陰影自然難以抹去。而今，第四次懷孕之後，她害怕極了，總感覺這是那小女兒的冤魂轉世，是來向她索命的！她噩夢連連，總是夢見那個女嬰獰笑著鑽進她的肚子裡，揪她的肺葉，拽她的心肝，最後橫在她的骨盆間，死活不肯出來。她因難產而備受折磨，最終血崩而死……
武則天出過家，知道佛門高僧神通廣大，於是請高宗將玄奘大師迎入宮中。則天皇后因害怕冤親債主的報應而異常虔誠，傾萬金之軀，跪倒在玄奘面前，請求重新皈依三寶，祈求佛菩薩加佑。
玄奘大師在佛前為她拈香誦經祈禱之後，明確告訴高宗，皇后的身體不會有事，也不會遭受難產之苦，而且懷的是一個男孩。玄奘還特別提議說，希望這個小王子平安出生之後，將來聽任他出家為僧。
玄奘的這個想法可謂大膽之極。王子出家，在印度、西域屢見不鮮，但在皇權至上的中國，尚無先例。為了皇后母子平安，高宗親口答應了。
說來也怪，自從玄奘入宮，被噩夢糾纏了很長時間的武則天，每天晚上都睡得很踏實，腹中的胎兒似乎也安靜了下來。皇后為了表達對玄奘的感激，賜給他一領袈裟與許多珍貴物品。
十一月初，玄奘見到一隻赤雀從南邊飛來，落在顯慶殿的屋脊上。它“背羽俱丹，腹足鹹赤”，在宮殿上蹦跳踴躍，很是歡暢。
古來，國人將這類異禽的出現作為上天降祥，並以此來對應人間的大喜大慶之事。那麼，這只赤雀的出現，是不是也預示著一位王者將順天受命而生？
玄奘馬上給高宗上表，說自己看到赤雀飛臨皇宮，不但預示著皇后分娩順利，平安吉祥，而且象徵著即將誕生的小王子乃應天命而來，荷擔如來大法。他還提醒皇帝不違原來的承諾，等小皇子出生後讓他跟隨自己出家。
說來也巧，玄奘的賀表剛剛送到不久，武則天就順利產下一個端正健康的男嬰。高宗很高興，馬上派人報喜給玄奘。同時，小皇子號名“佛光王”。
待滿月後，高宗下令為佛光王度七人出家，並請玄奘為佛光王剃髮：所剃之發表示煩惱已落，所度之僧則為佛光王的侍衛。玄奘給小皇子進呈了金字《心經》一卷、袈裟一套，此外還有香爐、寶字、香案、經架、數珠、錫杖等僧人所用的物品。為了保佑佛光王長大成人，皇帝、皇后還特意將他放在玄奘所住的宮殿旁邊撫養。
佛光王，就是武則天的第三個兒子李顯，也就是後來的唐中宗。
武則天因為種種的心病，很不喜歡京城長安的皇宮。高宗皇帝為了擺脫前朝老臣的掣肘，也不願意住在長安。因而，他們以關中缺糧為由，於顯慶二年（公元657年）二月在玄奘陪同下來到洛陽。不管是奉詔入住長安皇宮，還是前來洛陽宮，玄奘總要帶著自己的譯經班子。這次，他只帶了五位核心成員，他們五位也只各帶一名弟子。高宗皇帝將他們安置在了積翠宮。
玄奘自十九歲與兄長長捷法師離開洛陽，雲遊天涯，西行佛國，已四十多年。而今常住洛陽皇宮，自然而然地想到了自己的家鄉——緱氏縣陳河村。在此期間，他順便回到鳳凰谷，走親訪友。
正是初秋時節，天高且空淨無雲，休水晶瑩如練；田野一望無際，清風往來不歇。鳳凰台上林蔭清幽，古村落中鄉情共悅。
然而，物是人非，早年的親朋故友或已不在人間，或杳無蹤跡。大哥陳霖一家不知移居何方，唯有遠嫁張氏的姐姐，尚有音訊。玄奘趕緊遣人迎回。分別數十載，姐弟相見，悲喜交集。玄奘問起父母所葬何處，姐姐便帶他到父母墳前掃墓祭拜。父母的墳墓因長年無人祭掃，荒草漫漫、頹廢不堪。他雖為出家之人，但看到父母的墓地如此荒涼，心中一陣酸楚。他回想起母親對自己的疼愛與牽掛，父親對自己的教育與關懷，身為人子，他感到十分慚愧。於是他決定選一個高顯之處，重新安葬雙親。
玄奘是名揚中印、蜚聲西域的著名高僧，各國國王、百姓供養給他的財寶不計其數。可是，他大都婉轉拒收，實在推脫不去的也是隨收隨散，用在了修建寺院、塑造佛像、抄寫經文上。他可以說是兩手空空，根本無力為父母遷墳造墓。不得已，他上表高宗。高宗皇帝通知洛陽府尹，負責協助玄奘將雙親改葬在西原，一切費用由國家供給。