古往今來，改革一直是個長盛不衰的話題，歷朝歷代都在推行政治經濟改革，中外企業也在嘗試著體制、模式改革，目的無外乎是讓自己變得更強。可是，改革也是一柄雙刃劍，在迎來新變化的同時，也會動搖舊制度、舊思想的根基。因此，但凡進行改革，一定會產生陣痛，嚴重者甚至會引發「地震」。
作為一個企業的管理者，褚時健當然明白，要想「活得消停」點就不要觸碰「改革」二字，但是他更清楚的是，如果不謀劃一種新的產供銷體制，玉溪煙廠再引進多少台外國機器也一樣沒有大作為。
不過，改革要從哪兒開始呢？
褚時健經過冥思苦想，認定改革的前提是要調動人的生產積極性，所以他將「包干」這個概念引入到生產中，在煙廠中推行了「單箱捲煙工資獎金含量包干」的政策，就好比是家庭聯產承包責任制一樣，充分調動了員工的生產積極性。很快，玉溪捲煙廠上上下下都呈現出一派熱鬧的景象，職工們這才從「大幫哄」的陳舊觀念中驟然甦醒：只要自己足夠努力，就有機會多賺錢。
除了在煙廠進行改革，褚時健還將最關鍵的一項措施落在了煙田上。當時，他向通海縣的縣長何兆壽提了一個建議：玉溪捲煙廠將給當地農民提供資金和化肥幫助他們改造煙田，同時建造水庫和水管，不過，收上來的煙葉只能賣給玉溪捲煙廠。
雖然這個建議聽起來有點「霸王條款」的味道，但由於褚時健開的收購價格很高，而煙葉又是通海縣最重要的經濟作物，所以縣長點頭答應了，給了褚時健1700畝煙田。也就是從這一刻開始，通海縣的煙田和玉溪捲煙廠結成了「利益同盟」，讓他們緊密地綁在了一起。
這個政策，就是後來褚時健提出的那個著名理論——煙田是企業生產的第一車間。當然，關於煙草業的探索和發展，很多有識之士還仍在摸索之中。
對褚時健出錢幫助農民種煙草這件事，很多人覺得想不明白，認為這是賠本的買賣，然而褚時健卻不這麼認為，他說如果烤煙的品質退化了，就不可能有高檔捲煙，與其冒著沒有好原材料的風險去銷售，還不如讓農民集中精力把煙草弄好，這樣煙廠的經濟效益才能搞上去，國家也會增加一部分收入。
1985年，玉溪捲煙廠拿出50萬元，指派專人和省煙科所一起來到玉溪和通海等地，幫助當地農民種植優質主料煙。不久，試驗田中的上等煙葉質量比之前提高了10%。
1984年3月24日，福建省55位國企廠長和經理，在《福建日報》上發表了一篇名為《請給我們鬆綁》的文章，希望國家能夠將實權交給他們，隨後《人民日報》進行了全文轉載。過了兩個月，國務院就頒布了《關於進一步擴大國營企業自主權的暫行規定》，明確了企業將會得到更大的生產經營自主權。
可以說，這是一次市場經濟對計劃經濟的有力撼動，也是國企改革歷程中的一次關鍵性的突破。然而，具體到煙草行業中，很多落後的規章制度還是存在並影響著本行業的發展。比如，在1985年的時候，跟褚時健合作通海縣實驗煙田的中高端煙葉質量達到了91%的合格率，已經與國際標準別無二致。可是，就在他想進一步推廣這種辦法的時候，卻遭到了玉溪郊區的反對。原來，在1983年頒發的《煙草管理條例》中明文規定，煙廠無權參與煙葉的收購和推廣種植，只有煙草公司才有這個權利。
不過，由於褚時健早就和一些煙草公司打了招呼，所以他們也只能以事先商定好的價格將煙草賣給玉溪捲煙廠。從這個角度來看，當時的煙草公司和煙廠已經沒有那麼明顯的差別了，更能反映出褚時健推行的這套實驗田政策已經得到了煙草公司的認同。但是，褚時健上面的省市一級的煙草公司，卻對他的這一系列做法表示極大的不滿：這不是有著「僭越」之嫌嗎？於是，一些領導在公開場合指責褚時健「放肆」。
按照規定，煙田從屬於煙草公司，和煙廠是平級的，煙葉的生產是在煙草公司的領導之下，而煙廠的任務就是負責生產，無權插手煙田怎麼去種煙，更不要說提供給人家資金和化肥了。所以，褚時健這種主動出擊打造優質煙葉產地的做法，是超出職權範圍對煙田「指手畫腳」，是不能被上級所允許的。
但是，從另一個角度來看，褚時健雖然越權，但是人家當地的煙草公司沒有告他的狀，這是因為褚時健繞過了煙草公司，得到了通海縣行政部門的首肯。而且，褚時健從他獲得的利潤中拿出一部分回報給了煙田，所以煙草公司也就睜一隻眼閉一隻眼了。或許，這就是原則性和靈活性的統一。
當然，褚時健的這種做法還是會引起和體制之間的衝突，尤其是煙草公司被架空這個事實，要知道，當時的煙草公司是整個計劃經濟中最重要的支柱之一，所以在國家煙草專賣局的大型會議上，很多人對褚時健的做法已經到了拍案而起的地步。但是另一方面，大家也都看到了這種「僭越」行為所帶來的好處，玉溪捲煙廠收購到了優質的煙葉，而煙農的回報也比之前多多了。
1994年，褚時健在通海縣召開的十連冠慶功會上說：「1993年玉溪捲煙廠生產的紅塔山香煙，每三條中就有一條是用通海縣生產的優質煙葉卷制的。」正是這輝煌的成就，讓煙草業的有關部門最終默許了褚時健的做法，他的「第一車間」得以保留。也正是這個舉動得到認可之後，褚時健的思路再次打開了。
褚時健認為，產供銷是企業生存和發展的必要環節，只有保持一條線不斷檔，才能讓期間穿插的種種環節暢通無阻，然而當時的現狀是：煙草公司負責煙葉生產，卻不製造捲煙，煙廠生產捲煙卻無權銷售，煙草專賣局只管銷售……在這種計劃經濟體制下，產供銷三個環節嚴重脫節，無論其中哪個部分出了岔子，都找不到直接的負責人，能找到的只是互相之間推諉責任。
鑒於這種不利局面，褚時健構想出了一種「三合一體制」：煙廠廠長兼有廠長和專賣局局長的雙重身份，同時也是煙草公司經理，三個環節有機聯合在一起，有利於進行指揮調度，這樣也不會造成任何越權，而是全盤合在一處。
不難看出，褚時健的三合一體制，其實質是將煙草的質量放在了第一位，然後再去考慮銷售的問題。不過，這個構想放在當時來看，的確邁出了很大的步子，它等同於漠視了計劃經濟體制下對各環節的固定化管理，嚴重衝擊了舊體制。
儘管褚時健有點冒天下之大不韙的意思，但他還是大膽地將這個構想提了出來。對此，中央沒有馬上作出回應，而國內的其他煙草企業也持保留意見——誰也不願意做第一個吃螃蟹的人。到了最後，還是雲南省經過了認真的考察之後，決定試行一階段看看。由此，玉溪成為了褚時健大膽設想的一塊實驗田。
縱觀褚時健的一生可以發現，他不是在探索的路上，就是在路上不斷地探索著。正是他孜孜不倦的追求，才讓他的人生不斷趨近完滿。