有了雅虎，有了雅虎40%的股權，阿里巴巴公司的所有股有了變化，那就是雅虎40%，孫正義的軟銀30%，馬雲和他的團隊30%。但根據協議，馬雲仍然是董事局主席，成員是蔡崇信、孫正義、楊致遠。
2011年，按照馬雲的說法，這一年是阿里巴巴的本命年。因為，按照中國的曆法，十二年為一個屬相週期。這一年阿里巴巴幾位股東似乎反目成仇，支付寶的股權轉移引發了一場軒然大波。不僅是股東們，還有互聯網的江湖大佬，輿論界的精英和豪傑，更有國際上知名人士和媒體，形成了一個巨大的輿論爭議漩渦。
理所當然，處於這場漩渦中心的仍然是馬雲。
起因是財經雜誌主編胡舒立的一篇指名道姓的微博，她指責馬雲違背「契約精神」，並說這是市場的基石不可違背。馬雲應聲而辯，於是，從來不缺聲音的互聯網江湖上又是一番波翻浪湧。
事情的起因是馬雲分兩次將支付寶公司賣給了浙江阿里巴巴公司。也就是說，馬雲將支付寶從合資企業變成了內資企業，脫離了楊致遠和孫正義的控制。而且，這一方案的執行，沒有事前得到孫正義和楊致遠的首肯。他們紛紛指責，這是馬雲的擅自行動。於是，爭執由此而發生。
屬於阿里巴巴旗下的支付寶公司，按照三方協議，當然屬於雅虎，也屬於軟銀。但支付寶公司的創立和前行卻並不順暢，在馬雲的藍圖中，支付寶是連接所有環節的通道。這條通道必須得到銀行的支持，而銀行是國有的，是有政策規範的。為了和政策能融合，馬雲費了不少的心思，可以說，支付寶如今的地位，是馬雲一手創造的。於是，馬雲在這一爭執中找出的理由似乎理直氣壯，那就是，當政策與股東發生衝突，馬雲只能選擇政策。
可是，支付寶是一個巨大的利益寶藏。它本來是由孫正義和楊致遠及馬雲的團隊共同享有，此刻卻變成了一家內資公司，也就是說和孫正義、楊致遠無緣了。
英國有一位首相曾經說過，只有永恆的利益，沒有永恆的朋友。
雖然，由於阿里巴巴在香港的上市，孫正義已經早早收回了他的風險投資，而且還大賺了一筆，楊致遠也因為用雅虎參股阿里巴巴受益良多，甚至有人認為楊致遠在雅巴併購中大獲全勝，可今天，一塊肥肉從嘴邊溜走，他們的惱怒是不言而喻的。加上國內媒體某些自詡市場經濟之士的鼓噪，身處漩渦中心的馬雲似乎一時處於極其不利之地位，好像他就是背信棄義之化身。
馬雲心裡真實的想法，誰也不知道。但是，很快他就啟動了對孫正義和楊致遠的賠償談判。他要為這一舉動，向股東賠償。這符合規則，這也符合慣例。事實證明，他還是一如既往的坦蕩。然而，國內的君子們，沒有因此而停息對此事的評判和指責。
可事過不久，2011年7月29日，馬雲與孫正義、楊致遠達成協議。阿里巴巴賠償雅虎和軟銀的協議簽署，雅虎和軟銀都得到了滿意的賠償。三個人攜手擁抱，一段公案終結，一場風暴悄然散去。
所有的指責在這場風暴散去之後變得那麼無足輕重！在馬雲與孫正義、楊致遠的擁抱前，那場風暴也變成一片塵埃，散落莫名。
兩年後，馬雲對此有過一個精彩的解釋。
他說：「所謂的正義之士在支付寶的事情上對我咬牙切齒，覺得我這個人背信棄義，違背契約精神，好像要幹掉整個中國互聯網，把VIE跟我扯上了關係。
大善乃大惡，大惡乃大善。你在做這件事情的時候，你心裡明白，什麼時間你能補回來。就像2007年，我做雅虎40%股權的時候，我知道，這步棋，40%都被人家控制了，你將來就慘了。孫正義最明白，那天我對孫正義說，好，我馬雲是個背信棄義的人，是違背契約精神的人。但如果我能找到一個人，我總共投了三四千萬美金，卻能夠拿回來150億美金的回報。那麼，我很喜歡能找到這樣一個背信棄義的人。孫正義說，是啊，我找到了。到今天為止，他總共投了5千萬美金不到，拿回了4億美金現金，還有30%以上的股份。要是能找到這樣一個人，違背契約精神，我也很高興。對不對？
我們不是這樣的人，但在做這件事情的時候，話語的主動權不在我們這兒。我們在做事，別人在說事。說的人容易，而且前面先定論你就是這樣的人，你說不清。又剛好吻合微博剛剛起來的時候，所有的人一致認為這社會上都是壞人。那就先壞了你再說，反正肯定你就是壞人。所有人都站出來了，我們也沒法解釋。這東西怎麼解釋？你跳出來說，支付寶明年還活不活了？有些事兒，你能夠在媒體上講，你能在公眾場合講？你只能私下說句髒話，對不對？
楊致遠說的是真話，他給國內打電話，問是不是聯合起來對付他。楊致遠和孫正義跟我講的話很明確：哈，你們中國一向是上有政策下有對策，你一定是在騙我。我說，兄弟，你如果開個小煤礦，搞個小合資企業，沒關係，沒問題。可是你搞的是支付寶，是金融，越來越觸及敏感地帶。都不是傻子，金融是數據，一定會出問題的。楊致遠不相信，但他們後來相信了。我剛剛把支付寶的所有權改過來，央行馬上發文。央行1年都不發給你證件，改過來馬上就發了。這能說明什麼問題呢？我認為我們的判斷是正確的。央行就是不發，拖你個20年。你去查查歷史，我們剛一改，馬上就發。這時候，楊致遠是明白了。哦，原來是這麼一個事情。
支付寶這個事情是個時間問題，一定會解決。難道我真放進自己口袋裡了？神經！要這麼想，我第一天就不會把阿里巴巴股份這麼稀釋。你說對不對？處理事情是一件一件來的，是一步一步慢慢來的。我們還有幾年時間把這個事情處理乾淨。因為今天還有各種各樣其他的關係要處理好。這個都不急，別人冤枉你，如果你是對的，時間會為你證明；如果你是錯的，也不要企圖逃過時間的檢驗。」
通過這番話我們可以看到，馬雲在這裡連續地問了好多「對不對」。也許，這是他習慣的語氣。但是，處於當年那場風暴漩渦中的馬雲肯定是不好過。況且，他向來是以俠義、正直為己任的！
在那場紛爭中，也有旁觀者說，支付寶引起的過戶紛爭，實際上不過是阿里巴巴和雅虎長期矛盾的公開化而已。在一次網商大會上，阿里巴巴前首席執行官衛哲曾表示：「阿里巴巴不再需要雅虎。」
小霸王和步步高的創始人、知名投資人段永平在自己的博客上表示：馬雲和巴茨的關係確實不好。這巴茨就是雅虎全球的新任CEO。針對一篇「傳雅虎曾拒絕馬雲35億美元回購阿里巴巴15%股權要約」的新聞，段永平評價道：如果是的話，馬雲還是蠻厚道的，雅虎確實有點不知所云。
沒有一個人的成長會沒有坎坷，沒有一個企業的發展是一片坦途。馬雲和他的阿里巴巴亦不例外！
當非典來襲，並且擊倒你的員工，幽靈就徘徊在你的身邊時；當你的決策受到了大部分人的反對，並且遭遇強大阻力，無法進一步實施時；當你與他人進行商業談判，遇到了強勁的對手，並收購了一家你不熟悉的企業，找到了一大堆麻煩時；當你受到輿論的轟炸，置身於眾人所指，無法解釋無法回答時：的確，這是人生的艱難時刻。
怎麼辦？也許有句話說得有點重：滄海橫流方顯英雄本色！
但我們必須承認，正是在這個時刻，一個人的膽略、智慧、勇氣，甚至是耐力和品性都會受到考驗。就如一件精鋼製品，烈火中才能檢驗它的成色。也許，沒有這些也就沒有今日之馬雲。那些過去的風雨，回想起來何不是帶有令人陶醉的一片芬芳？
不能說這全是你的勝利，也許挫折和閃失全部包容其中，也許那些局外人的評價不無道理。可身臨其境，也許只有他自己才知道那難眠的夜晚，那殫精竭慮的時刻，那孤立無助的感覺，需要智慧，需要膽略，需要勇氣！有多少要多少！可那個時刻的感覺興許是已經全部倒空，再也無法尋找。
人生總是這樣，當你回過頭來，你會覺得如果有從頭再來，你一定會畫出一幅最完美的人生圖畫。可惜，那是永遠不可能的。人最難能可貴的就是面對這些風雨，當即決策，並且決策得恰到好處，或者說基本正確。
很難，非常難！面對激流和漩渦，馬雲他不是一個人，他是一個團隊，一個公司，一片事業。如果說這是一艘大船，那麼上面就是滿滿的一船生命。馬雲的任何一個想法、一個猶豫、一個思索都關乎著這艘大船的航行。
我們無意神化某一個人，可正因為他是肉體凡胎，穿過這些風雨才更顯示出他的不凡之處。我們也無意醜化某一個人，可他的確像個外星人一樣，有著詭異而帶有顛覆性的想法。但他的確是一個成功者，是一個成功人士。
實踐是檢驗真理的唯一標準！出身布衣或者叫草根，卻在世界互聯網風雲中佔據一席之地，他的能力毋庸置疑。也許從阿里巴巴創業之時起，風雨就緊緊包裹著他，我們所選擇的無非是冰山之一角，無非是受到媒體和眾人關注的那一部分而已。但在這幾件大事中，他的危機意識、他的處理危機的手段和方式都值得稱道。
正所謂沒有風雨哪兒有彩虹！歷經風雨，人生必現彩虹。