宗教改革運動和反宗教改革運動的共同點是，都是較低文明的民族對意大利精神統治的反抗。但這些反抗也有不同之處：宗教改革是政治和神學的反抗，反宗教改革只反抗文藝復興時期的精神和道德自由。籠統地說，宗教改革是德國的運動，而反宗教改革是西班牙的運動。
關於西歐其他國家對待文藝復興時期的意大利的態度，可以用一句英國諺語加以概括，即：意大利化的英國人將是魔鬼的化身。的確如此，在莎士比亞的劇作裡，惡棍、混蛋大多是意大利佬。亞哥是其中很著名的一位，但《辛白林》裡的埃契摩比他更具有代表性。他們對意大利的憎恨，起初僅限於在與宗教改革有關的道德方面，後來又演變成在思想認識方面否定意大利對文明的貢獻。
和他們之前的如伊拉斯謨、莫爾這一類人相比，在思想認識方面，宗教改革和反宗教改革的「三傑」（馬丁·路德、約翰·加爾文和伊納爵·羅耀拉）的哲學觀是中古式的。也就是說，宗教改革開始的那個世紀是個野蠻的世紀。
路德和加爾文主張的神學是削弱教會權力的神學。這種改革阻礙了新教教會在新教國家的勢力發展。在剛開始的時候，國家在宗教事務上有多大權力的問題，就在新教徒中引起了分歧。路德承認所有信奉新教的君主為本國的宗教首腦，但認真對待個人主義的新教徒們不願如此。於是，再洗禮派被鎮壓了，而他們的教義卻傳播到了荷蘭和英國。
羅耀拉創立耶穌會使新教徒的成功受挫。耶穌會信仰自由意志，他們認為得到解救依靠的是信仰和功德；除了對待異端外，他們比別的教士更寬厚仁慈；他們重視教育，並因此獲得了青年人的心；在政治上，他們團結而有紀律，不怕危險和辛苦；他們尾隨著西班牙人的戰火，在意大利重建了如異端審判所般的恐怖氛圍。
1517年10月31日，馬丁·路德講自己所寫的反對教會販賣贖罪券的《九十五條論綱》張貼在了威登堡大學的教堂的大門上。由於當時正值萬聖節，很多人看了他的文章，很快在兩周以內這篇文章就傳遍了整個德意志，四周傳遍了歐洲，轟轟烈烈的宗教改革運動發展起來。路德創立了基督教新教路德派，圖為路德張貼文章的情形
儘管結局是好的，但宗教改革和反宗教改革起初給知識界造成的後果卻是惡劣的。人們堅信，無論是新教徒還是舊教徒，誰都不可能獲得全勝，必須放棄中世紀的統一教義的願望，這擴大了人獨立思考的自由。由於國家之間的信仰不同，因此也可以通過出國逃避迫害。越來越多的人厭倦了宗教爭鬥，便開始注意研究數學和自然科學等現世學問。因此，十七世紀出現了很多偉大的科學家，他們代表了希臘時代之後最引人注目的科學成就。