哲學、神學、政治和社會的大結合完成於十三世紀。這一結合涉及到了許多因素，首要的因素就是以畢達哥拉斯、亞里士多德、柏拉圖和巴門尼德等人的哲學為主的希臘的純哲學。第二個因素是伴隨著亞歷山大征服戰爭大量流入的東方信仰。通過對俄耳甫斯教神秘信仰的利用，這些因素不僅改變了希臘語世界，甚至改變了拉丁語世界的世界觀。一種至少在理論上而言的禁慾主義的解脫肉體束縛的倫理結合在了這些因素之上。俗眾分開的祭司制度是從敘利亞、埃及、巴比倫和波斯傳來的，最後還在政治上形成了相應的影響。從波斯傳來的還有二元論思想，它視世界為阿胡拉·馬茲達所統率的善和阿利曼所統率的惡這兩大陣營的修羅場，而後來的妖術和撒旦都是由阿利曼陣營發展而來的。
當時，與新柏拉圖主義中的希臘因素結合在一起的新事物是剛剛傳過來的蠻族的觀念與實踐。結合新的情況，希臘人也發展了一些能夠與東方觀點結合的新觀點，這些觀點主要體現在俄耳甫斯教、畢達哥拉斯主義和柏拉圖的一些著作裡。
如果不花大力氣進行一番改造，那麼無論這些人的思想帶有多麼濃厚的宗教色彩，也不可能能重建一種能被大眾接受的宗教，一般人無法瞭解他們的哲學的原因無非是它們太難了。他們傾向於維護希臘的傳統宗教，這主要是由他們保守的思想驅使的。不過，他們也對傳統宗教作了一些富有寓意的解釋，因為他們不僅希望減弱傳統宗教中不道德的成分，還希望傳統宗教能與他們主張的一神主義和諧相處。但是，令他們遺憾的是，希臘宗教最終還是日漸衰落了，原因是它無法抵禦東方教義和神學的挑戰。
從猶太人那裡，基督教接受了《聖經》和一種視其他宗教為虛妄和邪惡的教義。從波斯人那裡，基督教接受了二元論，但與波斯人相比，基督徒不僅更加堅信善原則的最終全能，也更加確信異教徒都是撒旦的門徒。基督徒起初的缺陷是，在哲學和宗教儀式上沒法與任何對手較量，但這個現象很快就被改變了。同樣，起初，與正統教派相比，哲學在半基督教的聶斯脫裡教派發展得更快。後來，藉著修改新柏拉圖主義的機會，基督教發展了一種實用的哲學，但這是俄利根以後的事了。
大阿爾伯特（約1200—1280年）。德國人，歐洲中世紀重要的哲學家和神學家，多明我會的神父。他第一個將亞里士多德的學說與基督教哲學綜合起來，他還主張神學與科學和平並存
像古羅馬一樣，雖然西方教會發展得很緩慢，卻由共和制發展成了君主制。與此同時，由於和君士坦丁堡及伊斯蘭教徒的接觸增多，基督教哲學也增加了新的元素。但在此之前，基督教的因素一向主要是柏拉圖主義的。在十三世紀時，西方人不僅已經全都知道了亞里士多德，而且受大阿爾伯特和托馬斯·阿奎那的影響，西方學者都以為他也是很高的權威，僅次於《聖經》和教會。亞里士多德的這個地位在天主教哲學家中眼裡保持至今。
即使站在基督教觀點的立場上，我也必須承認，柏拉圖和奧古斯丁被亞里士多德所取代是基督教的一個錯誤。首先，從氣質上看，與亞里士多德相比，柏拉圖更富於宗教性。其次，從歷史上看，一開始基督教神學就適應了柏拉圖主義。儘管這不是托馬斯的本意，但他畢竟鋪平了從柏拉圖主義迷夢轉進科學觀察的道路，而亞里士多德最多就是個經驗主義者。
1204年，信奉天主教的拉丁人征服了拜占庭帝國，並統治到了1261年。之後，教皇失去了君士坦丁堡，從此再也沒能收復過。法蘭西、英格蘭等國崛起後，教皇雖然多次擊敗了神聖羅馬帝國，但這並沒有給教會帶來好處。在十四世紀的大部分時期，教皇在政治上被法蘭西國王玩弄於指掌之中。但與富商階級崛起和俗眾知識增多相比，前述情況都太微不足道了，因為有學問的俗眾使意大利北部那些富有的城市具有了獨立自主的精神，他們很容易就起來造教皇的反。而此時的教廷變得更世俗化了，教皇也逐漸喪失了原本是給予他的權力和威望。
十四世紀初，在兀納姆·傘克塔姆教令中，教皇波尼法爵八世提出的要求是前任所有教皇都未曾提過的。他創立的大赦年制度規定，天主教徒只要在羅馬舉行一種儀式，就可以獲得大赦。隨著這項制度而來的是巨額的財富，當然，這些財富中的絕大部分都進了教廷的腰包。在巨大的利潤的推動下，原先100年才舉行一次的大赦年儀式，先後縮短到每50年和25年就舉行一次。一般而言，人們把第一次舉行大赦年儀式的1300年視為教廷開始衰落的時間。
意大利人波尼法爵八世生於阿納格尼，他曾被囚禁在倫敦塔裡，起因是替教皇援助亨利三世討伐叛亂諸侯。當時，法蘭西派已經在教會取得了較強的優勢，法蘭西籍的紅衣主教甚至敢反對他繼任教皇。種種因素使他和法蘭西國王的關係很差，兩人甚至有很深的積怨。後來，法蘭西國王不僅打算讓全教會議廢黜他，甚至還派軍隊在阿納格尼抓住了他。後來，波尼法爵八世逃往羅馬，最終死在了羅馬。這以後的很長一段時間裡，教皇再也不敢得罪法蘭西國王了。
教皇克雷芒六世側身象牙雕像。克雷芒六世是一位法國籍教皇，1342年至1252年在位，其都城為法國的阿維尼翁。在1348年至1350年歐洲黑死病大流行期間，當時人們都認為此病是猶太人帶來的，醞釀著強烈的反猶情緒，但克雷芒六世卻歡迎猶太人來到阿維尼翁，並給予他們庇護
1305年，紅衣主教選立戛斯坎尼人克雷芒五世做了教皇。克雷芒五世是在里昂接受的加冕禮，之後他並沒有去意大利（而且在整個教皇任期裡都沒有去過意大利），而是於1309年定居在阿維尼翁，在此後大約70年時間裡，教皇們都住在阿維尼翁。
克拉·底·李恩濟領導羅馬人民尋求脫離長期住在外地的教皇統治的事件發生在教皇克雷芒六世（1342—1352年）統治時期。雖然克雷芒六世最終戰勝了李恩濟，但由這件事情，教皇們發現，只有重新返回羅馬，教廷才能有效地保住在天主教會的首要地位。因此，烏爾班五世於1367年回到羅馬。但在臨死之前，他還是被意大利複雜的政治局面逼回了阿維尼翁。後來，果斷的格裡高利十一世再次重返羅馬，並控制了羅馬的局勢。格裡高利十一世死後，在羅馬派的支持下，意大利人普裡亞諾繼任為教皇，稱烏爾班六世。但烏爾班六世並沒有得到一些紅衣主教的承認，為此，他們又在阿維尼翁選立了一位教皇，他是親法蘭西的日內瓦人克雷芒七世。長達40年之久的教會大分裂就此出現了。
為了結束大分裂，1409年，在比薩召開了一次以荒唐、可笑的結局結束的全教會議。在會上，烏爾班六世和克雷芒七世這兩位教皇同時被廢黜了，罪名是異端和分裂。之後，紅衣主教們又選立了教皇約翰二十三世。這個約翰二十三世是個臭名遠揚的地痞惡棍，因此，情況看上去比以前更讓人絕望。總有人受不了令人絕望的結局。因此，在1414年時，新的全教會議在康斯坦茨拉開了帷幕。這次會議是富有成效的，因為它結束了分裂的局面。全教會議於1417年選出的教皇馬丁五世沒有遭到任何一派的反對。
在這段漫長和混亂的時期，有人以生平事跡和學說證明了這是教廷權威的衰落期，這個人就是威克裡夫（1330—1384年）。威克裡夫是一個在牛津享有盛名的俗世的祭司，在52歲時獲得了牛津大學的神學博士學位。儘管他不是一位思想進步的哲學家，但一般認為，他是牛津大學最後一位重要的經院哲學家。在哲學上，他主張實在論，與亞里士多德主義者相比，他更像是一個柏拉圖主義者。他認為上帝從不恣意發佈命令；由於上帝有選擇最善的義務，因此現實世界是唯一可能的世界。
威克裡夫向英格蘭國王愛德華三世的兒子岡特的約翰宣讀自己翻譯的《聖經》。約翰·威克裡夫（1330—1384年），英國約克郡人，歐洲中世紀末期宗教改革的先驅。然而，作為一個宗教異端，他身前並沒有受到什麼迫害，只是在死後被教皇下令挖出他的骸骨，燒成灰，拋入溪水中
在威克裡夫五十多歲的時候，他還信奉正統教義，由此可見這位哲學家的思想發展有多麼落後和緩慢。也正因為如此，他信奉正統教義卻成了異端——他同情窮人，憎恨富有的世俗僧侶，因此成為了異端。他最初抨擊教廷的理由，無非是一些政治和道德方面的理由，與教義無關，後來在被迫之下，他才有了更加廣泛的反抗。
1376年，威克裡夫在牛津大學作「論公民統治權」的講義，就此脫離正統教義。當時，他提出，享有統治權與財產權的只有正義，俗界政權有權決定教士是否可以保留財產。之後，他進一步提出，財產是罪的結果，因此僧侶必須放棄財產。除了托缽僧，其他的所有教士都因此憤怒了。因此，威克裡夫受到了格裡高利十一世的譴責，還被押往主教們組成的法庭接受審判。然而，支持他的英國人勇敢地保護了他，他所在的牛津大學也反對教皇對威克裡夫的譴責。
1378年至1379年，威克裡夫又發表了一些學術性著作。他認為，上帝的代理人是世俗國家的統治者，主教要服從於他們。教會大分裂後，他把教皇定義為敵基督者和叛教者。因為有牛津大學和英國眾議院的保護與支持，威克裡夫並沒有因為他的見解和民主活動遭到更多的迫害，至少到死去為止，他都沒有被正式判罪。在英格蘭追隨他的羅拉德派因為遭到迫害而完全覆滅了，但波希米亞的情況卻非常好，他的學說一直流傳到了宗教改革時期。
十五世紀時，不僅教廷衰落了，政治文化也發生在本質上是異教性質的變化。總而言之，由於這些變化，人類世界不再是一個「淚之谷」，在藝術、詩歌和快樂的喧囂聲中，人們逐漸地遺忘了歷經數世紀之久的禁慾主義。大體來說，人們已經不會再對舊的恐怖產生驚慌和恐懼的感覺了，因為新的精神自由已經發展起來了。儘管這種發展沒能持續很久，但至少在當下，消除恐懼的卻是它。近代世界便誕生在這個快樂而自由的時刻。