與多明我教團相比，弗朗西斯教團在嚴守正統教義方面做的不夠好。弗朗西斯教團最重要的三個哲學家是羅吉爾·培根（1214—1294年）、鄧斯·司各特（約1270—1308年）和奧卡姆的威廉。此外，波拿文都拉（1221—1274年）和馬太（約1235—1302年）也值得注意。
羅吉爾·培根在近代受到的讚揚要比他生前受到的讚揚多，多得甚至超過了他的功績。與狹義的哲學家相比，他更像一個酷愛數學和科學的博學家。然而，在那個時代，夾雜著妖術和魔法的煉金術也混雜在科學裡，培根因此總被懷疑與魔法為伍，並經常為此遭到迫害。1257年，教團總管波拿文都拉不僅讓人跟蹤監視培根，而且禁止他發表著作。就在此時培根得到了駐英國教皇使節的援助，得以「為教皇利益而寫作哲學」。在短短的時間裡，他就寫了《大著作》、《小著作》和《第三著作》三本書。1271年，他又寫了一本主題是抨擊僧侶的愚昧無知的《哲學研究綱要》，但這本書給他帶來的名望遠遠不及前面那三本書。1278年，他再次遭到教團總管的譴責，還忍受了長達14年之久的牢獄之災。出獄後沒兩年，他便淒慘地死去了。
與當代許多哲學家不同的是，培根很重視實驗，並用虹的理論證實了實驗的重要。他不僅能寫出影響哥倫布的精闢的地理學文章，還是個優秀的數學家。此外，他還論述了透視畫法，認為邏輯學沒什麼用。他認為，愚昧的原因有如下四種：一是受脆弱且不恰當的權威的影響；二是受習慣的影響；三是漠視群眾的見解；四是用炫耀外表智慧的方式掩藏愚昧。他認為，產生所有罪惡的根源就是這四種原因，尤其是第四項。
英國牛津大學博物館中的羅吉爾·培根塑像。羅吉爾·培根（1214—1294年），英國中世紀哲學家、科學家，提倡經驗主義，主張通過實驗獲取知識
培根有限度地尊重亞里士多德，這表現在總是用「大哲學家」來稱呼亞里士多德，但又認為即使是亞里士多德，也沒有達到人類智慧的極限。和阿維羅伊一樣，培根也認為，在本質上，能動的智力是與靈魂分開的實體。他說翻譯的錯誤是造成亞里士多德著作裡有自相矛盾之處的原因。阿維森納是亞里士多德之後的「哲人王」，但由於阿維森納沒有認識到霓虹的成因，所以他也沒能完全明白霓虹現象。培根還總是發表一些帶有正統教義味道的言論，但他也以誠懇的語氣說，從異教徒那裡獲得知識並無不可。作為一個優秀的數學家，培根讚揚數學，把數學當做天文學必需的科學和確實性的唯一未經啟示的源泉。
培根把實驗作為知識的來源之一，也因為重視實驗勝過論證而受到了近代學者的賞識。的確如此，他和典型的經院哲學家們在興趣和處理問題的方法上有很大的不同。他很像阿拉伯的知識分子，在百科全書式的學術體系方面更是如此。顯然，與基督教哲學家給他的影響相比，阿拉伯知識分子給他的影響要更深遠。他不僅跟典型的經院哲學家們不同，跟其他中世紀的基督徒哲學家也不同。然而，在當時他卻沒產生什麼影響，而且也不如一般人想像的那樣熱愛科學。英國人都說火藥就是他發明的，其實這是個錯誤。
與培根相比，禁止他發表著作的波拿文都拉是另一種類型的人。他擁護安瑟倫的本體論論證，因為他繼承了安瑟倫的傳統。此外，他還相信柏拉圖的理念，而且認為只有上帝才能全面認識這些。
波拿文都拉的追隨者中最出名的是馬太。馬太是弗朗西斯教團的僧侶，作過紅衣主教，在哲學上比波拿文都拉接觸到了更多一些的新興哲學。他最崇敬的人是「大哲學家」亞里士多德，經常提到的人是阿維森納，經常引證的人是安瑟倫和狄奧尼修斯，不過，他依據的主要權威是奧古斯丁。他認為，柏拉圖的觀點是極端錯誤的，能建立智慧，卻建立不了知識。而亞里士多德的錯誤在於能建立知識，卻建立不了智慧。他據此下結論說，低級和高級兩種事物、外在物體和理性觀念共同導致了知識的產生。
波拿文都拉與塞維利亞大主教立安德。波拿文都拉（約1217—1274年），歐洲中世紀經院哲學家、神學家，曾任方濟各會總會長、紅衣主教等職。他認為信仰無須用理性來論證，上帝的意志是萬物的原因和形式，理性與意志屬於靈魂，生長與感覺屬於肉體
繼續展開弗朗西斯教團對托馬斯的爭論的是鄧斯·司各特。鄧斯·司各特是個穩健的實在論者，同時也是個奧古斯丁主義者，但比起波拿文都拉和馬太來，他身上所體現出的奧古斯丁主義成分更少、更緩和。他擁護純潔受胎說，反對托馬斯，並因此獲得了天主教會和巴黎大學的讚賞。他和托馬斯的不同起源於他的哲學中摻雜較多的柏拉圖主義。當時，追隨鄧斯·司各特的人很多，大多數是弗朗西斯教團的僧侶。
托馬斯之後最重要的經院哲學家是奧卡姆的威廉。他可能在1290年至1300年之間生於英國蘇黎郡的奧卡姆（但也有人說他生於薩裡郡的奧卡姆，因此被稱為「奧卡姆的威廉」），在1349年或1350年的4月10日逝世。他原本是鄧斯·司各特的學生，後來卻轉變成與鄧斯·司各特競爭的人。再後來，他參加了教團與教皇約翰二十二世的鬥爭，結果於1328年受到開除教籍的處分。他被迫投靠了神聖羅馬帝國皇帝路易四世。這個路易四世也和教皇發生過爭執，爭執的結果令人哭笑不得：在路易四世的控訴下，全教會議指控教皇為異端——後來，威廉在慕尼黑住了下來，以著書立說為樂。1338年，路易四世逝世，之後的威廉也失去了音信。
那個時候，英格蘭和法蘭西逐漸強盛起來，神聖羅馬帝國甚至連名義上的「普遍統治權」都失去了。從外表上看，教廷似乎還在繼續發展，但事實是已經失去了往日的尊貴地位。十四世紀初，教皇克雷芒五世把教廷遷到了阿維尼翁，從此，在政治上教皇變成了法蘭西國王的從屬，削弱了對俗世事務影響。
由上面一段論述可以肯定，教皇的地位出現了一次巨大的危機，但事情並沒有就此結束，因為有人創造出了一種新的反對教皇的形式，這個人是馬西哥利歐（1270—1342年）。馬西哥利歐是威廉的密友，但在政治方面比威廉更重要。他認為，立法者應該是人民自己，他們還具有懲罰君主的權力。他還主張，應該在各地成立有世俗民眾參加的地方宗教會議，而參加全教會議的人必須是地方宗教會議選舉的代表，也只有全教會議才有權施行開除教籍的處分和解釋《聖經》。值得注意的是，在這套新形式裡，教皇沒有任何特權。
馬西哥利歐創造新的反對教皇的形式的目的是保存天主教信仰的統一，只不過他不希望借助於教皇的專制實現目的，而是希望通過民主的方式實現目的。不過，這並沒有使他實現目的，儘管新教徒們在反對教皇時從宗教會議運動的原則中找到了理論依據，可是當他們獲得權利後，大部分情況是用世俗國家的皇帝或國王代替了教皇，不僅個人判斷的自由沒有得到保障，民主決定教義問題的方式也沒有得到保障。
奧卡姆的威廉（約1285—1349）。英格蘭人，十四世紀邏輯學家、聖方濟各會修士。他有一句名言「切勿浪費較多東西去做用較少的東西同樣可以做好的事情」，這就是著名的「奧卡姆剃刀」原理
瞭解威廉的純哲學學說可以依據厄內斯特·伊·穆迪的著作《奧卡姆的威廉的邏輯》。穆迪的這本書採用了「哲學史家有一種用後人的眼光解釋前人的傾向」這種不太尋常的觀點，但一般而言，這個觀點是錯誤的。威廉是笛卡爾、康德或其他任何一個被人們尊敬的近代哲學家的先驅，但就是這樣一個人，也曾被認為導致了經院哲學的崩潰。穆迪認為，恢復純粹的亞里士多德，或者說讓亞里士多德脫離奧古斯丁和阿拉伯人的影響，這才是威廉最關心的事。但事實是，比起威廉，弗朗西斯教團的其他人更是緊緊追隨著奧古斯丁。穆迪認為，為了找出一個從經院哲學過渡到近代哲學的道路，近代史學家們才對威廉作了不恰當的解釋。
在邏輯層面上，威廉是唯名主義者，被十五世紀的唯名主義者尊為創始人。他認為，由於種種原因（主要有三部分原因，一是奧古斯丁的影響，二是阿維森納的影響，三是菲爾普斯寫就的論亞里士多德《範疇論》的文章的影響），司各特主義者曾誤解了亞里士多德。威廉還認為，邏輯是自然哲學的一種工具，可以獨立於形而上學之外。按照威廉的說法，關於未來的偶然性事物，還談不上真偽。他還計劃把神的全知與這種觀點調合在一起。這就使得邏輯獨立於形而上學和神學了。
在回答「在人身上感性靈魂與智性靈魂是否完全不同」這一問題時，威廉認為它們確實不同，但這種不同又很難證明。他進而提出了反對神學的四種論證。對這個問題的觀點，也許與人們所期望的他的觀點有所不同，但不論如何，在這一點上他認同托馬斯的觀點，即：人的智力屬於他自己，而不屬於非個人。在這一點上，認可托馬斯就意味著反對阿維羅伊。
由於形而上學和神學與主張鑽研邏輯和人類知識並無關聯，因此，威廉間接地鼓舞和推動了科學研究。他認為，「假設萬物不可理解和人類沒有智力之後，再加上一道來自無限的光，就讓知識成了可能」這就是奧古斯丁主義者犯的錯。儘管在這一點上，他和托馬斯各有側重，但在大體上還是達成了一致。眾所周知，托馬斯更多的是個神學家，但在邏輯方面，威廉更多地是個世俗哲學家，兩人有區別也不難理解。
研究特殊問題的學者因為威廉的治學態度而獲得了更大的自信，歐利斯姆人尼古拉就是其中一位。熱衷於鑽研行星理論的尼古拉是威廉的直接追隨者，他提出了地球中心論和太陽中心論，從某種程度上講，他是哥白尼的先驅，然而人們卻很難在他和哥白尼之間作出選擇，因為尼古拉說，地球中心論和太陽中心論都可以解釋那個時代的所有事實。
哲學家的時代在威廉之後就告一段落，至少在威廉之後再沒有出現過著名的經院哲學家。下一個哲學家的時代出現在文藝復興的後期。