被公認為最偉大的經院派哲學家是托馬斯·阿奎那（1225—1274年）。托馬斯不僅在歷史上地位重要，而且在當前也具有重要地位，因為在所有教授哲學的天主教機構，他的體系是唯一正確的體系。而且，在天主教信徒心目中，他還具有教父般的權威，因為在大多數場合下，他都緊密地追隨著亞里士多德。總之，如果天主教僧侶想學習哲學，就必須認可托馬斯。
托馬斯的父親是阿奎那伯爵。當時，阿奎那伯爵居住在那不勒斯王國，托馬斯的童年也是在這裡度過的，後來，他在那不勒斯大學（這所大學是腓特烈二世創辦的）讀了六年書，之後就參加了多明我教團。參加多明我教團之後，他又在科倫拜大阿爾伯特為師。1259年，托馬斯返回意大利，從此再也沒有長時間離開過這裡。
對於亞里士多德哲學，托馬斯掌握的知識足夠充分。他還促使教會相信，與柏拉圖體系相比，亞里士多德體系更適合作為基督教哲學的基礎。寫於1259年到1264年的《異教徒駁議輯要》是托馬斯最重要的著作，這是一本記載托馬斯跟一位尚未皈依基督教的假想讀者辯論的書，通過這些辯論，確立了基督教的真理。與這本書有同樣的重要性的是《神學大全》這本書，但普通讀者對這本書的興趣不大。
托馬斯說，由於異教徒不接受教義的權威，因此依據自然的理性闡明天主教信仰所宣揚的真理是他的目的。然而，在上帝的事務中是缺乏自然的理性的，因為它並不能證明全部的信仰，比方說，它能證明存在著上帝和靈魂不死，卻不能證明三位一體和最後的審判。這樣一來，將能由理性證明的信仰和不能由理性證明的信仰區分開來就成了一件重要的事了。《異教徒駁議輯要》就據此分成了四卷。
托馬斯·阿奎那（約1225—1274年）。中世紀經院哲學家、神學家，自然神學最早的提倡者之一，死後被教會封為「天使博士」，尊為「聖師」。其創立的托馬斯哲學學派，成為天主教長期以來研究哲學的重要根據。代表作為《神學大全》
儘管有人認為上帝的存在是自明的，因此沒有必要再次加以證明，但托馬斯還是首先證明了這一點。上帝的本質和他的存在是同一的，因此，如果能知道上帝的本質，那麼就能很輕鬆地證明存在著上帝。問題是，除了具有一些極不完備的知識之外，我們並不知道上帝的本質。毫無疑問，聰明的人知道的上帝的本質比愚笨的人要多，而天使知道的上帝的本質又比聰明的人多，但是誰也沒有足夠的知識從知道上帝的本質而證明上帝的存在。
有件事一定要謹記在心，即：通過信仰也能知道那些可以被證實的宗教真理。雖然這些艱難的證實過程只有博學之人才能掌握，但對於青年、無知者和沒有時間學習哲學的人而言，信仰絕對是必要的，而且瞭解啟示就夠用了。
托馬斯在《神學大全》裡提出了證明存在著上帝的五種論證。一是不受動的始動者論證；二是基於無限追溯的不可能性的第一原因論證；三是一切必然都有最初根源；四是世界上有很多源自於完美的事物；五是很多無生物都在完成一個存在於自身外部的目的。
證明了存在著上帝之後，就可以提到許多和上帝有關的在某種意義上都是否定的事實。我們認識上帝本性的途徑是知道上帝不是什麼，因為上帝不受動，因此他是永恆的；因為上帝不包含被動的潛在性，因此他是不變的；因為軀體有若干組成部分，而上帝沒有這些，因此他不是軀體；上帝是單一的，因為他是自己的本質。本質和存在在上帝裡是同一的，上帝裡沒有偶然性，不能按實體上的區別詳細說明上帝；不能給上帝定義，因為他不屬於任何分類。與說上帝像萬物相比，說萬物像上帝更恰當。
涉及人的靈魂問題的主要是《異教徒駁議輯要》的第二卷。在這一卷裡，托馬斯說，只有不朽的非物質實質才能被稱為精神實質。靈魂和肉體可以在人體內結合，但天使沒有肉體；靈魂充斥在身體的各個部分，是肉體的形式，而且一個人只有一個靈魂。與人的靈魂不同的是，動物的靈魂是會死的。而且，並不像阿維羅伊主張的那樣智性只有一個，而且是眾人共同參與的，智性是人的靈魂的一部分。與智性聯繫在一起的是對共相問題的議論。托馬斯認為，智性在瞭解共相時，也能瞭解到一些靈魂之外的事物，除此之外，共相都在靈魂內部。
涉及倫理問題的主要是《異教徒駁議輯要》的第三卷。在這一卷裡，托馬斯說，惡是一種具有偶然性的善因，而非故意的本質。上帝是萬物的終極，因此萬物都傾向於上帝。人們可以通過三種途徑認識上帝，即理性、啟示和只由啟示才能認識事物的直覺。人類的幸福不在於感官，更不在於慾望、名利、富貴和權勢等肉體的享用物。同樣，真正的幸福在於對上帝的沉思默想，道德行為只是手段，因此真正的幸福也不在於道德行為。人們普遍掌握的關於上帝的知識都不夠，加上由論證或信仰得來的也還不夠。我們在生前不會看到上帝的本質，也享受不到最高的幸福，只有在死後才可以面對面地見到上帝。這是由神的光造成的，我們正是因此才成為永恆的生命。
托馬斯認為，可以依據一些普遍的理由排斥占星術。在探討「是否存在命運」這一問題時，托馬斯說，上帝定的秩序或許可以被叫做「命運」，但「命運」是個異教的詞彙，所以這種叫法是不明智的。根據神的法律，我們應該敬愛上帝，還要敬愛鄰居。神還禁止姦淫和節育——理由是節育違背自然規律，但神不禁止獨身主義。性交是很自然的行為，因此並非所有的性交都有罪。因為一夫多妻制對婦女不公平，一妻多夫制又不好確定父子關係，因此要嚴格執行一夫一妻制。近親結婚會擾亂家庭生活，因此必須禁止——對此，書中有一段怪論：如果兄弟姐妹互相結婚，會因為強烈的吸引力而頻繁的性交。托馬斯根據純理性的考慮提出了這些關於性道德的結論。
聖托馬斯·阿奎那戰勝異教徒
在教義上有一點很重要，即就算是最邪惡的祭司的聖禮也有效。過著罪大惡極的生活的祭司有很多，因此就有人擔心，這樣的祭司是否可以主持聖禮。這的確是個有必要的擔心，而且這種情況也很尷尬，沒有人能確定這樣的祭司主持的婚禮是否有效，同樣也沒有人確定對這樣的祭司贖罪是否能得到寬恕。因此，一些具有清教徒思想的人便希望建立一個在道德上無可挑剔的祭司體系，這導致了教會的分裂，教會被迫澄清說，祭司本身的罪惡並不影響他行使祭禮的職權。
在談到肉體復活時，托馬斯再次公正地引述了反對正統教義的論點。托馬斯問：如果父母和兒子三個人都只吃人肉，那麼會怎麼樣？由於有人吃人肉，因此死去的人終有一天會失去肉體，這似乎不公平。那麼，他的身體該由什麼構成呢？托馬斯回答：原有物質微粒的保持不是肉體的同一性，在生前，由於不斷飲食和不斷消化，構成肉體的物質也在不斷變化。因此，在復活時，吃人的人可以得到跟原先一樣的身體。
與亞里士多德的哲學相比，托馬斯的哲學和他的大體一致，但托馬斯有一定的獨創性，這表現在為了讓亞里士多德的哲學更適應基督教教義而略加改動上。他不僅熟知亞里士多德的觀點，而且還有深刻的理解。在這一點上，至少在他之前的天主教哲學家都做不到。在他那個時代，人們稱他為大膽的革新者，在他死後，他的許多學說還被巴黎大學和牛津大學譴責。和獨創性相比，他在體系化方面更出色，因此，即使他的學說都是錯的，《異教徒駁議輯要》也可堪稱是一座知識的大廈。他總是力求公正，即使在反駁別人的學說時也是如此。
在探討上帝的本質和存在的同一性這一問題時，托馬斯說，上帝自身的善良就是上帝本身，此外，上帝自己的職權也是上帝本身。這個觀點暗含著殊相存在形式與共相存在形式之間的混淆，這種混淆曾出現在柏拉圖的思想裡，亞里士多德巧妙地避開了它。為了避免這種混淆，必須假設認為，共相的性質包括上帝的本質，但不包括上帝的存在。由於這個困難出現在一種不能被人們認可的邏輯裡，因此想要敘述圓滿並不容易。不過，正是由於這種不圓滿，才清楚地顯示了一種語法的混淆，否則關於上帝的議論就沒有似真性的魅力了。
我們在托馬斯身上看不到真正的哲學精神，他探究的不是事先不能知道結論的問題，而是相反，在他還沒有開始思考之前，他就已經知道結論了，而且這些結論都是天主教在信仰裡公之於眾的真理。他希望能為這些信仰的某些部分找到一些合理的論證，如果找不到的話，他會向啟示求助。然而，眾所周知的是，給已經知道的結論尋找論據是詭辯而非哲學。總之，托馬斯不配與古代或近代的第一流哲學家相提並論。