十三世紀時，中世紀達到了頂峰。那時，自羅馬帝國滅亡後建立起來的各項體系已經十分完備了。
教皇英諾森三世（1198—1216年）是十三世紀初的中心人物。這位教皇缺少基督徒該有的謙遜，因此他信心百倍地認為自己具有至高無上的權力。然而，在十字軍第四次東征時，威尼斯在某種程度上搶佔了教皇的風頭。當時，十字軍打算在威尼斯走水路攻打耶路撒冷，但出於商業考慮，威尼斯人卻說，攻打耶路撒冷不如攻打君士坦丁堡。結果，包括英諾森三世在內的所有人都同意了威尼斯人的意見，因為如果跟威尼斯人鬧翻的話，十字軍就沒有船隻可用了。這件事令不可一世的英諾森三世煩惱了好幾天。除此之外，就不知道還有誰搶過英諾森三世的風頭了。
第一個沒有神聖素質的教皇是英諾森三世。教階制對他的道德威信感到安全源於教會的改革，教階制更讓他再也不為聖潔問題而擔憂了。從此，對權力的慾望與動機便開始支配教廷。不過，這導致的結果是，在英諾森三世還在世的時候，就有虔誠的教徒反對他了。為此，英諾森三世又將教規編入了法典，教廷的權力空前加強了。儘管那時的教廷還能保持勝利和繁榮，但衰敗的種子也在此時埋下了。
腓特烈二世曾受過英諾森三世的監護。這位史上最出色的皇帝的爺爺是巴巴羅薩，父親是亨利六世。他的父親在世時，征服了西西里的諾曼人，並迎娶了西西里王朝的繼承人康斯坦絲，還派遣日耳曼人駐紮在那裡。亨利六世死後，康斯坦絲試圖借助英諾森三世的力量取得獨立。這引起了德意志皇帝奧托四世的憤怒。於是，奧托四世與英諾森三世之間就此發生了爭執。1212年，在英諾森三世的支持下，腓特烈二世打敗了奧托四世，接替他做了皇帝。
教皇英諾森三世批准方濟各會設立並祝福其創建者聖弗朗西斯及其追隨者。英諾森三世（1160—1216年）擔任羅馬教皇期間，大力拓展羅馬教廷的權力，使教廷的權勢達到頂峰，並積極參與歐洲各國的政治鬥爭，曾迫使迫使英國、丹麥、葡萄牙、瑞士等國稱臣
腓特烈二世出生於霍恩斯陶芬家族，算是日耳曼人，但從文化和情感上看，他帶有阿拉伯和拜占庭的色彩，更像意大利人。他博學多才，精通六種語言，還通曉阿拉伯哲學，和伊斯蘭教徒關係友好——這使得基督徒異常憤慨。起初，當時的人都驚奇地看著他，後來又恐怖地看著他，因為他們認為他是「奇跡和驚奇的改革家」。他還被當做《三大騙子論》一書的作者，因為教會也把他當做敵人。
1216年，英諾森三世逝世，接替他的教皇是霍諾裡烏斯三世。起初，霍諾裡烏斯三世與腓特烈二世很要好，但很快兩人就在多個方面產生了矛盾，因為腓特烈二世拒絕隨十字軍東征，而且還與親教皇的倫巴底聯盟鬧不合。腓特烈二世本打算伺機攻打這些城市，但一些變故改變了他的計劃。1227年，霍諾裡烏斯三世逝世，格裡高利九世繼任為教皇。格裡高利九世認為，十字軍東征是最重要的事，任何不參加十字軍東征的人都要受到懲罰，於是，腓特烈二世也受到了開除教籍的處分。可是，當他被開除教籍以後，他卻欣然參加了十字軍的東征。這使得格裡高利九世更加憤怒，因為這樣一來，十字軍隊伍將由腓特烈二世這個被開除了教籍的人領導。不管怎樣，腓特烈二世還是帶領著十字軍到了巴勒斯坦。到了巴勒斯坦以後，一向和伊斯蘭教徒關係友好的腓特烈二世和敵人講和了，不僅以和平的方式佔領了耶路撒冷，還舉行了加冕儀式。
1237年，腓特烈二世和倫巴底聯盟的戰事正式開始。為此，格裡高利九世再次開除了腓特烈二世的教籍。不過，戰爭的勝負卻並不是如此明顯，在此後的13年裡，儘管戰事不斷，但誰也沒有取得決定性的勝利。腓特烈二世死後，他的繼任者懦弱無能，不僅吃了敗仗，而且還把好好的意大利弄得四分五裂。
腓特烈二世會見埃及蘇丹。神聖羅馬帝國皇帝腓特烈二世的幼年時代是在教皇英諾森三世的庇護下長大的，並在其幫助下登上了帝位。而腓特烈二世也組織了第四次十字軍東征作為回報，在這次東征中他避免任何戰場上的交鋒，通過談判收復了耶路撒冷，並重建了耶路撒冷王國，自任國王。教皇英諾森三世死後，腓特烈二世與繼任教皇的關係迅速僵化，屢次發生衝突
當時的幾乎所有異端不是遭到了英諾森三世的十字軍的討伐，就是遭到了包括腓特烈二世在內的皇帝們的迫害。然而，對我們而言，這些異端都是值得研究的，無論他們本身，還是他們所反映的當代大眾感情，都很有價值。異端廣泛傳播的原因，一方面是由於十字軍的戰敗產生了沮喪情緒；另一方面是因為人們在道德上憎恨僧侶的富有和惡行。當時的狀況是，教會以宗教為理由加強教權，而人們卻因教會言行不符而憤怒。
最為龐大的喀薩利派是這其中最吸引人的。這一派的教義是從亞洲傳來的，主要流傳在意大利北部，就連包括貴族在內的法蘭西南部人群也都信仰它——對於那些貴族而言，他們的教義是沒收教會地產的絕妙借口。
由於我們依據的只有喀薩利派的對手的言論，因此我們不能清楚知道他們的教義。和諾斯替派一樣，喀薩利派好像是二元論者，認為《舊約》中的造物主耶和華是邪惡的，上帝真正的啟示在《新約》裡。他們認為，從本質上看，物質是邪惡的，惡人死後要受投生為動物的輪迴之苦，因此，他們是只吃魚的素食主義者。他們認為，婚姻是持續的自我滿足，因為他們憎恨一切性行為。還有，如果有人打他們的左臉，他們也會讓對方再打一次右臉。儘管喀薩利派教規嚴格，但他們也只有特別聖潔的「完人」才能完全遵守，其他人倒比較寬鬆。
里昂人彼得·瓦勒度的信徒組建的瓦勒度派是另一個流行很廣的異端。狂信者彼得·瓦勒度將所有的財產都送給了窮人，為了厲行安貧樂道的生活，他還創立了一個名為「里昂窮人」的社團。受到教皇讚許的瓦勒度後來由於過分斥責道德敗壞的僧侶而遭到維羅納宗教會議的譴責。從此，瓦勒度走向了真正的異端之路，他們不僅允許所有善良的人講經傳道，而且還自行委派傳教士、廢除天主教祭祀的儀式。後來，他們受到阿爾比派的連累，被迫逃往丕德蒙特，在密爾頓時代又在那裡受到迫害。時至今日，在阿爾卑斯山谷和美國還有他們的信徒。
異端的出現使教會很惶恐，只得動用蠻橫的手段予以鎮壓。英諾森三世認為，異端教徒背叛了基督，應該處以極刑。1209年，他召集法蘭西國王發起了對阿爾比派的討伐戰爭，大肆屠殺阿爾比派教徒。1233年，格裡高利九世設立了宗教裁判所，職責是查找和審判異端。除了處理一般的異端案件，宗教裁判所還審問妖術和魔法，而西班牙的宗教裁判所還承擔對付猶太教徒的職責。宗教裁判所還是成功的，至少在成立之初就徹底肅清了阿爾比派。
基督教方濟各會創始人聖弗朗西斯（1182—1226年）。公元1223年，教皇英諾森三世批准了方濟各會的會規，方濟各會正式成立。因其會士著灰色會服，故又稱為灰衣修士。在開創初期，該會效忠教皇，提倡過清貧的生活，會士之間互稱為「小兄弟」。該會還極其重視學術研究和文化教育事業
在維護正統教義方面的貢獻比教皇還多的弗朗西斯（1182—1226年）是歷史上最可愛的人物之一，他建立了著名的天主教托缽修會「方濟各會」。他出生在一個富裕家庭，成年後放棄了俗世的所有財產，投入到了傳道和慈善事業，他還和追隨者們立誓永遠過清貧的生活。弗朗西斯希望盡可能地用最嚴格的方式解釋清貧誓約，因此，他要求信徒以行乞為生，除了受人款待之外，不許佔有房產。1219年，弗朗西斯遊歷東方，當他回來時，他發現信徒們為自己蓋了一間房子。他為此感到痛苦，但由於教皇的干涉，他作出了讓步。這是後話了——英諾森三世認為，把弗朗西斯發起的這個運動維持在正統教義的層面會很有價值。於是，他認可了弗朗西斯的行為。格裡高利九世更是如此，作為弗朗西斯的私人朋友，他雖然始終贊助著弗朗西斯，但也強加給了後者一些與內心衝動有牴觸的戒律。弗朗西斯死後被追諡為聖者，但他制定的清貧戒律卻被放鬆了。
弗朗西斯之後，窮奢極欲的以利亞兄弟做了教團首領，他不僅容許信徒們完全放棄清貧的生活，而且還在歸爾甫派與基伯林派的戰爭中扮演募兵官的角色。宗教裁判所成立後，方濟各會又充當了部分國家宗教裁判所的領導，但是，令人遺憾的是，一些依舊忠實於弗朗西斯遺訓的信徒也被宗教裁判所以異端的罪名燒死了。這樣看來，為宗教事業奮鬥了一生的弗朗西斯，只是開創了一個迫害道德忠信和思想自由的優秀人物的教團。這個結果真是令人啼笑皆非。
對正統教義有著狂熱信仰的多明我（1170—1221年）是西班牙加斯蒂人。對他而言，以貧窮為手段攻擊異端就是他的主要宗旨。也許是由於多明我及其追隨者全程參與了英諾森三世阿爾比派的討伐戰爭，於是，在1215年時英諾森三世親自建立了多明我教團。相比於弗朗西斯教團，雖然多明我教團對宗教裁判所的工作更加上心，但他們的名聲要比弗朗西斯教團更好一些，因為他們致力於學術，作出過一些有價值的貢獻——不過這並非多明我的本意。為了有更多的時間進行學術研究，多明我教團不僅縮短了虔修功課的時間，而且規定不用必須參與體力勞動。在哲學上，他們致力於調和亞里士多德和基督的關係，其中成就最突出的是托馬斯·阿奎那，以後的整個多明我教團都沒有人能超越他。
比起多明我教團來，弗朗西斯教團似乎更厭惡學術，不過在即將到來的那個時期，弗朗西斯教團也出了如羅吉爾·培根、鄧斯·司各特這樣的哲學偉人。