專利是資本主義經濟中的一種反常現象，因為他們是國家授予的私營壟斷。亞當·斯密在他的《國富論》一書中對壟斷進行了強烈的譴責。
專利在近現代受到各種商業組織的大範圍支持，小到真空吸塵器製造商，大到到製藥業巨頭。但是談到軟件專利，我們卻很難找到到底誰在支持它們，除了那些專利投機者（指那些專門購買或者租賃專利的公司，他們自身從來不創造新東西）和它們的律師。比爾·蓋茨曾在1991年說過：「如果在今天的大部分想法被發明的時代人們就已經知道如何進行專利授權，並且申請了相關的專利，那麼今天這個行業將處於完全停滯的狀態。」當然，他的這個觀點今天再聽起來有幾分微妙。
軟件專利影響了每一個生產軟件的商業組織，不管生產的軟件是用於出售的還是內部使用的。甚至很多非軟件行業巨頭（像卡夫食品和福特汽車）都不得不花費大筆金錢來對抗軟件專利訴訟。但是每個程序員都面臨這樣的風險。例如，鏈表也是有專利的，但這個專利並不屬於它的發明者Allen Newell、Cliff Shaw和Herbert Simon，儘管這幾個人在1955年左右就提出了這個觀點，但是50年後卻成了別人的專利。skip-list也是同樣的情況，由William Pugh在1990發明，卻被別人於10年後申請了專利。遺憾的是，有成千上萬的軟件專利可以用來作為例子，不過這裡我們就只再多舉一個例子，「一種觸發計算機對計算機數據中發現的數據結構進行檢測和響應的系統和方法」（A system and method causes a computer to detect and perform actions on structures identified in computer data），這個蘋果於1999年獲得的專利涵蓋了所有處理數據結構的軟件（www.google.com/patents? id=aFEWAAAAEBAJ&dq=5,946,647）。
我們很容易認為那些範圍過廣、內容太過泛泛或無法度量的專利應該會比較容易被判斷為無效，但實際上，即使是Google這樣的巨頭也需要花費上百萬美金的律師費來保護他們自己。那些初創公司以及中小企業又如何能做到在提供創新軟件的同時不被那些像寄生蟲一樣活著的專利投機者一次又一次地勒索？
在美國以及其他的國家，專利系統大致都是這麼運作的。首先，要記住一點，無論當事人是否知道某個專利的存在，該專利都在起作用。而且侵權專利有可能導致天價罰款。現在假設有一個程序員正在完全獨立地開發一個閉源軟件，設計了一個智能算法來做一些事情。這時有個專利投機者聽到小道消息說這個程序員的公司擁有一個可能賺錢的創新。於是，這個專利投機者弄出一個針對該程序員的禁令，宣稱說他侵犯了他們的某項泛泛而談的專利（如上面剛提過的那項蘋果專利）。於是，你必須提交你的源碼以供獨立分析。自然，這個分析將不會僅僅包含引用的專利，而是該專利投機者所擁有的所有專利。這樣專利投機者就能完全看到這個程序員所開發的那個智能算法了，他們甚至會考慮自己為這個算法申請一個專利，畢竟他們有足夠的錢用於律師費的開銷，而錢恰是中小企業所缺的。當然，這些專利投機者不是真的想上法庭，他們的「商業模式」不過是「敲詐勒索」罷了：他們希望這個開發者繼續出售他們的產品，並為他們那個宣稱被侵犯的某專利支付許可費用。不過，因為絕大部分的專利都無法強制執行，從而無法讓專利投機者得到真正的好處，但法庭爭鬥將導致這些中小企業的大多數破產，因此通常只能以這些中小企業同意支付專利授權費用而告終。而一旦這些企業繼續支付許可費用，專利投機者就可以用這個變得更長的專利授權列表來敲詐下一個受害者。
大公司有能力購買專利並與這些專利投機者對抗，不過他們也沒有必要對這些受害的中小企業表現出多少同情，因為這些中小企業可能會成為潛在的競爭對手，所以這些中小企業大部分都不怎麼受關注。包括開源公司Red Hat在內，一些公司會申請多項專利以作為防禦措施，他們可以通過使用專利的相互許可協議來最小化法律費用。但對於像蘋果、谷歌和微軟這樣已經花費數十億美元構建專利組合的巨頭而言，這種做法有多少效果就不得而知了。這些已經花巨資在專利上的巨頭不太可能期望這種專利制度被終止（無論這種制度的破壞性有多大），因為制度的終止將導致他們大幅度的賬面減記，這對於公司股東和CEO 們都是不可接受的，因為CEO們能得到多少報酬完全取決於公司的股價。
中小企業和獨立創新者通常沒有足夠的資金來抵禦專利投機者的勒索。一小部分人會嘗試轉移到海外，而絕大部分將要麼不得不支付大筆費用來抵制這種勒索（或者中途倒閉），要麼乖乖為那些沒什麼價值的專利支付授權費用。軟件專利已經對美國的獨立創新者和中小企業進行的軟件創新事業造成了一定程度的寒冬效應，讓這些商業組織的成本變得更高昂，日子過得更艱難，因此也降低了他們為程序員創造更多工作崗位的能力。當然，很多律師從軟件專利裡得到了不少好處，僅2008年就達到了112億美元，儘管專業經濟學家似乎也無法從軟件專利中計算出哪怕一分錢的經濟利益。
其他國家的軟件開發者也沒好到哪裡去，有些公司為了避免專利勒索已經不得不將自己的軟件從美國市場撤出。這意味著一些創新軟件在美國不再可用，從而可能為一些非美國商業組織帶去一些競爭優勢。不僅如此，ACTA（Anti-Counterfeiting Trade Agreement，防偽貿易協定）覆蓋了所有類型的專利，這個協定正在被全世界包括歐盟在內逐步接受，但是在我寫這本書時還未包括巴西、中國和俄羅斯。此外，歐洲自己的「歐盟專利」（www.unitary-patent.eu）組織很有可能會在整個歐盟範圍內實行美國風格的專利制度。
軟件是一種受版權嚴格保護的知識產權。（例如，比爾·蓋茨曾經完全靠軟件版權成為世界上最富有的人，在軟件專利這種惡性創意出現之前就已經做到。）撇開軟件版權的成功之處，美國和其他的國家已經開始（或者已經被國際貿易協定強制規定）將軟件納入了它們的專利制度範疇。讓我們來想像一下，如果所有這些沒什麼價值的專利（如範圍過廣、內容泛泛或是先前技術的專利）忽然消失了會怎麼樣呢？這必然會大量減少專利勒索並刺激創新。但那個關鍵疑問依然存在：軟件真的需要專利化嗎？
包括美國在內的大部分國家不可能會申請與數學公式相關的專利，無論這些公式的新舊。然而，數學公式代表的是想法（也就是專利要「保護」的對象），如我們從「邱奇-圖靈論題」中所知，軟件的邏輯都可以簡化成一個數學公式，所以軟件可以歸結為數學的一種特定表現形式。這恰恰是Donald Knuth反對軟件專利時的論點。（請查閱Knuth教授寫的一封簡明扼要的信，見www.progfree.org/Patents/knuth-to-pto.txt。）
這個問題也不是不可解決，不過需要立法禁止任何人申請軟件專利（或者將軟件歸類成數學這個不准申請專利的類別，其實我一直認為軟件就是數學），而且還需要搞定專利局（專利局會希望專利越多越好，因為他們的收入通常跟專利的數量而非價值成正比）。但這比較困難，因為獲取政客的關注需要付出不小的代價，而且那些有能力購買專利的傢伙當然也有能力反向遊說政客。而且這個主題非常枯燥且行業相關，對那些政客的政治生涯沒有太多好處。但真的有很多人在同時遊說兩個黨派以改變現狀。你可以從 endsoftpatents.org（在歐洲是www.nosoftwarepatents.com）瞭解更多為什麼軟件專利具有那麼大的災難性，以及如何打敗它們。