有了這些優良的特性，你還需要牢記系統捨棄的特性與局限。在使用MonogDB構建真實的應用程序並用於生產環境之前，應該注意一些局限，它們大多數都是由於MongoDB使用內存映射文件（memory-mapped file）而導致的。
首先，MongoDB通常應該運行於64位的機器上。32位系統只能對4 GB內存做尋址。要知道，一般半數的內存都會被操作系統和程序進程佔用，就只剩2 GB內存能用來映射數據文件。因此，如果運行在32位的服務器上，還定義了適當數量的索引，那麼數據文件只能被限制在1.5 GB。大多數生產環境系統的要求都高很多，因此一個64位的系統是必需的。1
1. 理論上來說，64位的架構可以尋址16艾字節（exabyte）內存，無論想做什麼都不會再受到限制。
使用虛擬內存映射的第二個後果是，數據佔用的內存會自動按需分配。這樣一來，想在共享環境中運行數據庫會變得更加麻煩。要把MongoDB用於數據庫服務器，最好是能讓它運行在一台專門的服務器上。
最後，運行帶複製功能的MongoDB是十分重要的，尤其是沒有開啟Journaling日誌的時候。因為MongoDB使用了內存映射文件，不開啟Journaling日誌的話，mongod發生任何意外關閉都會導致數據損壞。因此，這時最好能有一個備份以做故障轉移。對任何數據庫而言這都是個不錯的建議（重要的MySQL部署不做複製是很輕率的舉動），這對沒有Journaling日誌的MongoDB尤為重要。