解職歸田23年以後，申時行在原籍蘇州度過了他按中國習慣計算的80壽辰。萬曆皇帝已多年不見他的老師和首輔申先生，他特派專使赴蘇州祝賀存問，隨帶紋銀50兩、繡蟒綵緞一匹、其他綢緞4匹作為賀儀。當時申時行的健康情況已經不佳，但仍然掙扎著北向行禮如儀。他在秦本裡表示感謝說，祝賀壽辰的聖旨已經供奉保存，以為子孫傳家之寶，銀緞則全部壁還，因為他無顏接受這樣隆重的禮物。他身為皇帝的蒙師和首輔，但是未能克盡自己的職責。如果不是這樣，何至理應繼承大統的皇長子到現在還沒有在翰林院的官員那裡就讀？又何至京內外大量的缺官無人遞補？據說，萬曆讀完奏章以後感到悵惘，但仍然無意於接受這含蓄的勸諫。
申時行把他的書房命名為「賜閒黨』。上天已經賜給他閒暇，他就用來遊山玩水，寫字吟詩。可是很顯然，不論是站在太湖之濱看著無情的浪濤拍擊已被港蝕的崖岸，還是坐在書房裡用典雅的韻文描寫著煙雨零零的江南暮春，他都沒有能忘情於世事。這23年中，他留下了一大批作品，在身後由家人結集鐫版，是為《賜閒堂集》書中詩文內容涉及的各方面很廣泛；但是一有機會，對往事的回憶和感慨總是很自然地在筆下流露。詩文中有不少曖昧、隱晦甚至前後矛盾的地方，然而我們並不能草率地認為他的著作有意欺人。從字裡行間可以看出，他對他的一生功過有自己的看法，並且對這種看法具有信心。生當末世而身居首輔，他的困難帶有時代性，其中情形特別，不是從組織上和技術上可以解決的。他沒有明確的法律條文可資遵循，他只能依靠道德習慣和人事的手腕來應付一切。其中有內外參差之處，已不待言。在退職閒居以後，這位昔日的首輔對自己的過去毫無懺悔之意。他的思想平靜，他的良心沒有遺憾，因為形格勢禁，他只能用調和折衷的辦法來解決問題。他自信他在執政期間的所有措施均出自誠意，這一大前提使他們心無愧，至於成敗利鈍，那又並非他個人的力量所能左右。
他當然聽到過別人的批評。有人說張居正雖然剛愎自用，畢竟還有所成就；而忠厚長者申時行的記錄卻如同一張白紙。對這些抹殺事實的意見，申時行自然不為所動。在他看來，以道德力量作為施政的根本，關鍵在於防止壞事發生，而不在於瑣屑地去解決問題。如果真像批評者所說他的施政記錄是一張白紙，這反倒證明了一切都已納入規範，機構運轉正常，因此無事可記。然則申時行自己明白，他沒有能達到這個最高目的。至少，他這個皇帝的最高顧問，沒有能找到一個大家都能接受的方案去解決繼承問題。他竟為此而去職。對於這個問題，如果說有些人犯了錯誤，那他申時行的差失，也不會比旁人更嚴重，最低限度不會與二輔許國的錯誤相提並論。他身居首輔，處心積慮地想在幕後不動聲色地解決這個難題，而許國偏偏不能體恤時艱，將折衝於博溫之間的底細，全盤托底公佈，以致弄到不可收拾。
申時行雖然號稱謙虛抑讓，但畢竟沒有達到唾面自乾的境界。他無意於接受那些在他看來是不中肯的批評，否則，他又何必把過去的事實和自己的看法來回反覆地寫入自己的詩文裡，而且囑咐兒子們在他身後結集刻印？顯然，他期裡後來的讀者稍一思索，就能理解他施政措施的真正意義，並且承認他的成就超過了表面上的平凡。
今天重讀《賜閒堂集》入恐怕多數讀者可以承認，申時行在文淵閣的八年半時間裡並非完全尸位素餐。他在行政上的成就，往往得力於微妙的人事安排。這樣的方式本來就帶有間接性，而他在執行時既不採取大刀闊斧的方式，也不多加渲染，這樣，他的成績就很少為人所理解，也更少為人所仰慕。舉一事即可為證：假如他真是除了忠厚和平以外就一無可取，那麼在他執政時期發生的黃河氾濫問題，一定比實際情形要嚴重得多。
自古以來，治理黃河就是我們帝國的一大難民由於河水流經黃土高原，疏鬆的黃土隨著河水順流而下，沉積於河床；河床過高，一旦遇到洪水，就極易沖決河堤，造成嚴重的水災。每次決口，生命財產的損失均不可勝記。
可是對於這一問題，中樞的唯一辦法，就是責成總理河道的御史妥善處置；其中技術上的問題和人力物力的動員，都需要這位欽差大臣在他職責範圍之內就地解決。根據過去的經驗，大規模整理河道，地區往往涉及數省，有時填高鑿低，等於改造地形。在這樣巨大的規劃之中，自然會有意見紛紛，莫衷一是。有時尚未開工，爭執已起。所以中樞雖不直接領導工程的設計和進行，但是它所採取的立場，卻必然對全盤形勢產生決定性的影響。如果一個總理河道的御史執行他的規劃尚未及半，突然被參免職，而他的繼任者又採取完全相反的主張辦事，則百萬生靈，就可能犧牲在這種官僚政治之下。
首輔申時行所賞識的治河專家是潘季馴。這位專家提倡「河道緊縮說」。黃河所以為害，原因是河沙淤集，河道不通。對於這一點專家們都無異說，但在解決的方案上則有截然不同的主張。有人建議加寬河道，他們認為河道寬則水流暢。潘季馴則以為河道寬則流速小，流速愈小則泥沙沉澱的機會愈多，經過若干年月之後，河床就會愈積愈高。他主張，應該選擇重要的地段把河道收緊，同時把附近的清水河流用人工疏鑿引入黃河，以增加黃河的流速，照這樣的辦、法，可以不需要經常疏浚而可以「自浚」。「建堤束水，以水攻沙」，就是他歸納上述方針而概括成的八字箴言。他又建議，河堤不能幾十里、幾百里相連不絕，應該預先在河水洶湧的地方留出缺口，而在缺口之後築成第二、第三道的「遙堤」，和第一線的河堤之間構成「含水湖」。大量河水在缺處突破第一線，流至造堤，流速已經降低而儲蓄在這些人工含水湖中，就不致擴大其危害。
在河堤合龍和迫使河水改道的工程中，潘季馴使用「柳銀」作為有力的工具。這種柳輥通常長150尺，圓周20尺，製作的方法是先用植物和泥土像織地毯一樣構成長塊，再用大樹和繩索造成中心卷架，然後把這塊「地毯」卷在架上，用大樹枝和大繩索四周捆緊。這一用泥土、樹枝製造的大圓柱體遇水可以膨脹，因而不致被急流沖走。每一柳輥由成百上千的民工拖運到選定的地點，當地尚有上裝大石塊的舢板，早已準備停當。柳輥就位，舢板鑿祝。隨著一聲號令，大批的民工，把他們已經擺在肩上的泥土以最快的速度堆放在這倉促搶護而成的士堤上。待到決口堵塞，再逐步把堤壩加固。很多地段日後還加砌花崗石，遠望一線白色，頗為美觀。
對這樣規模浩大的工程，中央政府無力支付所有的費用。通常發給的款項，僅能在初步設計時作籌組全局的辦公費。茲後總理河道的御史被派為當地的總督，有的還帶有尚書、侍郎的頭銜，以便於他在許多府縣徵用人力物力。所有的民夫、工具、糧食、醫藥和交通、通訊等等都要就地通盤籌措。所以，這一位總理河工的大臣除了工程經驗之外，還必須要具有操行無可疵議的記錄，這才能深受眾望，動員這許多府縣的地方官，指揮如意。
潘季馴過去治河多年，無論經驗或者聲望都符合上述條件。他在1584年已官至刑部尚書，當時為了代張居正的家屬求情，觸犯聖怒，因而被革職為民1587年黃河幾處決堤，開始的時候委派了一個沒有多大聲名的官員採取了若干緊急處置。1588年，在討論總理河道大臣一職人選的時候，潘季馴的名字有人提到，但沒有人敢向皇帝作堅決請求。正好這時候皇帝自己提出這一職務應當由「老成才望」的人充任，所以申時行才示意給事中薦舉起復潘季馴，事情得以順利通過。申時行還怕有人議論，又正好萬曆召見他面詢其他政務，他就在談話中插進了「皇上留意河道，拔用舊人，一時在任，皆稱措練」這些話。這談話紀錄一經給事中辦公室抄寫公佈，潘季馴之出任「總督河道兼理軍務」一職，也就等於出自皇帝自己的主意，反對他的就不能隨便議論了。自此在申時行任首輔的年月中，潘季馴一直負責治河，成績卓著。而到申時行離開文淵閣以後不久，他也被參劾而再度罷官。
在文淵閣的八年半中間，北方邊防沒有發生重大事件，也是申時行引以自豪的政績。其實當時危機並未消失，只是依靠他處理得當，才未釀成大變。
1590年，本朝的一員副總兵李聯芳在甘肅、青海交界的地方陷於蒙古軍隊的埋伏，力戰身亡。北京的文官大部分主張應當興兵討伐。這時候萬曆皇帝已很少在公開的場合之下露面，由於這一重大事件，他破例舉行早朝，朝罷以後繼續和各位大學土討論對付的辦法。萬曆同意多數廷臣的意見，認為應當採取強硬態度，然而申時行則持有不同見解。
申時行的看法是這樣的：50年前，北方蒙古各部落在俺答的號召下組織成一個同盟，勢力所及，東西連亙兩千里，與本朝軍隊屢屢作戰，殺傷軍民不計其數。到了1570一1571年冬天，俺答改變宗旨，願意約束各部不再犯邊，而以賞賜給他的津貼和互市的權利作為交換條件。廷臣討論之後鑒於和平的局面對本朝有利，所以接受了他的提議，還封俺答為順義王，其他部落首領也分別給予不同的名義。
俺答對這修好的條約忠實履行不渝。他去世以後，兒子黃吉台尚能維持現狀，到了孫子接力克，就已經沒有約束各部落的能力，全蒙同盟名存實亡。在甘肅、青海間活動的卜失免和火落赤兩部，尤其不受節制，經常向西南方向騷擾。一旦被質問他們就聲稱是「搶番」，即搶劫這一帶的回、藏諾部，而並非侵犯天朝。這種做法使他們既保持了賞賜和互市的利益，又保持了行動的自由。
1590年，本朝的一個被稱為「方大醉」的下級軍官，聽到軍士報稱蒙古騎兵侵掠邊境，他就單人獨馬衝到出事的地方。蒙古人準備答話，此人乃一介武夫，一言不發，舉刀就砍。蒙古人在退走時拔箭射中了這位莽漢，致使他第二天瘡發身死。於是軍中群情激憤，堅決要為他報仇。洗泥副總兵李聯芳追逐敵軍，遇伏陣亡。報告送到北京，議論就哄然而起，大都主張停止互市，出兵作戰。順義王褡力克也作了戰爭的準備，渡過黃河，即將陷洗河，入臨鞏。情勢如箭在弦上，一觸即發。
然而在申時行看來，情況並非沒有緩和的可能。他不能相信格力克已經下定了全面戰爭的決心，因為他的同盟並不團結，並不是每個部落都願意放棄互市的利益而與本朝作戰。如果和平的希望沒有斷絕就決心接受全面戰爭，這不能說是明智的辦法。邊境上發生這樣的事件，確實暴露了本朝的弱點，增加了蒙古人的野心。但補救的辦法不在於發動戰爭而在於鞏固內部的力量。如果邊防軍的空額都已補足，各邊鎮的倉庫充實，以遊牧民族耳目之靈通，他們是斷乎不敢輕易挑釁的。如果邊防的情況依然故我而本朝與蒙古人貿然交兵，縱使在局部地區取得勝利，這聯綿幾千里的邊防線，終歸是要被對方衝破的。說到底，即使本朝的軍隊獲捷一百次，也不能宣佈佔領了大沙漠；而對方取得一次決定性的勝利，則可以使本朝徹底垮台。
這一次處理邊境危機的經過，更清楚地闡釋了我們帝國的特質，從此中看出：軍事機構受文盲控制不是沒有理由的。邊防需要作出全面計劃和長久打算，動員的程度則既不可過低也不可過高。一般說來，全國的情況有千差萬別，不容許中樞見事過問。因之皇帝的領導多少帶有抽像性，應當集中全力鼓舞臣工，而不必在每時每事上加以處處干預。然則在緊要關頭，皇帝左右全局決定和戰的領導力量，卻又千萬不能等閒視之。就在這燥熱的1590年夏天，申時行因為有了萬曆皇帝的支持，終於避免了一場以國運為賭注的戰爭。對這使他更進一步地體會到了本朝傳統的優越性：讓年輕的太子受傅於翰林學士，實在是高瞻遠矚。日後太子登極，翰林學士也被擺升，初為內閣中的副手，再遇機緣遂成首輔，這不僅保持了中樞人事的連續性，而且憑著老師和學生的親切關係，可以使許多棘手的事情輕易而圓滿地得到解決。
首輔和萬曆在1590年陽曆8月25日的談話，是記錄中的最後一次。表面上看來，師生君臣問的討論似乎散漫無重點，而實際上申時行以極為謙卑的語調，達到了當面稟奏的目的。磋商的結果，所有的總督巡撫都供職如故，沒有人因為這次邊境出事而被撤職或受到其他處罰，這表明皇帝對邊區各地方官的信任並未動搖；同時與俺答所訂立的和平條約至此已20年仍然有效，不因局部衝突而廢止。首輔又提出，所有官軍的防禦不可鬆懈，並應對卜失兔和火落赤兩部特別戒備。再之則建議派遣一個重要的文臣去各邊區協調全部戰略處置。這次在御前的談話既經送交午門傳抄公佈，則中樞的決心已定，不容置像。因之磨拳擦掌的主戰派乃不得不稍事收斂。
之天之後，原來掌管京軍訓練、帶有兵部尚書銜的鄭雅被派為北方各鎮的經略。這時甘肅、青海邊境的形勢已經穩定，本朝的軍隊沒有發動攻擊，蒙古鐵馬大舉內犯的可能性也沒有成為現實。1591年初，鄭雄乘卜失免企圖與大落赤會合的時候，突然襲擊其側翼，截獲了大批牛羊和其他給養，同時又按照申時行「清野』的指示，讓青海的很多回藏部落他移，並把蒙古人所建造的喇嘛廟和最近運來的木材付之一炬。很多草地也以「燒荒」的方式加以破壞。格力克看到繼續往西南移動沒有前途，也就率領主力返回黃河東北。此後蒙古人還將與本朝的將士在各處作小規模的交鋒，但是，合併長城以外各部並征服回藏以構成一個遊牧民族大集團的計劃，就只能永遠放棄了。
首輔申時行的執政紀錄相當複雜。他對邊境問題的處理是否全部合適，即令時至今日，也不是易於判斷的。但是有一件事情總應該提到，就在這1587年即萬曆十五年，遼東巡撫注意到一個建州酋長正在逐漸開拓疆土，吞併附近的部落。他覺察到養虎將要貽患，就派兵征討，但是師出不利。他認為失敗的原因，在其部下開原道參政不照命令行事，而堅持其個人改剿為撫的主張。巡撫參劾這參政的奏折一到北京，被參者反而取得到了京中監察官的同情，他們又出來參劾這位主剿的巡撫。申時行認為這完全是一件小事，不值得引起內外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面調停，建議皇帝視雙方的互相參劾業已彼此對消，也不再作是非可否的追究。於是這位酋長今後得以為所欲為，而且還能夠繼續利用本朝內外官員的不和來發展他自己的千秋大業，此是後情，也不在本書敘述範圍之內。這位酋長並非別人，據當日記錄稱，他名叫努爾哈赤。若干年之後，他的廟號則為清太祖。
很多歷史學家沒有提到申時行和持力克之間的這段糾葛，更想不到他和下一個王朝的創業人還有過這一段因緣。在歷史學家看來，申時行一生做官執政的最大功罪都應以萬曆年間的立儲問題為始終。
多數文官對申時行深感不滿。最初萬曆皇帝起下了廢長立幼的念頭，就已經是不德不義了。申時行身居首輔，他自應以去職力爭，不得已就應當以生死力爭。他是第一個可以在御前說話的人。如果採取了這樣堅決的態度，即使因此而去職甚至犧牲，他的繼任者也會不得不倣傚他的做法，加上廷臣的輿論又是如此一致，皇帝就會被迫接受公議，以後的僵局也就不會發生了。
作這樣評論的人完全忽略了申時行的性格和他的處世方針。正由於態度溫和，申時行才獲得皇帝的信任並建立了親切的關係。多年來，這位首輔正是巧妙地利用這種關係，促使皇帝的一舉一動接近於文官集團的期望。天子既要使用他人間的絕對權威而又不能摻進他個人的愛憎，這本來就不容易恰到好處，而要申時行採取硬性辦法督促，事實上也是無法做到的。
指斥申時行有意讓皇帝拖延立儲的說法是毫無根據的。官方記錄所載，還在常詢剛剛出生的時候，他就曾呈請皇帝早立常治為太子。在問題剛剛露頭的時候就以明確的方式提了出來，見微而知著，不可以不謂為遠見卓識。
立儲問題會成為萬曆朝中的一大難關，申時行在受命冊封鄭氏為皇貴妃的時候可能就有所預感。他當時位居文臣之首，這隆重的冊封儀式自然需要他的參加和領導。他和定國公徐文堂在御前接受了象徵權力的「節」，在禮官樂師的簇擁之中向右順門進發。主管的宦官在門口恭迎。他們兩人以在嚴穩重的態度把「貨』、余印以及制冊交付給宦官，然後再由宦官捧入宮中接與貴妃本人。這一套安排等於宣告於全國臣民，封妃的典禮既由朝廷中最高的文武官員主持，則被封的鄭氏已非僅閨房之寵幸而實為國家機構中的一個正式成員。以對連帶而及的則是皇貴妃的地位僅次於皇后而在其他妃嬪之上，那麼來日她的兒子常相可能繼承皇位，就不能說是全在廷臣預聞之外了。
但是萬曆皇帝卻堅決地否認這種關係。他說冊妃與立儲是兩不相干的事。申時行在冊妃之地曾奉萬曆之命，作詩歌詠其事。詩中有云：「漢殿俱矜寵，秦台早得他，今朝橄李賦，參和《小星》篇。」他深感天子雖為天子，仍不免有閨房兒女之情，因之萬曆提及他和鄭貴妃的關係，申先生不置一辭。他還理解，皇帝仍然是一個有血有肉的「人」，也有他理智和感情的交戰。關於立儲一事，申時行自始至終主張忍耐，等待萬曆改變主意，他的是上兼學生不是一個沒有理智的人，假以時日，他自己必然會對這問題找到合理的解決，而施加壓力則於事無補。
日後事態的發展證明首輔的估計並不正確。時間並沒有成為有利因素。他在文淵閣八年半的任期中，接觸過各種複雜的人和事。他的「大事化小，小事化了」的辦事方針，並不能永遠做到彌息補照，相反，有時造成的嚴重後果，竟會大大超出他的始料所及。
申時行在1583年擔任首輔。開頭的兩年，他的前任張居正一案得到解決。這個問題一天不弄得水落石出，萬曆和他的老師就一天不知道彼此的真正意圖。到了1585年，這一大案件才被徹底了結。於是此後有好幾個月太平無事。到了1586年初，常詢出生，鄭氏被冊為皇貴妃，立儲的爭執已經肇始。但就在這前後，萬曆已經發現他想做的事情統統不能做到，於是他想勵精圖治的念頭就一天天減退。隨之而來的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字眼也越來越無忌諱。有一本奏折上說，如果皇帝不接受他的意見，天下臣民必將視之為無道，而列祖列宗也必將痛哭於九泉。皇帝剛剛批示說此人語無倫次，應當降級外調，另一個人跟著奏上一本，內稱皇上的未批不甚合適，那位進諫的人乃是忠臣，不但不應降級，而且應當表揚獎勵，以表現虛懷納諫的人君風度。這種「上下否隔」的情形既已開端，至1587年就更加惡化。
申時行是一個敏感的人，他具有窺測旁人心情的能力。他辦事的原則基於對本朝政治制度的深刻瞭解。在這種特殊的制度之下，人君和人臣務必互相遷就互相讓步。倘不如是，一方面堅持大義所在，絲毫不放鬆，則只有逼使對方採取消極態度。臣僚可以請求辭職，首先由個人「乞骸骨」而延及集體，如果被革職，反倒被視為榮譽；皇帝不能讓位推賢，他所能採取的方式是怠工，即不出面主持禮儀，不見群臣。1587年，當首輔申時行還只是顧慮到有這種可能性時，萬曆的朝廷已經朝這個方向邁進了。
在這一年還未到歲暮之際，皇帝所使用監視內外的秘密警察遭到了攻擊。東廠直屬於司禮監，下轄錦衣衛，其秘密情報為皇帝處理政務所不可或缺。情報的內容非常廣泛，包括市場上重要商品的價格、各個城門的進出人員和交通工具、北京市內火災的情形等等，其中又萬不可少的一部分，乃是從各處竊聽得來的談話。這種情報機關在本朝已有兩百年的歷史，早已成了政治體系中之一環。平心而論，在本朝歷史上，萬曆皇帝不能算是過分地運用廠衛鉗制臣燎的君主。然則對百官來說，特務機構總是無形的枷鎖；政治上的迫害先不說，即使「家中米鹽瑣事，官中或傳為笑誰」，巴山也大大地損害了他們的自尊心。他們早想動手制裁廠衛而苦於沒有找到恰當的機會。
其後衝突的導火線出人意外。北京城在本朝為大興、宛平兩縣所輯。是年任職的大興縣縣令，因為一件小事責打了太常寺供奉祭祖的樂舞生，而樂舞生有其不可侵犯的地方，責打他們，也就是蔑視祭掃大典。因之這個大興縣令被發交三法司審問。所謂三法司，即刑部、都察院和大理寺三個官署混合組成的法庭，通常只受理複審。這次所以破例，是由於太常寺提出了冒犯宗廟的重大罪狀。文官們雖然覺得這罪狀近於小題大做，但如果經過三法司這一機構審問，事情可以早日了結。
事情又牽涉到了東廠。東廠下設鎮撫司，凡屬觸犯皇帝的案件和牽涉到官員們的刑事案件，這個鎮撫司同樣具有訊問以至拷打之權。當得知三法司已經受理大興縣令這一案，他們表示不再爭執審訊權，只要求派出兩名錦衣衛校尉出席旁聽，以便把經過情況向皇帝報告。
刑部尚書李世達認為這一案件屬於文官內部的糾紛，用不著東廠錦衣衛的干預。但是東廠提出要派兩個校尉參加旁聽，他又沒有嚴辭拒絕，而只是托辭推倭，說什麼人犯未齊，尚未審問。及至開庭審問之日，這兩個校尉則給維持秩序的文官所阻擋，不得入內參與分聽。
如是情狀據實報告到皇帝跟前，致使龍顏大怒。萬曆對於大常寺和大興縣的衝突並無興趣，他所以震怒，乃是文官們拒絕校尉旁聽，明明是故意和他過不去，因之已不能對此表示沉默。於是他一面讓宦官口傳聖旨向文淵閣提出質問，一面聲稱他要把這一案件移交東廠鎮撫司審問。這時，首輔申時行又以和事佬的身份出現，勸說李世達向皇帝賠禮道歉。李世達照此辦理，皇帝因而得以保全面子，取得了精神勝利。可惜的是這精神上的勝利維持的時間未免過短，幾個月之後，文臣們又找到了管理東廠宦官張鯨的差錯，群起而攻之。
檢舉張鯨的奏章中指斥他與某些文官勾結，並且接受賄賂。其所列舉的罪狀看來都鑿鑿有據，只是當時勾結為奸，納賄貪財的一段罪狀也可以加之於許多高級廷臣身上，寫奏呈的人似乎全米計及。張鯨事後感慨，由於他的嘴巴說話太多，所以才招致了那麼多的攻擊，不能算是事出無困。只是根本的原因還是在於機構本身，其職務與文臣的利害相違。萬曆一朝的衝突，文臣佔優勢，與天啟朝廠衛跋扈、提騎氣焰沖天的情形恰為尖刻的對照。
起初，萬曆皇帝還沒有意識到事態的嚴重，他以為對張鯨作一番口頭申斥就足以了事。廷臣見參劾無效，索性一不做二不休，準備參劾全部的大學士。以造成張鯨不除、內閣也別想安生的輿論壓力。由於群情鼎沸，萬曆只好承認失敗，把張鯨免職。據當時接近皇帝的人透露，這件事曾使皇帝大為傷心。但就在張鯨將去未去之時，尚有一個下級官員不知道皇帝已經屈服，竟然又上了一個奏本，說張鯨如此難去，想必是皇帝陛下也接受了他的賄賂。這種無禮的奚落使這位官員挨了六十廷杖，但是年輕的皇帝卻為此而更加心灰意懶。他本來已經對早朝和經筵感到極度厭倦，至此他拿定主意，今後再也不願意公開接見這些不誠實的、口是心非的臣僚了。他隱居在深宮裡，唯一能和他呼吸相通、憂患與共的就是貴妃鄭氏。
多年之後，申時行辭職家居，追思往事，他既不埋怨皇上，也不指責自己。他在著作中只是提到了年輕人不知世務，輕舉妄動，以致弄得事情不可收拾。他回憶起在他擔任首輔八年半的時間中，曾經有過一個絕好的機會禁助皇帝成為堯舜之君。此即1585年張居正一案落實之後、1586年初常詢尚未出生之前的幾個月。然而這機緣卻又這樣地短暫，他稍一忽視，就一去而不可再得。
當時的萬曆皇帝真是精神煥發、勵精圖治；對申先生提出的要求也全力以赴，極為難得。在我們形式化的政府中，表面即是實質。皇帝既能熱心參與各種典禮，就充分表示了他的誠意，足以策勵臣工趨向勤儉篤實。申時行只要閉起眼睛，就立刻會在記憶中浮起當年皇上步行折雨的一幕情景。這件事發生於1585年，歲次乙酉，即當日「萬曆之治」可能成為現實的短時間內。
這次祈雨與往常不同。在經過的儀式中，萬曆第一次也是最後一次向普天之下表示了他關心民瘓的誠意。1584年入冬以來，北京一帶就缺少雨雪。次年春夏之間亢導更甚，河流見底，並中無水可汲。御前對此極為焦慮，在命令各個地方官求雨無效之後，他決定親自向上天祈禱。所採用的祈禱的儀式，一部分由禮部在檔案中參考成例草擬，但具體細節卻出於皇帝御制，比如要求全體人員徒步走赴天壇圍丘而置轎馬於不用，就完全是他自己的主意。
儀式舉行的前三天，皇帝已經齋戒、前一天，他又在宮中奉先殿默告祖宗，隨後又面稟慈聖太后。致上天的表文則親筆稱臣簽上朱翊鈞的名字，先一日送至南郊神庫。
陽曆5月16日黎明，皇帝駕到皇極門，他的衛士和隨從排開成為一個長方形的隊伍。此時禮官報告，各官在大明門整隊已畢，皇帝就開始步行出發。
北京的居民從來沒有看到過這樣在嚴而樸素的儀式。所有的人員，包括皇帝、文武百官和宦官，一律穿藍色布袍，頸部和下緣以黑布鑲邊，平日的金銀玉帶此時全部不用而代之以牛角帶。旗幟和樂隊也概行免去。大街左邊是兩千名文官，右邊是兩千名武官，都列成單行兩相對稱，浩浩蕩蕩，和皇帝一起步行前往天壇。
這些幸運的居民得到了一生中唯一的機會親眼看到了當今天子。祈雨的隊伍經過大街，一切交通當然需要暫停。但是天子平時出行時採取的「除道」措施，即要求全部店舖關門、行人斂跡的規定，這次卻免予執行。這也是皇恩浩蕩，允許小民有一睹天顏的機會。居民們所看到的萬曆皇帝是一個相貌端正的年輕人，臉圓須短，身材稍胖。他以如此虔誠的姿態邁著穩重的步伐，使看到的人無不為之感動。
對萬曆皇帝來說，這十里之遙的長途步行當然不是一件輕鬆的事情，因為這是他有生以來第一次的如此跋涉，而且當時的天氣已愈來愈熱。
天壇回丘在北京城南部，為今上的祖父嘉靖皇帝在1530年所建。萬曆皇帝在這同心圓的最下一層石階上跪下祈禱，上香之後，又向上天叩頭4次。文武百官列隊站立在南牆之外，當皇帝跪拜時，贊禮官在暗亨門傳贊，百官也依樣跪拜如儀。
行禮既畢，皇帝召集大學士、六部尚書和其他高級官員在左權星門外所設的帳篷內發表訓辭。萬曆聲稱，天時亢旱固然是由於他本人缺乏德行，但同樣也是貪官污吏克剝小民、上干天和的結果。現在務必要改弦更張，斥退壞人，引用好人。申時行即席代表全體官員致答辭，聲稱臣等奉職無狀，以致天降抗旱。皇上代表全體臣民祈禱，當然會上格天心。如果還有官吏不能抑體皇上的誠意，臣等一定要嚴加申飭。萬曆當即指示把這種要旨公之於天下。1585年5月16目的敕文就體現了這個指示。被文告誡貪贓枉法、酷害百姓的官吏必須痛加改悔，絕不能再把中樞的命令示為具文，如有違不奉行者，定當嚴懲不貸。同時萬曆又命令戶都在災害嚴重的地區免徵賦稅一年。
儀式結束，準備起駕回它，宦官們讓御轎抬到萬曆跟前，但他堅決不坐，仍和百官步行回宮。這支隊伍人數眾多，起止需時，到達大明門已經是下午最炎熱的時候。隊伍剛剛解散，兵部的一個主事就迫不及待地從袖子裡抽出一把折扇使勁地揮動。負責糾察的御史發現這一情狀，認為其時雖然已經散隊，但此人如此不能忍耐，仍然屬於失儀。為此這位主事被罰停半年。
申時行侍奉皇帝到皇極門，然後叩頭退下。臨行時他向萬曆致以慰問，萬曆則答林『先生勞苦」。日對這時候首輔固然既饑且渴，極度疲憊，但是相比之下皇帝的任務要更為勞累，他還要到奉先殿去向列祖列宗匯報，匯報完畢還要參見慈聖太后。
申時行不能算是一個迷信的人，從各種記錄上都看不出他相信通過占卜祈禱的方式就可以和宇宙的神秘的力量有所來往。他在一次給萬曆的妻章上說，「臣等不習占書，不知事驗」，足以清楚地說明了他的態度。同時，也不能認為萬曆是一個過度迷信的人。在選擇皇帝陵寢的過程中，廷臣曾因風水問題，展開了激烈的爭辯，最後萬曆表示「當日秦始皇在儷山築陵，何嘗不講究風水。從這一達觀的態度來看，他對風水的信仰，也只能在若有若無之間。
但是迷信與非迷信，其間的分野也可能極為模糊。例如，當一個人強迫自己對一件事情、一種前途建立信念，則其與宗教式的皈依就相去極微。因為凡是一個人處於困境，他就不願放棄任何足以取得成功的可能性，即使這種可能性極為渺茫，沒有根據，他也要把它作為自己精神上的寄托。在這1585年亢旱的初夏，朝廷上下的情形就和此種情況極為接近。當時一天過去又是一天而仍然是驕陽酷日，人們的焦慮也就達到了最大限度。因為每一個人都知道，皇帝的宮廷不能永遠建立在一個土地幹得發裂的京城裡。皇帝親自出動，以最虔誠的態度和最莊嚴的儀式向上天求雨，不論是出於迷信，或者其動機是維繫人心，最低限度表示了事情並未絕望。希望就產生於這種人為的奮鬥之中。他的掙扎，他的自我責備，以及他對臣僚所作的愛民的訓示，都可以安慰困窘中的人心，有如一眼清涼劑。他的政府一向認為精神的力量超過實際，因此他這次求雨即是做皇帝克盡厥職的最高表現。
最後，一場甘霖有如千軍萬馬，突然降臨到人間。最初是雨中帶雹，旋即轉為驟雨，稍停以後又是一陣驟雨，雨勢一直延續到第二天。這場雨發生在陽曆6月12日，距離皇帝徒步天壇求雨已將近一月，但是任何人也不敢妄議這不是聖心感動上蒼的結果。皇帝自己也當仁不讓，興高采烈地命令百官感謝上蒼的恩典。首席大學士也為他感到高興，因為在這時候，萬曆皇帝可以在精神上引以為自慰和自滿的機會已經不是很多了。
申時行理解萬曆的感情，同情他的處境，但是他和其他文臣一樣，仍認定皇帝的職分應當在宮殿之內，除了行禮如儀之外，他不應當置身於其他事情之中，以生輕妄的觀感。比如說萬曆想親自操練兵馬，申時行就會和其他文官合作，竭力阻止。朱翊鉤是否有軍事天才？這一問題沒有歷史家能夠解答，我們所知道的，則是他即使有任何創造的能力，也因為他身著龍袍，貴為天子，而無法施展表現。而在阻止他發揮個性的群臣中，首席大學士申時行的力量雖不顯著，卻極為重要。
文官們阻止萬曆親自操練兵馬，他們自認有歷史上的先例，因為本朝除了開基創業的祖宗以外，御駕親征的事例極少。最近一百年內僅僅有一個正德皇帝做過這樣的事情，而正德的行動，又被公認為離開了傳統的軌道。為人君者，就應該安居垂裳，所以不僅練兵要遭到反對，就是外出旅行也應該在限制之列。今上的祖父嘉靖皇帝一生，僅在1539年一度回到湖廣承天府巡視過他的出生之地，此後的27年中就沒有離開北京一步。父是隆慶在位5年餘，僅僅到京郊謁陵一次，而且為時只有4日。而萬曆在1583年春天到1585年夏天卻已謁陵4次，這毫無疑問是過於頻繁了。
尤其使群臣為之不安的是，謁陵這個莊嚴的典禮竟成了皇帝督視內操的借口。謁陵的隨從武裝是御林軍。這支軍隊當年經過張居正的同意而在1581年建立，駐在京城東北角，受御馬監太監的節制。近年來，這支部隊的兵員倍增，訓練加緊，每天黎明以前，馬隊在街上的鐵蹄聲每每把居民的好夢驚醒。1584年夏天，一個酷暑蒸人的日子，皇帝親自在皇城內觀看御林軍的射箭比賽，比賽延續到傍晚才宣告結束。好幾個宦官因為受不了酷日的煎炙而暈倒，而皇帝卻依舊神清體健。文官們對皇帝過人的精力毫不欣慰，反而接二連三地送上奏本，指責內操的不當。勸說無效，他們就對申時行施加壓力，希望首輔運用他的影響使這種操練停止。
從法制上講，廷臣所提出的冷諫是否具有成憲的根據則很難概說。本朝從沒有宣佈過皇帝不能親率禁軍。永樂皇帝所用過的長矛一直供奉在午門樓上，就是皇帝帶兵的實證。自力正德皇帝的行動雖然大於物議，然而他始終沒有向輿論低頭。而且以前皇帝的御林軍都屬於宦官管轄，就此一點，今上的措施也就無法直接批判。因此，文官們只能舉出一些道德上的理由，例如兵凶戰危，皇上舞劍弄槍有損承平氣象等等，其所用辭語顯然不能中肯。
然而文官們的意見又豈能完全忽視？他們是本朝政府的支柱。全部文臣既以倫理哲學作為基礎推行了現今的統治方式，當然討厭皇帝親率禁軍，造成文武均衡甚至武高於文的局面。只因為他們又個個都是忠臣，不便站在對等的地位去和皇帝談判，更不能借勢要挾。然則這些不便不能之處卻役有使他們放棄初衷，即作淨諫時，他們胸中有數，意志堅決，目的不達，決不甘休。
老成練達的申時行善於洞察事情的陰和陽。他知道，道德不過是借口，問題的癥結是廷臣的安全感。真相既明，他就採取最有效的方式來解決問題。他不事張揚，悄悄地和宦官們談判。他後來寫下的文章，闡述了此中奧妙。申閣老此時質問御馬監的諸宦官：幾千個官兵帶著武器在皇帝身旁，誰能保證他們中間沒有人參與做壞事的陰謀？萬一有變，其他警衛人員救護不及，誰負得起這樣重大的責任？諸位身為將領，又豈能置身事外？首輔還可能在此時提出江彬的先例，用本朝的歷史，引證凡是和文官集團公開作對的人，沒有一個能得到善終。即使是皇帝最親信的人，遲早也會被大眾清算。這一番危言聳聽的遊說取得了預期的效果，用申時行自己的話來說，就是「諸檔辣然」。
帶兵的宦官既已為申時行的言辭所震懾，他們不再願意參與內操，轉而勸說皇帝放棄親率禁軍。這種釜底抽薪的對、法，為效極顯；而且皇帝不是一個沒有理智的人，他知道如果堅執己意，他和臣下的衝突勢必與他叔祖正德一朝的情況相類似。他既不願意走此極端，遲早就得讓步，所以從這時起他就對禁軍逐漸不加過問。1585年之後，御馬監勇士相次為人遺忘，禁軍這一組織也就逐漸於無形中瓦解。
申時行以辦理外交的方式來主持內政，御林軍事件的順利結束，更證明了這種方式確實卓有成效。他欣賞自己「從中調劑，就事匡維」這一處世和執政的原則，對待皇帝的辦法則是「顯諫者不若潛移為妙」。因為這種辦法既對皇帝的權威無損，而臣下的目的又可以達到，這比之於臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荊條痛打犯上的群臣總要高明得多。申時行所始料未及的，就是萬曆皇帝比他申先生又更高一手，他看透了這種鬥爭的真情實相，知道自己生氣都屬無效，莫若用「無為」的辦法，對付所有的糾纏，因之他的消極也越來越徹底了。
自從1585年以後，萬曆除了僅僅於1588年對自己的定陵再度視察過一次以外，30多年，他沒有走出過紫禁城一步，創造了自古至今的最高紀錄。
皇帝離開京城不到百十里竟然會成為一個嚴重問題，也是當日國家組織的特別現象。萬曆於1583年至1585年之間的四次謁陵，其真正的目的是在尋覓及視察他自己的葬身之地。然則既要經過祖墓的附近，渴祭即不可免。既為謁陵，種種儀式自然應當周到齊備。因之每次出發以前，利部必須斟酌成例，擬訂各種詳情細節，有的陵墓由皇帝親自祭謁，有的則由駙馬等人代為行禮。御駕每次出動，京城立刻戒嚴，每一座城門都由一位高級文臣和武將共同把守。皇弟潞王當時尚未成年，他的任務是把鋪蓋搬到德勝門的城樓上居住，密切監視御駕必經之路。這支謁陵隊伍聲勢十分浩蕩顯赫，其中有陪同皇帝的兩位皇太后和皇后皇妃，加上隨從的宦官宮女、文官武將、大漢將軍、御馬監勇士、京軍等等，人數多達幾千。到了郊外，皇帝及其家屬住在佛寺裡，對其他隨從人員則臨時搭蓋帳篷以供休息住宿，這一切要先期準備周詳，不能少有差錯。
在這幾十里的道途上，一些地方官、青老以及學校的教官被引導在御前行禮。皇帝對他們慰勉有加，並宣佈他所經過的地區免稅一年，以酬答當地居民對他這一行所作的供奉。
這樣的隊伍和排場，兩年半之內要組織四次，延臣就感到是過於頻繁了。於是，使皇帝掃興的事情就紛至沓來。北方邊鎮馳報蒙古部落頗有蠢動的徵象，叩清御駕謹慎小心；利部的官員據此堅請皇帝縮短出行的時日。有一次，皇帝的侍衛旁邊發生逸馬狂奔的非常事件，又有一次有若干文官誤入禁地，這些都由御史據實奏報御前，以期引起應有的警惕。經過這些周折，本來應該是很愉快的小事游想已全無樂趣之可言。1589年萬曆曾經表示還想出巡一次，監察官聽到以後立刻上書淨諫。他們說，皇上已經感到自己火氣過旺，必須放棄早朝以事休養，那麼就更不應該出城遊玩而使火氣增加。皇帝讀完這些奏章，從此就沒有再提出巡一事。
萬曆所巡視的為自己領築的陵墓動土於1584年的夏季。這項巨大的工程微妙地體現了把皇帝不當作一個有血有肉的人，而把他當作一種機構的看法。萬曆皇帝缺乏堅強的意志和決心，但並不缺乏清醒和機靈的頭腦，然而他竟欣然接受了這種精神上的活埋。
陵墓內的葬室築有停放樣官的石床。石床上留出來的位置共有三個，除了皇帝和皇后以外，還有一個位置留給下一代皇帝的生母。萬曆目睹之餘，不禁感慨系之。他所心愛的女人即使不能在生前成為皇后，在死後也應當陪伴在他的身旁。否則，他和世界上唯一能夠合相印的女人在皇城的寺院裡雙雙橋濤又所為何來呢？朱翊鈞在生之日有妃嬪數十，宮女無數，可是與皇貴妃鄭氏始終形影不離。可見生死同心，是他們的宿願。這樣美好的宿願又是否能成為現實呢？當日皇帝想到這些，這大峪山的工程，就又和立儲一事相始終而不可分割了。
皇帝在世之日預築陵寢，在本朝有洪武、永樂、嘉靖三朝的成例可援。其不同之處，在於定陵竟然預築於萬曆皇帝的青年時代。據申時行後來說，這一建議始創於1583年張四維做首輔的時候，當時皇帝還不足20歲。但這建議一經提出，他立即欣然同意，並親自參與地址的選擇和工程的設計。他當然不是認為自己去死不遠，而是躊躇滿志地感到他已經不折不扣地取得了列祖列宗的地位，足以讓千秋萬歲之後的人們崇敬。同時，他雖然年未二十，但是已為人父，而且御宇已經10年，具有足夠的資格承當這一光榮。
這次預築陵寢的工程和別項工程不同，差不多完全沒有廷臣勸諫。惟一的爭執在於風水問題，已如上文所述。最後由於皇帝定衷獨斷，才平息了這場糾紛。爭論者沒有想到，平日他們以道德的名義解決技術問題，現在卻要用技術的名義去解決道德問題，只是皇帝以秦始皇和驪山為例，不肯過於講究，以致堅持風水的人，不能繼續用這個名目作黨爭的根據。
築陵是本朝大事，有司職責所繫，於是組成了一個類似於委員會的機構，成員有尚書三人、司利監太監和高級軍官數人，總其成的是定國公徐文壁和首輔申時行。軍官之所以參加這個機構，是由於大量的土木工程需要兵士的體力。徐文壁是開國勳臣徐達之後，各種重要的禮儀都少不了由他領銜，而全部的掌劃經營無疑還要由申時行一力承擔。到1587年，申時行已親赴大峪山督工多次，其盡瘁王事的忠忱，當然會被年輕的皇帝所體會並因此增加對於申先生的信任。
定陵的建築經過詳見於當日工部的記錄報告之中，其建築結構則因1956年的發掘而為400年後的人們所瞭解。整個看來，玄宮的宗教色彩濃厚。其石製椅案綴飾以帝后的標誌如龍鳳，其下緣則為蓮瓣，乃是佛家傳統。其懵懂於下世超生的觀念，實際上是一種希望，一種幻想。內中埋藏的金銀和資質的面盆固然予人以現實化的感覺；可是木雕的人湧馬匹卻又只有玩具一樣大小，顯示著築陵的人將「長生不死」的觀感，認作一種心理狀態，只能於半信半疑問得之。
今天，有思想的觀光者，走進這座地下宮殿的玄官，感觸最深的大約不會是這建築的壯麗豪奢，而是那一個躺在石床中間、面部雖然腐爛而頭髮卻仍然保存完好的骷髏。它如果還有知覺，一定不能瞑目，因為他心愛的女人，這唯一把他當成一個「人」的女人，並沒有能長眠在他的身旁。同時，走近這悲劇性的骸骨，也不能不令人為這整個帝國扼腕。由於成憲的不可更改，一個年輕皇帝沒有能把自己創造能力在政治生活中充分使用，他的個性也無從發揮，反而被半信半疑地引導進這烏有之鄉，充當了活著的祖宗。張居正不讓他習字，申時行不讓他練兵，那麼他貴為天子並且在年輕時取得了祖宗的身份，對事實又有什麼補益？富有詩意的哲學家說，生命不過是一種想像，這種想像可以突破人世間的任何阻隔。這裡的地下玄宮，加上潮濕霉爛的絲織品和膠結的油燈所給人的感覺，卻是無法衝破的凝固和窒息。他朱翊鈞生前有九五之尊，死後被稱為神宗顯皇帝，而幾百年之後他帶給人們最強烈的印象，仍然是命運的殘酷。
至於首輔申時行，他在監督定陵工程的時候究竟產生過多少感想，又產生過多少感慨，在留傳到今天的官方文件上自然是查不到的。我們所能看到的是申時行在參與了破土典禮以後給皇帝的祝辭：「永綏列聖之神靈，預卜萬年之兆域。」我們還能看到的是他在1586年舉行正殿上梁典禮以後給皇帝的祝辭：「愛廝升棟之辰，適應小春之候。先期則風和日暖，臨時則月朗星輝。臣工妹舞以揚體，民庶歡呼而趨事。」這些辭藻上的對偶和華麗表現了想像中的至美至善，但是皇帝和他的老師彼此也都明白，對這樣的文字不能過於認真。因為其時陵墓工程已延續多年，其耗用的財力已使國庫受到影響，而徵用的軍民人力，也應當使「歡呼而趨務」者感到了難以解脫的痛苦。1587年即萬曆十五年國史上記有這麼一條：「賠壽宮工人湯藥及老弱饑號難以回鄉者路費。」這條通令不可能未經皇帝和總攬工程的首席大學上過目，但是所謂賞賜是否確實發下，發下的數字又是否足敷使用，則無從證實了。