事實證明，呂惠卿是被誣陷的。
對於呂惠卿出賣王安石一案，最早提出質疑的是陸游的祖父陸佃。哲宗初年，陸佃由吏部調任禮部，以侍郎的身份參加《神宗實錄》的編撰。寫到這段歷史時，檢討官黃庭堅主張按照當時監察官員彈劾呂惠卿的奏折表述，陸佃卻認為不能只聽一面之詞，必須找到證據，核對事實。
黃庭堅說：按侍郎的主張做，豈非諂媚？
陸佃則說：照檢討的意思寫，便是誹謗。
兩人爭執不下，陸佃便上了一道奏折，請求垂簾聽政的太皇太后下令將宮廷收藏的有關文件發下，看看當年呂惠卿上繳的王安石書信中究竟有沒有「勿令上知」的字樣。
檔案調出，搜檢的結果是沒有。[16]
後來的正史卻依然認定有。對此，李燾的《續資治通鑒長編》解釋說：陸佃是王安石的學生，他的話怎麼能信？
這種邏輯十分可笑。鄭俠也是王安石的學生，他的話怎麼就信？何況陸佃與王安石雖有師生關係，對於老師的改革卻是存疑的，至少態度比較客觀。他曾經對王安石說：新法不能說不好，實行的結果卻是擾民，比如青苗法就是。
王安石大吃一驚，問：怎麼會這樣？
陸佃說：因為老師聽不得不同意見。
王安石大笑：我豈是固執己見的人？
陸佃答：當然。但是外面都這麼說。
於是，王安石不再讓他參政議政，只讓他做學問。[17]
事實上陸佃的學問非常好。他對此案的重新審視，便正體現了治學的嚴謹，甚至有「重證據，不重口供」和「疑罪從無」的法治精神。否則，他有什麼必要為「欺師滅祖」的呂惠卿辯誣？相比之下，罔顧事實的人不該臉紅嗎？
沒錯，呂惠卿上繳的書信不止一封，不可能每封信裡都有「勿令上知」的字樣。但是陸佃的奏折說得很清楚，調出檔案的目的就是要查明這一事實。那麼請問，宮中為什麼要扣住關鍵證據不發？太皇太后可是反對變法，既不喜歡王安石也不喜歡呂惠卿的。說那封信丟了就更不通。如此重要的證據，怎麼會遺失，又怎麼可以遺失？難道有賊？
結論只有一個：王安石根本就沒寫過那樣的信，呂惠卿也沒有出賣他。反目為仇是真的，惡毒攻擊也是真的，但那是自衛反擊，最多防衛過當，因為先下毒手的不是他。
那麼，先出手的是誰？
王安石的兒子王雱（讀如乓）。[18]
說來王雱也是才子，甚至神童，卻又是病人。他的心理恐怕是不健康的。據說，這位公子曾在父親與程顥討論如何推行新法時衝出來大放厥詞：只要把韓琦和富弼的腦袋砍下來掛在大街上，新法自然盛行。此事雖被證偽，但要說王雱膽大妄為，王安石教子無方，則大約不誣。[19]
王雱對呂惠卿，也確實恨到了骨頭裡。原因可能是他們父子重返京師時，就聽說了呂惠卿的種種忘恩負義。按照正史的描述，此人在擔任參知政事之後就背叛了王安石，千方百計阻撓王安石復出。這種叛徒，當然人見人恨。
可惜此事查無實據，正史也只留下「凡可以害王氏者無不為」一句空話，什麼細節都沒有。唯一能夠拿出來說說的，是他曾經想借余姚縣主簿李逢謀反案大做文章，但同樣沒有細節。司馬光的記載中隻字不提，李燾也不採信。[20]
那麼，呂惠卿究竟幹過那些壞事沒有？
沒有，證據是熙寧八年六月神宗與王安石的談話。皇帝告訴王安石：呂惠卿對愛卿很有意見呢！他說以前愛卿被人污蔑，他極力辯誣。現在他被誣，愛卿卻一言不發。朕只好為卿再三解釋。他又疑神疑鬼，懷疑有人挑撥離間。
王安石的回答是：臣不知道誰要陷害呂惠卿，也許他是疑心生暗鬼吧！不過，惠卿兄弟確實得罪了一些人，有些事也做過分了。臣勸他們不要樹敵，他們不聽。[21]
這就很清楚。如果呂惠卿當真對不起王安石，他怎麼會有委屈？更何況，李逢案發生時，呂惠卿擔任參知政事還沒多少時間。就算他想做宰相，也不到時候吧？他的政治資本既然是變法，還得依靠王安石的影響力吧？這個時候就去把王安石搞臭，犯得著、划得來嗎？
呂惠卿沒有那麼傻。
神宗的話，也分明是在為鬧誤會的好朋友做調解。
但是到了七月，呂惠卿卻先是請病假，然後又幾次三番提出辭職。皇帝當然不批准，還讓王安石和另一位副宰相王珪去慰問。神宗說：什麼事情都沒有，為什麼要辭職？
呂惠卿答：沒有別的原因，力不勝任而已。
宋神宗說：天下事又不要你一人負責，何必呢？
呂惠卿答：臣確實能力有限。當年受命，只因安石外放朝中缺人，這才勉為其難。現在他已經回到相位，臣也早就該離開中樞，到地方上去報答陛下的知遇之恩。
宋神宗說：安石復位，正該協力，為什麼要走？
呂惠卿答：因為臣礙手礙腳。陛下聖明，應該看得出他跟以前不一樣了，動不動就請病假。誠如陛下所言，王安石必須覺得事有可為才肯復出。復出而不作為，那就一定是有不如意的地方。不如意，只因為臣在政府。臣以為，朝廷事可以無臣，卻不可以沒有他。這就是臣辭職的原因。
宋神宗說：安石必不忌諱愛卿。
呂惠卿答：當然不。但，如果陛下專心專意只聽王安石一個人的，天下大治指日可待。臣在朝中於事無補，反倒橫生枝節，實在是於公於私都有不利。實話實說，臣也不知道臣參知的政事，究竟是陛下的，還是王安石的？[22]
誰都聽得出，這口氣只是酸溜溜，而非惡狠狠。
不過到九月份呂惠卿再次辭職時，跟王安石之間就不但有政見分歧，也有個人恩怨了。儘管皇帝一再聲明，關於他的流言蜚語並不來自王安石，呂惠卿還是說，王安石和王雱父子已被小人包圍，自己危在旦夕，只能選擇離開。[23]
可惜，這裡仍然沒有呂惠卿陷害王安石的行跡。
然而散佈和聽信流言蜚語，卻並不需要講證據，也不需要講邏輯，只需要有情緒。以王雱的性格，自然也不會像陸佃那樣去求證。那好，你不仁，就休怪我不義。對於呂惠卿這種恩將仇報的小人，王雱認為不必手軟。
呂惠卿在華亭買地一案由此興起。
這同樣是疑案。證據是熙寧九年六月初七神宗明確告訴王安石，御史中丞鄧綰（讀如晚）報告，已經查明呂惠卿借錢買地一事不實。要知道，這個鄧綰可是王安石的人，彈劾呂惠卿的也正是他。如果連他都說沒有證據，恐怕此事根本就子虛烏有。就連最早彈劾呂惠卿的御史蔡承禧，後來也承認華亭案查無實據，只不過他稱作「偶爾網漏」而已。[24]
王安石卻認為，鄧綰只是沒有找到證據罷了，不等於舉報不實，應該再派人查。王雱更是迫不及待，這才有了前面所說違法亂紀的事，也才逼得呂惠卿跟王安石翻臉。這恐怕就不能說是呂惠卿背叛，只能說是王雱坑爹了吧？
於是，當六月初七神宗出示呂惠卿奏折時，王安石也如五雷轟頂，只能如實報告做手腳的事自己並不知情。不過當他得知這是兒子干的蠢事時，其惱怒也可想而知。弄巧成拙的王雱愧對父親，更是急火攻心，終於一病不起。
當月二十五日，王雱病故，時年三十三歲。
戰友反目，愛子去世，誰能承受這雙重的打擊？王安石恐怕也不例外。但他還是又堅持了四個月，然後才在這年的十月二十三日離開相位和京師，再也沒有回來。[25]
[16]以上見李燾《長編》卷二百七十八熙寧九年十月丙午日條注、《宋史·陸佃傳》。黃庭堅當時的職務見《宋史·黃庭堅傳》。鄧廣銘《北宋政治改革家王安石》一書亦採信陸佃之說，但認可呂惠卿在王安石罷相期間做過有損於王安石的事。
[17]見《宋史·陸佃傳》。
[18]李燾《長編》卷二百七十六熙寧九年六月己酉日條即稱：（王安石）與惠卿交惡，使人告發呂氏奸利事，皆自雱發之。
[19]見《宋史·王安石傳》所附王雱傳。此事之證偽，見鄧廣銘《北宋政治改革家王安石》。
[20]以上兩說見畢沅《續資治通鑒》卷七十一熙寧八年二月癸酉日條、閏四月壬子日條，司馬光和李燾的態度見李燾《長編》卷二百六十熙寧八年二月癸酉日條注。
[21]見李燾《長編》卷二百六十五熙寧八年六月丁未日條。
[22]見李燾《長編》卷二百六十六熙寧八年七月癸未日條。
[23]見李燾《長編》卷二百六十八熙寧八年九月乙酉日條。
[24]神宗此言見李燾《長編》卷二百七十六熙寧九年六月辛卯日條，鄧綰彈劾呂惠卿見《長編》卷二百六十八熙寧八年九月乙酉日條、《長編》卷二百七十五熙寧九年五月己巳日條，蔡承禧言見《長編》卷二百八十熙寧十年二月己酉日條。
[25]以上見李燾《長編》卷二百七十六熙寧九年六月辛卯日條、己酉日條，卷二百七十八熙寧九年十月丙午日條。