許多諸侯支持宗教改革不僅僅出於政治和經濟方面的原因，同時還有宗教方面的原因：他們並沒有擺脫教皇統治和稅收的意圖，也沒有將教會財產世俗化的想法（雖然很多諸侯在此期間獲得的財產比想像中的少）。到1528年，路德派的領主包括普魯士的阿爾佈雷希特·馮·霍亨索倫、黑森伯爵領主菲利普、勃蘭登堡—安斯巴赫藩侯、曼斯菲爾德伯爵阿爾佈雷希特、石勒蘇益格公爵、布倫瑞克—呂尼堡公爵歐內斯特。由於霍亨索倫和韋廷兩個家族的明爭暗鬥，薩克森成為宗教改革的重要中心之一。而在一些地方，貴族和小領主要求改革，卻遭到了諸侯的拒絕，尤其是哈布斯堡和維特爾斯巴赫的領地上。許多城市很快進行了宗教改革，包括埃爾福特、茨維考、馬格德堡、紐倫堡、不來梅、瑞士城市蘇黎世、斯特拉斯堡、法蘭克福，以及1534年加入的奧格斯堡。到了16世紀30年代早期，大約2/3的帝國直轄城市都站到了新教的陣營。由於當地條件和環境的不同，不同城市的宗教改革也存在著差異。例如，在紐倫堡，來自民眾的壓力讓城市議會接受了宗教改革，但由於長期依賴長途貿易，城市不能違逆皇帝和周圍的天主教諸侯，因此紐倫堡並沒有加入黑森的菲利普領導的新教軍事組織「新教同盟」（Protestant League），而只是在城牆內進行溫和的改良。議會廳因此能夠自由地任命牧師並控制教義，同時對城市外部位高權重的天主教派權威保持溫和的態度。其他城市則經歷了更為激進的宗教改革，尤其是在明斯特發生的事件。1534年，再洗禮派的信徒（Anabaptists）—萊頓的約翰成了神權政權的獨裁者，這個政權的特徵是財產公有制、對私生活的嚴格公共管控、一夫多妻和恐怖活動。在一場圍攻戰中，再洗禮派戰敗，諸侯對他們進行了屠殺。再洗禮派後來成了溫和的和平主義，整個宗教團體更關注自身，再也不關心政治。而在瑞士城市蘇黎世，慈運理[1]發起了更為激進的社會及宗教層面的改革。他與路德的許多觀點相左，包括對於聖餐儀式中的「這是我的身體」一句的解讀。慈運理將聖餐儀式視為象徵性的紀念儀式，與路德的更為字面的解釋相衝突。在日內瓦，法國人約翰·加爾文（1509—1564）提出了整體上更合乎邏輯、更激進的神學系統。為了完成第一代改革者未竟的事業，加爾文派發起了「第二次宗教改革」。雖然在加爾文派內部也有不同的派別，但加爾文派整體上還是和路德派明顯不同，尤其是在「預定論」這一重要概念上。在加爾文看來，一個人不僅可以通過善行獲得救贖（天主教的觀點），還可以通過信仰獲得救贖（路德派的觀點）。而且，全能的上帝早就定好了一個人到底是選民（被救贖的），還是被詛咒的命運，而這個人無論做什麼都無法影響他的宿命。但加爾文主義的宗教團體有著嚴格的社會準則和個人準則，不是所謂的聽天由命（雖說「預定論」通常就是指這個），而是自我約束。自我約束正是教徒不斷地祈求成為上帝選民而產生的心理跡象。在後來的幾代人中，不同信仰的新教徒中產生的神學分歧和討論成倍增長。
「Protestant」[2]這個概念來源於1529年所謂的「施派爾抗議」（Protestation of Speyer），該抗議反對將路德的支持者宣佈為非法的《沃爾姆斯法令》。（德國人到現在還會區分福音派教徒和改革宗派教徒，而英格蘭宗教革命中，伊麗莎白一世用實用主義的《信仰統一法》結合了兩者的傳統，因此英國人的所謂「新教徒」包含了英國國教會和後來內部的不同教派。）但路德和他的早期信徒並沒有分裂基督教會的意圖；他們只是想讓教會擺脫那些褻瀆教條的異教徒行為。他們為此做出了很多努力，試圖彌合分歧。1530年奧格斯堡議會上，路德在維滕貝格的同事菲利普·梅蘭希通（Philipp Melanchthon）草擬了所謂的《奧格斯堡信條》（Augsburg Confession），相對溫和地向天主教廷做出了讓步。當時路德還受到帝國的禁令限制，無法參加議會。雖然《奧格斯堡信條》的發佈激怒了瑞士的革命者，但還是由在場的新教統治者簽署了。雖然《奧格斯堡信條》有不明確之處，但還是成了路德派的基礎文件。1530年的奧格斯堡議會召開時，新教與天主教的和解還是很有可能的。然而在幾次誤會和互不妥協之後，雙方的關係陷入了僵局。帝王政治介入宗教事務，使其變得更為複雜。查理五世想讓自己的弟弟斐迪南（Ferdinand）提前當選為德意志的國王，這讓一些顯赫的天主教徒，比如巴伐利亞的維特爾斯巴赫家族感到擔憂，認為哈布斯堡家族想讓帝國的王位變成世襲制。1531年1月，為了費迪南的提前登基，諸侯和主教之間又進行了許多政治活動和暗中交易。於是，1531年2月，施馬爾卡爾登聯盟（League of Schmalkalden）成立了，它是新教徒的軍事防衛力量，最初由六名諸侯和十座城市組成，後來大多數支持新教的地區都加入了這個聯盟。
為了讓羅馬天主教廷和新教達成和解，各方又做出了更多的努力。從1532年起，與土耳其的戰爭以及為哈布斯堡家族爭取在歐洲南部的利益佔用了皇帝大部分時間。但在1539—1540年，他將中心轉移至德意志的內部事務。1541年召開的雷根斯堡議會並沒有得出任何定論。因此，很明顯，兩個教派的分歧無法彌合。而路德派把對權威的服從變成了對領主或地方統治者，而非對王權的服從。儘管1544年施派爾議會做出讓步之後，信奉新教的諸侯在與法國的爭端中支持了查理五世，但查理五世還是在德國對「異教徒」宣戰，戰爭得到了教會的軍隊和金錢的支持。1546年路德過世，幾個月之後，施馬爾卡爾登戰爭爆發。途中，查理五世成功地佔領了維滕貝格，差點把路德的屍體從主教堂的墳墓裡挖出來。但查理五世的勢力卻再次因為教皇職位的爭端而受到削弱。在天主教內部產生分歧的情況下，查理五世於1548年頒布了較為溫和的奧格斯堡臨時敕令（Augsburg Interim），但這並沒有平息任何一方的不滿。軍事和政治動亂持續進行，而查理五世對王位繼承權的分割計劃使情況變得更為複雜（哈布斯堡家族由此分為西班牙分支和奧地利分支），法國還介入了諸侯對查理五世的反對。1552年簽訂的《帕紹條約》（Treaty of Passau）標誌著查理五世的法律和宗教目標的失敗。條約確認了移交和沒收教會財產以及信仰路德教的合法性，並且不要求歸還教產。最後，各方均意識到政治的僵局已然產生，天主教和新教都不會很快消失，因此，一份務實的協議就誕生了，這是一份同意又不同意的協定，於1555年在奧格斯堡簽訂。
1555年簽訂的《奧格斯堡宗教和約》旨在暫時擱置羅馬天主教和新教的分歧，平息國內的政治動亂。然而，它並沒有考慮除了路德教之外，新教內部其他的教派；它也無法解決慈運理以及其他教派的矛盾，也沒有預見到加爾文教派發展壯大之後帶來的問題。根據和約，諸侯有權力決定邦內居民信仰何種宗教，但不可插手其他邦內的宗教事務，也不可試圖改變其他邦內的宗教信仰，更不可保護在其他邦內生活的同一教派的教徒。凡邦內信仰其他宗教者有權遷往其他領地，宗教上的少數派只能住在城市中。因此，宗教「自由」就只意味著領地層面的自由，而非個人層面的自由。後來，這一原則被稱為「教隨國定」（cuius region, eius religio）。這個結局令人啼笑皆非，畢竟宗教改革的目的最初是為了個人信仰，為了個人能夠直接與上帝相通，為了個人懺悔的自由。極權主義領地中的教堂幾乎不承認以《聖經》為權威的新教，而是頑固地維護教義在政治上的決定性作用。這個和約打破了帝國的文化統一，讓政治上支零破碎的帝國更加分崩離析。
《奧格斯堡宗教和約》遺留了大量懸而未決的問題：不僅僅是加爾文教派和其他教派的問題，還有到底由誰來規定城市的宗教懺悔的問題。另外，「教產留置」（ecclesiastical reservation）幫助了天主教派的倖存，保證了任何改信新教的大主教、主教或男修道院院長都有新的天主教徒接替他們的職位。而無論各方從實際出發為和解作出了多少的努力，在16世紀末仍有狂熱的反宗教改革的天主教派，想讓新教徒重新改信天主教。如果我們就近比較的話，在宗教改革時代，天主教和新教徒的分歧和20世紀末冷戰時期西方民主制度與蘇聯社會主義的分歧不相上下。
簡短地暫停一下，思考宗教改革更為廣泛的長期影響，是很有益處的。追根溯源，宗教改革影響了後來人類社會的許多發展和變革，包括現代資本主義、科學、個人主義、世俗化和「世界的去神秘化」（demystification of the world），以及現代政治的方方面面。至於宗教改革的原因，許多論點誇大了自己的論據：的確產生了一系列的變化，這些變化之間互相聯繫、互相作用，但將其中任何一個視作獨特的原因，都未免以偏概全。當然，有些聯繫是有特殊意義的。
在著名的《新教倫理與資本主義精神》（於1904—1905年初次印刷）中，德國社會學家馬克斯·韋伯（Max Weber）指出，新教世俗的苦行主義和資本主義嚴肅理性、追求利益的再投資（而非像享樂主義一樣去享受）的道德觀是有文化上的相似性的。而韋伯所論述的天主教、路德教和加爾文教派在道德觀上的細微差異本身就有些模稜兩可，它強調的是文化上的相似性，而沒有寫出嚴密的因果關係，因此引發了激烈的爭論。有些文章援引了許多例證，證明新教和資本主義發展沒有任何聯繫，用以反駁韋伯的論點。但這些文章的證明方式都太過粗糙，不具備說理所必需的許多要素。韋伯還在其他作品（例如《普通經濟史》）中闡明了除文化因素以外的其他因素。更多的唯物主義歷史學家看到的是相反方向的聯繫：那些參與早期資本主義活動的人們，更容易發現新教能夠「響應他們」[spoke to their condition，這是新教教派之一的貴格會（Quaker）的用語]。詳盡的歷史研究揭示了在任何情況下，宗教傾向和經濟活動間都有複雜的相關關係。在某些情況下，對於少數族群宗教信仰的政治迫害，會逼迫他們從事特定的經濟活動。在另一些情況下，成為某個社會階層中的一員，就意味著要接受這個社會階層的文化、生活方式和隨之而來的宗教信仰。當然，推論不可能在所有情況下都適用，我們也應當認識到，相關關係並不等同於因果關係。
另外，學者們也注意到了新教與政治的關係。在德國宗教改革中最廣為人知的，可能也是最站不住腳的推論是這樣的：不同於加爾文教派對不敬神的統治者的合理反抗，路德教主張服從權威，這就強化了臣民對政治的漠不關心。實際上，神學也一直被認為激發了不同的政見和政治活動，畢竟宗教信仰的界限相當寬泛。更有意思的是宗教組織的模式和政治的關係，以及教會和政府的關係模式。馬克斯·韋伯在一篇文章中指出，尤其是在17世紀的美國，早期教會和教派的教徒中的平等主義可能是自由主義的民主（liberal democracy）的來源。另外，宗教改革和政府形式的關係尤為重要，這一點可以從英國和德國宗教改革的不同結果中看出來。
英德兩國宗教改革的不同不在於傳統解釋的所謂信仰不同（強調德國路德教的寂靜主義和被動性），而在於政治結構和組織的不同。英國的宗教改革加強了中央集權制國家的王權地位，同時還從經濟、文化和政治上鞏固了從教會獲取財富和權力的封建領主的地位。而在德國，每一個領地的情況各不相同。一些像符騰堡這樣的地區，經歷了宗教改革的教會在很大程度上仍然維持了自身的財富和權力，而非像人們普遍認為的那樣，變得弱小而恭順。在其他地區，教會就沒有那麼幸運了。只有對大量的當地資料進行編撰和整合，才能闡明其中涵蓋的不同因素。但很明顯的是，德國領地內宗教改革的進程與政府的組織結構息息相關。海因茨·席林（Heinz Schilling）對利珀（Lippe）和萊姆戈（Lemgo）所做的區域研究表明，邦內恭順的路德教教會與叛逆的加爾文教派的富裕市民，兩者之間的差異並非人們想像的那樣明顯，有時候甚至完全相反。實際上，對於自我的界定，以及在依據文化和政治劃分陣營上，不同的信仰似乎不如教派的政治形式重要。席林認為，德國宗教改革中教會在各領地內部的政治壟斷地位，是後來諾博特·埃利亞斯（Nobert Elias）等學者強調的軍事和稅收壟斷的前提。
對於德國的宗教改革來說，不容置疑的是，它並沒有為德國的統一創造任何條件。眾所周知，德意志在政治上已經支離破碎，而信仰天主教的國王還必須承認國家在宗教上的分裂。宗教改革在早期的現代德國中，是邦國發展的重要因素。它導致了1555年後領地間的諸多政治和軍事衝突，這些衝突導致了軍隊和官僚的增加。在三十年戰爭期間，宗教分歧在諸多矛盾衝突中已經顯得越來越不重要，1648年後也不再是政治衝突的主要因素。但當宗教分歧在17世紀末至18世紀仍然是個政治問題的時候，它主要發生在領地內部，而非領地之間，領地的邦國建設也遠遠超出了宗教合法化的最初階段。
[1]慈運理，又譯：茨溫利（Zwingli）。——譯者注
[2]新教徒，字面意思是「反抗者」。——譯者注