政治方面出現的一系列變革，在一定程度上鞏固了所謂的「德意志民族的神聖羅馬帝國」。這一時期的帝國議會定期召開。它包括三個議院：七大選帝侯（美茵茨、科隆、特裡爾、波希米亞、薩克森、普法爾茨、勃蘭登堡）；其他的諸侯領主（四名大主教、四十六名主教、八十三名其他宗教領袖如男修道院院長、二十四名世俗諸侯以及一百四十五名伯爵和勳爵）；還有八十三個帝國直轄城市。帝國的另一行政機構，即帝國樞密法院（Kammergericht，或稱帝國最高法院），是獨立於皇帝的常設法庭，其職員均為受過法律教育的律師。為了支撐帝國樞密法院的運作，引入了固定的領土稅，稱為「直接財產稅」（common penny，或Gemeine Pfennig）。法院試圖平息爭端並建立起長久的國家和平（Landfrieden），但沒有完全成功。不過，雖然帝國的邊疆仍然處於各方勢力的爭奪之中，但其邊界開始變得清晰起來。1499年簽訂的《巴塞爾和約》（Peace of Basel），是與瑞士聯盟（the Swiss League）的停戰協議，它加快了13世紀起瑞士從帝國獨立的步伐。依據和約，瑞士聯盟不再向帝國交稅。地方上，諸侯開始建立越來越多的常設法院和行政機構，官員數量隨之增多。官僚機構的運轉需要資金，這就迫使諸侯同意徵稅，同時這也大大提高了放債人和金融資本家的地位，其中最為著名的是奧格斯堡的富格爾家族（the Augsburg Fugger family）。
雖然司法的透明度有所提高，但同時也導致了大量摩擦和壓力。查理五世名義上統治著歐洲超過一半的土地：除了哈布斯堡在奧地利的「世襲領地」（Erblande）之外，他繼承的國土延伸至西班牙、西西里、意大利南部、荷蘭、比利時、勃艮第。在1526年的莫哈奇戰役（the battle of Mohacs）中，查理五世的弟弟斐迪南（Ferdinand）取得了波希米亞和匈牙利的土地，哈布斯堡家族的領地又擴大了。然而，這只是表面上的優勢。過於廣闊的領土使得政治和財政資源難以為繼，皇室長期處於負債狀態（尤其是欠富格爾家族的錢），同時無法獲得真正的權力。1519年查理五世被選為皇帝，為了應對法國強大的競爭，繼續向富格爾家族借錢以賄賂手握選票的人，因而又欠了很多債務，同時做出了「選舉讓步」（Wahlkapitulation），確認了選帝侯和帝國各大領地與帝王分享權力的地位。另外，建立中央政府（Reichsregiment）的努力也失敗了，各地區不同意皇帝將中央政府併入帝國法庭，而皇帝則拒絕把自己降級為聯邦政府的一個分支。除了這些國內的問題之外，查理五世還在一定程度上涉足與法國的明爭暗鬥，兩者都試圖獲得歐洲的領導權。再者，查理五世還要定期驅逐西南部土耳其人的入侵。
地圖3.1 宗教改革時期的歐洲
帝國內部局勢動盪，帝國同歐洲早期的現代國家之間的外交關係也在不斷發生變化。所有的這一切突然被一個火花引爆，就此改變了歐洲的宗教和文化體系—這就是宗教改革。1517年，一位當時還是無名小卒的修道士兼神學家，寫了一篇《九十五條論綱》，批判教會濫用權力，並將其貼在維滕貝格城堡教堂的大門上。這名修道士名叫馬丁·路德（Martin Luther）。這一舉動本來是要引發公眾討論的再尋常不過的慣例，但卻引爆了一系列矛盾，並最終導致了歐洲基督教會不可彌合的分裂。這一事件通常被認為是宗教改革的開端。
馬丁·路德1483年出生於埃斯列本（Eisleben）。他的父親是一名經濟較為寬裕的礦工，爺爺是農民。父親望子成龍，希望馬丁·路德成為一名律師。但當1505年的一天，馬丁·路德僥倖避開雷擊之後，他就發誓要成為一名修道士。隨後，在修道院的生活和學術生涯中（他後來成為維滕貝格大學神學教授），馬丁·路德在精神和學術上都對《聖經》產生了極大興趣，並對當時主流的一些觀念產生了強烈的不滿。馬丁·路德的神學觀和早期基督教的神學家奧古斯丁的虔誠觀念很相像，他們都受到了聖保羅的影響。雖然馬丁·路德相信上帝是全能的，而人類是無能的，這一點和人文主義相背離，但早期的路德教派也從人文主義中汲取了養分，並對經院哲學（scholasticism）、高位神職者的家長式作風（prelatical paternalism），以及被稱為現代靈修運動（devotio moderna）和現代之路（via moderna）的信仰體系表示不滿。很明顯，馬丁·路德是在與他所處的那個時代的主流宗教思想交鋒。於是，在不斷的精神折磨和思想碰撞之後，馬丁·路德形成了自己獨特的思想體系，並熱情地向他人傳播。他的觀點起初並不是以分裂教會為目的，而是為了淨化教會，讓後者不再濫用權力。
而促使馬丁·路德發表《九十五條論綱》的濫用權力事件是販賣贖罪券（indulgences）。教會宣稱，善行可以贖罪，這些善行包括向教會捐贈財物。教會甚至告訴民眾，它能夠替已經過世的親人求情，使他們免受生前罪行的懲罰。購買贖罪券，就能夠為自己或他人減輕罪責。原本的慣例是這樣的：馬丁·路德所在地區的選帝侯，即薩克森的「智者」腓特烈，在維滕貝格造出了許多耶穌的遺物，據說包括搖籃、襁褓布料的碎片、大希律王屠殺的嬰兒屍體等。維滕貝格因此成為一個重要的教徒朝聖地，而羅馬則專賣用於朝聖的贖罪券。1517年，贖罪券的售賣尤其駭人聽聞。主教的代理人特次勒（Tetzel），同時也是富格爾家族放款事務的會計，負責售賣贖罪券以籌集款項。其收入的一半上繳羅馬教廷（德國內部因此產生不滿），剩下的一半則交付富格爾家族，用以支付勃蘭登堡選帝侯阿爾伯特所欠的款項。阿爾伯特當時想獲得第三個主教教職（即美茵茨大主教，擁有一張選票），但這在教規中是明令禁止的，因此，他就賄賂了教皇。而馬丁·路德的反對不僅僅是因為窮人被剝削的緣由是如此不正當，更是因為他認為贖罪券本身的神學基礎是錯誤的：上帝不可能以這種方式被收買。馬丁·路德認為（由他的「高塔經驗」得出的觀點），只需要信仰就可以贖罪。在他的《九十五條論綱》中，他給出了一個精彩的論點，並用修辭和反語的手法來加以論證。這篇文章一開始是用拉丁文寫的，後來迅速被譯成了其他語言並廣泛傳播。
在短短的幾周內，《九十五條論綱》就被大量印製並傳出了維滕貝格，傳播至紐倫堡、萊比錫、巴塞爾，很快就傳遍了歐洲。教皇下令讓馬丁·路德去羅馬，但腓特烈選帝侯卻在德國境內給馬丁·路德安排了聽證會。在與奧格斯堡的紅衣主教卡耶坦（Cardinal Cajetan）以及萊比錫的埃克（Eck）爭論之後，發現矛盾不可彌合。1520年，馬丁·路德寫了三篇著名的文章：《致德意志基督教貴族的公開書》、《教會被擄於巴比倫》及《論基督徒的自由》。於是，教皇發出了《主興起》教諭，欲開除馬丁·路德的教籍。馬丁·路德將這份教諭燒燬。1521年，教皇發出了破門律，強制馬丁·路德的驅逐令生效。同年舉行的帝國議會將德意志各領地的諸侯召集到沃爾姆斯，與新選出的皇帝查理五世進行協商。作為其中的一個議程，馬丁·路德也被召到帝國議會為自己辯解。在痛苦的自我質疑之後，馬丁·路德決定堅持自己的觀點，並毫無悔改之意。在他回家的路上，腓特烈選帝侯將其綁架並把他帶到瓦爾特堡，以保證他的安全。在這裡，馬丁·路德度過了高產的一年，他寫了許多讚美詩（例如，《上帝是我的堅固保障》。如果你到瓦爾特堡遊覽，就能欣賞到所謂的「堅固保障」）。路德還將《聖經·新約》翻譯成了德語。翻譯《聖經·新約》的重要性是難以言喻的。馬丁·路德認為，《聖經·新約》的德語譯文應當是「家裡的母親們、胡同裡的孩子們、市集上的販夫走卒們」使用的語言。而同時馬丁·路德的譯文對德語的統一和規範作出了巨大的貢獻，由此，新高地德語開始凌駕於不同的方言之上。當然，對馬丁·路德來說，語言本身並不重要，最重要的是用德意志人民能夠聽懂的語言，將上帝的話傳達給他們。
那麼馬丁·路德的神學思想主要是什麼呢？首先，「因信稱義」是最基本的。贖罪不是通過善行達成的，而是上帝授予的，獲得救贖的人們體驗到了一種「新生」的感覺。這導致了一些後期的路德派抱有情感主義（emotionalism），向內觀照自己的精神狀態。其次，馬丁·路德認為基督教的權威不是教皇，也不是大公會議，而是《聖經》，而教徒對《聖經》可以有自己的理解。這就改變了神職人員的角色：他們不再作為信徒和上帝之間的中介，主持自動顯靈的儀式和聖餐；而是傳道者，向那些不識字的人傳播福音。馬丁·路德強調個人的救贖體驗和對《聖經》的解讀，因此可以說「每個人都是修道者」，「每個信徒都是祭司」。另外，中世紀天主教認為，神聖的生活就是成為一名神職人員，而路德派認為，每日所行之事也是在行使上帝的旨意。這也意味著神職人員不用再禁慾了，馬丁·路德自己幸福地開始了婚姻生活。馬丁·路德的神學思想看起來像是在推動個人主義和信徒之間的精神平等（而非世俗平等），然而他的觀點並不是很嚴謹，這就引發了對其觀點的不同解釋，其他人也開始闡釋上帝在《聖經》中所說的話。
馬丁·路德思想的傳播受到了各種各樣因素的影響。一方面，查理五世雖然知道帝國內存在宗教分歧，但這只是帝國諸多問題的之一。除卻西班牙和意大利的事務，查理五世還對土耳其人的入侵威脅非常惱火。作為歐洲廣闊地域的統治者，查理五世在德國事務上所花的時間並不多，因此，這些爭端因沒有受到帝王決定性的干涉，而最終慢慢發展起來。馬丁·路德思想的傳播還有其他原因，其中印刷術的應用發揮了重要的作用。1518年，德國只出版了150本書，然而到1524年就達到了將近1000本。馬丁·路德善言詞、熱心傳教，幾乎每天都能誕生一部作品。這些作品不僅僅是手冊，還有漫畫和說明性的大幅告示。他的作品展示了支持基督者和反基督者的區別，並將教皇歸類為後者。同時，在那個大多數人不識字的時代，口耳相傳和當眾傳道是非常重要的。大量流動商販和手工藝人將消息和意見在城市間傳播。另外，那個時期，隨著人口的增長，資源的壓力增大；騎士、諸侯、城市和皇帝之間的摩擦不斷；反神職人員和反教皇思想盛行，這些都促進了馬丁·路德思想的傳播。雖然很少有人真正明白馬丁·路德思想在神學上的重要性，但馬丁·路德引發的宗教動亂仍然導致了遍及德國的改革運動，人們要求聆聽新教的布道，改革神職人員，並廣泛改善宗教和社會生活。這些運動在1521—1524年此起彼伏，差點釀成社會甚至政治大動亂。甚至在「新教教義」（Postestantism）這個概念產生之前，許多更為世俗的問題就已經捲入了改革的動亂之中，並影響了人們的想法和行動。