聖彼得：你因神學而得享盛名？
尤利烏斯：沒這回事。我不斷在打仗，沒時間搞這個。[1]
伊拉斯謨如此貶損尤利烏斯二世的學術和宗教成就。在神學研究上，這位教皇的確不如他叔伯西克斯圖斯那樣傑出，但在獎掖學術上頗有建樹。伊拉斯謨貶斥尤利烏斯在任期間的學術成果全是「華而不實的舞文弄墨」，只為討教皇的歡心[2]，但其他人的看法卻較為肯定。教皇提倡設立梵蒂岡圖書館等公共機構，進而重振羅馬的古典學術學習，這點特別受其支持者的讚揚。例如一五○八年的割禮節，詩人暨傳道者卡薩利在西斯廷禮拜堂講道，頌揚教皇獎勵藝術和學術功績卓著。[3]卡薩利慷慨說道：「您，至尊的教皇，尤利烏斯二世，當您如起死回生般喚起那一蹶不振的學術界，並下令……重建雅典以及她的露天體育場、劇場、阿西娜神殿之時，您已建造了一個新雅典。」[4]
拉斐爾抵達羅馬時，距他這篇講道已過了將近一年。但這位年輕畫家後來繪飾署名室第二面牆面濕壁畫時，就以尤利烏斯建造新阿西娜神殿的概念為主題。為《聖禮的爭辯》投入將近一年時間後，一五一○年初，他轉移到對面牆壁，「哲學繆斯」（Muse of Philosophy）的下面，開始繪製自十七世紀起通稱為《雅典學園》的濕壁畫（因某法國指南如此稱呼而沿用至今）。[5]《聖禮的爭辯》以眾多傑出神學家為特色，這幅新濕壁畫則位於教皇打算放置其哲學藏書的地方的上方牆面上，畫了許多希臘哲學家和他們的學生。
《雅典學園》畫了包括柏拉圖、亞里士多德、歐幾里得在內的五十多位人物，群集在古典神殿的花格鑲板拱頂下，或討論，或研讀。神殿內部頗像布拉曼特設計的聖彼得大教堂內部。據瓦薩裡的說法，布拉曼特曾幫拉斐爾設計這面濕壁畫的建築要素。這位偉大的建築師這時雖然仍負責督造新大教堂，有數千名木工和石匠歸他指揮，但似乎還不至於忙到抽不出時間幫他這位年輕的門生。[6]拉斐爾則以布拉曼特為模特兒，畫成歐幾里得，回報他的關照，並表示敬意。畫中彎著腰，手拿圓規在石板上說明自己發現的定理者，就是歐幾里得。
除了布拉曼特，拉斐爾還畫進了曾指點過他濕壁畫的另一個人。畫中的柏拉圖（禿頭、灰金色頭髮、長而捲曲的鬍子），一般認為就是以達·芬奇為模特兒畫成的。為柏拉圖套上藝術家的臉龐，此舉多少帶點嘲諷意味（拉斐爾本人或許正有此意），因為在《理想國》一書中，柏拉圖痛斥藝術，將畫家逐出他的理想國。不過，將這位才氣縱橫的藝術家與歐洲最偉大的哲學家合而為一，或許與達·芬奇的學問和成就有關，畢竟一五○九年時他已是全歐洲的傳奇性人物。此外，此舉也是向仍是拉斐爾靈感來源的這位大畫家致敬，因為環繞畢達哥拉斯（畫面前景左側）身邊的眾人物，都仿自達·芬奇《三賢來拜》（Adoration of the Magi）中簇擁在聖母瑪利亞身邊的那些神情生動鮮明的人物。[7]達·芬奇這幅祭壇畫始繪於三十年前，但終未完成。
這面濕壁畫向達·芬奇致敬之舉，似乎意味著這位偉大賢者就像柏拉圖一樣，是萬人必須師法的導師。有位藝術史家認為，這種師徒關係是拉斐爾創作上的一大特色。[8]《雅典學園》畫了多處師生關係場景，可見到歐幾里得、畢達哥拉斯、柏拉圖之類哲人身邊圍繞著弟子，此中意味著學得以哲學角度思考事情的過程與拜師學藝懂得作畫的過程無異。[9]拉斐爾也把自己畫進畫裡，但頗謙遜自抑，讓自己廁身於亞歷山大天文學家和地理學家托勒密的弟子群中。不過，以他在署名室的非凡表現，他就要成為當之無愧、望重藝壇的大師，年輕後輩爭相拜師請教的對象。瓦薩裡曾描述道，這位年輕畫家身邊總是簇擁著數十個弟子和助手，景象和《雅典學園》相像，彷彿「他每次上朝，一如每次出門，身邊必然都會跟著約五十名畫家，全是能幹而優秀的畫家。他們緊隨他，以示對他的崇敬」。[10]
因此，和藹可親又受歡迎的拉斐爾，正是他在《雅典學園》所描繪的那種群體裡很討人喜歡的一員。他性情寬和仁厚，從他將索多瑪畫入這幅濕壁畫中可見一斑。畫面最右邊，身穿白袍，膚色黝黑，與瑣羅亞斯德、托勒密高興交談之人，就是索多瑪。[11]索多瑪雖已不在署名室工作，但拉斐爾仍將他畫入畫中，或許是為了對他此前在拱頂上的貢獻表示敬意。
這種熱切和善的交際氣氛（和藝術風格），當然和孤僻、自我的米開朗琪羅格格不入。米開朗琪羅的群體場景，例如《卡西那之役》或《大洪水》，從未見到姿態優雅、溫文有禮、討論學問的群體，相反，總是人人為生存而極力掙扎、四肢緊繃、軀幹扭曲。米開朗琪羅身邊也從無弟子環繞。據說，有次拉斐爾在大批隨從的簇擁下要離開梵蒂岡，在聖彼得廣場中央正好遇上一向獨來獨往的米開朗琪羅。「你跟著一群同夥，像個流氓。」米開朗琪羅譏笑道。「你獨自一人，像個劊子手。」拉斐爾回道。
居住、工作地點如此接近，這兩位藝術家難免會不期而遇。但米開朗琪羅和拉斐爾似乎刻意各在梵蒂岡的固定角落活動，王不見王。米開朗琪羅對拉斐爾的猜忌之心甚重，認為拉斐爾心懷不軌，一有機會就想模仿他，因而這位後輩藝術家是米開朗琪羅最不願讓其登上腳手架的人士之一。他後來寫道，「尤利烏斯與我的不和，全是布拉曼特和拉斐爾眼紅我造成的」，並認定這兩人一心要「毀掉我」。[12]他甚至堅定不移地認為，拉斐爾曾和布拉曼特合謀，企圖溜進禮拜堂偷看濕壁畫。據說，米開朗琪羅丟板子砸教皇而後逃往佛羅倫薩這件事，拉斐爾是幕後卑鄙的推手之一。然後，趁著米開朗琪羅不在，他徵得布拉曼特同意，偷偷溜進禮拜堂，研究其對手的風格和技法，試圖師法米開朗琪羅作品的磅礡氣勢。[13]拉斐爾好奇想一窺米開朗琪羅的作品是很自然的事，但若說為此而耍這樣的陰謀，實在有些無稽。但無論如何，拉斐爾那風靡羅馬的魅力，碰上粗魯而好猜忌的米開朗琪羅，顯然完全失靈。
繪製《雅典學園》時，拉斐爾已經開始有師父的架勢，底下有一群能幹的助手和弟子供他差遣。在一九九○年代的保護工作中，人們在灰泥裡發現多個不同大小的手印，證實他動用了至少兩名助手。這些手印是畫家在腳手架上扶牆以站穩身子，而在未干的因托納可上留下的，而且是從開始繪製這面濕壁畫時就留下的。[14]
雖有這些助手，但這幅畫實際繪製的大部分似乎出自拉斐爾本人之手。這幅畫共用了四十九個喬納塔，也就是約兩個月的工期。他甚至在歐幾里得的短袖束腰外衣衣領上，刻上了自己的落款RVSM（Raphael Vrbinus Sua Mano的首字母簡寫，意為烏爾比諾的拉斐爾親筆）。這件作品主要出自何人之手，從這落款來看幾乎已毋庸爭辯。
拉斐爾為《雅典學園》畫了數十張素描和構圖，最先畫初步略圖（pensieri），即寥寥勾勒的小墨水圖，再用紅粉筆或黑粉筆將其畫成更詳細的素描。他為那位躺在大理石階上的第歐根尼所畫的銀尖筆習作，可以清楚地說明他先在紙上用心試畫人物姿勢，包括手臂、身軀乃至腳趾等所有細部，一點兒也不馬虎。米開朗琪羅的濕壁畫高懸在觀者頭上15英尺多的高處，細部不容易看到；相反，拉斐爾的作品得受到觀者就近的檢視。進入教皇圖書館的學者和其他訪客，可逼近到距畫中下層人物只有幾英尺處觀看，因而拉斐爾不得不注意到每個細小的皺紋和手指、足趾。
為五十多位哲學家的臉部和姿態完成無數素描後，拉斐爾運用所謂的方格法（graticolare），將人物放大，並轉描到以膠水黏拼成一塊的紙張上，構成草圖。這種放大轉描法相當簡單，用尺將素描劃分成一定數目的方格，然後用炭筆等易於揩擦的工具，把每一方格的內容轉描到放大三四倍的草圖上相應的格子內。
這些放大格子如今仍可見於拉斐爾的《雅典學園》草圖上。這是署名室和西斯廷禮拜堂唯一存世的草圖，[15]高9英尺，寬超過24英尺，以黑粉筆繪成，在柏拉圖、亞里士多德等人的詳細素描底下，可看到用尺畫成的放大格子線。耐人尋味的是，草圖上完全不見建築背景（或許這正是建築細部確由布拉曼特設計的明證[16]）。
這幅草圖耐人尋味之處不止一個。草圖上的圖案輪廓線確實經拉斐爾或其助手一針針打過洞，卻從未被貼上濕灰泥轉描。要把這麼大張的草圖轉描到牆上，即使不是不可能，想必也很困難。在這種情形下，藝術家通常會將草圖切割成數張較小、較容易轉描的局部草圖。但拉斐爾沒這麼做，反倒大費周章，以針刺謄繪法將草圖圖案轉描到數張較小的紙上，也就是所謂的輔助草圖上。[17]然後將輔助草圖固定在因托納可上轉描，大張的母草圖則擱在一旁不用。這麼大費周章，不禁令人納悶，拉斐爾為何想保存草圖，既然草圖似乎是為轉描上灰泥而畫，為何畫好了卻不作此用途。
一直到四五年前，草圖都還只是功能性素描，替濕壁畫作嫁後就功成身退，幾乎不留。草圖天生生命短暫，固定在潮濕的因托納可上，被人用鐵筆在其上描痕或用針刺上數百個孔後，就注定要棄如敝屣。但一五○四年，達·芬奇和米開朗琪羅在佛羅倫薩展示他們的大草圖後，草圖的命運隨之改觀。這兩幅大素描如此受歡迎，影響力又如此大，從此之後，草圖地位逐漸提升，成為自成一格的藝術品。大會議廳這場競賽雖胎死腹中，但誠如某藝術史家所說，卻一舉將草圖推上「最重要的藝術表現位置」。[18]
拉斐爾為《雅典學園》畫出一張展示用的草圖，此舉既是在傚法他心目中的兩位藝壇英雄，也是在以他們為對手，測試自己素描和構圖的功力。他的草圖是否被公開展示過，沒有史料可佐證，但年輕而雄心勃勃的拉斐爾，一直渴望自己的作品完成後能引起大家的關注，參觀者眾多。米開朗琪羅不必擔心自己在西斯廷禮拜堂的心血結晶揭幕後無人問津，因為屆時來參觀者不只有教皇禮拜團的兩百位成員，還有來自全歐洲各地的數千名信徒。相反，拉斐爾繪飾的教皇私人圖書館，只有最有名望、最有學問的神職人員才得以進出，能欣賞到他心血結晶者也較局限於特定人士。因此，他留下宏偉的草圖，用意可能在使自己的作品能為梵蒂岡以外的人士所知，使世人得以拿它和米開朗琪羅、達·芬奇的作品評高下。
拉斐爾希望廣為宣傳《雅典學園》，自有其充分的理由，因為這無疑是他投身藝術創作以來的巔峰代表作。在這幅構圖精湛的傑作裡，這位年輕藝術家將神情各異的大批人物，巧妙地融入叫人耳目一新的建築空間裡，超越藝術家運用大量姿勢、頭手動作（祝福、祈禱、崇拜）的慣常手法，而借由想像的頭手動作、身體動作、人物間的互動，表達更為幽微的情感。[19]例如環繞歐幾里得的四位年輕弟子，姿態、表情各異，借此表現出各自的心情（驚訝、專注、好奇、理解）。整體給人的感覺就是一群各具特色的人，他們優雅的動作在整面牆上跌宕起伏，吸引觀者一個一個人物看下去，而這些人物全都被巧妙地融入了雖虛構卻生動如真的空間裡。簡而言之，這幅畫展現了戲劇性和統一性，而這兩者正是米開朗琪羅在前幾幅《創世紀》場景裡所未能營造出來的。
[1] 伊拉斯謨：《愚人頌與其他著作》，第146頁。
[2] 伊拉斯謨：《愚人頌與其他著作》，第172頁。
[3] 卡薩利講道詞的本文，可見於奧馬利（John O』Malley）的《梵蒂岡圖書館與雅典學園：巴蒂斯塔·卡薩利一五○八年講道文》（「The Vatican Library and the School of Athens：A Text of Battista Casali 1508」）一文，《中世紀與文藝復興研究雜誌》（Journal of Medieval and Renaissance Studies，1977），第279～287頁。
[4] 卡薩利講道詞的本文，可見於奧馬利（John O』Malley）的《梵蒂岡圖書館與雅典學園：巴蒂斯塔·卡薩利一五○八年講道文》（「The Vatican Library and the School of Athens：A Text of Battista Casali 1508」）一文，《中世紀與文藝復興研究雜誌》（Journal of Medieval and Renaissance Studies，1977），第287頁。
[5] 署名室四面牆上濕壁畫的創作日期以及作畫順序，藝術史界爭議頗大，鮮有共識。大部分藝評家認為最先畫的是《聖禮的爭辯》，《雅典學園》其次（或第三）。但溫訥（Matthias Winner）主張，《雅典學園》才是四幅中最早畫的一幅，參見《瓦薩裡對梵蒂岡前三個拉斐爾房間的評斷》（「Il giudizio di Vasari sulle prime tre Stanze di Raffaello in Vaticano」），收錄於穆拉托雷（Giorgio Muratore）所編《梵蒂岡的拉斐爾》一書，第179～193頁。肯佩爾（Bram Kempers）於《拉斐爾署名室裡的國家象徵》（「Staatssymbolick in Rafaels Stanza della Segnatura」）也持此觀點，《交鋒：意-荷研究評論》（Incontri：Rivista di Studi Italo-Nederlandesi，1986-7），第3～48頁。但也有學者認為《雅典學園》最後完成，參見古爾德（Cecil Gould）《拉斐爾諸室的創作年代順序：修正觀點》（「The Chronology of Raphael』s Stanze：A Revision」），《美術報》（Gazette des Beaux-Arts），第117期，（November 1990），第171～181頁。
[6] 由於毫無文獻可依，布拉曼特是否參與《雅典學園》的構圖，向來未有定論。二十世紀最頂尖的布拉曼特研究專家布魯斯基（Amaldo Bruschi）認為，這種合作關係「不無可能」（《布拉曼特》，第196頁）。但另一位學者，李伯曼（Ralph Lieberman），態度較保留。他認為瓦薩裡提及的合作應從數個地方予以質疑，因為他將這面濕壁畫的構圖歸功於布拉曼特，「似乎是基於聖彼得大教堂與該畫之間的隱隱相似，而非確實知悉布拉曼特曾幫拉斐爾製作這面濕壁畫」，參見《建築背景》（「The Architectural Background」），收錄於霍爾（Marcia B. Hall）所編《拉斐爾的〈雅典學園〉》（Raphael』s 『School of Athens』），第71頁。第一，李伯曼認為畫中的建築構圖，可能既根據布拉曼特的聖彼得大教堂設計圖，也得益於馬克辛奇長方形廊柱大廳式教堂（Basilica of Maxentius），兩者的影響不相上下。第二，畫中的建築構圖實際上蓋不出來，因此，以布拉曼特這麼有經驗的建築師，若參與了構圖，似乎不會設計出這樣的建築。李伯曼寫道，「以他這個階段的閱歷，研究過十字形教堂的交叉甬道多年，若真設計了這面濕壁畫的建築，卻設計出如我們今日所見這麼一個叫人難以置信且不合理的甬道」，似乎不大可能（參見《建築背景》（「The Architectural Background」），收錄於霍爾（Marcia B. Hall）所編《拉斐爾的〈雅典學園〉》（Raphael』s 『School of Athens』），第73頁）。歷來有多人試圖重現《雅典學園》畫中的建築，例如，可參見曼德裡（Emma Mandelli）《梵蒂岡諸室壁畫中建築「畫」的真實性》（「』La realta della architettura 『picta』 negli affreschi delle Stanze Vaticane」），收錄於史帕涅西（Gianfranco Spagnesi）、豐德利（Mario Fondelli）、曼德裡合編的《拉斐爾，建築「畫」：感覺與真實》（ Raffaello，l』architettura 『picta』：Percezione e realta，Rome：Monografica Editrice，1984），第155～179頁。
[7] 龔布裡希在其《拉斐爾的署名室與其象徵手法之本質》一文，第98～99頁，已指出這項借用。
[8] 米契爾（Charles Mitchell）所編的奧佩（A.P. Oppe）《拉斐爾》（Raphael，London：Elek Books，1970），第80頁。
[9] 在這幅最早問世的《雅典學園》版本中，唯一一位孑然一身、無人為伴的哲學家，就是以特立獨行而著稱的第歐根尼（Diogenes）。他以木桶為家，曾傲慢響應亞歷山大大帝的詢問。由於他擯棄社會禮法，無視世俗的詆毀，雅典人以狗（Kyon）稱他。在拉斐爾筆下，他大剌剌地躺在大理石階上，衣衫不整，卻怡然自得。
[10] 瓦薩裡：《畫家、藝術家、建築師列傳》，第一卷，第747頁。
[11] 這個人物亦有專家斷定為佩魯吉諾。但權威專家貝蘭森（Bernard Berenson）在《基督交鑰匙給聖彼得》識出佩魯吉諾的自畫像，指出這人和拉斐爾在《雅典學園》裡所繪的那個人，頭髮、膚色、五官無一相同，因而認為《雅典學園》此人不可能是依佩魯吉諾畫成。參見貝蘭森《文藝復興時期意大利畫家》，第二卷，第93頁。
[12] 《米開朗琪羅書信集》，第二卷，第31頁。
[13] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第723頁。
[14] 關於這些發現，可參見涅謝爾拉特（Arnold Nesselrath）的《拉斐爾的〈雅典學園〉》（Raphael』s 『School of Athens』，Vatican City：Edizioni Musei Vaticani，1996），第24頁。
[15] 這幅草圖現藏米蘭的昂布洛西亞納圖書館（Biblioteca Ambrosiana）。關於拉斐爾的《雅典學園》草圖和其在署名室的繪製技巧，可參見薄蘇克（Eve Borsook）的《拉斐爾風格在羅馬的技術創新和發展》（「Technical Innovation and the Development of Raphael』s Style in Rome」），《加拿大藝術評論》（Canadian Art Review），第12期，1985年，第127～135頁。
[16] 這面濕壁畫的上半部分，也有一幅草圖作為轉描依據，草圖裡就畫了建築背景，但現已遺失。參見涅謝爾拉特的《拉斐爾的〈雅典學園〉》，第15～16頁。
[17] 參見費捨爾（Oskar Fischel）的《拉斐爾的輔助草圖》（Raphael』s Auxiliary Cartoons），《勃林頓雜誌》，1937年10月號，第167頁；以及薄蘇克的《拉斐爾風格在羅馬的技術創新和發展》，第130～131頁。
[18] 班巴赫：《意大利文藝復興畫室裡的素描和繪畫》，第249頁。
[19] 拉斐爾刻畫多種情感的功力，歷來引起多人探討，而於1809年達到極致。那一年，英國兩位雕刻師，庫克與巴士比（George Cooke & T. L. Busby）出版《烏爾比諾拉斐爾的草圖》（The Cartoons of Raphael d』Urbino）一書，書中有一名為「激情索引」（Index of Passions）的部分，替各特定人物標出具體的情緒狀態。