皮耶羅·羅塞利率工人打掉皮耶馬泰奧的舊濕壁畫時，米開朗琪羅正忙著替新的濕壁畫構圖。因為教皇對拱頂繪飾有清楚的腹案，因而他按照教皇的構想進行設計。至於這腹案是出自教皇本人的想法，還是他咨詢顧問後發展出來的，我們不得而知。米開朗琪羅在個人摘記裡寫道，他根據樞機主教阿利多西定下的「條件和協議」行事。[1]這段話表明這位樞機主教無疑涉入甚深。[2]
贊助者決定作品主題的做法司空見慣。畫家和雕塑家被視為藝匠，得完全遵照出錢者的意思製作藝術品。吉蘭達約與托爾納博尼簽的合約就是典型的例子，可以充分說明贊助者委託藝術家製作大型濕壁畫組畫時，干涉創作內容和形式到何種程度。[3]托爾納博尼是一位有錢的銀行家，委託吉蘭達約繪飾新聖母瑪利亞教堂內以他的姓氏命名的禮拜堂，委制合約規定的事項幾乎涵蓋繪飾的所有細節，吉蘭達約少有自由發揮的空間。合約中不僅言明哪個場景該畫在哪面牆，還清楚規定各場景的作畫順序和畫面大小。該用何種顏色，乃至該哪一天動筆作畫，都在規範之列。托爾納博尼要求將大量人物，包括各種鳥獸畫進各場景。吉蘭達約是個勤懇細心的藝匠，很樂於按贊助者的意思作畫。他的濕壁畫非常生動活潑，某著名藝術史家形容他筆下的某些場景，「像畫報的版面一樣塞了太多東西」。[4]在某場景中，吉蘭達約畫了一頭長頸鹿。這只異獸大概是根據實物畫成，因為一四八七年洛倫佐·德·美第奇的花園養了一隻非洲長頸鹿，後來因為不習慣佛羅倫薩狹窄的生活空間，長頸鹿因頭猛撞橫樑而亡。
因此，米開朗琪羅時代的藝術家絕非如我們今日浪漫想像的那樣，個個是孤獨的天才，自出機杼創造出富有創意的作品，而不受市場需求或贊助者擺佈。只有到了下個世紀，才有薩爾瓦多·羅薩（Salvatore Rosa，一六一五年生）這樣的畫家敢於傲然拒絕贊助者的指示，並要其中一名太挑剔的贊助者直接「去找制磚工人，因為他們聽命行事」。[5]在一五○八年，米開朗琪羅的地位像個制磚工人，只能遵照贊助者的要求行事。
在這樣的時代氣氛下，一五○八年春米開朗琪羅拿到教皇的西斯廷禮拜堂繪飾構想時，絕不會對其構圖之詳細感到驚訝。尤利烏斯的構想比皮耶馬泰奧的星空更為煩瑣複雜。他希望禮拜堂窗戶上方畫上十二名使徒，頂棚剩下的地方則覆上由方形、圓形交織而成的幾何形佈局。尤利烏斯似乎喜歡這種模仿古羅馬頂棚裝飾的萬花筒式圖案。十五世紀後半期已成為熱門景點的蒂沃利的哈德良別墅頂棚，就飾有這種圖案。同一年，尤利烏斯還以類似的構圖委託另兩位藝術家繪製裝飾畫，一個位於平民聖母瑪利亞教堂內布拉曼特剛完成不久的高壇拱頂上，承製者是平圖裡喬（Pinturicchio），另一個位於教皇打算移作他個人圖畫館的梵蒂岡宮署名室的頂棚上。
米開朗琪羅努力畫了一些素描，希望能畫出令教皇滿意的圖案、人物構圖。為了尋得靈感，他似乎還在這時期請教了平圖裡喬。平圖裡喬本名貝納迪諾·迪·貝托，嗜喝葡萄酒，因裝飾風格艷麗而得此稱號（意為艷麗畫家）。他是羅馬最有經驗的濕壁畫家之一，五十四歲之前已繪飾過意大利各地許多禮拜堂。大概也曾在佩魯吉諾底下當助手，繪飾西斯廷禮拜堂的牆壁。平圖裡喬直到一五○八年九月才真正開始繪飾平民聖母瑪利亞教堂的高壇拱頂，但很可能這時已在畫素描，因而米開朗琪羅才得以在該年夏天看到。總之，米開朗琪羅最初為西斯廷頂棚畫的素描，讓人覺得與平圖裡喬的很類似。[6]
不過米開朗琪羅顯然仍不滿意自己的心血。教皇構圖予他的最大難題在於除了十二個使徒像，他沒有多少空間去探索他所熱愛的人體。他在教皇構圖裡加進了有翼天使和女像柱，但這些傳統人物只是幾何佈局的一部分，因此與《卡西納之役》中肌肉結實、軀體扭轉的裸像大不相同，比起之前放棄的教皇陵案，更讓他覺得不值，因為他原希望在教皇陵雕出一系列鬥志昂揚的裸身超人。面對這麼一個乏味的構圖，米開朗琪羅對這個承製案想必興味索然。
這時教皇已習慣了米開朗琪羅不斷的抱怨，因而該年夏初，這位藝術家再度當著教皇面表示反對意見時，他想必已不會太驚訝。米開朗琪羅一如既往地直言不諱，向教皇抱怨說，他所建議的構圖最後會是個casa povera（「很糟糕的東西」）。[7]很難得，尤利烏斯似乎默認，未多說什麼。他只是聳聳肩，然後據米開朗琪羅的說法，讓他放手去設計他的案子。米開朗琪羅後來寫道，「他給了我一個新案子，讓我盡情發揮」。[8]
米開朗琪羅說教皇讓他全權負責，這說法不可盡信。儘管米開朗琪羅是聲望崇隆的藝術家，但要教皇將基督教世界這最重要禮拜堂的繪飾工程，全權交給僅僅一位藝術家，再怎麼說也是不合常理的。這類裝飾畫的內容，幾乎都會參酌神學家的意見。西斯廷禮拜堂濕壁畫顯現出了深厚的神學素養，例如針對摩西、耶穌生平近似之處所繪的一連串對照，說明此設計背後有淵博知識的支撐，而既不懂拉丁文也沒學過神學的那群畫家絕不可能想出這樣的東西。這些濕壁畫上方的拉丁銘文，事實上出自學者出身的教皇秘書安德烈亞斯·特拉佩增提烏斯（Andreas Trapezuntius）之手，新成立的梵蒂岡圖書館首任館長——愛書成癡，外號「普拉蒂納」的巴爾托洛梅奧·薩奇（Bartolommeo Sacchi），也指導過這支濕壁畫團隊。[9]
如果說西斯廷拱頂畫宏大的新設計圖，曾有哪位人士提供意見，那麼除了樞機主教阿利多西，最可能的人就是奧古斯丁修會的總會長艾吉迪奧·安東尼尼（Egidio Antonini）。他因生於維泰博而以「維泰博的艾吉迪奧」之名為人所知。[10]三十九歲的他的確勝任這項工作。他嫻熟拉丁語、希臘語、希伯來語、阿拉伯語，是當時意大利最博學的人之一。不過真正讓他出名的地方，在於他激動人心的講道。艾吉迪奧面相兇惡，頭髮蓬亂，蓄著黑鬍子，膚色白皙，眼睛炯炯有神，身穿黑袍，是意大利最具魅力的演說家。聽講道十五分鐘就會打瞌睡的尤利烏斯，聽他慷慨演說兩小時，全程非常清醒，由此可見他的口才之好。教皇委制這個頂棚畫，就像委制其他案子一樣，是為了頌揚自己的統治威權，口才絕佳的艾吉迪奧既是教皇最器重的宣傳高手，又善於在《舊約》裡找到提及尤利烏斯的預言性字句，因而想必也曾為這項工程貢獻心力。
不管出自何人之手，西斯廷頂棚畫的設計圖都得經過異端裁判官挑剔的審查，也就是獲得聖宮官（教皇御前神學家）的同意。一五○八年，多明我會修士拉法內利出任此職。聖宮官一職向來由多明我會修士擔任。由於對教皇忠心耿耿，多明我會修士（Dominican）通常又被人以諧音雙關語謔稱為domini cane，意為主子的走狗。數百年來，教皇都用他們執行收稅、擔任宗教裁判官等不討好的工作。一四八三年西班牙重設宗教裁判所後，將兩千多名異教徒用火刑處死的托爾克馬達，就是該會惡名昭彰的成員之一。
拉法內利的職責在於為西斯廷禮拜堂挑選傳道士，必要時審核他們的講道內容，以及撲滅任何異端邪說。凡是有幸被拉法內利選上在西斯廷禮拜堂講道者，即便是維泰博的埃吉迪多，都必須事先交出講稿以供審查。講道者言詞偏離正道時，拉法內利還有權打斷講道，將他趕下講壇。隨時注意有誰違背神學正道的德格拉西，有時也協助拉法內利執行這些職務。
想必有某個人，像拉法內利那樣關切西斯廷禮拜堂內正統維護的人那樣，主動關注米開朗琪羅的設計。即使拉法內利未提供具有創意性的見解，米開朗琪羅想必至少在數個階段和他討論過自己的設計，而且有可能曾將素描和草圖拿給他過目。但耐人尋味的是，從現有史料來看，向來不會掩飾不滿之情的米開朗琪羅，從未不滿於聖宮官，或者其他任何可能干涉他設計的神學家。這件事實以及頂棚畫上某些有助於我們瞭解此方面內情的細部，或許正說明了尤利烏斯的確放手讓米開朗琪羅做主。
至於內容複雜而豐富的構圖，米開朗琪羅想必比當時大部分藝術家更能勝任。他學過六年左右的語法，雖不是拉丁語法，但老師是來自烏爾比諾的專家；在當時，烏爾比諾是羅馬、佛羅倫薩富貴人家子弟就讀的著名文化中心。更重要的是，他在十四歲左右進入聖馬可學苑後，不僅研習雕塑，還在多位傑出學者的指導下研讀神學和數學。這些大學者中有兩位是當時最頂尖的哲學家，一位是已將柏拉圖著作、赫耳墨斯秘義書（Hermetic texts）譯為拉丁文的柏拉圖學院院長馬爾西利奧·費奇諾（Marsilio Ficino），另一位是曾受教於卡巴拉，著有《論人的尊嚴》（Oration on the Diqnity of Man）的米蘭多拉伯爵喬凡尼·皮科（Giovanni Pico）。
但米開朗琪羅與文人學士的交往則不清楚。孔迪維對這方面的記述很模糊，僅提到米開朗琪羅的大理石浮雕《人馬獸之戰》（Battleo of the Centaurs），是在聖馬可學苑另一位老師安傑洛·安布洛吉尼（Angelo Ambrogini）的建議下雕成。這座浮雕是米開朗琪羅現存最早的雕塑作品之一，刻畫一群裸身、扭曲的人物糾纏混戰的情景。安傑洛以筆名波利提安（Politian）而為人所知，十六歲時就將《伊利亞特》前四篇譯成拉丁文，即使在大師雲集的聖馬可學苑，他的學術地位仍極為突出。孔迪維斷言波利提安很器重這位年輕的藝術家，「雖然並非職責所需，但他鞭策他學習，一再幫他解說，幫他上課」。[11]然而，這位著名學者和這位少年雕塑家究竟來往到何種程度，仍不明朗。[12]不過，幾無疑問的是，米開朗琪羅得到了充分的教育，從而對日後為西斯廷頂棚畫構思出新穎構圖大有益助。
隨著新設計圖於一五○八年夏完成，米開朗琪羅對這件案子的興致想必也增加了不少。他捨棄了由方形、圓形交織而成的抽像構圖，改為採用更大膽的佈局，以能如創作《卡西那之役》時那樣盡情發揮自己在人體繪畫上的才華。然而，等著他作畫的12000平方英尺壁面，比他在佛羅倫薩處理過的平牆更複雜棘手。為西斯廷禮拜堂設計的濕壁畫，除了要覆蓋整個長長的拱頂，所謂的三角穹隅——位於禮拜堂角落、拱頂與牆面接合處的四個帆狀大區域——也不能漏掉。此外，還包括凸出於窗戶之上的八個面積較小的三角形區域，即所謂的拱肩。除了拱頂，米開朗琪羅還得畫四面牆最頂上的壁面，即位於窗戶上方、人稱弦月壁的弧形壁面。這些壁面有的彎，有的平，有的大，有的小，很不協調。如何將濕壁畫鋪排在這些難以作業的次區塊上，是米開朗琪羅的一大挑戰。
蓬泰利所建的拱頂是以幾乎無裝飾美感可言的凝灰岩塊為石材。米開朗琪羅讓皮耶羅·羅塞利敲掉三角穹隅和弦月壁上的部分磚石結構，即裝飾線條和葉形裝飾柱頭之類的裝飾性小結構體。然後他開始替濕壁畫營造虛構的建築背景，借此打造他自己的區隔畫面。這個建築背景由一連串的簷板、壁柱、拱肋、托臂、女像柱、寶座、壁龕構成，讓人想起他為尤利烏斯教皇陵所做的類似設計。這個虛構背景通常被稱為quadratura，除了賦予地面觀者雕塑性裝飾豐富的觀感，還將不搭調的三角穹隅、拱肩、弦月壁與拱頂的其他地方融為一體，讓他可以在一連串區隔分明的畫域上畫上不同場景。
整個長長的拱頂將由虛擬的大理石肋拱隔成九個矩形畫塊，並以一個畫就的虛擬簷板將這九個畫域和頂棚其他地方隔開。在這簷板下方，米開朗琪羅設計了一連串人物端坐在壁龕中的寶座裡。這些寶座是最初構圖的殘遺，因為他原就打算在這裡畫上十二使徒。諸寶座下方、窗戶上方的空間就是拱肩和弦月壁，這裡為他提供了環繞拱頂基部的一連串畫域。
架構確定之後，米開朗琪羅還得敲定新的主題。這時《新約》的十二使徒主題似乎已迅遭揚棄，而被取自《舊約》的場景和人物取代。寶座上坐的不是眾使徒，而是十二先知，或者更清楚地說，是《舊約》的七先知和來自異教神話的五名巫女。這些人物上方，沿著拱頂中央縱向分佈的九個矩形畫塊，則要畫上《創世紀》中的九個事件。拱肩、弦月壁要畫上基督列祖（相當罕見的題材），三角穹隅則要繪上取自《舊約》的另四個場景，其中之一為大衛殺死巨人歌利亞。
從《創世紀》取材作畫，是很叫人玩味的選擇。這類圖畫當時普見於雕塑性浮雕，而米開朗琪羅也很熟悉這方面的一些作品，其中最值得一提的就是錫耶納雕塑家雅各布·德拉·奎爾查（Jacopodella Quercia）在波隆納聖佩特羅尼奧教堂宏偉中門上製作的浮雕。大門（Porta Magna）上的浮雕以伊斯特拉產的石材雕成，一四二五年動工，一四三八年完成，同年奎爾查去世。浮雕上刻畫了許多取自《創世紀》的場景，包括《諾亞醉酒》《諾亞獻祭》《創造亞當》《創造夏娃》。
奎爾查雕刻這些場景的那幾年，有位叫洛倫佐·吉貝爾蒂（Lorenzo Ghiberti）的藝術家在佛羅倫薩為聖喬凡尼（聖約翰）洗禮堂鑄造兩組青銅門中的第二組，而門上的裝飾也以《舊約》的類似場景為主題。米開朗琪羅極欣賞吉貝爾蒂的青銅門，據說曾以「天堂門」一名稱之。對於奎爾查在大門上的作品，他似乎也同樣讚歎不已。一四九四年他第一次看到聖佩特羅尼奧教堂這些浮雕，一五○七年他在波隆納鑄造尤利烏斯青銅像和後來監督該像安置在大門正上方時，應該更有機會親炙這些浮雕，從而將它們瞭然於心。因而在一五○八年夏設計西斯廷濕壁畫時，他的腦海中仍鮮活地記得奎爾查的人物形象，他為西斯廷禮拜堂設計的九個取自《創世紀》的場景，無疑受了奎爾查和吉貝爾蒂作品的啟發。他們兩人取自《舊約》的場景，事實上是與米開朗琪羅自身構圖最相近的先例，而這也進一步證實了米開朗琪羅所言的構圖一事他可全權做主。[13]
新構圖淋漓盡致地展現了米開朗琪羅的雄心壯志，裡面將涵蓋一百五十餘個獨立的繪畫單元，包括三百多個人物，是有史以來刻畫人物形象最多的構圖之一。大膽拒絕教皇那個「很糟糕」的構圖後，他讓自己接下了更為棘手的案子，一個以善於處理龐然藝術作品而聞名的人都倍覺艱難的案子。
[1] 《米開朗琪羅回憶錄》，第1頁。
[2] 貝克：《樞機主教阿利多西、米開朗琪羅與西斯廷禮拜堂》一文，第67～74頁，認為阿利多西在此繪飾的構圖上扮演了積極的角色。貝克指出幾年後的1510年，這位樞機主教曾欲請米開朗琪羅畫另一件濕壁畫，而該濕壁畫複雜的構圖就出自他本人之手。這意味著他可能在某種程度上參與了西斯廷禮拜堂濕壁畫的構圖。
[3] 關於此合約，可參見米拉內西（Gaetano Milanesi）所撰《未出版的十二至十六世紀托斯卡納藝術文獻》（「Documenti inediti dell』arte toscana dal XII al XVI secolo」），《博納羅蒂》（II Buonarroti），第2期，1887年，第334～338頁。
[4] 貝蘭森（Bernard Berenson）兩卷本《文藝復興時期意大利畫家》（Italian Painters of the Renaissance，London：Phaidon，1968），第二卷，第31頁。
[5] 引自帕斯科裡（Lione Pascoli）所著《近代畫家、雕塑家、建築師列傳》（Vite de』pittori，scultori ed architetti moderni，1730）摹本版（Rome：Reale Istituto d『Archaeologia e Storia dell』Arte，1933），第84頁。關於藝術家漸漸擺脫贊助者的束縛，可參見克羅南（Vincent Cronin）的《佛羅倫薩的文藝復興》（The Florentine Renaissance，London：Collins，1967），第165～189頁；以及哈斯凱爾（Francis Haskell）的《贊助者與畫家：巴洛克時代意大利藝術與社會間關係之研究》修訂版（Patrons and Painters：A Study of the Relations Between Italian Art and Society in the Age of the Baroque，New Haven：Yale University Press，1980），第8～10頁。
[6] 這一看法由瓦薩裡提出，後來，桑史特羅姆（Sven Sandstrom）於《虛構的層級：文藝復興期間意大利壁畫結構與營造之研究》（Levels of Unreality：Studies in Structure and Construction in Italian Mural Painting during the Renaissance，Stockholm：Almqvist and Wiksell，1963）一書，呼應此觀點，第173頁。
[7] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第148頁。
[8] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第148頁。
[9] 欲瞭解埃拉佩增提烏斯的創作生涯和西克斯圖斯四世在位期間羅馬的文壇風氣，可參見李（Egmont Lee）的著作《西克斯圖斯四世與文人》（Sixtus IV and Men of Letters，Rome：Edizioni di Storia e Letteratura，1978）。
[10] 欲概括瞭解艾吉迪奧的思想和創作生涯，可參見奧馬利（John W. O』Malley）的著作《維泰博的吉列斯論教會與改革：文藝復興思想研究》（Giles of Viterbo on Church and Reform：A Study in Renaissance Thought，Leiden：E. J. Brill，1968），但此書觀點認為他未參與西斯廷禮拜堂濕壁畫的構圖。至於主張他有參與的觀點，可參見道森（Esther Gordon Dotson）所撰《奧古斯丁修會眼中的米開朗琪羅西斯廷禮拜堂頂棚壁畫》（「An Augustinian Interpretation of Michelangelo』s Sistine Ceiling」），《藝術期刊》（Art Bulletin），第61期，1979年，第223～256頁和第405～429頁。道森認為艾吉迪奧是「這項計劃的規劃者」，並認為他根據聖奧古斯丁的《上帝之城》（City of God）予以規劃。但她指出，米開朗琪羅和艾吉迪奧之間的關係未有文獻可茲佐證。哈爾特（Frederick Hartt）則提出另一個可能的提供意見者，認為教皇的侄子馬可（Marco Vigerio della Rovere）參與了該計劃的構圖。參見哈爾特的著作《意大利文藝復興藝術史：繪畫、雕塑、建築》（History of Italian Renaissance Art：Painting，Sculpture，Architecture，London：Thames & Hudson，1987），第497頁。
[11] 孔迪維《米開朗琪羅傳》，第15頁。
[12] 德·托爾內深信米開朗琪羅在聖馬可學苑獲益匪淺。他說：「這個叫人心智大開的團體，對米開朗琪羅就像是個精神泉源。通過他們，他形塑出自己的美學觀、道德觀、宗教觀。美學觀建立在標舉世俗之美為神意之反映上，道德觀建立在承認人類尊嚴為造物之極致表現上，宗教觀認為異教和基督教本質上都是普遍真理，只是形之於外有所不同。」（《米開朗琪羅》第一卷，第18頁）。欲深入瞭解米開朗琪羅作品中新柏拉圖主義的象徵手法，可參見帕諾夫斯基的（Erwin Panofsky）《新柏拉圖運動和米開朗琪羅》（「The Neoplatonic Movement and Michelangelo」）一文，收錄於《圖像研究：文藝復興藝術裡的人文主題》（Studies in Iconography：Humanistic Themes in the Art of the Renaissance，New York：Oxford University Press，1939），第171～230頁。
[13] 德·托爾內認為米開朗琪羅筆下的聖經紀事畫，屬於藝術體裁的一種，「源於文藝復興初期的浮雕作品……但如此大規模的歷史『浮雕』出現在頂棚上尚屬首見。在那之前，它們僅見於牆和門上。」（《米開朗琪羅》，第二卷，第18～19頁）另一個可能的影響來自烏切洛（Paolo Uccello）在新聖母瑪利亞教堂綠廊（Chiostro Verde）上的濕壁畫（現嚴重毀損）。這些濕壁畫描繪了一些和西斯廷禮拜堂一樣的場景：《創造亞當》《創造夏娃》《夏娃墮落》《大洪水》《諾亞獻祭》《諾亞醉酒》。米開朗琪羅曾跟著吉蘭達約在新聖母瑪利亞教堂工作過，因而應很熟悉這些圖畫。