教皇最信賴的親信暨盟友是帕維亞樞機主教佛朗切斯科·阿利多西。自多年前阿利多西破壞了羅德裡戈·波吉亞欲毒死教皇的詭計之後，這位三十九歲的樞機主教就一直是尤利烏斯面前的紅人之一。不過英俊、長著鷹鉤鼻的阿利多西在羅馬卻少有朋友和支持者，主要因為盛傳他行為不檢。許多敵人都說他和妓女過從甚密，做女人打扮，勾引男孩，接觸神秘學。米開朗琪羅是他在羅馬的少數幾位支持者之一，因為米開朗琪羅在羅馬信得過的人不多，阿利多西就是其中之一。阿利多西熱愛藝術，大力促成米開朗琪羅於一五○五年來羅馬接下教皇陵的案子。在爾虞我詐的梵蒂岡政壇，他似乎將阿利多西當作靠山和盟友。[1]
米開朗琪羅不肯回羅馬的原因之一，就是擔心回羅馬後無法如教皇所承諾的那樣，「不受任何身心傷害」。他是否真的擔心布拉曼特會對他不利，這點無法確知，但他的確有充分的理由擔心教皇的報復。因此，在這年夏天結束前，他已通過這位教皇親信，得到了一份保障他人身安全的書面保證。
隨尤利烏斯遠征的這位樞機主教，照米開朗琪羅所請，給了他一份書面保證。米開朗琪羅帶著這份文件和索德裡尼的親筆信函，終於前往北方的波隆納。索德裡尼在信中盛讚他是「傑出的年輕人，他所從事的藝術，在意大利，甚至全世界，都無人能出其右」。[2]不過，索德裡尼也在信中提醒道，米開朗琪羅「很有個性，必須用親切、鼓勵的態度對待，才能讓他發揮所長」。
十一月底，教皇在波隆納接見了米開朗琪羅，此時距他逃離羅馬已過了七個多月。乞求尤利烏斯饒恕不是一件愉快的事，尤利烏斯的敵人不久之後也會有同樣的體會。教皇從輕發落，但兩人重逢時的氣氛都十分緊張。聖佩特羅尼奧教堂正舉行彌撒時，一名教皇掌馬官發現了米開朗琪羅，帶他穿過廣場，來到位於塞迪奇宮內的教皇下榻處。這時教皇正在用膳。
「你早該來見我們」，一臉不高興的教皇咆哮道，「卻一直等著要我們去看你。」[3]
米開朗琪羅跪了下來，乞求寬恕，並解釋說他生氣完全是因為從卡拉拉回來後受到的冷遇。教皇不發一語，這時有個主教跳出來打圓場，替這位雕塑家說話。索德裡尼托他在教皇跟前替米開朗琪羅美言幾句。
他告訴尤利烏斯，「陛下大人不計小人過，他是出於無知才會冒犯您。畫家一出了自己的藝術領域，都是這樣」。[4]
「這種天賦異稟之人的本性」或許叫教皇火冒三丈，但作為藝術家的贊助者，他可不接受藝術家全是粗鄙無知的說法。「你才是無知兼笨蛋，不是他。」他向這位主教吼道，「滾出去，滾得遠遠的！」主教嚇得動也不動，「教皇侍從刺了他幾下」，才把他趕出去。[5]
藝術家和贊助者就這樣言歸於好。但還出了個小問題。米開朗琪羅不願做那尊青銅巨像。他告訴教皇，用青銅鑄像不是他的專長。但尤利烏斯不想聽任何借口。他命令這位雕塑家，「去幹活吧，失敗了就重鑄，直到成功為止」。[6]
青銅澆鑄並不容易，像濕壁畫一樣，需要豐富的經驗。鑄造一尊等身大的作品，可能得花上許多年，如安東尼奧·德·波拉約洛（Antonio del Pollaiuolo）花了九年才完成西克斯圖斯四世墓，更何況這尊青銅像高14英尺。首先必須用經乾燥處理的黏土製成模子，作為銅像的核心，然後在表面塗上臘。藝術家在臘面雕出細部，然後用以牛糞、燒化的牛角等材料調成的塗料，在臘面上塗上數層。接著用鐵箍箍住巨像，放進火爐烘烤，直到黏土乾硬、熔臘從雕像底部挖的洞（鑄模出氣口）流出為止。接著通過另一套管子（澆道），澆進熔融的青銅，取代臘面。覆蓋黏土的青銅變硬後，敲開牛糞、牛角構成的外殼，雕像即成型。再經過雕鑿、磨光，大功便告成。
但上面所說的只是理論，實際製作時很容易出現多種失誤和時間上的失准。黏土種類必須用對，而且乾燥處理必須得當才不會龜裂，青銅加熱也必須符合正確的溫度，一度都不能差，否則青銅就會凝結。達·芬奇替米蘭大公魯多維科·斯福爾札製作青銅騎馬像時，試了多次都未成功，失敗原因有好幾個，而青銅像體積龐大正是其中之一。但至少達·芬奇曾在佛羅倫薩的頂尖金匠安德烈亞·德爾·韋羅基奧（Andrea del Verocchio）的工作室待過多年，受過青銅澆鑄方面的訓練。與之相對，米開朗琪羅說青銅澆鑄不是他的專業，可一點兒都不誇張。他可能在聖馬可學苑學過些許金屬鑄造技術，但至一五○六年，他只完成過一件青銅像，即一五○二年受法國元帥羅昂之托而製作的4英尺高《大衛像》[7]。換句話說，他在青銅澆鑄上的創作經驗和濕壁畫一樣欠缺。
一如西斯廷禮拜堂的裝飾項目，尤利烏斯根本不操心米開朗琪羅欠缺經驗這類枝節問題，他就是要造這尊銅像。不敢再逃的米開朗琪羅只好乖乖聽命，進駐教皇替他在聖佩特羅尼奧教堂後面安排的工作室，開始工作。這尊銅像顯然是對他的一次考驗，考驗的不只是他的雕塑技能，還有他對教皇的忠貞。
對米開朗琪羅而言，來年是悲慘的一年。他發現自己得和另外三個男人擠在一張床上，住所空間侷促，令他很不高興。波隆納市面上的葡萄酒不僅貴，還是劣質品。天氣也很不合他意。入夏後他抱怨道，「自從到了這裡，只下過一次雨，天氣熱得我想地球上沒有哪個地方能比得上」。[8]而且他還是認為自己有生命危險，因為到波隆納不久之後，他就寫信給弟弟博納羅托說道，「任何事都可能發生，而粉碎我的世界」。[9]他認定的敵人布拉曼特仍在波隆納，而且他惴惴不安地指出，教廷進駐城裡後，匕首業者就一直生意興隆。波隆納還充斥著黑幫以及支持本蒂沃裡流亡家族而不滿教皇的團體，環境險惡。
兩個月後，尤利烏斯前往工作室查看黏土模子的製作進度。後來米開朗琪羅在給博納羅托的信中寫道：「祈求上帝保佑我工作一切順利，因為只要一切順利，我就大有希望博得教皇的恩寵。」[10]重獲教皇恩寵當然就意味著他有機會重新開展教皇陵工程。
但這尊雕像的製作，一開始並不順利。米開朗琪羅原希望在復活節前達到可供澆鑄的程度，但就在教皇來訪前後，米開朗琪羅辭退了兩名助手，進度因此慢了下來。這兩人分別是石刻匠拉波·丹東尼奧和外號「洛蒂」（lotti）的金匠魯多維科·德爾·博諾。其中年紀較小的四十二歲的佛羅倫薩雕塑家拉波，特別令他惱火。「他是個騙人的飯桶，總是達不到我的要求」，他在給佛羅倫薩的家書中如此寫道。[11]尤其令他不能忍受的是，他的助手竟在波隆納到處宣揚，他，拉波·丹東尼奧，和米開朗琪羅是完全的夥伴關係。這兩人的確有理由視自己為米開朗琪羅的平輩而非下屬。兩人都大其頂頭上司至少十歲，洛蒂還曾在佛羅倫薩藝術大師波拉約洛門下學藝。米開朗琪羅較尊敬洛蒂，洛蒂的經驗和技能想必是此案子所不可或缺的。但洛蒂自甘墮落，米開朗琪羅覺得他是被拉波帶壞，只好叫他們兩人捲鋪蓋走人。如果拉波、洛蒂就是與他同擠一張床的人，那想必曾有幾個晚上，激烈的爭吵聲從聖佩特羅尼奧教堂後面這間工作室傳出。
不久，米開朗琪羅在波隆納的處境更為艱難。拉波、洛蒂一遭辭退，教皇也以波隆納水土有害健康為由離開。不久，彷彿是要進一步證實他的看法，真的暴發了瘟疫，叛亂也接踵而來。教皇一踏上返回羅馬之路，本蒂沃裡家族和其黨羽就趁機作亂，試圖奪回波隆納。一般來講，只要聞到一絲硝煙味，米開朗琪羅就會立刻開溜，但這時候他不得不待在工作室，因為城外已爆發激烈的衝突。他心裡想必想過一旦本蒂沃裡家族回來，大概不會原諒他替他們的死對頭製作雕像。但數星期後，本蒂沃裡奧勢力被擊退。這時候他們開始玩陰謀手段，打算偷偷毒死尤利烏斯，同樣未能得手。
七月初，也就是動工後六個月多一點，米開朗琪羅開始鑄造他的巨像。因為青銅熔化不當，鑄造失敗，出來的銅像只有腳和腿，不見身軀、手臂和頭。接下來得等火爐冷卻，然後拆開，以便拆下已凝固的青銅，然後將青銅重新加熱，倒進模子裡，進行第二次鑄造。這一耽擱又是一個多星期。米開朗琪羅將這次失敗歸咎於新助手之一貝納迪諾，說他未使火爐達到足夠高溫，「不是出於無知，就是不小心」。[12]米開朗琪羅四處宣揚貝納迪諾這件丟臉事，導致他走在波隆納街上都抬不起頭來。
第二次鑄造結果較為滿意，米開朗琪羅接下來花了六個月予以雕鑿、磨光和修整，然後整理聖佩特羅尼奧教堂的門口以備安放該青銅像。這尊雕像應是他的一大成就。高14英尺，重約10000磅，是自古以來所鑄造的最大雕像之一，和拉特蘭聖約翰大教堂前面的羅馬皇帝馬克·奧勒留騎馬青銅像（評量所有青銅像的標準），幾乎一樣大。[13]此外，他還證明了他有能力完成這尊龐然巨物，讓一年前對他心存懷疑者不得不刮目相看。「過去全波隆納的人都認為我不可能完成」，他向博納羅托如此吹噓道。[14]完成這項任務後，可想而知，他再度博得教皇的歡心。雕像還未完成時，他就開始與他在羅馬最有力的盟友和支持者朱利亞諾·達·桑迦洛、阿利多西通信，表示希望能獲准繼續教皇陵的工程。
然而，這尊雕像的造模、鑄造工作已耗盡米開朗琪羅的精力。「我在這裡過得極不舒服，整個人非常疲累，」完成這項工程時他寫信給博納羅托說，「我其他什麼事都沒做，只是夜以繼日地幹，我一直強忍著疲累，現在還是。實在是太累了，如果還得再來一次，我想我大概撐不下去。」[15]他渴望回到佛羅倫薩，就在亞平寧山的另一邊，只有二十四公里的路程。但教皇命令他直到雕像立在教堂門口，才可以離開波隆納。但是，他的耐心受到了更嚴厲的考驗。最後，教皇的星象學家終於宣佈一五○八年二月二十一日是安放雕像的吉日。這時候米開朗琪羅才獲准返回佛羅倫薩，離開之前，他參加了他在波隆納的助手們為他舉辦的小型慶功會。騎馬經過亞平寧山區時，他不慎跌落馬下，但返鄉的喜悅未曾損減。[16]不過，一抵達佛羅倫薩，要他返回羅馬的教皇召令也跟著到了，但就如後來的發展，召令並不是讓他回去繼續教皇陵的工程。
[1] 欲更深入瞭解此二人關係，可參閱貝克（James Beck）：《樞機主教阿利多西、米開朗琪羅與西斯廷禮拜堂》（「Cardinal Alidosi，Michelangelo，and the Sistine Ceiling」）一文，《藝術與歷史》雜誌（Artibus et Historiae），第22期，1990年，第63-67頁；以及赫斯特（Michael Hirst）：《一五○五年的米開朗琪羅》（「Michelangelo in 1505」），第760～766頁。
[2] 引自帕斯托爾：《教皇史》，第六卷，第510頁。
[3] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第38頁。
[4] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第38頁。
[5] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第38頁。
[6] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第148頁。
[7] 這件作品差不多和那件更大、更出名的大理石《大衛》同時間完成，完成後被送到法國，最後下落不明。大概和過去千百年來無數青銅雕像一樣，於戰時被送進熔爐改鑄成大炮。
[8] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第38頁。
[9] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第19頁。
[10] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第20頁。
[11] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第21頁。
[12] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第36頁。
[13] 1538年，米開朗琪羅將此像豎立在羅馬坎皮多里奧廣場（Piazza del Campidoglio）現址。
[14] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第40頁。
[15] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第40頁。
[16] 參見德·托爾內《米開朗琪羅》，第一卷，第39頁。