鍾離是元英一生抹不去的陰影，也是北魏對南朝作戰以來從未有過的恥辱，河北精銳，損失大半。梁武帝在建康城大賞群臣，北魏朝中則哀聲一片。元英用兵失算，蕭寶夤支援不力，死罪赦免，活罪難饒，被雙雙免官為民；只有楊大眼稍稍幸運，貶到偏遠的營州（治所在和龍，今遼寧朝陽），充當兵卒。
元英在家只待了一年，宣武帝元恪就恢復了他的封邑，還了他的官位，代理征東將軍之職。這是因為京兆王元愉造反，宣武帝環顧朝野，發現他才是負責討逆最適合的人選。
宣武帝一朝，困擾最多的是宗室問題。宣武帝靠著兄長的意外被廢，才得以坐上皇帝的寶座，他對於與自己同姓的宗室，潛意識裡保持著警戒的態度。叔叔元禧的無故造反，對於他的心理打擊是巨大的。元禧死後，他把政事更多地交給了高肇來處理。
論血緣和感情，宣武帝與高肇之間的確親。高肇的妹妹是宣武帝的親生母親，他的侄女，則是宣武帝后宮寵愛的貴嬪。不久後，高肇又娶了宣武帝的姑姑，也就是孝文帝的妹妹高平公主。與皇帝有這三層關係相連，朝廷上下，誰敢不對國舅爺敬畏三分？
然而高肇本人，卻很缺乏安全感。他在朝中時日短，根基淺，更談不上功勳和學識，要想在政壇上生存，就得拉幫結派，培養勢力。
上面的人有心結交朋黨，下面的人有心攀龍附鳳，這是典型的供求搭配合理的經營模式。日久天長，投靠高肇的人多了，他的膽子也跟著大起來了。對於異己，尤其是皇帝身邊的親信，散騎常侍趙修、冠軍將軍茹皓等人，他想方設法要置之於死地。
北魏遷都漢化，全盤搬用漢人的政治體制，文化上大有長進（比如儒學），腐化程度也大有長進。想要挑出幾位沒毛病的官員，還真不那麼容易。高肇四處搜集趙修、茹皓的罪狀，成果頗豐。他於景明四年（公元503年）和正始元年（公元504年）向宣武帝亮出手中掌握的證據，將兩位不可一世的人物給扳倒。
趙修仗勢驕恣，茹皓弄權納賄，朝野共憤，死得並不冤枉。可告他們的高肇又何嘗是什麼好東西。為了保證弄死「眼中釘」茹皓，他不惜誣告，說茹皓夥同其他幾名皇帝親信，密謀擁立北海王元詳作亂。
把皇叔元詳牽扯進來，是高肇掃除異己行動的一部分。六輔失權時，只有元詳不降反升，位在高肇之上，又與茹皓等人往來密切，高肇嫉恨已久。這一著，是高肇的殺手鑭。
高肇的證據並不充分（本來就是，元詳雖和元禧一樣，是個貪橫無恥的親王，欺男霸女的事幹了不少，但並沒有想過自己當皇帝。無中生有，實在有點難為我們的高國舅了），但在宣武帝面前正好對路——叔叔兄弟搶皇位，是他最怕的事。他召中尉崔亮入內朝，彈劾元詳「貪淫奢縱」，又以「怙權貪橫」的罪名，賜死茹皓等人。
至於元詳，宣武帝不想殺他，名義上下詔免他死罪，廢為庶民，暗地裡把他軟禁了起來。半個多月後，他的家奴想救他外逃，事情敗露，他終究被秘密殺害了（很可能也有高肇的授意）。
黑吃黑的結果，高肇連勝兩局。他的氣焰愈加囂張，將魔爪伸向了後宮，支持侄女高貴嬪搶班奪權。正始四年（公元507年），皇后于氏莫名其妙地去世，人們傳說是高氏下的毒手。
于氏生有一個皇子，名叫元昌，當時是宣武帝唯一的兒子，才三歲，高肇和高貴嬪當然不能放過這個將來可能登上太子之位的小孩。乘著元昌突患急病，高肇私下賄賂侍御師王顯，讓他有意延誤治療措施，不出幾天，元昌就夭折了。
宣武帝痛失愛子，卻懷疑不到是高肇做的手腳，宮內外的零星傳言早被高肇的人嚴密封鎖。正始五年（公元508年）七月，貴嬪高氏被冊封為皇后，高家的權勢更大了。（高肇專權施政，改動了許多過去有效的制度，以至怨聲載道，人心憤怒。立高後之前，素來不問政事的彭城王元勰都出面反對，宣武帝執意不聽，可見這時的高肇已經可以為所欲為了）
僅過了一個月，京兆王元愉聲稱得到密報，高肇弒殺了皇帝（「高肇弒逆」），並以此為名，在信都（今河北冀縣）城南登壇即位，改元建平，起兵造反。
元愉是宣武帝的異母弟弟，他既討厭高肇，又討論兄長宣武帝。孝文帝在位時，他做徐州刺史，愛上了一個姓李的女人，納她為妾。宣武帝即位後，為他娶了於皇后的妹妹為王妃，他不喜歡，心中獨愛李氏（對於感情的專一在親王之中倒是難得），兩兄弟因為這事鬧得很僵。有人告元愉貪贓，宣武帝把他召入內宮，杖擊五十，外放他到冀州做刺史。
元愉越想越不平，宣武帝對另外兩個弟弟、清河王元懌和廣平王元懷非常好，卻對自己這麼糟；而且可惡的高肇也總在宣武帝身邊說自己的壞話。他一賭氣，便殺了冀州的長史和司馬，扯起大旗自稱皇帝。
元愉貴為親王，兵力和號召力卻很弱。宣武帝以尚書李平為都督行冀州事，前往討伐，又重新把元英搬出山，以為後繼。然而，根本用不著元英動身，元愉已經被李平以及駐紮在北面定州（治所在中山）的安樂王元詮打得丟了信都，出逃被擒。
宣武帝派人把他帶到洛陽，打算當面訓斥。高肇深恐夜長夢多，買通了押解的人，在走到野王（今河南沁陽）時將元愉給做了。（元愉次子元寶炬日後被宇文泰立為西魏皇帝，造反不成的元愉，在死後二十七年，陰差陽錯地被兒子追尊為文景皇帝）
高肇的黑名單上還有一人——反對立高後的元勰。他知道元愉在徐州時與彭城王元勰關係不錯，而元勰推薦的長樂太守（長樂郡的治所也在信都）潘僧固，被元愉脅迫參與了謀反。他便找元勰手下的郎中令魏偃、前防閣高祖珍，以官位做誘餌，一同誣陷元勰裡通元愉，借此報復元勰。
這狀告得離譜，元勰遠離權力中心已有多年，掛的都是虛職，終日裡以寫文撰記度日，沒有任何動機造侄子的反；對於元愉等親王暴虐不法，他更是十分鄙視，怎麼可能去淌這趟渾水？
宣武帝對叔叔一向敬重，竟然相信了高肇與兩名證人的一面之詞，設下酒席，召元勰等親王入宮赴宴。
元勰尚且蒙在鼓裡，他的王妃李氏（就是李沖的女兒）剛生了孩子，因此並不願進宮。宣武帝一次次派使臣召他，他才與李妃訣別，上了牛車進宮。
牛通靈性，似乎預感到宮內的氣氛不對，在東掖門內（洛陽城的東南小門）的橋頭止步不前，怎麼打也不走。宮內又派人來催，隨從無奈，挽著元勰才進了殿。
宴席散去，親王們各自去側殿休息。元勰剛準備入睡，一名皇帝護衛領著武士從門外進來，手中端著一杯御賜毒酒。
元勰不信皇帝會要殺他，申辯說：「我沒有罪，請讓我面見至尊（即宣武帝），雖死無恨！」
護衛答道：「至尊怎麼可以再見呢！」（言下之意，宴席上已經見了皇帝陛下，現在賜你毒酒，就是要你死）
「至尊聖明，不可能無事殺我，是誰誣告我，我願與他當面對質！」
旁邊的武士得了高肇的好處，不耐煩地手舉刀環，朝他打去。元勰大聲喊道：「冤枉哪，皇天！我乃忠臣，卻遭殺害！」
武士又用刀環狠命擊打，連推帶按地逼元勰喝下了毒酒，怕他不死，上前又補一刀。次日清晨，元勰的屍體由被褥裹著，送到彭城王府。按照官方的說法通報家人：彭城王酒醉而薨。
痛失丈夫的李妃嚎啕大哭，罵道：「高肇枉理殺人，老天有靈，必叫你不得好死！」元勰的死訊傳開，皇親貴族為之哀歎，平民百姓為之流涕。洛陽城內的和尚悲痛得一天不進米食，喝水充作齋飯。（宣武帝和高肇大概都不會想到，元勰的人望有這麼高，若真有心謀反，恐怕這對君臣早就死無葬身之地了。真是諷刺之極）
元勰死時年僅三十六歲，謚號武宣王（與元恪的謚號一樣，只不過次序顛倒。從感覺上說，武宣還略強於宣武）。他的第三個兒子元子攸後來做了皇帝，追諡他為文穆皇帝。謚法上說：「保大定功曰武；善問周達曰宣；經緯天地曰文；布德執義曰穆。」這四個字，元勰都受得起。可惜，他居然死於小人之手。