鴉片戰爭的失敗，讓天朝上國一下子蒙了。之後的二十年時間裡（1840—1860），清朝始終不能接受戰敗的事實，更不知道應該如何與西方列強打交道。簽訂割地賠款的條約，道光皇帝內心痛苦萬分。據記載：「傳聞和局既定……一日夜未嘗暫息。使者但聞太息聲，漏下五鼓，上忽頓足長歎。」江蘇布政使李星沅看到《南京條約》，頓時胸悶氣短，驚呼：「我朝金甌無缺，忽有此蹉跌，至夷婦與大皇帝並書，且約中如贖城、給煙價、官員平行、漢奸免罪，公然大書特書，千秋萬世何以善後！」蠻夷女子和皇上在一張紙上共署名諱，皇上還要公開承認道歉賠款，怎不讓自居天朝上國的大小臣工義憤填膺呢？在心底，清朝君臣壓根沒轉過彎來，還想恢復朝貢體系。
但是，失敗之後的清朝又沒有能力與列強再起戰端。國內爆發的太平天國運動和捻軍起義等，讓清朝傾注全力去鎮壓。歐洲列強本以為鴉片戰爭的勝利能讓清朝打開門戶，結果發現事事磕磕絆絆。清朝官府設置了種種障礙，阻礙外國商品進入中國，就連外國人在中國居留，到中國城鎮遊覽，也成了奢望。後來，首任英國駐上海領事巴富爾以「居住方便」為由，從上海道台那撥了八百三十畝地作為英國居留地——當時在上海的英國商人和傳教士總共只有二十五人。到1848年擴大到兩千八百二十畝，此時上海的英國人雖有增加但總數還不足一百。此後1849年，僅有的兩個法國商人得到了九百八十六畝的「法租界」，1863年七千八百九十五畝的遼闊地區成為了「美租界」。租界讓中國喪權辱國，但當時的人們並沒有意識到這一點，相反還相當配合。因為當時中國官民也不願意外國人和自己住在一起，很願意在郊區劃一塊地把外國人「關」起來。於是，各大口岸城市的郊區就出現了一個個「國中之國」——租界。
歷史學家蔣廷黻說：「在鴉片戰爭以前，我們不肯給外國平等待遇；在以後，他們不肯給我們平等待遇。」鴉片戰爭讓西方列強看清了中國虛弱的本質，之後遇到溝通困難或者利益難以滿足的時候，列強不會首先想到和平解決，而傾向於訴諸武力了。於是，就有了第二次鴉片戰爭、有了火燒圓明園、有了甲午戰爭和八國聯軍侵華。在一次次的慘敗面前，清朝一回回地重複虛弱的本質，直到徹底跌入殖民深淵。既然中國都如此悲慘了，東亞的朝貢體系很自然被西方國際體系所取代。
清王朝無力與列強硬碰硬，而且內憂外患不斷的統治者還需要借助列強的支持來維護統治。比如需要洋人軍官和兵器來「助剿」國內造反者、需要引入西方近代工商業來發展國內經濟。「中外和好」是定局，但清王朝又不甘心無條件的、立刻接受西方的外交遊戲規則，而是磕磕絆絆地走向西方設定的新世界。
開眼看世界較早的恭親王奕䜣等於1861年初上奏「設總理各國事務衙門」，負責對外交涉事宜，朝廷頒諭同意「京師設立總理各國通商事務衙門」，比奕䜣等人的奏請多了「通商」二字，可見朝廷還想限制在通商上。奕䜣於是再次奏請在鑄造關防時，略去「通商」二字，遂改名為「總理各國事務衙門」。奕䜣也好，列強駐華代表也好，都希望總理衙門能成為總攬對外事務的衙門。不想，總理衙門雖然設立了，朝廷還是不願意蠻夷直接與皇上打交道，不願意採納西方外交規則，讓中外平起平坐。
比如中外條約簽訂地都是天津而不是國都北京，有些國家原派代表到了北京，清政府仍堅持要他們到天津。清政府堅持與各國的交涉只能在國門天津而不能在國都北京進行。若想進京交涉，必須先在天津等候，由三口通商大臣先向總理衙門呈報，獲得批准後方可進京，如果不經三口通商大臣同意而直接進京投謁總理衙門大臣，則肯定被拒。三口通商大臣就分了總理衙門的權力。這一職務後來改為北洋大臣。
同治九年（1870），裁撤三口通商大臣，所轄洋務劃歸直隸總督兼管，稱「北洋大臣」。北洋南洋，本來是中國近海的劃分俗語。以長江入海口為界，中國南北方近海差異明顯，北方稱為北洋，南方稱為南洋。北洋大臣管轄當時山東、天津、遼寧等地通商和對外交涉，而江蘇及其以南通商和對外交涉事務，則新設南洋大臣負責。這樣，被迫打開國內的清朝，還是把外交降低為「地方事務」。南北洋大臣尤其是北洋大臣在事實上代替總理衙門，成為國家外交的總代表。
北洋大臣設置之年，恰好是李鴻章調任直隸總督，此後他佔據直隸總督兼北洋大臣職位長達二十八年之久。李鴻章大辦外交，興建北洋海陸軍，並大力創建近代事業，致使北洋大臣地位不斷提高，職權不斷擴大，把南洋大臣遠遠甩到了後面。在李的努力經營下，其活動範圍迅速擴大，總理衙門反過來要向北洋大臣通報外交事務，聽取他的意見和建議，許多駐外外交人員更是經常向他匯報，聽取他的指示，李已儼然成為國家外交全局的主持人。外國人與他打交道越來越多，一位英國外交官說，北洋大臣李鴻章「甚至不想掩蓋他實際上是中國的外交大臣這一事實」，「像現在這樣組成、這樣管理的總理衙門，只不過是李鴻章大學士在天津的衙門的一個分支機關」。李鴻章之後，又有袁世凱佔據北洋大臣職務，把握外交實權。
至於在北京的總理衙門始終不是清朝的正式機構，而是一個臨時的「衙門」。裡面的辦事人員，都是其他部門抽調過來的官員，全部是兼職，每個人都有自己的本職。因為在中國傳統政治體制中，根本就沒有「外交部」。天下都是皇帝的，哪來外交？直到《辛丑條約》，列強要求改總理衙門為外務部，位列各部之首。
外交機構如此，外交禮儀更是如此反覆。外國使節嚷嚷著要常駐北京，清朝頂了幾十年，最後沒扛住，只好在第二次鴉片戰爭之後答應使節入京常駐。使節又要求覲見皇帝，這就引發了天朝尊嚴、覲見禮節等諸多問題。同治朝，外國使節要求大批大批地進紫禁城、見小皇帝。總理衙門大臣文祥和使節們商議禮節，外交手腕相當「高明」。外國公使要帶很多隨從入覲。文祥就帶著外國人經過很多宮殿，穿過很多門，每經過一道宮門，就安排官員慇勤招待或者找些事情。外國使團每經過皇宮一道門就留下幾個人應付。結果到了紫光閣，公使們發現身邊只剩下翻譯了。
列強鑒於清朝癡迷「天朝上國」的心理不願平等對外各國駐華公使，特地在附件中帶上了「覲見禮節說帖」。說帖規定清朝皇帝要在乾清宮正殿接見諸國使臣；諸國使臣呈遞敕書或國書時，清朝皇帝必須以親王乘轎的規格將使臣迎入大內，禮成後送回，來往都要派兵隊前往使館迎送；外國使臣所遞敕書或國書，皇帝必須親手接收；清朝皇帝宴請諸國使臣，應在大內之殿廷設備，皇帝要在座。上述內容既然是「要求」，就說明在實際交往中沒有實現。清朝一個勁兒地想方設法避免外國公使和皇帝直接見面，不願意中外平等相待。
外國政府從鴉片戰爭前後就開始爭取平等利益問題，一直到1901年八國聯軍之後和談，各國公使挾戰勝餘威用條約附件形式固定了下來。原本小事一樁的禮節問題要拖延半個多世紀才得以解決。
《辛丑條約》規定，總理衙門改為專門的外務部，位列各部之首；各國公使常駐北京，劃東交民巷為「國中之國」；公使可以直見光緒、慈禧，不用跪拜……清王朝最終還是採納了西方外交規則，完全融入了西方體系。至於朝貢體系中的藩屬國（除日本外），早就先中國一步被西方列強殖民了。