曾國藩已經決定犧牲百姓，來滿足列強的要求了。他的內心經過了一番糾結和鬥爭：「吾輩身在局中，豈真願酷虐吾民以快敵人之欲？徒以邊釁一開則兵禍聯結，累歲窮年而未有已。」他沒有被狂熱情緒所左右，依然冷靜地做出務實的選擇。
1870年7月25日，曾國藩的《查明天津教案大概情形折》送抵北京。
在奏折中，曾國藩雖然將板子打在了天津百姓身上，但同時提出了五個「質疑點」，詳細解釋了謠言愈傳愈盛、天津紳民「積疑生憤」的原因。他從中西方文化差異的角度為天津官民辯護。比如，曾國藩指出西式建築均設有地窖，這些地窖和中國人的地窖並無區別，但因為不是本地匠人建造，以訛傳訛，天津紳民最後相信「地窖深邃，各幼孩幽閉其中」。又比如，曾國藩提到天主教的施洗儀式。教民死後，神父「以水沃其額而封其目，謂可升天堂也」。習慣用哭喪來表達悲傷的中國人對此不可理喻，並且覺得洋人詭異、鬼祟。
應該說，《查明天津教案大概情形折》大致是公允、客觀的。然而，慈禧太后看了奏折後，表示「此事如何措置，我等不得主意」，下令將奏折公開發佈。發佈之時，慈禧故意刪除了曾國藩為天津官民辯護的五點意見，導致整個奏章都將責任推給天津百姓。奏折一公佈，原本對曾國藩寄予厚望的輿論迅速轉向，「賣國」、「投降」、「卑躬屈膝」等罵聲劈頭蓋臉地向曾國藩撲去。
可見，慈禧並非「不得主意」，而是極富心機。她急令曾國藩去天津查辦，將曾國藩推到前台，既為了解決棘手難題，又可讓他替自己和朝廷承擔所有的壓力和指責，借此打擊聲望正隆的曾國藩和異軍突起的湘軍勢力，可謂一箭雙鵰。慈禧輕輕地刪除幾段話，就把曾國藩釘在了「賣國」的恥辱柱上，洗刷了自己賣國的嫌疑，反襯出自己的「公正」與「愛國」來。至於之前催逼曾國藩查辦天津官民的朝廷袞袞諸公，如今都三緘其口，任由曾國藩一個人陷入漩渦之中。曾國藩被身後的朝廷拋棄了！
曾國藩有口難言，無法自辯。他又不能說朝廷公佈的奏折竄改了自己的意思，只好再一次「打碎牙齒和血吞」。親友和幕僚則紛紛勸告曾國藩轉換態度，討好輿論。畢竟最終的處理結果還沒有敲定，曾國藩還有奮力游出漩渦自救的機會。曾國藩沉默了。
9月，曾國藩還是奏報清廷，定首批「要犯」三十二人，其中十五人正法，十七人流徙；10月又將九名「要犯」上奏，其中正法五人，四人充軍。曾國藩根據「一命抵一命」的原則法則，拿二十條中國人命給被殺的二十名法國人一個「交代」。朝野直斥此舉荒謬。行刑之時，百姓萬人圍觀，為就義之人壯行。市民高呼就義者「好漢」，「好漢」們也引吭高歌。屠刀一落下，舉國嘩然，可同時也堵塞了法國人的嘴。暗地裡，曾國藩又派人一一撫恤死者家屬[3]。地方官員張光藻、劉傑二人被革職發往黑龍江充軍。曾國藩就寫信給盛京將軍、吉林將軍，請求沿途予以照料；又寫信給黑龍江將軍，托付加意優待。此外，曾國藩還籌銀一萬餘兩，作為二人贖罪之費。
曾國藩自然料到自己忤逆民意大開殺戒，必將得罪輿論。但是他橫下一條心，「但令大局不致從此決裂，即為厚幸；一身叢毀，實由智淺不能兩全，亦遂不復置辯」。但是他沒有料到，自己從此由道德聖人淪為舉國口誅筆伐的對象。「詬詈之聲大作，賣國賊之徽號竟加於國藩。京師湖南同鄉尤引為鄉人之大恥」，虎坊橋長郡會館中懸掛的曾國藩「官爵匾額」被人擊毀。湘籍士大夫集會，一致決定將曾國藩名籍削去，不承認他是湖南同鄉。一個舉子撰寫了對聯，刻薄挖苦曾國藩：「殺賊功高，百戰餘生真福將；和戎罪大，早死三年是完人」。湘軍出身的王闓運對曾國藩也不理解，寫信給曾國藩說：「國體不可虧，民心不可失，先皇帝之仇不可忘，而吾中堂之威望不可挫！宗社之奠安，皇圖之鞏固，華夷之畏服，臣民之歡感，在此一舉矣。……倘中堂不能保昔日之威，立今日之謀，何以報大恩於先皇，何以輔翼皇上，何以表率乎臣工，何以懲乎天下後進之人！」在王闓運看來，曾國藩辜負皇恩與百姓，簡直就是個士林敗類、朝堂奸臣。
可是，激怒的同胞們似乎忘記了所有的措施都是經過朝廷「恩准」的。除了曾國藩這些無奈又嚴酷的措施，旁人身處他的位置又會如何作為呢？
曾國藩遭到了全國上下的唾棄，頃刻間從政治巔峰加速滑落。他的身體狀況也更加糟糕，眩暈加重，每日有精力的時間越來越短。可是他還不能休息。天津教案尚未完全料清，朝廷又急令曾國藩調任兩江總督。原來，前任兩江總督馬新貽被刺身亡。這被普遍認為是一起政治謀殺，兩江地區出現動亂徵兆。慈禧太后又要曾國藩去當救火隊員，推他進入滿佈荊棘的前台……
曾國藩在兩江總督任上極少對外交涉，也極少發表見解，每天除了養病，就是翻閱經書和史書。兩年後（1872），曾國藩死在了任上。
時間往往是消除誤解最好的工具。三十多年後，無論是中國人還是外國人都慢慢學會了如何理性相處。新一代的中國人意識到了西方文化和觀念對中國發展的推動作用，付出一次次慘痛的「學費」後瞭解了「弱國更要講外交」；而西方列強也認識到在中國簡單粗暴地行事只能激化中外矛盾，有百害而無一利。進入20世紀後，西方列強政府明令禁止本國傳教士在中國「包攬詞訟」，要求在華僑民自律。法國政府則宣佈放棄對在華天主教堂的保護權。在華教會勢力深入中國村社，注意緩和與中國人的矛盾，教案在中國越來越少。