宋金和談重啟，完顏宗弼對趙構、秦檜二人明確提出：「你們朝夕請和，岳飛卻正想圖謀河北，必殺岳飛，才可議和。」
紹興十一年（1141）七月間，秦檜開始了對岳飛的迫害。秦黨的右諫議大夫萬俟契首先上章彈劾岳飛。萬俟契首先彈劾岳飛爵高祿厚，志得意滿，生活頹廢，不思進取。誰都知道岳飛根本就不是這樣的人。後來，秦黨又給岳飛強加上了「不戰」和「棄地」的罪名，彈劾堅持抗金的岳飛不抗金，要求罷免岳飛的樞密副使職務。秦檜控制的御史台官何鑄、羅汝楫等是接連彈劾岳飛，要求盡快處分。岳飛因此被罷官。秦檜要置岳飛於死地，還需要尋找更大的罪名。「消極抗金」的罪名是「殺」不死岳飛的。於是，一場政治謀殺展開了。
岳飛有個部下叫作王俊。王俊在紹興五年（1135）就擔任了湖南安撫司統制。岳飛進駐湖廣的時候，王俊調入岳家軍，只擔任前軍副統制。此後數年，王俊因為無功，岳飛一直沒有給他陞官。秦檜看出王俊對岳飛有不滿心理，夥同張俊以觀察使的職位引誘王俊，指使王俊出面「告發」張憲與岳雲謀反。
謀反是大罪。現在有官員出面檢舉，張憲、岳雲立馬被逮捕入獄。岳飛隨即受到牽連。十月，朝廷張榜宣佈張憲一案「其謀牽連岳飛，遂逮捕歸案，設召獄審問」，將岳飛逮捕入獄。岳飛入獄時長歎道：「皇天后土，可以證明我岳飛對朝廷的忠心。」
岳飛入獄後，趙構派大臣出使金朝，希望締結和約。宋朝使臣在宗弼面前再三叩頭，哀求議和。宗弼同意講和。十一月，金朝使臣蕭毅到江南冊封趙構為宋國皇帝，並帶來了最後的和議文本。宋朝向金稱臣，趙構向金熙宗發誓：「臣趙構蒙大金朝恩典，才能夠成為大金朝的藩屬，臣世世子孫都謹守臣節。」每年金帝生辰或元旦，南宋都向金朝遣使送禮祝賀；宋朝每年向金朝進貢的白銀和絹增加到二十五萬兩、匹；邊界線從黃河南移，兩國以東起淮河中流、西至大散關一線為界，地跨邊界線南北的唐、鄧、商、秦四州的大部分土地劃給金朝；南宋不得隨意更換宰相。
蕭毅還帶來了宗弼的一個「口信」：岳飛必須死！
趙構和秦檜加快了岳飛案件的「審理」進度。最開始負責審理工作的是大臣何鑄。開堂審理時，岳飛撕開自己的衣裳，露出背上「精忠報國」四個大字給何鑄看。何鑄看到四個字字字深入膚理，又遍閱案宗沒有發現確實的證據，知道這是一個冤案，頂住不辦。秦檜馬上撤掉何鑄，改命萬俟契審理岳飛案件。萬俟契隨即整理出了岳飛的「罪狀」：岳飛和張憲等人虛報戰功，窺探朝廷虛實，意欲謀反。萬俟契還逼迫孫革等「證人」指證岳飛時常抗旨。但是岳飛一案始終缺乏確鑿的證據。
已賦閒的韓世忠跑去質問秦檜：「岳飛到底是犯了什麼罪？」秦檜敷衍道：「岳飛和兒子岳雲、部將張憲的罪過雖然尚未查明，但事體莫須有（或許有，也可能沒有的意思）。」韓世忠憤憤地說：「朝廷以『莫須有』三字處置岳飛，何以服天下？」
十二月，趙構下旨：「岳飛特賜死，張憲、岳雲並依軍法施行。」當天，大理寺執法官遵旨逼岳飛在供狀上畫押。一生光明磊落的岳飛在供狀上寫下八個字：「天日昭昭，天日昭昭！」岳飛服毒酒身亡，時年三十八歲。
民間傳說則有所不同：轉眼就到了寒冬臘月，秦檜一天獨自在書房裡吃橘子。他用手指劃劃橘子皮，若有所思。秦檜妻王氏看出秦檜想殺岳飛又不敢下決心的心思，訕笑著說：「老漢怎麼一直沒有決斷呢！捉虎容易，放虎難哪！」秦檜聽懂了王氏的意思，寫了一張小字條交給獄吏。當日監獄就回報：岳飛、岳雲、張憲三人已死。
岳飛死後，岳家被抄，家屬流放嶺南。幕僚六人株連被殺，多名部將罷官，支持岳飛出兵的李若虛也被羈管。和談終於成功了，兵權也收了，內部基本穩定了，趙構大大鬆了口氣。
無論是從個人作為、品行，還是從宋朝的法律各方面來說，岳飛都是冤死的。
岳飛不僅精忠為國，個人品行也毫無可批之處。岳飛出身寒微，飛黃騰達之後依然清廉自守。朝廷將岳家抄沒後，僅得到金玉犀帶數條及鎖鎧、兜鍪、南蠻銅弩、鑌刀、弓、箭、鞍轡等軍裝，家用財產只有布絹三千餘匹，栗麥五千斛，銀錢十餘萬貫，書數千卷而已。而地位相當的張俊擁有田產六七十萬畝，年收租米六十萬斛。有一次，趙構駕臨張家，張俊設宴接駕，飯桌上僅上等酒食果子等就有幾百種；張俊又進獻多種玉器，內有金器一千兩，珠子六萬九千餘顆，瑪瑙碗三十件，各種精細玉器四十餘件，綾羅緞綿等一千匹，大批名貴古玩、書畫等。另一個將領楊沂中，在西湖建造豪華住宅，竟然引西湖水環繞宅院四周，院裡有私人歌手和舞女。武將大臣們競相奢靡，岳飛可謂是個醒目的特例。大將吳玠見岳飛生活樸素，連個像樣的女用人都沒有，就挑選了幾個漂亮的姑娘送到岳家，想結交岳飛。岳飛不接受姑娘，說：「現在難道是大將安樂享受的時候嗎？」他又對那幾個姑娘說：「我岳家生活清苦，你們如果生活不慣，可以自行離去。」吳玠聽說後，更加敬佩岳飛。
岳飛和士卒同餐共飲，一杯酒、一小塊肉都要分給部下。有的時候，酒太少了，他就加水，力爭每個人都能嘗到；每逢出師，如果士卒露宿街頭，岳飛有房也不住，和大家一起露宿街頭；遇到將士們婚喪嫁娶或者有個人困難、疾病，岳飛就和妻子一起親自照顧，親為調藥。
岳飛從戎十餘年，大小數百戰，從未敗北。張俊曾嫉妒地詢問岳飛的用兵之術。岳飛說：「很簡單，五個字：仁、信、智、勇、嚴，五者不可缺一。」張俊問：「『嚴』字怎麼解？」岳飛說：「『嚴』，就是有功者重賞，無功者罰。」岳飛治軍，部下凡立有戰功的，即使是無名小卒，也論功行賞，從不遺漏。而對於兒子岳雲，岳飛卻違背了「嚴」字原則。平定楊、收復襄樊的時候，岳雲功勞第一，但岳飛戰後卻把岳雲從上報請賞的名單中鉤掉了。最後還是朝廷按照銓敘的規定，任命岳雲為武翼郎。後來，朝廷又特旨將岳雲連升三級。岳飛力辭說：「士卒們斬將陷陣，立奇功才提一級。岳雲只是我岳飛的兒子就得到高昇，同軍不同賞，我將何以服眾？」因此，岳雲始終沒有得到提拔。
然而，作為政治人物，僅僅有功績、品行出眾是不夠的。他們還要照顧到更多的內容。比如，岳飛出身普通農家，身上始終保持著單純、真實、善良的農民品質。這放在農民身上是優點，但對擁兵一方的大將來說，卻是缺點。他可能理解不了政治的複雜，進入不了政壇的幕後運作，同時不利於自我保護。岳飛的耿直、忠言，得罪了不少人，包括同為主戰派的戰友們。前述岳飛奉勸趙構早立太子的言行，也是單純、耿直的表現，卻破壞了岳飛在趙構心中的良好印象。此外，岳飛「敢愛敢恨」的個性，也不適應政壇。比如在「淮西兵變」前後，朝廷背信棄義，沒有將淮西軍隊交由岳飛統轄，同時又沒有聽取岳飛有關人事的建議，導致了兵變和降敵的嚴重後果。岳飛氣憤難當，以「居母憂」的名義擅自脫離軍隊，跑到廬山為母親守墓。湖廣前線的軍政大事，岳飛擅自交給了親信張憲。這夠得上「擅離職守」、將公權力「私相授受」的罪名了。更嚴重的是，當趙構非但不予追究，還下詔讓岳飛復職之後，岳飛愣是待在廬山上不下來，這就算是「抗旨」了。後來還是趙構發下狠話，加上地方官員苦苦哀求，岳飛這才去復職。
岳飛言行的最高準則是國家利益，他真正做到了「精忠報國」。同時，他和古代的臣民們一樣，將國家和君王等同了起來。在他眼中，趙構就是國家。但是，皇帝和國家並不是一回事，皇帝的利益和國家的利益常常是不一致的。比如，收復失地符合國家的利益，卻不符合趙構的利益；削弱前線軍隊，抑制前方將領，符合趙構的利益，卻不符合動盪的南宋的國家利益。岳飛認識不到這一點，就會在「君王」與「國家」之間出現認知混亂，進而導致行為的矛盾，最終導致了個人悲劇。有人把它稱為「愚忠」，我把它視為「君國困境」。只要君主專制依然存在，只要皇帝宣稱「朕即是國家」，這種困境就不會破除。
話說金軍聽說岳飛死了，擺酒祝賀。這實際上是對岳飛的極高評價。
千百年來，岳飛都被視為「忠君報國」的楷模，接受一代代後來者的頂禮膜拜。但他面臨的「君國困境」，千百年始終沒有化解。岳飛式的能臣悲劇，也一再上演。以岳飛為榜樣的明代于謙，就遭遇了同樣的悲劇。掙扎在「忠君」與「愛國」之間的人，猶豫在「崇上」和「幹事」之間的人，始終不絕於史，而且為數眾多。