受古典時期崩潰影響最深的是南部的低地。原因可能是上面提到過的兩個：其一為人口密集；其二是地表水位過低，汲水難。如果沒有雨水，人們就會遭受缺水困難。在經歷了古典時期的崩潰之後，南部低地喪失了99％的人口。比如，佩滕中部的人口在古典時期馬雅大約有300萬到1400萬人，而在西班牙人到達的時候，只剩下3萬人。1524年至1525年，科特斯和他的西班牙軍隊經過佩滕中部時，已經飢腸轆轆，而沿途只有零星幾個村子能拿出些玉米。在科特斯所經之地的幾英里外便是古典時期馬雅最宏偉的遺址：提卡爾和帕倫克城。但由於那裡叢林密佈、人跡罕至，他們並沒有發現這些失落的城市。
這些數百萬計的人口到底是如何消失的呢？在第四章，當我們面對阿納薩茲查科峽谷的人口消失時，也會問這一問題。通過對美國西南部乾旱時期阿納薩茲與其後的普韋布洛印第安社會的分析，我們可以推斷馬雅南部低地的一些人朝著尤卡坦半島北部有洞井和水井的地方遷移，因此在馬雅崩潰期間，那裡的人口急劇增長。但是沒有任何跡象可以表明南部低地居民大規模北遷的事件，就像無法考證數千個阿納薩茲難民被普韋布洛接收一樣。跟美國西南部大旱的情況相似，馬雅人口減少的一部分原因是飢餓、乾渴以及死於稀缺資源的爭奪中；另外則反映出幾十年來出生率的逐漸下降以及兒童的低存活率。因此，人口的減少可能也與高死亡率和低出生率有關。
對於其他像馬雅這樣的地區，過去的歷史是一種教訓。西班牙人到來以後，不僅對當地人民進行鎮壓，而且還帶來了疾病。1714年，佩滕中部的人口僅剩下3000人。而到20世紀60年代，那裡的人口也只增加到25000，不到古典時期馬雅人口高峰的1％。此後，移民如洪水般擁入佩滕中部，到20世紀80年代，人口已達30萬左右，又開始了新一輪的濫伐森林和土壤侵蝕。今日，佩滕一半地區的林木已被砍伐，生態嚴重破壞。洪都拉斯四分之一的森林被毀於1964年至1989年間。