我曾簡略地提到另外兩個導致馬雅崩潰的因素是戰爭和乾旱，現在讓我們對此作進一步討論。
長期以來，考古學家們以為古馬雅人是一個溫和善良的民族，現在我們知道馬雅人的戰爭是激烈持久、無休無止的。由於受到食物短缺與運輸困難的限制，馬雅人無法像墨西哥中部的阿茲台克以及安第斯山的印加人那樣，在整個區域形成一個統一的帝國。考古學資料揭示，在古典時期馬雅崩潰的前夕，戰爭更加白熱化。近55年來發現得出的證據如下：馬雅遺址周圍巨大的防禦工事、石碑和花瓶上栩栩如生描繪出的戰爭與俘虜的景象（參見圖14）、1946年在波南帕克發現的舉世聞名的壁畫，以及破譯的馬雅文字大都證實了皇家銘文中的那些歌功頌德的事跡。馬雅的國王們在戰爭中會將敵國國王俘虜而來，其中一個不幸的失敗者就是科潘的十八兔國王。馬雅的壁畫和石碑描繪了俘虜被折磨的方法，（比如猛拉手指、拔牙、割下巴、切掉嘴唇和指尖、拔指甲以及將嘴唇釘起來等）。幾年後甚至升級到用俘虜來做祭祀供品這一慘絕人寰的方式（例如將俘虜的手腳綁起來，捆成球狀，從神廟陡長的石階滾下去）。
馬雅的戰爭包括幾種詳細記載的形式：獨立王國間的戰爭，和王國中的一些城市發動倒戈，反抗首都，經常有圖謀篡位者發動內戰。因為國王與貴族均捲入其中，所有這幾種形式都能在石碑上找到。至於底層的平民，由於人口過剩和土地不足，他們間寸土不讓的爭戰可能就數不勝數了。
馬雅崩潰的另外一個重要因素是反覆發生的乾旱。佛羅里達大學的馬克·布倫納、大衛·荷戴爾、愛德華·迪維和他們的同事對此都深有研究，理查德森·吉爾在其近作中也有論及。他們從馬雅湖底沉澱層收集湖芯樣本，用以研究乾旱與環境變化。例如，在乾旱期間，湖水被蒸發，沉積在湖底的石膏（即碳酸鈣）含量就會相應增加；另外在乾旱期間，水中所含的較重的氧同位素氧—18會被濃縮，而水中含有的較輕的氧—16則會被蒸發。生活在湖中吸收氧氣的軟體動物和甲殼類動物的殼中會有一些殘留的氧元素，即使它們埋在沉積物中死了很久，氣候學家們也能對其中的氧同位素進行分析。通過石膏和氧同位素法劃分出乾旱期和降雨期以後，科學家們再對沉積泥層進行放射性碳年代測定。同樣的湖芯樣本也能為孢粉學家提供濫伐森林的信息（揭示出林木花粉減少，而草地的花粉相應增多）與土壤的侵蝕問題（由於土壤遭到沖刷，黏土沉積物和礦物質會增厚）。
根據對湖泊沉積物樣本進行放射性碳年代測定所得出的研究結果，氣候學家與孢粉學家認為從公元前5500年到公元前500年，馬雅地區相對濕潤。接下來從公元前475年到公元前250年，就在前古典時期馬雅文明興起前夕，氣候比較乾旱。前古典時期的興起也許得助於公元前250年之後的濕潤環境。但其後的公元125年至250年的乾旱引發了埃爾米拉多爾等地的前古典時期崩潰。之後，濕潤環境的回歸使得古典時期的城市一片欣欣向榮。中途在公元600年左右曾出現過一次短暫的乾旱，由此導致提卡爾和一些地方的衰敗。最後，在公元760年，近7000年來最大的一次乾旱開始了，到公元800年達到頂峰。科學家們懷疑這次大乾旱是引發古典時期崩潰的罪魁禍首。
如果對馬雅地區的乾旱做細緻的分析，我們會發現乾旱週期約為208年。這種乾旱週期也許是由太陽輻射的小變化引發產生的，或者因為尤卡坦半島（北部較乾燥，南部較為潮濕）降雨梯度南移的結果。也許有人會認為太陽輻射不可能只影響馬雅地區，而應該是整個世界範圍的。事實上，氣候學家曾經注意到另外一些距離馬雅地區較遠的，著名史前文明的崩潰也正好發生在乾旱週期的高峰。比如在公元前2170年左右，世界上第一個帝國（美索不達米亞的阿卡德帝國）的崩潰和大約發生在公元600年秘魯海岸莫切四世王朝的消亡，以及公元1100年安第斯山的蒂瓦納科文明的隕落。
對此，最可信的假設就是乾旱造成了古典時期馬雅的衰亡。我們可以想像在公元800年前後，一場乾旱席捲了整個王國，所有的中心重鎮同時崩潰。事實上，正如我們所知，在公元760年到910年間，這場古典時期的崩潰對各個中心重鎮的衝擊力度大小不一，這一事實使得許多馬雅專家對所謂的乾旱影響持懷疑態度。
但是，謹慎的氣候學家不會把乾旱假說以過分簡單的形式表述出來。每年降雨量的差異可以通過精確計算從河流帶到海洋盆地的衝擊物沉澱來得出。由此發現公元800年前後的「大乾旱」共有四次高峰。第一次影響不大，約發生於公元760年，造成兩年的旱災；第二次是較為嚴重的十年旱災，大約在公元810年到820年左右；公元860年出現了三年旱災；最後一次是公元910年的六年旱災。有意思的是，理查德森·吉爾對此總結道，從馬雅各個主要城市的石碑上最後出現的年份來看，馬雅不同地方崩潰的日期大致圍繞著以下幾個時間點：即公元810年、860年和910年。這三個時間點與上述三場最嚴重的旱災所發生的時間一致。當然，如果在同一年裡，一場乾旱在不同地區造成各自不同的影響並不奇怪。所以，一場大乾旱的襲擊有可能造成部分馬雅中心重鎮的崩潰，而對另一些中心重鎮而言，仍然有穩定的供水系統，如洞井、水井和湖泊。