上面提到的馬雅簡史與科潘的例子解釋了我們探討「馬雅崩潰」的動機。但故事實際上更撲朔迷離，原因至少有五個。
首先，這裡不單發生了古典時期的大崩潰，之前在同一地方至少有過兩次較小規模的崩潰事件。一次大約發生在公元150年，埃爾米拉多爾和另外幾個馬雅城邦遭到崩潰（即所謂的前古典時期崩潰）；另一次則發生在公元6世紀晚期，7世紀早期（即所謂的馬雅文明中斷期），在這段時間裡，被廣泛研究的提卡爾遺址沒有豎立任何紀念碑。另外在那些從古典時期大崩潰中倖存下來的人們所居住的地帶，還發生了一些後古典時期崩潰。例如公元1250年左右奇琴伊察的敗落與公元1450年馬雅潘的衰亡。
其次，古典時期的崩潰顯然並不完全，還有一些馬雅人存活下來與西班牙人交戰。雖然那些馬雅人在數量上不能與古典時期的人口高峰相比，但是比起書中講到的其他古代文明社會，已經算很多了。這些倖存者集中在有穩定水源的地方，特別是在有天然洞井的北部、有井的海岸低地、靠近南方湖泊的地方以及河流與鹹水湖邊的海拔較低之處。但是，曾為馬雅心臟的南部地區衰敗下來。
第三，人口衰退（按照房屋遺址與黑曜石工具的數量來計算）的速度要比長紀年歷年份數目的遽減來得慢，如上文提到的科潘。在古典時期，崩潰速度最快的是君主制與長紀年歷。
第四，許多城市的衰敗表象其實不過是「權力更替」的結果。也就是說，某些城邦先是變得強大，接著敗落或者被攻克，然後又崛起，去侵略它的鄰居們。在上述整個過程中，總人口數並沒有發生變化。例如562年，提卡爾被它的敵人卡拉科爾和卡拉克穆爾這兩個城邦打敗，國王被擄走殺害。但是提卡爾逐漸再次強大起來，最後在695年打敗了它的敵人們。這一切都發生在提卡爾在內的古典時期的馬雅崩潰以前（提卡爾最後一塊石碑上的年份是公元869年）。同樣的，科潘逐漸強大起來，一直到公元738年，國王十八兔被敵國基裡瓜處死，而科潘在其他國王的治理下又繁盛了半個世紀。
最後，馬雅各地區的城市沿著不同的軌跡興盛衰亡。例如，尤卡坦半島西北部的普克地區，在公元700年的時候幾乎空無一人，然後從公元750年起，即南部的城市崩潰以後，人口開始急劇增長，到公元900年至925年間到達頂峰，但隨後在950年到1000年間又遭敗落。位於馬雅中心地區巨大的埃爾米拉多爾遺址上有全世界最大的金字塔，該城建於公元前200年，大約在公元150年被荒廢，遠在科潘興起以前。位於尤卡坦半島北部的奇琴伊察興起於850年，此後雄踞北方長達千年之久，一直到公元1250年才被毀於內戰。
許多考古學家關注於上述這五個複雜的原因，且根本不認可古典時期的馬雅崩潰這種說法。但是下面這些顯而易見的事實急需得到解釋：公元800年以後，馬雅90％至99％的人口消失了，尤其是以前人口最密集的南部低地地區，與此同時，一起煙消雲散的還有國王、長紀年歷以及複雜的政治和文化制度。這就是為什麼我們要探討古典時期馬雅崩潰的原因，不僅是人口崩潰，還有文化崩潰也需要解釋。