要揭開馬雅崩潰之謎，最重要的是深入瞭解馬雅的農業。它的作物大都原產於墨西哥，最主要是玉米，豆類位居第二。科學家們對古代馬雅人的骨骼做同種型分析後得出結論，無論是特權階級還是平民，玉米占馬雅人食物結構的70％。他們養狗、火雞、番鴨，和一種不叮人的蜜蜂。最主要的野味則來自狩獵得到的鹿，在某些地方還有魚。在馬雅考古點只發現極少量的動物骨骼，這說明馬雅人的肉類來源不多，而鹿肉則是供特權階級享用的美食。
以前很多人認為馬雅農業基於刀耕火種（也被稱為焚林農業）。森林被清除焚燒後，馬雅人在這空地上耕種一年或幾年直到土壤養分耗盡。接著是15年到20年的休耕期，一直等到野生的植被重新恢復土壤養分後再復耕。因此不管在什麼時候，焚林農業系統中大部分土地處於休耕期，而剩餘的土地只能夠養活數量有限的人口。因此利用房屋基石數來估算人口時，考古學家們吃驚地發現古代馬雅人口密度遠高於焚林農業所能養活的人口數。雖然這些數字尚有爭議，地區間也存在差異，但通常被認為每平方英里250到750人之間，甚至可能多達1500人（相形之下，當今人口密度最高的兩個非洲國家：盧旺達和布隆迪的人口密度也不過為每平方英里750人和540人）。所以古馬雅人肯定還有一些比焚林產量更高的農業生產方式。
馬雅許多地方尚存有用於提高農產量的建築，比如在山坡採用梯田耕種以保持土壤的養分和濕度，修建灌溉系統，挖溝排水，修築台田。儘管耗費大量勞力，卻能提高農作物的產量。這幾種方法在世界其他地方也得到了證明，其中包括在易澇地區挖渠排水，溝土作高畦，覆以疏渠撈上來的水葫蘆增加肥力，同時避免田地再次積水。除了在高畦耕種作物，農民們還在溝渠裡飼養野生魚類和烏龜（或任其生長）作為食物的另一來源。儘管如此，在馬雅的其他地區，如被廣泛研究的科潘和提卡爾並沒有太多梯田耕種、灌溉挖溝、築田排澇等現象。這些地方的居民用的可能是考古無法發現的方法來提高作物的產量，比如護根、引洪灌溉、減短田地的休耕期，以及翻松土壤以恢復肥力等。或者採用更為極端的方法，完全忽略休耕期，每年耕作，或者在特別潮濕的地區採用一年兩作制。
在等級分明的社會中，包括現代美國和歐洲社會，有從事糧食生產的農民和寄生於農民不從事耕種但消耗食物的官僚和士兵。因此，在任何階級社會，農民們都需要生產大量的剩餘糧食，不但用於自身所需，還要滿足其他消費者。所以，不從事農業生產消費者的數量取決於社會的農業產量。在今日美國高效的農業系統中，農民們只佔全部人口的2％，但每個農民卻可以平均養活125人。這個數字包括了美國的非農人口，也包括美國農作物出口海外市場的人口。即便在古埃及，其農業系統的效率雖然比現代機械化生產低效，但每個埃及農民仍然能生產5倍於本人及其家庭所需的糧食。相比之下，由於馬雅農業存在著下列局限性，其農民比重高達70％。
首先，蛋白質產量過低。玉米作為主要的作物，比起舊大陸的大麥和小麥含有更少的蛋白質成分。上述幾種可供食用的家畜也比舊大陸的母牛、綿羊、豬和山羊產肉量低。馬雅人的作物品種明顯少過安第斯農民，後者不但種植玉米、土豆、藜谷等作物，還有駝馬作為肉類來源。如果與中國和歐亞西部的農民作比較，馬雅人的作物種類就更少了。
其次，馬雅的玉米農業無論是與阿茲台克的「奇南帕斯2」相比，還是與安第斯山脈蒂瓦納科文明的台田和秘魯海岸莫切人的灌溉系統相比，或是與歐亞大陸以畜力耕作的農業相比，其農業集約程度和產量都稍有遜之。
再者，馬雅氣候潮濕，使玉米難以貯藏一年以上。相比之下，生活在美國西南部的阿納薩茲人，由於氣候乾燥，玉米可以貯藏三年。
最後，馬雅人不像安第斯的印第安人擁有駝馬，或是舊大陸的農民那樣有牛、馬、驢和駱駝可用。馬雅人沒有畜力用來運輸或犁耕，所有地面運輸都是通過腳夫背運。如果軍隊外出作戰，派一名腳夫背負玉米隨行，出征途中腳夫自己要吃掉一些玉米，回程時又耗費掉一些，因此只剩下為數不多的一部分供軍隊食用。征程越長，所剩餘的可供腳夫食用的玉米就越少。如果征途長達一周，那麼無論是派遣腳夫直接運送玉米，還是間接通過市場交易轉運都變得很不經濟。因此馬雅農業產量的低效與馱畜的缺乏嚴重限制了他們作戰的距離和時間長度。
我們往往習慣性認為軍事的勝利取決於武器的精良，而非食物供給。但新西蘭毛利人的例子明白無誤地說明了食物供給對軍事勝利所起的決定性影響。毛利人是最早定居在新西蘭的波利尼西亞人。雖然傳統上部落間爭戰頻繁，但往往只局限於相鄰幾個部落。農業的低產與主要作物地瓜限制他們作戰的規模。對於一支需要長距離和長時間征戰的軍隊來說，地瓜是遠遠不夠的。歐洲人登陸新西蘭時帶來了土豆。因此大約從1815年開始，（由於土豆的廣泛播種）毛利人作物的產量得到極大的提高，能夠生產足以供應軍隊作戰幾周的糧食。結果自1818年到1833年這15年裡，從英國人那裡獲得了土豆和槍支的毛利人開始出征到幾百英里以外攻擊那些還沒有土豆和槍支的毛利人。因此，土豆的高產量緩解了毛利人戰爭中的制約。這種制約與低產的玉米農業給馬雅人戰爭所造成的局限很相似。
這樣的食物供給也許可以解釋為什麼馬雅社會諸侯割據，爭戰頻繁，而非像墨西哥峽谷的阿茲台克帝國一樣（得益於浮田等有效的農業生產方式），或者如安第斯山脈的印加文明（作物種類多，有駝馬可用，而且修建了四通八達的道路，從而得以大一統）。馬雅的軍隊和官僚組織規模小，軍事上無法發動長距離的戰役（甚至在1848年，馬雅人反抗墨西哥人統治時，儘管戰爭即將勝利，但由於需要回國收割玉米而不得不撤軍）。許多馬雅城邦的人口只有25000到50000人不等，從沒超過50萬人。面積也不大，從宮殿開始算起，無論朝哪個方向，也就兩到三日的腳程（實際數值在考古學界仍存有很大的爭議）。從一些馬雅城邦神廟的頂端眺望，往往一眼就能看到鄰近城邦的神廟。馬雅市鎮的規模很小（大多數小於一平方英里），人口和集市規模也沒有達到墨西哥河谷的特奧蒂瓦坎和特諾茲提朗，或是秘魯的昌昌和庫斯科的規模。也沒有考古證據顯示在馬雅由皇家來管理糧食儲存和貿易，如古希臘和美索不達米亞那樣。