在培布羅·波尼托村落，目前能識辨出的最後一次建造房屋大約發生在公元1110年後的十年中，也就是廣場南面用牆圍起來的那些房間。廣場南面原本對外開放，把它圍起來意味著當時可能有衝突發生：人們來培布羅·波尼托不是為了參加祭典或接受命令，而是挑起事端。根據樹木年輪推斷出培布羅·波尼托最後一根屋樑和其附近的切特羅·凱特爾裡的「大宅」所用原木是在公元1117年被砍伐下來，而查科峽谷其他地區最後一根大梁原木則是在公元1170年砍伐下來。其他的阿納薩茲遺址有大量爭鬥的證據，其中包括人吃人的跡象，還有坐落在陡峭的懸崖上方、遠離農田和水源的卡彥塔阿納薩茲居民點可以被認為選擇此處的理由在於其易於防守。美國西南部比查科峽谷存在時間長的居民點一直到公元1250年還在苟延殘喘。不斷增多的防禦牆、壕溝和塔樓體現出當時戰事連連，幾個小村莊聯合起來在山頂建立一個大型的要塞。被縱火焚燒的村子裡還有一些沒有被埋葬的屍體，有的頭蓋骨上有砍刀痕，有些骨骸上還有箭頭穿插而過。環境和人口問題嚴重惡化，最終導致騷亂和戰爭。這一主題在本書頻繁出現，不管是在過去社會部分（復活節島民、芒阿雷瓦島民、馬雅人和蒂科皮亞島民），還是現代社會部分（盧旺達、海地等）。
在阿納薩茲，戰亂引發的食人現象本身也是一件值得一提的事。如果當時由於陷入絕境才發生人吃人的事情，大家都能理解。比如1846年至1847年間的冬天，當納探險隊在前往加利福尼亞的淘金路上，受困於雪暴中；或二戰期間被封鎖在列寧格勒的俄國人。如果不是為了求生卻發生人吃人事件，這實在讓人匪夷所思。事實上，記載顯示，近代歐洲人與非歐洲人的社會初次接觸時，有幾百個社會正上演著食人事件。主要可分為兩種形式：有的是吃在戰爭中被殺死的敵人屍體，有的是吃死於自然死亡的親友遺體。40年來我一直在研究的新幾內亞，當地人談到吃人，面不改色，反而認為西方人的埋葬風俗對死人太不尊重，不像他們通過吃遺體來表達敬意。1965年，我一個得力的新幾內亞助手向我辭職，原因是他得回去吃他新近逝世的準女婿的遺體。許多考古學家也從挖掘出的人骨推斷出古代的吃人風俗。
然而，許多或大多數歐洲和美洲的人類學家總認為吃人是一件恐怖的行為，這和成長背景有關，在他們出生成長的社會視吃人為驚世駭俗之事，所以當他們發現自己研究和欣賞的族群竟然吃人肉時，頓時驚恐萬分，拒絕接受這一事實，並將其歸為歧視和譭謗。他們既不承認這些非歐洲的族群所自述的吃人風俗，也認為早期歐洲探險家所言均為道聽途說。他們揚言除非有政府或人類學家拍攝的錄像為證據，才會相信吃人事件。不過，這樣的錄像帶並不存在。原因很明顯，歐洲人最初遇到那些據說是食人族的族群時，對他們深感厭惡，並威脅要逮捕他們。
不管如何，考古學家還是在阿納薩茲遺址發現不少和吃人有關的人類遺骨，並寫了許多相關報告。最有力的證據來自遺址中的一幢房屋，裡外全部被搗毀，屋內散亂放著七個人的屍骨，顯然他們死於爭戰，所以沒有被好好安葬。有些碎裂的人骨很像被人吃剩的動物骨頭，將其折斷後吮吸其中的骨髓。還有一些骨頭兩端平滑，就像鍋子裡燉熟的動物骨頭。在阿納薩茲遺址發現的陶鍋碎片上還殘留著人類肌肉蛋白質，可見陶鍋裡曾煮過人肉。但懷疑者也許會提出儘管鍋子裡煮過人肉或人骨被折斷，但並不能證明人肉和骨髓被其他人吃了。（可是誰又會大費周章地拿鍋煮人肉，然後把骨頭敲碎，扔得到處都是？）在該遺址中，最直接的吃人證據還是在壁爐旁發現的乾硬的人類排泄物。由於氣候乾燥，因此千年後排泄物仍然保存完好。科學家證明這些排泄物內含有人類肌肉蛋白質，而一般人的排泄物中不會含有這種蛋白質，哪怕是消化道出血的人的排泄物裡也不會有。由此可見，很可能是有人襲擊這個村落，大開殺戒，斷骨烹肉，飽餐一頓之後，把吃剩的骨頭亂扔一氣，最後在壁爐旁留下含有受害人蛋白質的排泄物。
查科峽谷遭受的最後致命一擊為旱災。樹木年輪顯示，查科峽谷從公元1130年起開始大旱。公元1090年和1040年也曾發生過旱災。但這次不同的是查科峽谷內已經人滿為患，比以前更依賴於衛星部落，而所有可用的土地也都被開發。旱災使得地下水位下降到植物根部無法吸到水分的程度，因此不能耕作；旱災也使依賴降雨的旱地農業和灌溉農業不能成行。連續大旱超過三年以上將會帶來致命的後果，因為現代培布羅人的玉米最多只能儲藏兩至三年，超過這一期限，再多的玉米也會因腐爛或生蟲無法食用。再者，峽谷祭司求雨不應會導致先前供應物資的衛星部落喪失對峽谷中心地區的政治和宗教信心，不再供應糧食。其實在公元1680年，印第安村落反抗西班牙政權的景象，正是阿納薩茲末日的翻版，只不過歐洲人沒有親眼看到12世紀的阿納薩茲社會如何走向崩潰。17世紀的西班牙人就像在查科峽谷中心地區坐享其成的阿納薩茲人一樣，橫徵暴斂，收繳糧食。大旱來臨時，顆粒無收，民不聊生，農民們無力承受苛捐雜稅，因此起而反抗。
在公元1150年到1200年間，查科峽谷已被遺棄，成為一座空城，直到600年後，納瓦霍族的牧羊人發現了這個地方，並搬進去住，查科峽谷才又重新人丁興盛起來。納瓦霍人不知道這些宏偉的遺址是誰建造起來的，就把這一消失的族群稱為「阿納薩茲人」，即舊日支配者的意思。那麼數千個查科峽谷的居民到底發生了什麼事呢？根據有人在17世紀70年代親眼目睹印第安村落由於發生旱災紛紛背井離鄉，也許我們可以借此猜測最後那批查科峽谷人中，許多人活活餓死，有些人自相殘殺，倖存者則遷徙到美國西南部其他地區。這必然是一次有計劃的撤退行動，因為阿納薩茲遺址中大多數房間都沒有陶器等日常用品，很有可能是居民在離開時帶走了。而上文提到的有些房間留有陶器則意味著房主被他人殺害吃掉。查科峽谷的倖存者可能前往其他印第安人村落，如現代祖尼印第安人居住的地區。祖尼村落的建築風格和查科峽谷的非常相似，該地區的陶器也極具查科峽谷的風格，製造年代又恰好是在查科峽谷荒廢之時。
傑夫·鄧與其同事羅伯·埃克斯泰爾、喬什·埃帕斯汀、喬治·葛伯曼、斯蒂夫·麥克卡洛、麥爾斯·帕克、埃倫·斯威德倫展開了一項細緻入微的重建工作，即在亞利桑那東北部的長屋谷重建1000個卡彥塔阿納薩茲人的村落。他們根據在谷內房屋遺址中發現的陶器數量和各時期的風格變化來計算從800年到1350年間谷內各個時期的人口數，並推測出房屋的年代。他們從樹木年輪中獲得降雨量的信息，從土壤研究中獲得地下水位的高低變化，然後計算谷內玉米的年產量。結果發現公元800年後人口的消長與玉米的產量成正比。只有公元1300年出現意外，而那一年正是阿納薩茲人背井離鄉逃荒之時。當時在玉米收成不好的年份仍可養活谷地人口高峰時三分之一的居民（全盛時期人口達1070人，可養活的人數為400餘人）。
為什麼長屋谷內的大多數居民都走光後，最後剩下的400人也沒留下來？答案可能是除了研究人員根據模型計算出的谷地農業潛能大幅下降外，環境已經惡化到難以居住的程度。例如，土壤肥力耗盡，或是森林砍伐殆盡，既沒有建築木材，也沒有薪柴，就像我們熟知的查科峽谷那樣。另一個解釋是，也許複雜的人類社會需要一定的人口才能維持運作。如果紐約有三分之二的市民餓死或逃往別處，地鐵和出租車停止營運，所有公司和商店全部關門，那麼有多少剩下的紐約人會選擇繼續留下來？