有害外來物種的引進和珍貴本土物種的消失也是當今蒙大拿所面臨的主要環境問題之一。其中特別涉及魚類、鹿、麋鹿和雜草等。
蒙大拿原先有許多珍貴的魚類，如切喉鱒（蒙大拿的州魚）、公牛鱒、北極茴魚和白魚。現在除了白魚以外，蒙大拿其他魚類都大大減少。這是幾個因素相加的結果。首先積雪融水被引流灌溉，致使山溪水量減少，不利於魚類產卵和生長；其次，伐木造成氣溫升高，溪流沉積物增加；再則，過度捕撈也是魚類減少的主因之一。還有外來物種引起的競爭，有的魚類與外來物種雜交，如虹鱒、溪鱒和褐鱒等；有的遭到引進的白斑狗魚和湖紅點鮭的捕食；還有外來寄生蟲感染引發迴旋病。以白斑狗魚為例，因為漁民喜歡捕撈這種魚，所以非法將其引進到蒙大拿西部的一些湖泊與河流，但白斑狗魚是公牛鱒和切喉鱒的天敵，它的大量引進造成上述兩種魚類在蒙大拿幾乎絕跡。同樣地，自打湖紅點鮭被引入平頭湖後，湖裡原先生活的許多本土魚類大量消失。
迴旋病進入美國完全是個意外。1958年，賓夕法尼亞的一個漁場從丹麥進口的魚苗中染有此症，迴旋病因此來到美國。如今迴旋病遍佈美國西部的大多數地區，其實部分原因是鳥類傳播的結果，更主要則是公立和私人養殖使得被感染的魚苗在湖泊和河流中繁殖。迴旋病的寄生蟲一旦侵入水中，就無法徹底根除。蒙大拿境內的麥迪遜河以產鱒魚著稱，然而1994年，迴旋病致使該河內虹鱒的數量減少了90％。
迴旋病至少不會傳染給人類，只不過減少釣魚遊客的人數而已。而另一種名為鹿慢性消耗性疾病（又稱瘋鹿病）的外來疾病，則可能給人類帶來致命的危害，因此更令人擔憂。鹿慢性消耗性疾病也可能出現在其他動物身上，如讓人聞風喪膽的人類庫賈氏病、瘋牛病和綿羊瘙癢症等。這些疾病會對神經系統造成破壞，染上人類庫賈氏病的，至今無人痊癒。大約在20世紀70年代，北美的鹿和麋鹿最早出現瘋鹿病，有人猜測可能是西部某大學將研究用的鹿關在得了瘙癢症的羊欄旁邊，由此被感染病毒，研究結束後，這些鹿被帶到野外放生。（現在，這種放生被視作刑事犯罪。）這些遭到感染的鹿又被人捕捉後，在各州的鄉村俱樂部輾轉，供人狩獵，疫情因此擴散開來。我們還不知道瘋鹿病會不會像瘋牛病那樣傳染給人類，但最近發生了幾起狩鹿的獵人死於庫賈氏病的事件，在一些地方引起了人們的警惕。威斯康星州就很擔心瘋鹿病會影響年產值高達十億美元的狩鹿業，所以在感染區一氣撲殺了25000頭鹿以控制瘋鹿病的疫情。
由外來病源引發的瘋鹿病雖然是蒙大拿最大的潛在威脅，而外來雜草已經讓蒙大拿付出昂貴的代價。蒙大拿約有30多種雜草，大多來自歐亞。其種子有的是隨乾草意外夾帶進來，也有被風吹刮而來。還有一些雜草因其外表美麗，故被有意引進，沒想到後患無窮。這些雜草帶來的危害有以下幾種：首先，牲畜和野生動物不可食，或難以下嚥；其次，雜草影響可食用植物的生長空間，致使牲畜的草秣產量下降了90％；再者，有些雜草會使動物中毒；最後，雜草根部繫住土壤的能力要比本土青草來得弱，因此土壤侵蝕率增加3倍以上。
從經濟層面而言，蒙大拿最重要的兩種雜草是斑點矢車菊和乳漿大戟，這兩種雜草目前已在蒙大拿氾濫成災。斑點矢車菊會分泌化學物質毒害本土植物，而且產生大量種子。雖然在一些小面積的農田可人工拔除這些雜草，但是單單在比特魯谷，受到這類雜草侵害的土地面積就高達56.6萬英畝，而整個蒙大拿更是有500萬英畝的土地受災，這麼大範圍完全不可能用手拔除。雖然斑點矢車菊可用除草劑來解決，但便宜的除草劑也會使其他種類的植物受到牽連。而專門對付斑點矢車菊的除草劑又非常昂貴（每加侖800美元）。此外，我們還不清楚這些除草劑分解之後是留在比特魯河還是滲入生活用水的含水層，是否會對人類造成傷害。由於斑點矢車菊已經入侵國家森林和牧場，不僅使家畜食用的草秣產量受到影響，而且森林裡可供野生動物啃食的草類也大不如前。因此鹿和麋鹿不得不走出森林，下山到牧場來覓食。乳漿大戟蔓延的程度雖然不及斑點矢車菊，但是其根部可至地下20英尺之深，由此更難控制，也不可能用手拔除。
據估計，雜草給蒙大拿帶來的直接經濟損失每年超過一億美元。此外，雜草也會降低房地產的價值和農地的生產力。因此，雜草問題對農民而言是一大隱痛，它無法用單一手段來解決，而必須依靠複雜的整合管理體系。與此同時，許多農作方式也被迫改變，如拔除雜草、使用除草劑、改變施肥方式、用蟲類或者真菌來對抗雜草、在可控制的範圍內焚燒雜草、更改割草時間、改變輪作方式以及調整全年的放牧方式等。當初無論如何都料不到小小几株雜草竟會引發如此大的響動。