如何「科學地」研究人類社會的崩潰呢？科學通常被誤解為「通過多次實驗室可控實驗後所取得的知識」。事實上，科學的領域要更為寬廣：通過取得可靠的知識來瞭解世界。在某些領域，如化學和分子生物學，通過在實驗室進行可控實驗來取得知識不但是可行而且也是最為可靠的方法。我所受過的正規訓練是實驗生物學和生物化學，我本科念的是生物化學，博士研究領域是生理學。從1955年到2002年，我先後在哈佛大學和加州大學洛杉磯分校從事實驗生理學的實驗室研究。
1964年起，我開始在新幾內亞雨林研究鳥類，我當時面臨的問題是如何可以不通過多次可控實驗來獲得可靠的知識，這種實驗無法在實驗室也無法在戶外進行。無論是從倫理道德或是法律角度來看，這種實驗都是不可行的，也無法操作。因為我們無法通過實驗，在一個地方消滅或是控制鳥類數量，而在另一個地方進行不受控實驗，從而來比較它們的數目。因此，我不得不使用其他的研究方法。這樣的問題不僅出現在物種生物學的許多領域，其他學科如天文學、流行病學、地質學和古生物學等也同樣面臨著類似的方法論難題。
通常的解決方法是根據感興趣的變量的變化來比較自然狀況，這也被稱為「比較方法」或「自然研究」法。比如在研究鳥類時，我很想知道新幾內亞一種棕眉吸蜜鳥對其他吸蜜鳥群體的影響，山上幾個類似的鳥群中有一個群體支持吸蜜鳥，而另一個群體則不支持吸蜜鳥，於是我就通過對它們進行比較來瞭解差異。在我的兩本書《第三種大猩猩——人類的身世與未來》和《性趣探秘：人類的性進化》中，我對不同的動物物種，特別是靈長類動物進行比較。目的是為了瞭解為什麼女性會有絕經期和排卵無明顯徵兆等現象（其他雌性動物則沒有），何以男性的陰莖相對較大（從動物的標準來看），以及人類性行為為什麼通常比較隱蔽（相形之下，其他所有的動物幾乎都是公開性交）這些問題。已經有許多科學文獻指出比較研究法具有明顯陷阱和如何避免這些陷阱的方法。在基於歷史的科學學科（如演化生物學和歷史地質學）所進行的實驗中，當人們沒有選擇，也無法通過實驗來操縱過去，惟一的方法就是放棄實驗室從事自然實驗。
本書採用了比較研究法來瞭解由環境問題導致的人類社會崩潰。我的前一本書——《槍炮、病菌與鋼鐵：人類社會的命運》便是通過比較研究法來解釋一個與崩潰相反的問題：為什麼在過去的13000年裡，不同的人類社會在大陸上奠定基業的速度有所不同？而本書的側重點在於探討人類社會的崩潰，研究的方法是通過比較古今社會間的異同，如環境的脆弱性、邦交、政治制度的差異，及其他影響社會安定因素的可「輸入」變量的不同之處。我討論的「輸出」變量則是崩潰、生存及崩潰的方式。通過探討不同輸入變量與輸出變量之間的關聯，我試圖發現不同的輸入變量對社會崩潰可能造成的影響。
對於太平洋群島上因為濫伐森林而造成的社會崩潰便可以運用嚴謹、全面和量化的比較研究法來分析。史前太平洋群島上的居民對樹木進行不同程度的砍伐，重者則導致森林消失，那些社會有的延續下來，有的分崩離析，島民無一倖免。我和同事巴利·羅雷德對太平洋81個島嶼進行調研，通過在數量上評級來研究島上森林退化的程度。我們對九個輸入自變量（例如降雨量、隔離度、土壤養分的可恢復性）分了等級，以此來瞭解它們對森林退化這一因變量的影響。經過統計分析，我們得以計算出單一變量對於森林退化的相對貢獻率。另外一例比較研究用於北大西洋，中世紀時期，來自挪威的維京人在那裡建立了6個島嶼或大陸殖民地。這些殖民地的土地適合耕作的程度有異，與挪威進行貿易的難易程度亦有所不同，再加上其他輸入變量後差異更大。它們最終的結果也是不同的，有的很快就廢棄了，有的歷時500年後無人生還，也有的1200年後依然興盛。除上述例子之外，比較法還能對世界不同地區的人類社會做比較。
這些比較研究是建立在我對考古學家、歷史學家和其他學者對個別社會詳盡研究的基礎之上，將資料耐心地搜集整理而成。文末列出了有關古代馬雅和阿納薩茲文明、近代盧旺達、中國以及諸多我所比較過的過去和現代社會的參考文獻。這些個別社會的研究都是我撰寫本書時不可缺少的數據庫。因為對單一社會的研究往往有所局限，本書的結果是通過進一步比較多個社會得來的。比如，為瞭解馬雅的崩潰，我們不但要對馬雅的歷史和環境有所認識，而且必須把馬雅放到一個大框架中去觀察，從而瞭解為什麼某些社會崩潰了而其他則依然如故，再通過對比這些社會與馬雅的異同來進行分析，這就是比較分析法。
我之所以不厭其煩地一再說明個案研究和比較研究的重要性，是因為習慣於某種研究方法的學者往往會貶低其他的研究方法。專業研究單個社會的歷史學家亦容易對比較研究嗤之以鼻；而從事比較研究的學者往往認為對單個社會的研究不但缺乏遠見，更對其他社會的瞭解非常有限。然而，如果我們要得到可靠的知識，我們就必須使用這兩種方法。特別是當我們對單一社會的研究結果缺乏廣泛性，而又無法完全確信對某一社會崩潰所作的解釋時，我們只有通過對多個命運不同的社會進行比較研究，才能有充足證據來推導出令人信服的結論。